주인공 시로는 10년 전, 대 화제 속에서 마술사인 키리츠쿠의 도움으로 살아난 뒤 그의 양자가 된다. 지금은 양아버지도 죽고 혼자 살아가는 고등학생. 그런 시로의 꿈은 마술사가 되어 많은 사람들을 구하는 것으로 평소 누구의 부탁이든 거절하지 못하고 다 들어 준다. 비록 마술사로서의 재능은 없지만 정의의 수호자가 되겠다는 양아버지와의 약속을 지키기 위해 하루하루 마술을 연마하는데...

신지의 부탁으로 궁도부 뒷정리를 하느라 늦게까지 학교에 남아있던 시로는 우연히 서번트 아처와 랜서의 싸움을 목격하게 된다. 이를 눈치 챈 랜서는 목격자인 시로를 창으로 찔러 죽이고 쓰러진 시로는 린의 치료로 다시 살아나는데...

고토미네에게 성배전쟁에 대한 이야기를 듣고 돌아가는 시로 일행 앞에 이리야라는 마스터가 나타난다. 이리야의 서번트는 버서커로 그리스 신화의 영웅인 헤라클래스의 영령이다. 그 어떤 서번트보다 강한 버서커의 공격에 세이버는 피를 흘리며 만신창이가 되고 이를 지켜보던 시로가 세이버를 대신해 버서커의 공격을 받게 되는데...

시로는 후지무라와 사쿠라에게 세이버를 먼 친척이라고 소개한다. 하지만 세이버를 의심하는 후지무라는 결투를 신청하고, 지게 되자 결국 세이버를 인정해준다. 한 편, 학교에 간 시로는 잇세이에게 아야코가 행방불명 됐다는 소식을 듣게 되는데...

세이버 없이 혼자 학교에 간 시로는 린의 갑작스런 공격을 받는다. 린을 상대하기엔 역부족이지만 간신히 버티는 시로를 린은 해치려 하고 그 순간 비명이 들려온다. 소리가 난 곳으로 가자 그곳엔 한 여학생이 쓰러져 있고 린은 그 여학생을 치료해 주려고 한다. 그 때 어디선가 창이 날아와 시로의 팔에 꽂히게 되는데...

신지에게 류도사에 또 다른 마스터가 있다는 말을 듣게 된 시로는 마음이 무겁다. 집으로 돌아오는 길, 우연히 만난 잇세이에게 여자 손님 이야기를 듣자 더욱 신경이 쓰인다. 한편, 집에서는 린이 하숙을 하겠다며 짐을 들고 와 기다리고 있는데...

신지에게 류도사에 또 다른 마스터가 있다는 말을 듣게 된 시로는 마음이 무겁다. 집으로 돌아오는 길, 우연히 만난 잇세이에게 여자 손님 이야기를 듣자 더욱 신경이 쓰인다. 한편, 집에서는 린이 하숙을 하겠다며 짐을 들고 와 기다리고 있는데...

시로 몰래 류도사의 마스터를 치러 간 세이버는 사사키 코지로의 영령으로 소환된 어쌔신이란 서번트를 만난다. 세이버가 충분히 실력을 발휘하지 않자 어쌔신은 그의 비검 제비반전술로 공격하며 세이버의 공격을 유도한다. 드디어 세이버도 실력을 보이려는 순간, 이들을 엿보던 라이더의 존재를 눈치 챈 어쌔신이 싸움을 중단하고 사라진다. 한편, 세이버가 혼자 싸우러 간 사실을 알게 된 시로는 세이버를 찾아 류도사로 향하는데...

드디어 세이버에게 검술 수련을 받는 시로. 세이버는 절대 봐주지 않으며 무섭게 몰아 부치고 시로는 맞으면서도 끝까지 맞서려는 투지를 보인다. 오전 수련을 마치고 장을 보로 나간 시로는 우연히 만난 이리야를 보고 기겁을 하는데 이리야는 마스터로서가 아닌 평범한 모습으로 시로를 대한다. 과연 시로는 무사히 돌아갈 수 있을까?

세이버와 린에게 검술과 강화훈련을 받던 시로는 할 말이 있다는 신지의 전화를 받고 급히 학교로 향한다. 하지만 신지는 이미 학교에 친 결계를 발동 시킨 뒤였고 학교에 있는 사람들은 모두 쓰러져 신음하고 있다. 라이더와 맞서 싸우던 시로는 결국 세이버를 부르는데...

몸이 완전히 낫지 않은 상태로 신지를 찾아내겠다는 시로. 세이버는 그런 시로를 말리지 못하고 결국 함께 찾아 나선다. 신지가 또 다시 결계를 칠 것이라고 생각한 시로와 세이버는 거리 곳곳을 다니면 결계를 찾아다니고 신지의 마음속에는 오직 복수심이 불타는데...

라이더와의 싸움에서 보구를 사용한 세이버는 지나친 마력 사용으로 사라져가려 한다. 이를 지켜 볼 수밖에 없는 시로는 괴로워하다 잠이 들고 꿈속에서 전혀 알지 못했던 세이버의 모습을 보게 된다. 혼자 공원에 앉아 이런 저런 생각을 하던 시로는 갑자기 나타난 이리야에게 납치되는데...

이리야는 시로에게 자신의 서번트가 되어주면 살려주겠다고 하지만 시로가 끝까지 거절하자 세이버와 린을 죽이겠다며 자리를 뜬다. 한편, 세이버는 시로를 찾기 위해린에게 도움을 청하고 린, 아처와 함께 성으로 들어오는 데 성공한다. 드디어 시로와 만난 세이버 일행은 이리야가 없는 틈을 타 탈출을 시도하는데...

이리야를 피해 도망친 시로 일행은 폐가에 몸을 숨긴다. 린은 아처를 잃은 만큼 버서커를 꼭 쓰러뜨리겠다는 의지를 불태우고 세이버의 마력 회복을 위한 방법으로 시로의 마술회로를 세이버에게 이식할 것을 제안한다. 다음 날 이식은 성공하고 세이버는 마력을 회복하여 원래의 모습을 되찾는데 이들 앞에 이리야가 나타난다.

마술회로 이식에도 불구하고 완전히 회복하지 못한 세이버가 보구를 사용하려하자 시로는 령주를 사용해 이를 막는다. 그리고 꿈에서 본 세이버의 검 칼리번을 투영해 내는 시로. 세이버와 나란히 칼리번을 잡고 버서커에 일격을 가한다.

시로는 버서커를 잃은 이리야를 집으로 데리고 오고 세이버는 그것이 못 마땅하다. 이리야는 류도사에 캐스터가 있다는 것과 바로 캐스터가 어쌔신을 소환했다는 얘기를 해준다. 그 때, 우연히 들린 잇세이는 뜻밖의 말을 해주는데...

세이버의 승리로 어쌔신은 소멸되고, 시로는 쿠즈키에게 밀린다. 시로를 돕기위해 세이버가 가담하지만 보구를 쓰지 못하는 세이버는 캐스터를 상대하기 힘들다. 그 때, 갑자기 등장한 황금의 서번트. 수많은 보구를 마구쏘아대는 그에게 결국 캐스터는 소멸 되고 집으로 돌아온 시로는 지난 성배전쟁에서 양아버지 키리츠쿠가 세이버의 마스터였다는 말을 듣게 되는데...

세이버의 승리로 어쌔신은 소멸되고, 시로는 쿠즈키에게 밀린다. 시로를 돕기위해 세이버가 가담하지만 보구를 쓰지 못하는 세이버는 캐스터를 상대하기 힘들다. 그 때, 갑자기 등장한 황금의 서번트. 수많은 보구를 마구쏘아대는 그에게 결국 캐스터는 소멸 되고 집으로 돌아온 시로는 지난 성배전쟁에서 양아버지 키리츠쿠가 세이버의 마스터였다는 말을 듣게 되는데...

시로는 고토미네를 찾아가 여덟 번째 서번트에 대해 이야기하고 고토미네로부터 세이버에게 성배를 마시게 하면 현세에 머물게 할 수 있다는 이야기를 듣게 된다. 세이버에 대한 자신의 마음을 알게 된 시로는 세이버에게 데이트 신청을 하는데...

집으로 가는 시로와 세이버 앞에 길가메쉬가 나타나고 엄청난 위력의 보구들 앞에 시로와 세이버는 무참히 당하기만 한다. 심하게 다친 세이버의 모습을 본 시로는 세이버의 검집을 투영해서 길가메쉬의 공격을 막아내는데...

시로를 찾기 위해 고토미네 성당으로 간 세이버는 이미 랜서의 공격을 받고 쓰러져 있는 시로를 보게 된다. 그리고 랜서와 길가메쉬의 마스터가 바로 고토미네였다는 놀라운 사실을 알게 되는데...

고토미네는 시로의 집으로 찾아가 린을 공격하고 성배의 제물로 쓸 이리야를 납치해 류도사로 간다. 이 사실을 알게 된 시로와 세이버는 류도사로 가 각각 길가메쉬와 고토미네를 상대로 마지막 싸움을 하게 되는데...

시로와 세이버는 아발론을 투영해 내고 고토미네와 길가메쉬를 물리친다. 이제 성배를 부수는 일만 남았고 시로는 순간 망설이지만 결국 세이버에게 성배를 부수라고 명령한다. 세이버는 시로에게 사랑한다는 말을 남기고 사라지고 시로는 일상으로 돌아가는데...