기술자를 쫓던 닌자들은 기술자가 갖고 있던 게임용 pc 마더보드를 찾게 된다. 기술자의 은신처에서 단서를 찾던 닌자들은 기술자가 왕가미란 자와 함께 일한 사실을 알아낸다. 한편, 낡은 게임을 하던 제이는 게임 레벨이 13에 이르자, 프라임 엠파이어에 들어오겠냐는 게임 속 목소리를 듣게 되는데...

닌자들은 사라진 제이를 찾기 위해 보안 카메라 영상을 보고, ‘프라임 엠파이어’ 게임 디자이너, 밀턴 다이어를 찾아 나선다. 그러나 밀턴은 자신이 소유한 다이어 섬에도 모습을 드러낸 지 오래됐다는 사실을 알게 된다. 닌자들은 게임을 출시하지 못한 밀턴의 복수로 이 모든 일이 시작됐다고 생각하는데…

왕가미가 밀턴 다이어란 사실을 알게 된 닌자들은 제이를 따라 게임 속으로 들어갈 팀과 현실에서 밀턴 다이어를 찾을 팀으로 나뉜다. 콜은 게임 속으로 들어가기 위해 게임 레벨을 13까지 올려야 하는데, 탈옥한 기술자와 악당들이 게임기를 뺏기 위해 나타난다.

게임 속으로 들어간 콜, 카이, 니야, 로이드는 게임 속 무장세력인 레드 바이저에게 쫓기던 중, 제이를 따르는 무리, 베타 제이들을 만난다. 베타 제이들은 닌자들에게 제이를 만날 방법을 알려주고, 닌자들은 기술자 스콧을 따라 슈퍼스타 제이를 만나러 지하로 들어가는데…

게임 속 NPC인 무사, 오키요는 주인님이 테라 카라나를 무사히 통과할 수 있도록 보필해야 하는 임무를 맡고 있다. 그러나 그동안 오키요가 만난 주인들은 전부 목숨을 잃고 에너지 큐브로 변해버린다. 상심한 오키요는 모든 걸 포기하려고 하는데, 그 순간 닌자들을 만나게 된다.

오키요의 도움을 받으며 숲을 지나가던 닌자들은 쥐들의 기습 공격을 받는다. 그러나 닌자들은 쥐들 중 하나인 ‘랫소’를 포로로 잡는데 성공한다. 랫소는 닌자들에게 자신을 풀어주면, 게임의 오류인 지름길을 알려주겠다고 제안하는데…

왕가미의 부하들인 레드 바이저들에게 쫓기던 닌자들은 ‘히스테리의 절벽’을 타고 올라가야 한다. 그리고 닌자들은 왕가미가 게임 이용자들을 에너지 큐브로 만들어서 현실 세계로 이어지는 포털을 만드는 재료로 쓴다는 사실을 알게 된다.

테라 카라나 게임 존에 갇혀 있는 안내자 npc인 오키노는 친구가 된 닌자들을 돕거나, 아니면 자신의 주인인 왕가미의 사악한 명령을 받들어야 하는 두 가지 길 중 하나를 선택해야 한다.

닌자들은 키타나를 구하기 위해 테라 테크니카에서 열리는 댄스 대회에 니야와 제이를 출전시킨다. 니야와 제이는 결승전까지 오르지만, 댄스 대회장까지 레드 바이저들이 닌자들을 잡기 위해 나타난다.

닌자들은 댄스대회에서 받은 상금으로 스피드웨이 대회에 참가하기로 한다. 그러나 다섯 대의 차와 선수가 필요한데, 닌자들에겐 차량이 네 대밖에 없다. 로이드는 스피드웨이 경기장에서 레이서 세븐을 보게 되고, 세븐과 함께 경기에 나가려고 한다. 그러나 스콧은 레이서 세븐은 늘 중간에 탈락되도록 정해져 있는 NPC라며 경고한다.

스콧의 희생 덕분에 닌자들과 레이서 세븐은 오십억 스피드웨이에 참가하게 된다. 다른 선수팀들의 온갖 방해에도 불구하고, 레이서 세븐은 정해진 운명을 이겨내고 우승한다.

니야, 로이드, 제이는 구식 아케이드 게임 안으로 들어가서 마지막 키타나를 찾는다. 그러던 중 격투 게임에서 하루미와 대결을 하게 된 로이드는 결국 큐브로 변하고 만다.

쟌이 범죄 영화 속 탐정 주인공처럼 느끼한 분위기로 상황을 일일이 설명하며 움직인다. 그러나 쟌은 기술자 일당한테 잡혀하고, 혼자 남은 픽셀이 숨어 있던 밀턴 다이어를 찾아내는데…

픽셀은 밀턴 다이어를 만나 왕가미의 과거에 대해 듣게 된다. 한편, 기술자는 쟌에게서 게임 마더보드를 빼앗고, 왕가미를 현실 세계로 부를 게이트를 완성하는데…

제이와 니야는 게임 속 휴식 공간인줄 알았던 일식당에서 스시 셰프의 공격을 받는다. 결국 니야는 에너지 큐브로 변하고, 제이 혼자서 왕가미를 상대하지만, 에너지 큐브를 다 모은 왕가미는 현실 세계로 나가버리는데…

제이는 블루 드래곤을 소환해서 왕가미를 쫓아가고, 닌자고로 들어온 왕가미와 게임 속 악당들은 닌자고 시민들을 위협한다. 밀턴 다이어는 성난 왕가미를 만나 자신의 잘못을 인정하는데…

닌자들은 머나먼 스타로 왕국, 배니아 공주의 생일 파티에 초대받는다. 그러나 닌자들과 함께 길을 나선 마스터 우는 너무 먼 길이 부담스러운데...

닌자들은 ‘스타로 왕국’에 도착하고, 모험을 좋아하는 바니아 공주를 만난다. 바니아 공주는 콜에게 유독 관심을 보이고, 콜은 그날밤 침실에 몰래 들어온 정체모를 보라색 생명체와 난다. 바니아 공주와 콜은 보라색 생명체를 찾아 지하 통로로 들어가는데…"

지상으로 올라온 바니아 공주의 얘기를 들은 반젤리스 왕은 공주가 몰래 지하로 내려간 사실에 불같이 화를 내고, 콜을 구하기 위해 경호대를 보내겠다고 한다. 닌자들 역시 몰래 지하로 내려가서 콜과 새로운 친구들을 구하려고 한다. 그러나 탈출 시도는 대실패로 끝나고 닌자들까지 포로로 잡히고 마는데…

닌자들은 게클 족과 먼스 족이 왜 앙숙이 된 검에 얽힌 이야기를 듣는다. 닌자들은 스컬 마법사가 검을 가져갔음을 확신하고, 게클 족과 먼스 족에게 검을 찾아줄 테니 잠시만 싸움을 멈추라고 설득하는데…

도망치던 중 다른 닌자들과 헤어진 제이, 로이드, 니야는 머트 무리와 먼스 족이 사는 곳으로 가게 된다. 먼스족의 우두머리, 머테사 여왕은 제이에게 한눈에 반하고, 니야에게 제이를 차지하기 위한 결투를 신청하는데…"

카이, 쟌은 길을 헤매던 중 게클의 구역으로 들어가게 되고, 자신들이 부활의 전사가 아닌 걸 증명하기 위해 미노의 재판을 받게 된다. 다행히 결백이 증명되고, 카이는 게클의 새로운 수상으로 뽑히는데…"

콜은 가까스로 지하 광산에서 빠져나오고, 마스터우와 바니아 공주에게 땅속에서 본 일을 말한다. 바니아 공주는 아버지인 반젤리스 왕에게 사실을 알리러 가지만, 놀랍게도 스컬 마법사는 바로 반젤리스 왕이었다."

콜, 바니아 공주, 마스터 우는 반젤리스 왕에 의해 끝이 없는 구덩이 아래로 떨어진다. 한참을 추락하던 셋은 지하 밑바닥 세상에 도착하고, 그곳에서 ‘로울리’라는 무리를 만나게 되는데...

반젤리스 왕한테 속아서 땅속 가장 깊은 곳, 록바텀에 떨어지게 된 땅아랫족 탐험가들은 바니아, 콜, 마스터우를 만나서, 자신들이 여기까지 오게 된 사연을 들려준다. 바니아는 아버지, 반젤리스가 악당이란 사실에 절망하는데...

콜, 바니아, 마스터 우는 땅아랫족 탐험가들과 하나가 되어 록바텀을 벗어날 길을 찾아서 힘든 여정을 시작한다.

니야가 이끄는 먼스들과 카이가 이끄는 게클들은 서로를 믿지 못 하며 평화 협정을 맺으려 하지 않는다. 그러나 니야와 카이는 각각 부족들을 설득해서 한 자리에 모이고, 닌자들은 재회한다. 그러나 기쁨도 잠시, 스컬 마법사가 되살린 그리프브링어가 이들을 뒤쫓는데...

콜, 바니아 공주, 마스터 우는 땅아랫족과 출구를 찾아 나서던 중, 산맥의 심장이라는 전설 속 흙의 마법사들의 사원을 발견한다. 그곳에서 오래 전, 콜의 어머니 릴리가 스핀짓주 마스터라는 고대 무술을 익혔다는 사실을 알게 되고, 펑거스의 마법을 통해 다른 닌자들이 그리프브링어한테 쫓기고 있는 걸 보게 된다. 그러나 아무것도 하지 못해 낙심한 콜을 위해 마스터 우가 나서는데...

닌자들은 게클, 먼스들과 마법사의 군대와 드래곤한테 쫓기는 신세가 된다. 동굴에 갇혀 더 이상 피할 곳이 없게 된 닌자들은 마법사에게 순순히 따라갈 테니, 게클과 먼스들을 풀어달라고 제안한다. 그러나 마법사는 곧 말을 바꿔, 게클들과 먼스들을 다시 광산으로 데려가는데...

콜, 바니아, 마스터 우는 사원에서 발견한 돌 로봇을 이용해 땅 위로 올라갈 계획을 세운다. 이들은 광산 트랙을 타고 용암 괴물을 피해 드디어 왕궁에 도착하게 되지만, 헤일마르의 부하들에게 잡힐 위기에 처하는데....

닌자들은 스컬 마법사의 감옥에 갇히고, 먼스와 게클들은 다시 포로가 되어 벤지스톤 광산에서 일하게 된다. 콜과 땅아랫족은 게클과 먼스를 풀어주고, 스컬 마법사와 맞붙는데...

콜은 스컬 마법사와 맞서 싸우다가 엄마의 검을 깨뜨리고 만다. 절망한 콜은 엄마가 했던 말을 떠올리며 각성하고, 스핀짓주 버스트를 마스터한다.