Ein kleiner Junge wird ermordet am Ufer eines Flusses aufgefunden. Da er erschossen, offenbar aber nicht missbraucht wurde, wird ein Sexualdelikt ausgeschlossen. Alyssa Gibney, seine Mutter, und Warren Gibney, sein Stiefvater, sind völlig verzweifelt und können sich überhaupt nicht erklären, warum ihr kleiner Sohn umgebracht wurde. Alyssa vermutet, dass die Tat etwas mit Mark Rawls, dem leiblichen Vater des Jungen, zu tun haben könnte. Dieser sitzt wegen verschiedener Drogendelikte im Gefängnis. Als Charlie schließlich einen Freund des Ermordeten, Tyler Hawley, befragt, scheint sich Alyssas Verdacht zu erhärten…

Die junge Ehe von Anna und Jake Silvers nimmt ein abruptes Ende, als Anna nach der Hochzeitsnacht in ihrem Hotelzimmer tot aufgefunden wird. Der Verdacht richtet sich zunächst gegen den Bräutigam. Charlie und Dani entdecken den verwirrten Jake blutüberströmt in einem anderen Raum des Hotels. Er gibt allerdings zu Protokoll, am Abend zuvor so viel Alkohol getrunken zu haben, dass er zeitweise bewusstlos war. Ist es am Mordabend zwischen Jake und seiner Frischvermählten zu einem Streit gekommen, in dessen Folge der schwer alkoholisierte Jake die Kontrolle verloren hat? Oder ist er nicht der Mörder? Charlie und Dani tendieren zur zweiten Variante, da Jake sehr verzweifelt über den Verlust seiner geliebten Braut zu sein scheint. Zudem weiß eine der Brautjungfern, Tiffany, offenbar mehr, als sie zugibt. Schließlich fühlt Charlie ihr in seiner einfühlsamen Art auf den Zahn, so dass Tiffany sich endlich traut, eine ungeheuerliche Offenbarung zu machen…

Crews (Damian Lewis) und Reese (Sarah Shahi) untersuchen den Mord an einer jungen Frau, die während eines Autodiebstahls gewaltsam ums Leben kam. Der Ehemann der Toten wurde bei diesem Angriff schwer verletzt und kann sich nur mehr bruchstückhaft an den Vorfall erinnern. Schnell ist ein Verdächtiger gefunden, doch der Überlebende des Angriffs verweigert die Identifikation des Täters. Was hat der Mann des Opfers zu verbergen? Gleichzeitigt geht Crews seinem eigenen Fall nach und entdeckt Informationen, die ihn auf die Fährte des tatsächlichen Mörders lenken könnten.

Der Fund eines toten Mannes treibt Crews (Damian Lewis) und Reese (Sarah Shahi) in ein Villenviertel von Los Angeles. Im Garten des Opfers entdeckt Crews einen Obdachlosen, der den Ehering des Toten trägt und vorerst verdächtigt wird. Der vermeintliche Mörder erklärt aber Zeuge des Mordes gewesen zu sein. Er behauptet der Partner des Toten habe den Mord begangen. Reese und Crews müssen Ordnung in die Menge von Beweisen bringen um den wahren Täter zu finden. Parallel macht Crews Fortschritte in seinem eigenen Fall.

Crews (Damian Lewis) und Reese (Sarah Shahi) untersuchen den Mord an einer jungen Frau, die Flügel trägt. Der spektakuläre Fund des "gefallenen Engels" hält ganz L.A. auf Trab. Die Beweise führen die Detectives auf die Fährte eines russischen Menschenhändlers namens Roman Novikov. Er soll den Verlobten des Opfers erpresst haben. Gleichzeitig erhält Crews ausgerechnet von diesem Verdächtigen neue Beweise für die Lösung seines Falls.

Reese (Sarah Shahi) lernt bei einem Treffen der "Anonymen Alkoholiker" einen Mann kennen, der vor der Gruppe eine Vergewaltigung gesteht. Jetzt zeigt er Interesse an Reese. Diese spielt den Köder, um den Täter zu überführen und bringt sich dabei in große Gefahr. Crews (Damian Lewis) sucht währenddessen nach weiteren Beweisen für die Aufklärung seines Falls. Er erfährt dabei interessante Details über seinen alten Partner.

In einer Tankstelle werden zwei junge iranisch stämmige Amerikaner erschossen und ein Junge entführt. Aufgrund einer fremdenfeindlichen Parole am Tatort vermuten Reese (Sarah Shahi) und Crews (Damian Lewis) zuerst eine rassistisch motivierte Tat. Doch bald stellt sich heraus, dass die Opfer wegen Drogenbesitzes vorbestraft waren und die Beweise führen in Los Angeles schmutziges Drogenmilieu. Um den entführten Jungen zu befreien, müssen die Detectives ein hoch kompliziertes Passwort lösen. Während den Ermittlungen, entdeckt Crews wichtige Informationen in seinem persönlichen Fall.

Nach einer Gasexplosion wird eine halbierte Männerleiche entdeckt. Bei der Untersuchung des Tatortes werden zwei Ausweise gefunden. Die Detectives Charlie Crews (Damien Lewis) und Dani Reese finden heraus, dass das Opfer ein Doppelleben führte. Offenbar war er ein Spion der Regierung. Zwischenzeitlich wird Detective Carl Ames (Roger Brown), der von Crews Schuld überzeugt war, in einem Parkhaus ermordet aufgefunden. Daraufhin gerät Crews wieder ins Fadenkreuz der Ermittler.

Die obdachlose Straßenmusikerin Josie wird mit aufgeschnittener Kehle im Wald gefunden. In der Nähe des Leichenfundorts treffen Charlie (Damian Lewis) und Dani (Sarah Shahi) vor einem Supermarkt zufällig auf den Sohn des Inhabers. Dieser streitet in der Gegenwart seines Vaters ab Josie gekannt zu haben, gibt den Detectives aber später einen Tipp, wer Josies Mörder sein könnte.

Bei Bauarbeiten wird eine mumifizierte Leiche gefunden. Charlie (Damian Lewis) und Dani (Sarah Shahi) finden heraus, dass es sich um den Zen-Meister Tim Chang handelt, der seit zehn Jahren vermisst wird. In der Jacke des Toten findet Dani dessen Handy. Anhand der zuletzt gewählten Rufnummern erhalten die Ermittler eine Liste mit Verdächtigen

Im Staffelfinale werden Crews (Damian Lewis) und Reese (Sarah Shahi) zu einem Fall von häuslicher Gewalt gerufen, bei dem eine große Menge von illegalen Beruhigungsmitteln gefunden wurden. Crews hat jedoch nur die Lösung seines eigenen Falls im Kopf. Er entdeckt eine streng geheime Akte mit dem Namen des tatsächlichen Mörders und versucht ihn ausfindig zu machen. Nach und nach realisiert er, dass in dem Mordfall doch mehr Personen involviert sind, als er bisher annahm.