Après avoir terrassé le Roi immonde, Rin passe des jours paisibles avec ses camarades. Mais un lycéen lambda semble voir les démons. Comment peut-il l'aider à se débarrasser de cette vision qui le traumatise ?

Yukio est convoqué par la légion angélique pour être interrogé et signer un pacte. En parallèle, Rin et ses amis poursuivent les exorcismes, avec notamment Kamiki et Shiemi qui n'ont pas été en binôme depuis longtemps.

Le festival de l'Académie de la Croix-Vraie approche, et tous les élèves s'empressent d'inviter leur cavalière. Difficile pour Rin qui ne sait pas qui ignore si Shiemi acceptera d'accompagner lui ou son frère.

Durant le festival de l'Académie, Lightning et Arthur A. Angel obtiennent l'information que la société Illuminati va chercher à capturer Izumo. L'ensemble des exorcistes présents au festival s'empressent de la trouver, mais voilà que l'espion japonais risque de compliquer le sauvetage.

Izumo Kamiki enlevée par Shima, l'Ordre décide d'envoyer Yukio et ses élèves à la poursuite des membres d'Illuminati. La jeune fille, de son côté, découvre la raison de son enlèvement et est encore abasourdie par le revirement de Shima.

Arrivés au sanctuaire Inari, Nemu invoque des familiers en capacité de livrer le récit liant Izumo au lieu où tous les jeunes exorcistes se trouvent.

En entrant au sein d'un bâtiment qui donnerait accès au QG d'Illuminati, Rin, Yukio et leurs amis se retrouvent confrontés à des sortes de zombies très coriaces. Quelle sera la détermination de ces exorcistes en herbe pour les mettre hors d'état de nuire, sachant qu'il s'agit a priori d'humains encore en vie ?

Le groupe de Rin et Yukio arrive tant bien que mal à se débarrasser des humains ayant ingéré l'élixir d'immortalité, jusqu'au moment où ils se font interpeller directement par le professeur Gedôin, à l'origine de l'expérience qu'Illuminati souhaite mener sur Izumo. Cette dernière va-t-elle se soumettre au transfert de Kyûbi ?

Suite aux manigances de Gedôin, Izumo a été envoûtée par Kyûbi et a bien du mal à lui résister. Comment ses camarades exorcistes vont-ils la sortir de cette situation tragique ?

La bataille contre Gedôin d'Illuminati achevée, Rin, Yukio et leurs amis reviennent à l'Académie un peu déçus de ne pas avoir ramené leur ami Shima. Notamment, Ryûji est très affecté par sa traîtrise, des explications en plus haut lieu s'imposent.

Shima, double agent de l'Ordre et d'Illuminati, poursuit sa réintégration au sein de son groupe d'apprentis exorcistes. Yukio, tiraillé par ses propres doutes, ne sait plus s'il doit se fier à cet élève revenu de chez l'ennemi.