אדוארד ואלפונס פוגשים באדם הטוען שהוא מנהיג דתי שיכול לחולל ניסים, ומאמינים שהוא מחזיק באבן החכמים.

אדוארד ואלפונס מתלבטים אם לחשוף את האמת מאחורי הניסים של קורנלו – ולהרוס את חייהם של תושבי העיירה.

אד ואל הצעירים נחושים להחזיר את אימם המתה, שהייתה מקור כוחם בעיתות מלחמה קודרות.

אד ואל יוצאים לחפש אדם חשוב מילדותם ומגיעים לעיירה שרוחה של אישה רודפת אותה.

אד ואל עולים על רכבת לסנטרל סיטי, ועד מהרה מוצאים את עצמם מגינים על הנוסעים, וביניהם גנרל האקורו, מפני טרוריסטים.

אד ואל מגיעים לסנטרל סיטי, עוברים לאחוזה של אלכימאי שזירת החיים שו טאקר, ומתחילים להתכונן לבחינה באלכימיה.

אד מוסמך כאלכימאי לאומי. הוא מצליח להתבונן מקרוב בניסויי הכימרה של טאקר, ומבין שמשהו רע מאוד מתרחש.

אד מתפכח מאשליותיו ונוטש את משרתו כאלכימאי לאומי. וינרי עלולה להיות הקורבן הבא של רוצח סדרתי אכזרי.

אד ואל יוצאים לחקור מושבה קטנה של כורי פחם, ומגלים שרודן מרושע והאלכימאי שלו מטילים על הכורים מיסים גבוהים במיוחד.

אד ואל מנסים להתחמק מפגישתם עם מוסטנג ומגיעים לעיירה קטנה שעסוקה במרדף אחר רובין הוד ממין נקבה.

אד ואל מגיעים לקסנוטימה בתקווה למצוא בה את אבן החכמים, אבל הם מוצאים בה רק שני ילדים שיוצרים מים מוזרים בצבע אדום.

אד ואל חושפים קונספירציה שקשורה לאביהם של האחים טרינגהאם, לעיסוק שלו במים האדומים ולמחלה שפקדה את קסנוטימה.

אד מגיש דוח לקולונל מוסטנג באיסט סיטי, וויכוח לגבי ד"ר מרקו ואבן החכמים מוביל לדו-קרב בין אד לקולונל.

אנבי משנה את צורתו לקורנלו. אד ואל מוצאים את מרקו ולומדים על תפקידה של האבן בזמן המרד של אישבל.

מרקו מספר לאחים אלריק על הזוועות שהתרחשו בטבח של אישבל. בינתיים, אלכימאי הזרוע החזקה מגן עליהם מפני הכאוס המשתולל סביבם.

למרקו מצפה מפגש קטלני עם לאסט. ארמסטרונג והאחים אלריק נמלטים לריסמבול. בדרך הם מאבדים את אל, ואד מתמלא זעם.

אד ואל נחים ומתאוששים ברזמבול. אד עולה לקבר של אימו, ואל דואג לזיכרון שלו, שהולך ונעלם.

צלקת וחבריו מעלים באש את האגף הראשון של ספריית סנטרל ושורפים אותו כליל. אד ואל נאלצים למצוא דרך נוספת להשיג את הספר של מרקו.

אד ואל נחרדים לגלות מהו המרכיב הסודי בהכנת אבן החכמים, אך הם נחושים להמשיך בתוכניתם. המטרה הבאה – מעבדה נטושה.

אד ואל מתעמתים עם כמה נשמות מעונות שחוברו לחליפות שריון, ונאלצים להתמודד עם תקלות בשריון שלהם.

סדרת פיצוצים מובילה שלא במתכוון לשחרורם של גריד ושל שאר האסירים. טאקר חוזר מהמתים ולובש צורה חדשה ומפתיעה.

בזמן שבאסק גראנד – או מי שנראה כמו באסק גראנד – אוסף מרכיבים אנושיים כדי ליצור מהם את האבן, האחים אלריק מקבלים סיוע במעבדה 5.

אדוארד מסרב לדבר ווינרי מוטרדת מכך. אלפונס מחליט לעמת את אדוארד ישירות עם שאלותיו על נשמות מלאכותיות.

אלפונס בורח ומתעמת פנים אל פנים עם צלקת, שהסתתר בין פליטי אישבל הנרדפים בידי שכירי חרב.

אד ואל יוצאים עם וינרי למעקב אחר צלקת, ומגלים פרטים נוספים על האבן ועל קשר אפשרי בין מעבדה 5 למלחמה באישבל.

וינרי, אל ואד מגיעים לעמק ראש כדי להחזיר את האוטומייל. מוסטנג מבין שאחד מהשוטרים הבכירים אחראי למותו של יוז.

אדוארד ואלפונס חוששים לחייהם לאחר המפגש עם מורתם לשעבר איזומי, שמחזירה אותם לדאבליס.

איזומי עוזבת את אלפונס ואת אדוארד על האי שבו מצאה אותם לראשונה, כדי ללמד אותם שיעור חשוב לחיים ולתת להם זמן לחשוב על מעשיהם.

אדוארד ואלפונס מגלים לתדהמתם שהילד שפגשו באי הוא אלכימאי, הומונקולוס, ומסוגל להתמיר את גופו שלו!

הצבא לוכד את הילד המסתורי מהאי יוק וכולא אותו במפקדה הדרומית. יוקי מבחין בסקאר עם קבוצה של אישבלים.

קנאה עוטה את דמותו של בראדלי כדי לחטוף את הילד ההומונקולוס מידיה של איזומי. בינתיים, הילד אוכל חלקיקי אבן ונזכר בעברו.

איזומי מתערבת במריבה של אד ואל עם זעם, הומונקולוס חדש שמנסה להשיג את שאר הגוף של אדוארד כדי להיות בן אנוש.

מרטל משתלטת על המגן של אל ומביאה אותו למפקדה של גריד, ועכשיו איזומי ואדוארד צריכים לבוא לעזרתו.

אד ואיזומי נופלים לידיו של לוטננט קולונל ארצ'ר, שמכריז על שו טאקר כעל אלכימאי לאומי ומורה לאנשיו לתפוס את חמדנות.

אדוארד ואלפונס מתקדמים עם וינרי לכיוון המחנה של אישבל. תאווה יושבת במסעדה, ולפתע נכנס גבר שהיא מכירה מן העבר.

אדוארד ואלפונס עוזרים לחבורת פליטים אישבלים שנשלחים למחנה בדרום, ומקווים ללמוד מהם פרטים חדשים על אבן החכמים.

לוטננט האבוק חוקר את קולונל מוסטנג ופוקד על רב סמל פאלמן למצוא לו חברה. מוסטנג יוצא לחקור את התעלומה שמאחורי מחסן 13.

דרכיהם של וינרי, אד ואל מתפצלות בעקבות ויכוח: אל נתקל בפנים מוכרות, ואילו וינרי מחליטה לחקור את הרצח של יוז יחד עם צ'יסקה.

קימבלי מתמנה לתפקיד אלכימאי לאומי ויוצא עם החיילים לכיוון ליאור, שבה צלקת נובר באדמה באמצעות אבן ענקית.

בעזרתה של רוז, האם הקדושה, צלקת מורה לאנשי ליאור לפתות את הצבא להיכנס לתוך העיר ללא שימוש באלימות.

אד עסוק בסיוע לתושבי ליאור, וצלקת הוא היחיד שיכול לעזור לאלפונס, שהשריון שלו הופך פתאום לפצצה מתקתקת.

האחים אלריק נמלטים מליאור. וינרי פוגשת ברזמבול אדם זר שמתברר שהוא אביהם של אד ואל בכבודו ובעצמו.

הוהנהיים של אור, אביהם של האחים אלריק, יוצא להתעמת עם ליירה, מנהיגת ההומונקולוסים, ורוז מגלה מדרגות סודיות בכנסייה ישנה.

היסטוריה סבוכה ומורכבת נחשפת כשוואן הוהנהיים של אור נלחם בדנטה, מנהיגת ההומונקולוסים.

האחים מופרדים ונשקפת להם סכנה. אד חוזר אל הבית של דנטה ומחפש רמזים. אל נפגש עם שו טאקר המעורער.

זעם מאמין שעצלות היא האימא האמיתית שלו. עצלות קוראת תיגר על שו טאקר. אד מבין שטאקר טמן פח לאל.

ארמסטרונג מכריז על מרד במנהיג בגבול הצפוני, בזמן שאד ואיזומי נלחמים בהומונקולוסים שנותרו בסנטרל.

בראדלי חוזר הביתה כדי לתת מתנת יום הולדת לבנו. אדוארד נפגש עם ראסל בכנסייה נטושה. מריה ודני באים לתמוך באיזומי.

אדוארד אלריק עובר דרך השער ומגיע למלחמת העולם הראשונה. רוי מוסטנג מתעמת עם אויבו, ההומונקולוס גאווה.

אדוארד אלריק מבין שעליו להקריב את הקורבן האולטימטיבי אם הוא רוצה להשיב את אחיו מהשער. הוקאיי מצליחה להימלט מהשבי.