自碎星系統喪失過去的強勢性能已經千年。人們仰賴其恩惠過着終極的個人主義生活。主角克萊因是個生活在這種世界的14歲少年。他的興趣是收集並解析古董機械，沒有通稱為“分身”的第二個自己，是個有點怪但很普通的男孩子。某天，克萊因救了一名被神秘飛行船追趕的少女。穿着修女服的少女自稱叫做芙露奈。第一次接觸到的活人、女孩子──，與她的相遇讓克萊因的生活為之改變。

咚──！從芙露奈留下的胸針裏跑出的年幼女孩子是分身‧奈莎。這個與普通的分身不同，可以碰觸得到的分身讓克萊因很混亂。另一方面，天真爛漫、純真無邪的奈莎走到哪裏都惹出麻煩……第一次被別人耍得團團轉而傷透腦筋，氣憤的克萊因把奈莎當成“遺失物”交給安全人員。宣稱克萊因是自己歸屬之處的奈莎到底會怎麼樣呢……！？

追着芙露奈而來的恩麗，把奈莎與克萊因一起抓起來了！他們被帶到過着不仰賴碎星系統生活的失落千禧年團體所居住的葛拉尼茲村。這個充滿舊時代產物的村子讓喜愛古物的克萊因深感興趣、無法抑制好奇心。以前完全一無所知的世界正在克萊因眼前展開。而這裏領導人桑達似乎認為克萊因知道芙露奈的行蹤。同時，桑達等人正企圖襲擊與碎星系統有深厚關係的“星之祭”……

芙露奈突然出現在星之祭的會場。桑達放棄襲擊行動，從修道院把“世界之鑰”‧芙露奈綁走了。因此遭到修道院通緝的葛拉尼茲家族，決定帶着芙露奈離開村子。克萊因很高興與芙露奈重逢，並且要把原本就應該屬於芙露奈的奈莎物歸原主，但是芙露奈卻拒絕接受。她認為自己被討厭了……奈莎對克萊因的態度很生氣。因為很在意芙露奈的克萊因，把芙露奈放在比奈莎更優先的地位……

克萊因與芙露奈決定與葛拉尼茲家族同行，一起登上飛船。芙露奈的身份是人質，而跟班似的克萊因則不知該如何定位。因為不能搭霸王船，克萊因開始幫忙艦上事務，但是生平頭一遭肉體勞動讓他完全不知如何是好。既不被允許碰觸自己有興趣的古董機械，只有氣息卻不現身的奈莎與態度不清不楚的芙露奈也讓克萊因心裏很不舒服。這時候船艦上發生異常現象！？

雖然有點尷尬，芙露奈還是與奈莎相互理解了。克萊因也總算受到外公認可，獲准碰觸船艦設備。這時候他們為了維修船艦前去的場所，是由於氣球體墜落而失去碎星守護的難民們徘徊的土地。親眼目睹碎星系統現狀的克萊因，認識了一個拿着古董相機的可疑男子。這名男子對想要交朋友的克萊因説，有“很特別的東西”要給他看──

克萊因與芙露奈在找水的途中走散了。克萊因受到名為梅根的分身幫助，到了完全都市“仙納度”。仙納度是個碎星系統仍保持完好機能、正常運作的城市。克萊因在那裏發現受到不明人物妨害而高燒不退的奈紗。恩麗等人遇到一個叫蓋爾的人，請他幫忙找克萊因他們，但是……

巴羅抓到了克萊因與芙露奈。受了重傷的克萊因被當成人質，芙露奈陷入只能忍耐巴羅惡劣對待的狀況。另一方面，克萊因遇到一個與奈紗容貌相同的女孩子。向她詢問芙露奈的下落時，她卻説自己也叫做奈紗，根本是答非所問。這時候，克萊因知道了扣留他的設施的全貌。

驚險逃出地下設施的克萊因與芙露奈與葛拉尼茲家族會合。芙露奈與奈紗的秘密……還有“鑰匙”的秘密被克萊因知道了。因為芙露奈與奈紗對自己來説都很重要，所以克萊因決心保護她們兩人。這時候失落千禧年派的村子接二連三遭到修道院攻擊，葛拉尼茲家族的村子也遇襲。失落千禧年派決定藉此機會對修道院發動總攻擊。桑達要克萊因保護芙露奈與奈紗，但是……

失落千禧派與修道院的全面戰爭終於開始。失落千禧艦隊發動突襲，修道院動員應戰。就在這時候，搭乘飛行船的克萊因與奈紗來了，要與葛拉尼茲家族會合……！？