En la búsqueda para la Piedra Filosofal, Ed y Al llegan a una ciudad extrañamente próspera en el medio del desierto. Ellos encuentran que el líder es un cura que hace milagros y resurrecciones.

Serán estos actos del Señor como dice el Padre Cornello, o estará usando el poder de la Piedra Filosofal? Ed y Al investigan para encontrar la verdad.

Los hermanos consiguen escapar de la trampa de Conero, y traman un plan para desenmascararle ante el pueblo: conseguir que confiese que es un fraude mientras, sin saberlo él, la gente le oye por megafonía. Finalmente, la piedra roja que lleva le juega una mala pasada, transmutando su brazo, y obligándole a huir. Tras la marcha de los hermanos, Gluttony, por orden de Lust, se come al sacerdote, que pasa a ser sustituido por Envy, con el aspecto de este.

Ed y Al crecieron en un tiempo cuando su país estaba en guerra. Mientras las noticias devastaban a sus amigos y vecinos, su madre era fuerte. Ella los hacía sentir seguros en un tiempo de inseguridad y alentaba sus dones de Alquimia. Cuando ella murió, Ed y Al estaban decididos a revivirla. Ellos creían que no tenían más nada que perder, pero no sabían lo equivocados que estaban…

Mientras viajan para la ciudad central para convertirse en State Alchemist, Ed y Al aprenden de un hombre llamado Majihal que vive en un pueblo cerca. Ellos recuerdan que este alquimista ha escrito a sus padres acerca de formas de crear vida humana. Queriendo saber más, Ed y Al viajan al pueblo para encontrarse con Majihal. Cuando llegan para allá, se dan cuenta que el pueblo está encantando por una mujer fantasma que está llevándose las almas de niñas jóvenes. Majihal destierra al fantasma, pero ¿Estará escondiendo algo más siniestro?

Mustang ordena a Ed y Al que tomen un tren más temprano para la ciudad Central. Una vez en camino, se dan cuenta de que el General Haruko y su familia están viajando en el mismo tren. A pesar de que el tren está vigilado, los terroristas rápidamente secuestran al tren y toman a todos los pasajeros como rehenes. Utilizando sus habilidades, Ed y Al deben tratar de encontrar una forma para salvar a todo el mundo antes de que los terroristas empiecen a quitar vidas.

Ed y Al finalmente llegan a Ciudad Central. Como necesitan un lugar donde quedarse, Mustang pone a los chicos bajo la supervisión de Shou Tucker, el Alquemista de la vida. Impresionado por la mansión de Tucker y su gran librería de libros de Alquimia, los hermanos pasan unos días felices estudiando y pasándola bien. Todo su trabajo es para un gran evento: el examen de Alquimia.

Ahora que Edward es un Alquimista Nacional official, los hermanos pueden empezar el recorrido para restaurar sus cuerpos. Sin embargo, algo de los experimentos de quimera de Tucker le causan preocupación a Ed. Mientras investiga, Ed comienza a ver el lado siniestro de la alquimia. Ahora, Ed y Al deben prevenir que su amigo haga lo impensable.

Mustang envía a Ed para inspeccionar una pequeña colonia minera afuera en las provincias del este. Una vez ahí, él y Al son confundidos por turistas y los recibe el dueño del hotel local. Sin embargo, una vez que saben que Ed es un alquimista de estado, es atacado y lo echan fuera del hotel. Ed rápidamente se da cuenta por qué; Al pueblo le están cobrando impuestos más allá de sus límites por un teniente deshonesto y su alquimista. ¿Podrá Ed hacer lo correcto y salvar a la colonia de este tirano?

No queriendo enfrentar a Mustang con las noticias en las que no tienen información nueva sobre la piedra de los filósofos, Ed y Al deciden visitar un pueblo pequeño de turistas con el pretexto de aprender más sobre la piedra. Mientras están ahí, se involucran en la caza de hombres por un “Robin Hood” como ladrón. Mientras Ed tiene sus dudas sobre su verdadera agenda, ¿tendrá alguna idea sobre las explicaciones de la piedra?

Ed and Al head to Xenotime in hopes of finding the Philosopher's Stone, but they find only two boys creating a strange red water.

Cuando Ed y Al descubren la fuente de la extraña enfermedad que ha invadido a Xenotime, también encuentran la historia detrás del padre de los hermanos Tringham y su involucramiento con el agua roja. Estas noticias no favorecen a Mugear, quien ha comisionado a los hermanos Tringham a realizar la piedra de los filósofos. Él está designado a parar a los hermanos Elric de interferir con su trabajo, y con el agua roja él puede ser capaz de hacerlo.

La evaluación anual de Alquimia se está acercando rápidamente, y Ed todavía no tiene mucho éxito con su búsqueda por la piedra filosofal. Cansado de las constants reprimendas de Mustang y con nada subtancial para enseñar en su evaluación, Ed viene con una solución para enfrentar ambos problemas: Retar al coronel en un duelo – The Flame Alchemist contra el Fullmetal Alchemist.

Siguiendo el consejo de Mustang, Ed y Al viajan al pueblo de Marcoh para preguntarle acerca de la piedra filosofal. Sin embargo, antes de que sepan más sobre la pieda del doctor, los interrupe la llegada del Brigada Basque Gran, la cual arresta al doctor por abandonar al frente, durante la Guerra del Este. Ed persigue el carro del General, con el propósito de no dejar que el General se vaya otra vez con otro pretexto inventado. Todos se sorprenden cuando el carro se para por la aparición del hombre de la cicatriz.

Mientras el brazo fuerte del alquimista aguanta la herida, él se da cuenta que el asesino es de Ishbal. Mientras Ed, Al y el doctor Marcoh están en su camino a través del pueblo, el doctor vuelve a contar la Rebelión de Ishbal y cómo él y los otros alquimistas nacionales fueron ordenados a arrasar con toda la ciudad utilizando las piedras rojas. Las circunstancias siguen con Marcoh, Mustang y Armstrong capturados.

Heridos de la última batalla, los hermanos deciden regresar a Risembool para los reparos. Hacen planes para encontrarse con Winry, pero en el camino ocurre un desastre y Al desaparece de una estación de tren. Ahora Ed deberá tomar vías para encontrarlo y en medio de sus dudas, existía una profunda confianza.

Los hermanos Elric finalmente alcanzan su pueblo de infancia Risembool. Mientras los hermanos esperan el momento oportuno, Winry y su abuela hacen sus reparos, ordenan las cenizas de su antiguo hogar. Pero mientras Ed realiza una visita a la tumba de su abuela, Al llega a una molestosa comprensión sobre él mismo.

Ed está encantado de haber regresado al centro, y no puede esperar a empezar su búsqueda de las notas de Marcoh en la Primera Sucursal de la Librería Central. Desafortunadamente, se dieron cuenta que la Primera Sucursal había sido completamente destruida la noche anterior. Como otro aspecto más para sus problemas, testigos vieron a Cicatriz en la vecindad antes del incendio. Ahora, con un nuevo par de guardias (uno que insiste en ir hacia un lugar más seguro) los hermanos deberán buscar otro camino para descubrir el secreto de la piedra filosofal.

Ed y Al han pasado años buscando la Piedra Filosofal. Después de haber estudiado las notas de Marcoh, Ed aprende del secreto detrás de su poder. Con este conocimiento, ¿podrán los hermanos Elric seguir con su búsqueda completa otra vez?

La pelea en el Quinto laboratorio continúa. Separados, cada uno ahora enfrenta un formidable enemigo: Ed se enfrenta al Número 48 mientras Al confronta al demente Número 66. Después de un intercambio con el Número 66, Al pronto se pregunta su verdadera existencia.

La batalla entre Al y Número 66 es interrumpida por la aparición de Cicatriz. Mientras los tres se cuadran, Número 66 desata una explosión que causa más problemas para todos los que están involucrados. Mientras tanto, Ed y Número 48 han alcanzado las partes más profundas del Quinto Laboratorio. Ahora, Ed se enfrenta a una amenaza mayor cuando su moral es retada por alguien del pasado; ¿podrá sucumbir ante la tentación del poder que ha estado buscando, o podrá aguantar la verdad de sus creencias?

Ed alcanza el corazón del Quinto Laboratorio y se da cuenta que lo usaban como un complejo biológico de investigación para la milicia. Allí, Ed se da cuenta que está siendo engañado sin poder hablar. Trata de escapar, pero después descubre que Envidia ha tomado a Al como rehén. Mientras tanto, Hughes ha ordenado a Armstrong y a los demás para ver qué está pasando en el Laboratorio.

Ed y Al una vez más se encuentran a sí mismos en el hospital. Winry ha viajado a la Central para realizar unos reparos, pero se molesta cuando los hermanos no quieren compartir sus experiencias con ella. Mientras se recuperan, Al pesa su existencia y atiborra a Ed de preguntas. ¿Quién es ella? ¿Sus recuerdos son de ser un humano? o ¿Es todo una mentira?

Alphonse se ve cara a cara con Cicatriz, que se ha estado ocultando entre los refugiados y mercenarios de Ishbal.

Cuando Winry, Ed y Al van en busca de Cicatriz, averiguan más información sobre la piedra y también que existe una conexión entre el laboratorio 5 y la guerra de Ishbal.

Ed, Al y Winry llegan a Rush Valley para recuperar automail. Mustang sospecha que un alto cargo del ejército podría ser el responsable de la muerte de Hughes.

Edward y Alphonse temen por sus vidas al enfrentarse a Izumi Curtis, su antigua maestra, que los lleva de vuelta a Dublith.

Con el fin de darles una gran lección y tiempo para reflexionar, Izumi abandona a Ed y a Al en la isla de Yock, el lugar donde los conoció.

Edward y Alphonse descubren que el muchacho que está en la isla es alquimista, homúnculo y capaz de transformar su cuerpo, todo a la vez.

El ejército apresa al misterioso joven de la isla de Yock y lo encierra en el Cuartel General del Sur. Yoki localiza a Cicatriz entre un grupo de habitantes de Ishbal.

Envidia se hace pasar por Bradley y le roba a Izumi el niño homúnculo. El chico recuerda su pasado después de ingerir algunos fragmentos de piedra.

Izumi interviene en la pelea de Ed y Al contra Ira, un nuevo homúnculo que necesita el resto del cuerpo de Edward para convertirse en humano.

Cuando Martel se apodera de la armadura de Al y lo lleva al cuartel general de Codicia, solo Izumi y Edward podrán socorrerlo.

Con Ed, Izumi y Sig bajo su custodia, el teniente coronel Archer readmite a Shou Tucker como alquimista estatal y ordena a sus hombres que capturen a Codicia.

Edward, Alphonse y Winry se dirigen al campamento de Ishbal. Lujuria se encuentra en un restaurante con un hombre de su pasado.

Ed y Al ayudan a un grupo de refugiados de Ishbal que están siendo trasladados al sur, con la esperanza de averiguar algo nuevo sobre la piedra filosofal.

Mientras investiga a Mustang, el teniente Havoc ordena a su ayudante que le busque una novia. Algo más tarde, Mustang inspecciona un almacén hechizado.

Ed, Al y Winry toman caminos diferentes después de una discusión. Al se cruza con una cara conocida y Winry y Sheska se ponen a investigar el asesinato de Hughes.

Kimblee, nombrado alquimista estatal, se dirige con las tropas a Liore, donde Cicatriz está excavando la tierra con una gran roca.

Después de la intervención de Lujuria y Gula en el enfrentamiento entre Edward y Cicatriz en Liore, por fin se revela la identidad del séptimo y último homúnculo.

Con la ayuda de Rose, Cicatriz da instrucciones a los habitantes de Liore para evitar reacciones violentas cuando el ejército entre en la ciudad.

Mientras Ed socorre a la gente de Liore, Cicatriz es el único que puede ayudar a Alphonse cuando su armadura empieza a transformarse en un compuesto explosivo.

Mientras los hermanos Elric huyen de Liore, Winry se cruza en Rizenbul con un desconocido que se presentará como el padre de Ed y Al.

Mientras el padre de Ed y Al se va decidido a enfrentarse al líder de los homúnculos, Lyra y Rose encuentran una escalera secreta en una vieja iglesia.

Durante una pelea entre Van Hohenheim y Dante, líder de los homúnculos, sale a la luz una historia sumamente compleja.

Ahora que los hermanos se han separado, sus vidas corren peligro. Ed vuelve a la mansión de Dante en busca de pistas. Al se encuentra con un Shou Tucker enloquecido.

Ira cree que Pereza es su verdadera madre. Pereza lucha contra Shou Tucker. Ed se da cuenta de que Tucker le ha tendido una trampa a Al.

Armstrong declara una rebelión contra el Führer en la frontera norte. Mientras tanto, Izumi y Ed se enfrentan a los restantes homúnculos en Central.

Bradley vuelve a casa para hacerle un regalo a su hijo. Edward se encuentra con Russell en una iglesia abandonada. Maria y Denny le echan una mano a Izumi.

Edward Elric aparece en la Primera Guerra Mundial después de cuzar la Puerta. Roy Mustang se enfrenta a su enemigo, el homúnculo Orgullo.

Edward Elric se da cuenta de que debe llevar a cabo un último sacrificio si quiere recuperar a su hermano. Ojo de Halcón logra liberarse de sus secuestradores.