마신의 사생아로 태어나 퇴마사를 목표로 하는 소년 오쿠무라 린은, 악마가 보이게 되어 괴로워하고 있는 동급생 고다이인 세이의 상담을 들어주게 되었다. 린처럼 퇴마 학원에 다니는 후보생 스구로 류지 일행에게 악마가 보이지 않게 되는 방법을 물어봤지만 해결법은 찾을 수 없었다. 그런 가운데, 정십자 학원의 이사장이자 정십자 기사단의 일본 지부장인 메피스토 펠레스의 만찬에 초대받게 되었는데.

린의 쌍둥이 동생이자 중1급 엑소시스트인 오쿠무라 유키오는, 정십자 기사단의 상급 회의에 소집되어 '부정왕' 부활의 주모자인 토도 사부로타에 대한 사정 청취를 당하고 있었다. 그 삼엄한 분위기에 의심을 품고 있던 유키오는, 돌아가신 양아버지인 후지모토 시로가 한 말을 떠올렸다. 한편 후보생들은 '화장실의 마유코 씨' 퇴치 임무에 임하게 되었으나, 카미키 이즈모는 모리야마 시에미에 대해 복잡한 감정을 품고 있었는데.

정십자 기사단 바티칸 및 일본 지부에 일루미너티의 스파이가 있는 것이 확실시 되는 상황. 이에 아서는 슈라에게 일본 지부에 있는 스파이를 색출해 낼 것을 지시했고, 슈라는 은밀하게 행동에 나섰다. 한편 린 일행이 있는 정십자 학원은 얼마 안 있어 학원제가 열릴 예정이라 다들 들뜬 분위기였다. 그런데 학원제 행사 중 하나인 댄스파티에는 남녀 커플만 입장할 수 있어서, 린을 비롯해 파트너를 구하지 못한 학생들은 전전긍긍했는데.

아서 A 엔젤과 라이트닝은 기사단 내부에 숨어 있는 스파이를 붙잡아, 계명결사 일루미너티가 어떤 계획에 필요한 인물을 납치하고자 한다는 사실을 알게 되었다. 하지만 그 실행 시간은 코앞으로 다가와 있었는데, 그 소식을 전해 들은 키리가쿠레 슈라는 학생들을 소집했다. 그 무렵 이즈모는 타카라 네무와 대치하고 있었고, 낡은 마스코트를 들고 있는 타카라에게 이즈모는 분노를 드러냈는데.

빛의 왕 루시펠의 선전 포고로 인해 정십자 기사단의 각 지부는 혼란에 빠졌다. 그런 가운데 유키오와 린을 비롯한 엑스와이어들은 이즈모와 시마를 되찾기 위해, 이즈모의 고향이기도 한 시마네현으로 출발했다. 납치당한 이즈모는 일루미너티 극동 연구소에 감금되어 있었는데, 눈을 뜬 그녀 앞에 일루미너티 제복을 입은 시마가 모습을 드러냈다. 그리고 그 자리엔 이즈모와 인연이 깊은 인물 또한 있었는데.

우카노미타마 신의 사자의 후손이라 할 수 있는 이나미 가문 분가인 카미키 가문에서 태어난 카미키 이즈모. 그녀의 집안은 대대로 궁사가 되어서 구미호의 저주를 잠재우는 역할을 맡았었는데, 그런 그들에게 일루미너티의 연구원들이 찾아왔다. 처음에는 순순히 돌아갔지만, 카미키의 어머니인 타마모가 폭주하면서 그들은 본색을 드러냈는데.

이나리 관광 도시화 계획의 이면에선 일루미너티가 서서히 이 땅을 좀먹고 있었다. 미케로부터 이즈모의 과거에 대해 들은 린 일행은, 일루미너티의 지하 연구소 입구로 추정되는 이나리 평화 타운으로 향했다. 한편 연구소에서는 이즈모가 정밀 검사를 위해 게도인 미하엘이 기다리는 방으로 연행되고 있었다. 직접 혼란을 일으킨 사이에 우케, 미케를 소환해서 이즈모는 탈출을 시도했지만, 지상을 향해 달려 나가는 길을 시마가 막아섰는데.

루시펠을 섬기는 게도인은 엘릭서 연구의 성과를 올리기 위해 한층 더 적극적으로 행동에 나섰고, 게도인의 계략에 의해 린 일행은 뿔뿔이 흩어지고 말았다. 각자 지하 시설에 있는 컨테이너에서 거대한 이형 좀비와 대치하게 되었지만, 좀비들의 정체가 악마가 기생한 인간이라는 것을 알게 된 린은 검을 휘두르는 데 주저했다. 한편 유키오, 류지, 시에미, 코네코마루 또한 자기만의 힘으로 싸움에 임하게 되었는데.

린 일행은 컨테이너에서 탈출해 합류하는 데 겨우 성공했지만, 게도인의 실험체들은 여전히 그들을 위협했다. 그런 와중에 시술을 위해 이동하는 이즈모가 린의 눈에 띄었고, 시마의 방해를 받긴 했지만 어떻게든 그녀의 앞에 도달한 린은 그녀에게 함께 가자고 손을 내밀었다. 하지만 이즈모는 마음속 감정을 숨긴 채 이것은 자기 혼자만의 문제이며 도움 따윈 필요 없다고 린에게서 돌아섰는데.

구미호를 강제적으로 빙의시키면서 그 압도적인 힘 앞에 고통받아 도움을 요청하는 이즈모의 목소리에 응해, 팽창 좀비들을 퇴마하고 게도인 앞에 선 린. 계산 밖의 사태에 혼란스러워하며 점점 조급해졌던 게도인은 시간을 벌기 위해 대량의 좀비를 풀어놓았다. 유키오 일행 또한 달려와 응전하는 가운데, 이즈모는 복종시킬 수도 다가갈 수도 없는 구미호라는 광기에 삼켜져 갔는데.

타마모에 의해 구원받고, 일루미너티의 위협을 물리치는 데 성공한 이즈모와 그녀의 친구들. 이나리는 정십자 기사단에 의해 제압되고, 일련의 소동도 마무리되었다. 하지만 시마는 일루미너티의 일원으로서 자리를 떠나고 말았다. 교토 출장소에서 원군으로 급히 달려 온 시마의 형인 쥬조에게, 스구로는 시마가 일루미너티의 스파이였던 것에 대해 설명하라고 요구했다. 하지만 쥬조로부터 반대로 놀라운 사실을 듣게 되었는데.