洪熙官回鄉為父洪亭南賀壽，哈薩多更設宴並以對聯作賀禮。亭南阻止熙官開武館，熙官反揶揄父親為清朝當官。碩托看上高進忠的愛人，逼他讓愛。熙官欲拜赤龍為師遭拒。童千斤受碩托收買到高家搗亂，熙官與他擇日決戰。

熙官戰勝千斤卻遭收監。穆里布指熙官造反，亭南自認漢狗代子贖罪。亭南到熙官的武館拆其招牌，兩父子不歡而散。清兵追捕嚴詠春父女，熙官助他們逃走。里布派馮道德假冒赤龍搗亂。進忠賣私鹽被捕，熙官、赤龍往救人。

赤龍向熙官傳授獨門棍法。高家被封，進忠藏匿佟敏家，碩托帶官兵到來，並憑古錢得悉熙官有份參與救出日月會成員的行動。薩多派亭南保護乾隆，日月會則策劃刺殺乾隆。熙官被逼離開前與亭南比武，終發現亭南正是赤龍。

日月會刺殺乾隆失敗，亭南是赤龍的身份被揭，雙方大戰，幸熙官趕至成功引開里布等人，亭南卻不知所終。進忠被通輯，欲與佟敏遠走高飛遭拒。道德率兵追捕日月會，碩托殺死洪妻，還以洪妻屍首引出亭南，亭南抱妻跳崖。

熙官找碩托報仇，卻誤中毒鏢，幸江錦綸相救。熙官、千斤與進忠拜三戒和尚為師，其後碩托上京受封，三人設局將碩托殺死。道德欲對付熙官，三戒出手解圍，時三德和尚來捉拿三戒，熙官見二人功夫了得，決上少林寺學武。

嚴湛希望熙官繼承其父遺志，任日月會舵主，熙官推辭並把舵主之位讓給嚴湛。朝廷暗中派雷老虎設下死亡擂台，逼日月會的人現身，方世玉看不過眼，接受挑戰並將老虎打死。朝廷發現戲班為日月會基地，將日月會眾人殺清。

至善方丈破例收熙官、進忠與千斤為俗家弟子，三德卻只安排他們處理雜務，進忠與千斤十分不滿。三子重遇三戒，三戒要求以美酒和香肉換取教授武功予他們，可惜被三德發現。為了避開李巴山追殺，世玉無奈往少林寺拜師。

三德要熙官與果因比試，熙官終明白基本功的重要。胡惠乾潛入藏經閣偷秘笈失手被擒，熙官得知惠乾偷秘笈為報仇，請求至善收他為徒。進忠想出以香肉美酒誘三戒傳授武功，世玉發現後與他大打出手，後更約熙官私下決鬥。

熙官得神秘人相助，擊敗世玉。原來神秘人正是世玉，他因自己害死義士心存愧疚，遂助熙官作為贖罪，兩人冰釋。世玉遇上五枚師太，並發現她修練獨特的武功，記下苦練。進忠偷了拳譜鑽研，終被三德發現，將他逐出少林。

巴山父女來到少林寺，翠花被李小環打傷，世玉不忿，挑戰小環，巴山相助，並打傷趕來增援的熙官。小環以方父要脅世玉，世玉向巴山立約十日後於梅花樁決戰。世玉守諾應戰，結果擊斃巴山。錦綸接到赤龍尚在人間的消息。

嚴湛率眾劫官銀時遇上官兵埋伏，亭南及時現身相救。詠春往少林寺把亭南未死的消息告知熙官，熙官趕往相見。道德率兵追捕亭南等人，亭南受傷被擒，幸薩多及時趕到保住亭南性命。熙官為救父親勇闖木人巷，卻負傷敗走。

至善向熙官、千斤與世玉指點迷津，世玉想出助三戒逃走，引三德與三戒大打出手，從中參透二人的功夫，三子終成功戰勝木人巷。惠乾復仇心切，險被打死，幸熙官等人相助，三德憤然逐他出少林。薩多勸亭南效力朝廷不果。

乾隆向亭南勸降，亭南寧死不屈。錦綸迎娶詠春，時道德率兵闖入，嚴湛身亡。進忠看見蕙娜來高家拜祭，驚悉對方竟是自己的生母，蕙娜訴說與其父及布里的關係，並自揭是旗人。進忠大受打擊，時遇上道德，兩人大打出手。

進忠被道德捉拿，道德要他以「少林十八手」口訣作為獲釋條件。熙官率眾劫獄卻未見亭南影蹤。乾隆下令處斬亭南，里布建議將亭南囚於九霄樓，引日月會義士自投羅網。進忠向里布提出效力朝廷，熙官等人得悉後痛斥進忠。

里布發放處斬亭南的假消息，熙官等人急謀拯救行動。道德在九霄樓與日月會義士展開惡鬥，錦綸為救詠春而身亡。索都統勸誘薩多乘亂放走亭南，暗裡卻助里布誣陷薩多，薩多終被乾隆賜死。熙官斥進忠殘殺漢人，與他決裂。

熙官助詠春重新振作。進忠接獲消息，因而救了被伏擊的里布。里布派人捉走佟敏來試探進忠，進忠假意打罵佟敏，事後向她解釋求諒。里布色心大發，召佟敏洩慾，進忠啞忍不快。里布派進忠入日月會作臥底，進忠無奈接受。

進忠欲與熙官等人聯手剷除里布，眾人半信半疑。進忠向里布獻計捉拿亭南等人。另一邊廂，進忠提議亭南與道德決戰，熙官等人趁機刺殺里布。日月會義士遭清兵突撃，詠春脅持蕙娜讓眾人保命。亭南與道德惡鬥，雙雙中毒。

京城要道被重重封鎖，熙官以妙計助亭南等人順利離開。佟敏把里布的獸行告知進忠，進忠反勸佟敏忍辱負重，助他往上爬。一眾住持擔憂收留亭南會令少林與朝廷結怨，幸至善堅持為他解毒。詠春請求至善收她為徒，卻遭拒。

世玉遇白眉道人，竟被他強收為徒，世玉用盡方法脫身。原來道德誘騙白眉來京為他解毒，更誘使他與亭南決一高下。五枚拒收詠春為徒，於是熙官甘願受五枚毒打，詠春不忍，替他受打，五枚終被打動。亭南傳授武功予熙官。

里布請求白眉為他對付亭南。進忠得悉亭南等人藏身於少林寺。佟敏懷有進忠骨肉，進忠答應與她私奔，可是進忠卻與里布到來，原來進忠一直計劃向佟敏報復。進忠率領道德與白眉欲搜查少林寺，三德堅拒，白眉準備硬闖。

亭南與白眉決戰不敵，經脈盡毀，只餘三日性命。亭南將洪家拳傳授予熙官後，潛入宮中企圖刺殺乾隆，惜力不從心當場戰死。道德救駕有功獲御賜金絲道袍，並要進忠向他下跪。熙官阻止道德將亭南曝屍荒野，卻被道德所傷。

熙官得知自己身中劇毒，無藥可醫，遂訛稱要南下，並向詠春表白。世玉與千斤、詠春勇闖黑風寨，招攬寨主丁豹及其兄弟加入反清大業，二當家劉魁謀反欲對付世玉，幸世玉早與寨主丁豹裡應外合。進忠施計助里布追求蕙娜。

蕙娜為了進忠，答應嫁予里布。進忠向祖宗交代自己設計令蕙娜接受里布一事，蕙娜聞言後在出嫁日服毒自殺。酒醉的世玉向鈴兒道出熙官死訊，鈴兒傷心過度病重離世。道德潛入少林寺偷取鐵卷，與三戒交手時將鐵卷打碎。

五枚獨自下山要求與道德交手，豈料道德施放暗器，五枚傷重身亡。乾隆迫令至善兩日內交出鐵卷，至善託人交信給乾隆，乾隆閱後撤兵。乾隆與生父陳世倌相認後，世玉、三德以乾隆的漢人身世要脅乾隆協助反清，乾隆答允。

里布、進忠得知乾隆為漢人身分。乾隆為怕自己的漢人身分被洩露，於是將三喜賜死。乾隆用毒糕點測試進忠，進忠成功逃過一劫。白眉假意敗給至善，伺機找得乾隆身世的證據。日月會收到密函與乾隆會面，三德決單刀赴會。

乾隆訛稱三喜服毒自殺，詠春拒信，世玉激動下說出熙官已死。翠花與詠春行刺乾隆失敗被擒。世倌告知乾隆白眉是被奪帝位的十四王子，日月會眾人決定助乾隆對付白眉。白眉威脅太后助他奪位。詠春重遇已清除劇毒的熙官。

太后勸乾隆讓位以保命。世玉、三德、三戒行刺白眉，卻無法破解其罩門，幸熙官趕至，終剷除白眉。乾隆在酒中下毒，熙官等人不適。世玉與三戒遭伏擊，三戒為救世玉傷重身亡。進忠放走熙官等人，並勸他們不要往少林寺。

熙官等人找到世玉，惜世玉奄奄一息。乾隆欲賜毒酒予太后，太后訛稱當年與世倌私通，伺機逃命。進忠以太后來要脅乾隆保他一命。清兵圍堵少林，熙官脅持乾隆迫令進忠退兵。進忠與道德成功救走乾隆，乾隆下令攻打少林。

（大結局）進忠率兵攻打少林，竟殺害千斤、三德、至善。熙官與道德等人展開惡鬥，他煙沒於火海中。進忠要脅乾隆賜封兩廣總督，但他往南方途中，熙官現身將他擊敗，進忠終死在清兵亂箭下。多年後，熙官終與妻兒團聚。