作为魔神的私生子出生，以驱魔师为目标的少年奥村磷，接受了因能看到恶魔而痛苦的同班同学·醐醍院诚的咨询。试着向和磷一样在驱魔塾上学的候补生胜吕龙士询问让恶魔看不见的方法，也找不到解决方法。在这种情况下，正十字学园的理事长、正十字骑士团的日本支部长梅菲斯特·费雷斯被邀请去吃晚饭……

燐的双胞胎弟弟，同时也是中一级驱魔师的奥村雪男被召集参加正十字骑士团的上级会议。会议中，他被问起让「不净王」复活的主谋藤堂三郎太的相关情报。雪男对会议庄严的氛围抱持疑念，并回想起死去的养父・藤本狮郎过去讲过的话。另一方面，候补生们被指派进行驱除「厕所里的茧子同学」的任务，但神木出云却因为某件事而对杜山诗绘美有所芥蒂。

学园祭准备期间的正十字学园变得热闹非凡。志摩廉造和燐为了寻找能一起参加音乐晚会的舞伴而四处奔走，然而却都被拒绝了。不死心的燐决定去邀请出云，但也被她以一年一次的驱魔师认定考试即将到来为由拒绝了。正当志摩和燐意志消沉时，学园插班考试合格、成为了他们的同学的诗绘美出现在他们的面前……

由于光之王路西法的宣战，正十字骑士团的各个分支陷入混乱。与此同时，雪男、凛和其他学员出发前往出云的家乡岛根县，以夺回出云和志摩。出云被绑架并被囚禁在光明会的远东研究所中。当出云醒来时，志摩穿着光明会制服出现在他面前。此外，一个与出云有着深厚渊源的人物的浮出水面。

被宝召唤出来的出云的使魔馔津狐神道出了稻生这片土地与神木家之间的过去……神木家的当主．玉云继承了自古脉脉相传的巫女血统，并肩负镇压九尾狐的重责大任。而她的女儿正是出云和月云。和虽具备身为巫女的强大神通力，但私生活却十分不可靠且自由奔放的母亲，以及和年幼的妹妹一起生活的出云的日常，因为某天出现在这片土地的「稻生光明财团」的活动而渐渐失序。

在稻生观光都市化计划的台面下，啓明结社正缓缓侵蚀着这片土地。燐等人从馔口中得知出云的过去后，便动身前往推测是啓明结社地下研究所入口的稻生和平乡。另一方面在研究所，出云被带往外道院米迦勒所在的房间准备进行精密检查。她在那里制造骚动，并召唤保和馔试图逃走。然而他们却在以地面为目标狂奔的过程中被志摩阻挡了去路。

仰慕路西斐尔的外道院为了拿出圣灵药的研究成果而展开了下一步行动。在外道院的策略下，燐一行人全被一个一个拆散。一行人在地下设施的货柜中与巨大的异形尸人展开对峙。但燐因为得知尸人是被恶魔寄生的人类而对挥刀感到犹豫。而雪男、胜吕、诗绘美及子猫丸也即将独自面对战斗……

燐等人成功破坏货柜并再次集合。然而，外道院却派出肥大化的膨胀尸人对众人展开袭击。外道院表示极东研究所是进行圣灵药实验的圣域，从他口中道出的稻生和平乡的真相使众人感到愤怒。这时准备接受九尾移植手术的出云出现了。燐为了拯救出云手持降魔剑飞奔向前。他打飞了企图阻止他的志摩，并朝向出云伸出手……

出云在九尾强制附身、并展现出压倒性力量的状况下，竭尽全力地将求救传达给了燐，他驱除膨胀尸人，并来到外道院面前。外道院因为这出乎意料的状况感到混乱及焦虑，他为了争取时间，将脑筋动到了大量的尸人身上。赶至现场的雪男等人也加入战局。而此刻的出云眼看即将被不愿服从也不愿与任何人亲近的九尾的疯狂所吞噬。

因为玉云的拯救，使出云等人成功摆脱了启明结社的威胁。在正十字骑士团镇压稻生后，一连串骚动终于落幕。然而，志摩却以启明结社一員的身分离去了。面对从京都外派所前来支援的志摩的哥哥柔造及金造，胜吕正打算针对志摩其实是启明结社间谍的事向两人说明，但他反而从柔造口中得知了某个惊人的真相。

原以为已和众人分道扬镳却又再次回来的志摩，雷霆对他展开的审问，以及意图对抗路西斐尔的梅菲斯特內心的盘算。各方事态皆开始发生变化。雪男虽然没有将他在启明结社的地下设施中遇见路西斐尔的事告诉任何人，但志摩却直接向他点明了两人曾见到面的事实。志摩向雪男提出忠告，建议他「应该找人商量」，却反而使雪男的內心变得越来越不安。某天，在梅菲斯特的安排下，燐等人前往温泉渡假会馆以消解前些日子出任务时的辛劳。