Satellizer, Kazuya y Rana están en camino a una base de Chevalier en Alaska cuando se les llama para pedir ayuda para defender un yacimiento de petróleo a partir de un tipo S Nova. Como los tres de ellos luchar contra los Nova, su batalla es visto por una científica. Junto con gasa, Elizabeth y sus limitadores, destruyen la Nova, que descubren es un robot simulado Nova, dándose cuenta de todo el asunto se creó para poner a prueba sus habilidades.

Mientras Rana monta en cólera al enterarse de que Satellizer y Kazuya compartirán dormitorio, ya que son pareja de combate, a pesar de no haber realizado el Bautismo, las chicas del Programa Evolution Pandora (o E-Pandora) y las Pandora de Genetics tienen su primer tête-à-tête, con una abrumadora victoria por parte de las Pandora, lo que provoca el resentimiento de las E-Pandora, al verse humilladas.

El programa E->Pandora da un paso más y pone en marcha el Mark IV, un prototipo de nanobots que, supuestamente, mejorarían la compatibilidad de las E-Pandora y aumentaría sus capacidades hasta el punto de ser indistinguibles de las Pandora de Genetics... Pero algo sale muy mal y un nuevo tipo de Nova se desvela...

Tras la muerte de Jina, a manos de Charles Bonaparte, la realidad acerca del Mark IV es descubierta y las maniobras de Chevallier para hacer salir adelante el proyecto revelan en toda su depravada extensión, por lo que Elizabeth y Satellaizer deciden investigar a Chevallier, llegando a decidir involucrar a sus respectivas familias, los poderosísimos grupos empresariales Malby y L.Brigitte

Mientras Satellizer queda postrada en una silla de ruedas por el ataque de Elizabeth, a fin de impedirla tomar acciones y comprometer su vida, la propia Elizabeth envía un informe a su familia, donde expone los delitos cometidos por Chevallier... Pero Spencer lo intercepta y actúa contra la desprevenida Pandora ¿logrará sobrevivir al encuentro con varias Pandoras completamente desarrolladas?

Mientras una campaña orquestada por Spencer, es desatada contra la familia Malby, a fin de impedirles hacer cualquier movimiento contra Chevallier, Satellizer se enfrenta a su pasado de maltrato físico y emocional por parte de su hermanastro Louis y cuyo trauma le llevó a convertirse en la gélida y distante "reina intocable" y que parece seguir obsesionado con ella y se niega a hacer llegar a su padre la petición de Satellizer acerca de Chevallier si ella no se somete a su dominio...

La batalla comienza... ¿podrá Satellizer hacer frente a su pasado, superar el trauma y salir victoriosa de su batalla, con Kazuya como su Limiter, contra Holly Rose, una Pandora de East Genetics y que cuenta con el propio Louis como Limiter?...

La rebelión de las E-Pandora separa las lealtades y enfrenta a los compañeros de Pandora en la batalla. Mientras tanto, Amelia continúa transformándose en una Nova, lo que no genera simpatías entre las Pandora, que la ven como a un enemigo a matar, en lugar de una compañera a la que ayudar.

La lucha interna entre las Pandora de Genetics se abre paso, mientras la rebelión de las E-Pandora continúa. Las habilidades y los talentos ocultos se revelan uno tras otro ... así como secretos insospechados

Tras lograr llegar hasta la doctora Oohara y descubrir las docenas de Clones María que estaban siendo fabricadas en secreto, Amelia pierde el control y se transforma en Nova, asimilando a los clones y desatando un poder fuera de toda escala. Mientras, Satellizer lucha por recuperar su dominio tras luchar y no lograr ni tan siquiera frenar a Chiffon, que a su vez, desata su Forma Completa de Pandora, revelándose como una de la Cinco Pandoras Originales y enfrentándose a Amelia... Mientras, las acciones de Satellizer y la familia L.Brigitte toman forma y un grupo de asalto pone en estado de sitio el centro de mando de Chevallier.

Gasa lucha Nova de Amelia en un intento de proteger el generador de fotones y sus compañeros de compañeros Satellizer, Rana, Kazuya y su limitador Eugene. Aterriza algunos golpes en Amelia, pero las reparaciones rápidamente la armadura de la Nova y proteger su núcleo. otras transformaciones de la gasa de la misma para aumentar su fuerza. Nova de Amelia ofrece un potente haz de energía, pero gasa procura anular su ataque.