『ワンピース』のルフィたちは、見知らぬ島へと上陸した。食料を探す途中、ある男がチョッパーを捕まえた。男の名は美食屋・トリコ！ チョッパーを食べるというトリコに戦いを挑むルフィ。そこにマルヤキブタが乱入してくる！

世界のまだ見ぬ美味しい食材を探求する「グルメ時代」。五つ星ホテルのコック長を務める小松は、グルメ時代のカリスマと呼ばれる美食屋・トリコを訪ねる。凶暴で発見も困難なガララワニの捕獲を依頼するためだ。

グルメ中央卸売市場へやって来たトリコ。グルメTVのキャスター・ティナは勇んで声をかけるが、それを小松と一緒に来た男に止められてしまう。彼はIGO開発局のヨハネス。トリコにある依頼をするためにやって来たのだ。

フグ鯨を求め、生還率0.1％の洞窟に挑んだトリコたち。その前に立ちふさがったのは伝説の魔獣デビル大蛇だった。襲い来るデビル大蛇の腕をナイフで叩き斬るトリコ。しかし、斬り落とされた腕は瞬時に再生してしまう。

悪い美食屋に連れ去られた小松は、洞窟の奥でデーモンデビル大蛇に出会ってしまう。ひとり残された小松は、トリコから渡された、特製の大音響クラッカーの存在を思い出す。だが、慌てていたため、指示された耳栓をつける前に作動させてしまう！

IGOの依頼で、第1ビオトープにやって来たトリコと小松は、グルメ研究所の所長であり、IGOのNO.3であるマンサムから、美食會がGTロボを使い、各地でグルメ食材を奪っていると聞く。そこへ突如、歓声が聞こえてきた。それは隣にあるグルメコロシアムの観客のものだった。

バトルウルフの親子を見て満足そうに微笑むトリコ。そこへ興奮して暴走状態のデーモンデビル大蛇が現れた。バトルウルフ親子を守るため戦うトリコ。一方、マンサムは逃げ遅れた観客に声をかけるが、いきなり攻撃を仕掛けられる。

GTロボにより致命傷を負った母親バトルウルフ。無益な殺生が誰よりも嫌いなトリコは、怒りもあらわに目にも留まらぬスピードでGTロボに攻撃を仕掛ける。そして、決着をつけるべく、わざとGTロボを挑発し、レーザー砲の発射態勢を取らせ…。

古代の食宝と言われるリーガルマンモスを捕獲して四天王のサニーが戻って来るという。トリコたちはグルメ研究所の外でサニーの帰りを待つ。現れたサニーは、山のように巨大なリーガルマンモスを片手だけで軽々と持ち上げて帰って来た！

ロックドラムを捕獲し、その甲殻を手に入れたサニーが、帰ると言い出した。だが、そこへもう一匹のロックドラムが襲いかかって来る。ロックドラムの一撃でトリコとリンはホワイトフォレストへ、小松とサニーはマッシュルームウッドへ飛ばされてしまう。

デビルアスレチックを進むトリコたちの前に怪鳥ルバンダが現れた。思わぬ強敵の登場に、トリコは自分の選択したルートが間違いだったと気付く。独特の動きと幻覚作用のある息で分身しているように見せるルバンダに、トリコは苦戦を強いられる。

ようやく合流したトリコとサニーたち。しかし怒りのヘビークリフが集団で襲ってきた。そこへマンサムの依頼を受けたココが助けに来るも、今度は巨大GTロボが現れる。ココはトリコたちに、この場は自分にまかせジュエルミートを捕獲するように言う。

ジュエルミートを求めてリーガルマンモスの体内へと入ったトリコたちだったが、先に侵入していたGTロボと遭遇してしまう。サニーはトリコたちを先に進ませ、GTロボとの戦いに挑む。一方、テリーとココも、それぞれの場所でGTロボと戦っていた。

サニーの触覚から逃げ、その能力の消耗を狙うGTロボ操縦者のセドル。さらに、猛獣メガオクトパスにサニーを攻撃させる。この攻撃ですっかり体力を消耗したサニーはついに触覚を引っ込め、素手でGTロボに戦いを挑む。

スタージュンGTロボの痛恨の一撃で力尽きたトリコは、ティナのいた場所まで吹き飛ばされてしまう。ティナが呼びかけても一向に目を覚まさないトリコ。そこでティナは、光り輝く肉汁をトリコに与える。すると、ボロボロだったトリコが、その味に反応して目を覚まし…。

ジュエルミートを食べてパワーアップしたトリコが、スタージュンGTロボの前に現れた。勢いに勝るトリコは、圧覚超過を解除して戦うようにスタージュンを挑発する。スタージュンはトリコの実力を知るため、あえて圧覚超過を解除して戦いに挑む。

小松の前にIGOの事務局長ウーメンが現れる。美食會に襲われて、IGOに対してへそを曲げてしまったロト共和国のドヘム大統領の機嫌を料理で直してほしいというのだ。一方、トリコは、2週間も何も食べないテリーを心配し、その口に合う食材を求めて大自然の中にいた。

BBコーンを求めてウージャングルへと向かうトリコとテリー。次々に現れる食獣植物に苦戦するなか、テリーがゾンビウッドに囚われてしまう。ピンチのテリーに対して、トリコは一切手出しをせず、テリーに全て任せると宣言する！

ついに探していたBBコーンを見つけたトリコとテリー。釘パンチの威力で粒を弾けさせ、ようやくその巨大な粒を手に入れる。トリコとテリーはさっそくポップコーンにして食べるため、調理できる場所を求めてウール火山へと向かうのだった。

BBコーンを味わっていたトリコとテリーの前に謎の男が現れ、幻の食材GODが出現すると言われているグルメ日食が近いことをトリコに教える。GODを人生のフルコースに加えたいトリコは喜びに震えるが、それを聞いた謎の男は態度を一変させる。

謎の男が放ったブレスミサイルのすきを突き、巨大ストローを叩き斬ったトリコ。ついに本気を出すかに思えた謎の男だったが、美食會からの呼び出しに撤退を決める。去り際に謎の男は、自分が美食會の副料理長グリンパーチだと名乗った。

満腹都市グルメタウンにやって来たトリコと小松。目的はある人物に会うことだったが、時間に余裕があることからグルメデパートへと向かう。そこへ突如、強盗団が現れ、小松が人質として捕まってしまった！ しかし、ひとりの老婆が強盗を倒し、小松を助ける。

伝説の料理人・節乃の作ったセンチュリースープを味わうトリコと小松。トリコはその美味しさに体を震わせ、小松は意識が飛ぶほどの衝撃を受ける。しかし、同時に「何かが足りない…」ともらす小松。その言葉を聞いた節乃は、二人に厨房を見せると言い出す。

百年に一度しか現れないという自然界のセンチュリースープに挑むことになったトリコと小松。2人はスープの情報を求めて、酒場ヘビーロッジに向かう。そこでは、同じようにスープの情報を求めて多くの美食屋たちが集まっていた。

センチュリースープを求めて砕氷船でアイスヘルへとやってきたトリコたちを待ち受けていたのは、凍てつき、すでに息絶えた、氷の世界の番人・ツンドラドラゴンだった。異様な状況に、美食屋たちはこれからの冒険が厳しいものになることを痛感する。

アイスヘルを冒険するトリコたち。休憩中、ひとりで周囲の警戒を続けるトリコを気遣い、マッチが見張りを替わる。厳しい冒険のなか、チームワークが生まれていた。一方、美食會副料理長のトミーロッドは、自分たち以外は全滅させようと不敵な笑みを浮かべていた。

氷山の奥深くへと進んでいくトリコたち。だが、突然後ろの方から爆発が起こった。それは氷山を爆破して、一気に進んでしまおうと考えたトミーロッドの仕業だった。近付いてくる爆発を気にしながら、トリコたちはスープのある方向へと向かう。

襲ってくる寄生昆虫ジョンガルクワガタの群れをどうにか撃退したトリコたち。続いてトミーロッドたちがやって来た。トリコたちと美食會の全面対決。命がけの死闘となる。そのころIGOでは、マンサムがココにトリコの手助けをするよう依頼していた。

ついにトリコたちと美食會一味の戦いが始まった。滝丸の先制攻撃を浴び、グルメSPの体から抜け出し真の姿を現したボギーウッズ。人の体に潜り込んで、その肉体を自由に操る能力の持ち主だったのだ。次は滝丸の肉体をもらうとボギーウッズは不敵に笑う。

トミーロッドの繰り出す寄生昆虫たちに防戦一方のトリコ。マッチもバリーガモンのスピードとパワーに苦戦する。そして、滝丸はボギーウッズの攻撃に何度も倒れたが、そのたびに立ち上がり、最後の勝負に出るためにプリショットルーティーンの体勢に入る。

トリコとトミーロッドとの激しい戦いが続くなか、小松はついにセンチュリースープのある場所にたどり着く。だが、スープのあるべき場所は空っぽだった。スープがなくなったことを知って思わず叫ぼうとする小松だったが、その口を謎の青年が即座にふさぐ。

トリコとトミーロッドの激しい戦いは、いつ果てることなく続いていた。シバリングで体温を維持していたトリコだが、その限界時間まで2時間もない。対するトミーロッドも寄生昆虫を生み出すエネルギーに限度があったが、まだ千匹生み出せると余裕の表情で…。

寄生昆虫を生み出せなくなったトミーロッドだが、ついに自分自身で戦うべく戦闘態勢に入った。昆虫を生み出す際に邪魔で隠していた牙をむき出しにしてトリコに襲いかかるトミーロッド。この戦いは無傷では終われないと考えたトリコは、捨て身の攻撃に出る！

新必殺技でトミーロッドを追い詰めたトリコだったが、そこで力尽き倒れてしまう。この危機に現れたのは今まで素性を隠していた、再生屋の鉄平だった。トミーロッドは鉄平に戦いを挑むが、いとも簡単にノッキングされてしまう。だが、戦いはこれで終わりではなかった…。

センチュリースープを美食會から守れなかったことに涙する小松。しかし、トリコはよくあることだと笑ってなぐさめた。その姿を見た鉄平は、師匠に言われたことを思い出す。師匠は鉄平に、最後の一滴はスープのおもむくままにと伝えていたのだ。

トリコたちを一網打尽にしようと接近する美食會のギャルソン・アルファロ。その気配に気付いたトリコたちはゾンゲが見つけた隠し通路を通って、氷山からの脱出をこころみる。そのころ氷山の上では、トリコたちを追おうとするアルファロの前に節乃が現れていた。

傷を治療するため、癒しの国ライフへとやって来たトリコたち。鉄平の師匠を訪ねる途中、温泉にいたサニーと偶然出会う。サニーは美食神のデザート・アースの手がかりを知る男を探しに来たというが、その男こそ鉄平の師匠・与作だった。

トリコの左腕の再生治療が始まった。トリコの髪の毛のDNAから一輪の花を咲かせ、その花の種を慎重にトリコの左腕の傷口に埋める。一方、小松もセンチュリースープの再現にとりかかる。真剣に材料を吟味する小松。ティナは、その様子を独占取材する。

小松の探していたセンチュリースープ最後の食材とは、ウォールペンギンの唾液だった。オーロラが立ちのぼり、スープはついに完成する。そのころ、治療が難航していたトリコに異変が起こる。今まで苦しんでいたことが嘘だったように回復し、左腕も再生したのだ。

冒険で長い間家を留守にしていたトリコ。ようやく自分の家に戻ってみると、自慢のお菓子の家は動物や虫たちに食べられてしまったらしく、跡形もなく消え去ってしまっていた。トリコは新しい家を建てるべく、グルメ建築家のスマイルへ電話をかけた。

美食王決定戦が開催された。司会のティナに紹介され壇上に現れたイベントの主催者ボーノは、最近食欲不振である自分の家族・クリスが食べた食材を持ってきた者を美食王にすると発表する。その家族とは、貴重な猛獣である七色ネッシーだった。

七色ネッシーのクリスが食べられる物を求めて、トリコら四天王はそれぞれ食材探しへと向かっていた。トリコと小松は究極のフルーツ・グランドベリーを狙い、サニーとリンはミルクジラのミルクを、ココはハニードラゴンのハチミツを狙う。

トリコは虹の実ワインを手みやげに、とある南国リゾート地の小さな島へと向かう。IGOトップにしてトリコら四天王の師匠、そして親代わりでもある一龍会長から呼び出しを受けたのだ。そこでトリコは、一龍が“GOD”を求めていることを知る。

更なる高みを目指すべく、トリコはIGO会長・一龍から修行を兼ねた依頼を受ける。今回のターゲットは、野菜の王様・オゾン草。標高数万メートルの雲の上にある天空の野菜畑・ベジタブルスカイに生息しているらしい。

大自然の猛攻をかいくぐって、積乱雲を抜けることに成功するトリコたち。雲の上には、先ほどまでの雷雨が嘘のような快晴のもと、緑の大地が広がっていた。多量のミネラルを含んだ火山灰が雲をなし草を育み、その草が大地を形成していたのだ。

小松が発見したオゾン草の外葉をトリコが葉がしてみると、なぜか種になってしまった。オゾン草は特殊調理食材だったのだ。頭を抱えるトリコ。その時、ふいに小松が気付く。二人で別々の葉を握っていると、オゾン草の警戒心が緩くなった気がしたのだ。

オゾン草の捕獲に成功しコンビを結成したトリコと小松の前に、美食會が使うGTロボに瓜二つの、謎の生命体が姿を現す。謎の生命体は警戒するトリコらを通り過ぎ、オゾン草の前に立つと、目にも止まらぬ動きで食いつく。しかし飲み込むことなく吐き出してしまった。

一龍いわく、トリコはまだまだ未熟。グルメ界へ行くことを禁じられていた。しかし、それでもトリコの好奇心は止まらない。既に一度グルメ界へ入った経験があるサニーから話を聞き出したトリコは、一人でグルメ界へと腕試しに向かうのだった。