수도원에서 살고 있는 15세 소년, 오쿠무라 린은, 쌍둥이 동생인 유키오는 명문인 성십자고교에 진학이 결정 되었음에도 자신은 진로가 정해지지 않은 사실에 초조함을 더해가고 있었다. 다음 날, 아르바이트 면접을 보던 린은 점내에서 날뛰는 악마를 발견..! 결국엔 그것이 소동으로 이어지면서 면접은 실패하게 된다. 그로 인해 침울해 하고 있던 린 앞에 지난 밤 싸웠던 시라토리가 보복을 위해 찾아오게 된다. 악마와 같은 형상으로 변하여 공격해 오는 시라토리 앞에 린은 위기에 처하지만, 그 순간 린의 몸에서 푸른 불꽃이 터져 나오기 시작 하는데..!!

결국 사탄의 아들로서 각성해버린 린, 그리고 이를 필사적으로 지키려는 양부 후지모토 신부. 하지만 사탄의 마수는 점점 수도원을 조여오고, 린을 지키던 엑소시스트들도 한명한명 쓰러져간다.결국 후지모토 신부마저 사탄에 빙의되어 버리고, 린은 절규를 내지르는데...

엑소시스트가 되겠다고 결심한 린은 정십자 학원에 입학하게 된다. 뜬금없이 자기와 같은 학교에 입학하게 된 린을 향해서 유키오는 잘 됐다는 말 말고는 딱히 아무 말도 하지 않는데... 입학식 후, 엑소시스트 강의가 이뤄지는 비밀 강의동에 간 린은 첫 수업에 등장한 강사를 보고 소스라치게 놀란다.

한가한 휴일, 잔소리 심한 유키오를 억지로 따라나선 린은 어떤 정원을 보게 된다. 그리고 그 정원을 혼신을 다해 가꾸는 소녀 시에미를 만나는데... 시에미는 돌아가신 할머니에 대한 죄책감 때문에 악마의 침범을 용인하고 말았다.

엑소시스트 수업에서 졸기만 하는 린. 그러한 린의 불성실한 태도는 우등생인 스구로를 자극하고 있었다. 사탄에 의해서 무너져버린, 교토에 있는 친가의 절을 재건하고 사탄에게 복수하려는 스구로에게 있어 린의 불성실한 태도는 참을 수 없었던 것. 그리고 그러한 스구로의 시선와 태도에 린 또한 가만히 있을 리가 없을 터... 바보 VS 바보, 비슷한(?) 녀석들끼리의 싸움이 여기서 시작된다...!?

린과 유키오 단둘이 사는 구 남자기숙사. 하지만 매일 식사시간때마다 준비되는 2인분의 식사. 사람 없는 주방에서 매일같이 나오는 음식의 수수께끼가 밝혀진다. 그 정체는...

엑소시스트 후보생, 엑스와이어 시험에 대비한 합숙. 시에미는 거기에서 친구를 사귀기 위해 같은 여자 급우인 카미키와 박에게 계속 말을 건다. 하지만 카미키는 영 시에미가 마음에 안드는 모양인데...

계속되는 특별 합숙. 하지만 이즈모는 급우들과 계속 마찰을 빚는다. 스구로와 이즈모 사이에 끼여 서로 으르렁대는 꼴을 보던 린 또한 짜증나서 폭발하고 만다. 그런데 유키오가 자리를 비운 사이 또 구울이 습격해오고...

불시에 치러진 엑스와이어 승급 시험. 하지만 유키오는 네이가우스의 과격한 행동에 의문을 품는다. 시에미의 진로 상담차 퇴마용품점을 찾은 유키오는 불길한 예감에 급히 기숙사로 돌아오는데... 아니나다를까 린을 노리는 검은 그림자가 어두컴컴한 방 안에 나타났다.

날씨 화창한 어느 일요일, 린과 유키오는 사이좋게 숙제를 하고 있었다. 그런데 그 때, 후문의 문지기 사역마가 폭주했다는 급보가 들어오는데... 그 사역마는 린과 유키오의 양부, 죽은 후지모토 신부의 캣트 시였다.

작은 임무차 바닷가에 가게 된 린과 시마, 그리고 이즈모. 장사는 린과 시마에게 떠맡기고 해수욕을 하던 이즈모는 다리에 쥐가 나 어떤 소년에게 신세를 지는데... 그 직후 바다가 먹물처럼 검게 변해 버린다. 이것도 악마의 소행인가?

놀이공원 메피랜드에서 고스트 목격으로 인해 소동이 일어난다. 이에 린 일행은 고스트 수색 임무를 맡고 텅 빈 놀이공원을 수색하게 되는데... 한 조가 된 린과 시에미는 데이트 같은 분위기에 서로 쭈뼛대며 어색해한다

돌연 모습을 드러낸 상급 감찰관 슈라. 슈라는 린의 존재를 은폐해온 후지모토 신부와 메피스토의 혐의를 추궁하고, 린과 단둘이 맞서게 된다. 린은 압도적인 힘으로 공격해오는 슈라 앞에서 아직은 죽을 수 없다며 절규하고...

기다리고 기다리던 여름방학, 하지만 린을 비롯한 엑스와이어들은 산악 합숙에 참가하게 된다. 깊은 산속에 설치된 베이스 캠프. 밤이 되자 유키오는 미션 내용을 설명한다. 미션 내용은 걸핏 듣기에는 선착순 쟁탈전이었지만, 정작 맞닥뜨린 과제는 협력이 필수였다.

우여곡절 끝에 과제를 무사히 수행하고 베이스캠프로 돌아온 린 일행. 베이스 캠프에는 이미 과제를 수행한 카미키와 타카라, 그리고 슈라가 기다리고 있었다. 전원 미션 성공. 그런데 유키오는 포기를 뜻하는 폭죽 불꽃을 보고 학생을 구조하러 갔다...?

쿠리카라에 금이 가서 더이상 불꽃을 억누르지 못하게 된 린은 압도적인 힘으로 아마이몬을 몰아붙인다. 린의 정체를 알게 된 기사단에서는 현 팔라딘 아서를 보내서 린과 메피스토를 기사단 본부로 소환한다. 한편 유키오와 시에미는 쿠리카라를 만든 장인의 후예를 찾아 쿠리카라를 고치려 하고...

린은 코네코마루에게 붙은 악마를 물리치려 하지만, 유키오와 스구로는 그 악마가 보이지 않는 모양이었다. 이에 오해를 받고 토라진 린과 다시 병실에 실려간 코네코마루. 하지만 코네코마루는 악마에게 완전히 지배되어 다시 린에게 덤비게 된다.

우연한 계기로 이즈모의 생일을 알게 된 시에미는 생일 파티를 제안한다. 그 제안에 의기투합한 학원 멤버들은 서프라이즈 파티를 계획하는데.. 시마가 박과 함께 선물을 고르는 장면을 이즈모에게 들키고 만다.

린과 유키오가 살았던 수도원이 습격당했다. 수도원 식구들은 고치가 되어 점점 질식해간다. 린은 흥분하여 적을 찾으려 뛰어다니고, 그 앞에 가면을 쓴 정체불명의 인물이 나타나는데... 도망치는 적을 쫓아 다다른 시계탑에서 기다리던 사람은 네이가우스였다.

린은 시에미의 전화를 받고 퇴마 상점으로 가는데, 상황을 모르는 시에미는 미셸을 치료하고 있었다. 한편 유키오는 외할아버지인 에른스트 경에게서 어머니의 죽음에 얽힌 놀라운 진실을 듣는다. 에른스트 경은 유키오에게 인류를 지키기 위해 함께 싸우자고 하는데...

새 교황 에른스트는 지상에서 악마들을 학살할 것을 명한다. 하지만 스구로는 악마의 피를 흡수하는 흡혈무기에 의문을 품고... 악마의 피를 충분히 모았다고 생각한 에른스트는 린을 제물삼아 게헤나 게이트를 열려 한다.

린과 유키오의 피로 열린 게헤나게이트. 그리고 그곳으로 낙하하는 메사이어. 하지만 인간의 힘으로 게헤나를 파괴하는 것은 애당초 불가능한 일이었다. 다시금 앗샤로 넘어온 사탄은 유키오에게 생모 유리의 죽음에 가려진 진실을 알려주는데...

완전히 유키오를 지배한 사탄은 앗샤와 게헤나의 융합을 꾀한다. 린과 슈라는 게헤나 게이트를 파괴하기 위해 다시금 학원 최상층으로 향하는데... 사탄의 빈틈을 만드려던 슈라가 쓰러지자 시에미가 달려나온다.

아무리 두들겨도 꼼짝하지 않는 게헤나 게이트. 게이트에서 비롯된 차원의 균열은 점점 앗샤를 잠식해가는데... 린과 유키오는 쿠로를 타고 게헤나 게이트를 파괴하기 위해 결사의 공격을 감행한다.