For ti år siden i Fuyuki City, var en ung dreng fanget i en massiv inferno, der forbrændes hans forældre og forbruges en stor del af byen; da han var ved at dø, sparer en mand ham. Nu er denne dreng, Shirou Emiya, er en amatør mekaniker, der går i skole på Homurabara Gakuen. Shirou synes også at være ganske lidt af en tryllekunstner, men hans evner er ingen hvor nær niveauet for hans afdøde fars. I mellemtiden er byen begyndt at være plaget af gas udslip og drabssager og med Shirou følelse af retfærdighed begynder at sparke i, hvad der kunne nogen som ham eventuelt gøre?

Rin synes at have problemer med den tjener, hun har, og det faktum, at hun ikke var stærk nok til at fremkalde en mere kraftfuld tjener. Tilbage på skolen, har Shirou blevet spurgt af Ayako at holde øje med Sakura bror Shinji Matou, der har været narre omkring i bueskydning klub. I sidste ende Shinji udnytter Shirou s nyttige karakter og gør ham tage sig af bueskydning klubbens dojo. Men mens Shirou s rengøring hoved går ud for at inspicere en støj, kun at være vidne til en kamp mellem to tjenere.

Efter mødet med Kirei Kotomine Shirou og Rin forlade kirken kun at løbe ind i en anden Master, der går under navnet, Illyasviel von Einzbern. Saber er tvunget til at gå i kamp mod en ubegribeligt stærkere Tjener, kaldet Beserker. Med Saber tidligere skade stadig forårsager store problemer og reducere hendes kæmpe kapacitet, er der endnu en chance for hende at vinde?

Shirou introducerer Saber til Sakura og én lærer siger hun er en fjern slægtning. Læreren tester Saber færdigheder til at kunne forsvare Shirou temmelig patetisk, giver hun hende til at blive i huset med him.Rin og Archer taler han spørger hende, hvorfor hun ikke går efter Shirou, et let mål at dræbe. Hun siger, at hvis han skulle dukke op foran hende uden at være klar over det, ville hun dræbe him.At skole nogle piger der mangler fra skole for anden dag i træk. Efter skole har Shirou opholdt sig for at undersøge disse forsvinden, når han løber ind i Rin. Rin konfronterer Shirou at kalde ham en idiot for passivt gå rundt uden hans tjener, og hun angriber ham. Shirou løber fra hende og låser sig selv i et klasseværelse. Shirou gør eneste magi han kender og befæster et skrivebord til at beskytte mod et angreb fra Rin. Hele skolen er ved at blive oplyst af denne happenings, bliver alt dette overvåget af en mystisk karakter i træerne, og episoden slutter.

Rin giver Shirou mulighed for at forråde Saber og træde ned som master eller hun vil bryde hans arm og gøre det umuligt at nogensinde blive brugt. Før Rin kan gøre noget, de hører et skrig og Shirou går at undersøge det, efterfulgt af Rin. De to af dem med at finde pige liggende bevidstløs på gulvet. Rin begynder at tendens til hende og Rin kan ikke koncentrere sig med døren uden åben, så Shirou går at lukke det. Netop da Shirou ser et spyd bliver slynget imod dem, på Rin hoved. Han blokerer det med armen og bliver spiddet gennem armen af et spyd, som så disappears.A Servant afslører sig selv, hun bruger kæder og pigge i slutningen af ​​dem som et våben og begynder at angribe Shirou. Servant er ved at slå ham ihjel, Rin skyder kæden og frigør Shirou, forårsager Servant at trække sig tilbage. Rin spørger hvem føreren var og Shirou siger, at han ikke know.Shirou hoveder hjem med Archer som hans eskorte indtil han får sikkert til Saber. Archer taler til Shirou om sin metode og plan for at spille denne hellige gral krig. Archer nævner, hvordan han hørte om kampen med Servant, som han kalder Rider. Archer siger, at jo længere du omfavne en ideel, jo mere friktion, modsigelse, du har med virkeligheden. Han tager ud uden at sige more.Shirou reflekterer over hvad Archer sagde.

Saber råbte på Shirou for ikke at tilkalde hende, da han var i fare. Saber begynder at gå i skole med Shirou. Da Rin vises, og siger, at hun vil gå med Shirou i skole, Saber tillader dette efter Rin talt med hende. Hun forklarede, at denne måde fjender måske synes, det er en fælde at ikke se Saber med ham, så de er mindre tilbøjelige til at attack.Rin forklarer, at der skulle stave mærker rundt på skolen, og hvis de ødelægger dem, det vil forsinke aktiveringen af ​​kraftfelt men ikke ødelægge det, og sandsynligvis tvinge føreren ud af skjul. Efter skole Shirou og Rin arbejde på at finde stave mærker og ødelægge dem. De ender med at ødelægge en god mængde af dem, og kalder det en night.On vejen hjem, før Shirou får overalt, men efter Rin efterlader han føler noget virkelig stærk. Han går for at undersøge det og føler sin kommer fra bueskydning klub. Shirou hoveder inde hvor han ser en kæmpe magi cirkel på væggen, og når han forsøger at røre ved det, han er chokeret over magi. Han ser Rider og før hun gør noget Shinji vandreture i, kommanderede Rider gør hende skridt tilbage og han spørger Shirou hvis han ønsker at spille.

Shinji siger ting som, hvordan han har ingen intentioner om at kæmpe, og han var bare trukket ind i denne krig. Han beder om at lave en alliance med Shirou til at gå efter Rin men Shirou nægter. Shinji siger fordi han ikke kender magi andre mestre kan ikke registrere ham, så betyder Shinji er ikke den anden Master Rin var at afsløre, hvilket betyder, at der er et fjerde på skolen. Før Shirou forlader Shinji fortæller Shirou om hvordan en af ​​mestrene har oprettet base i et temple.Shirou kommer hjem og råbte på ved Saber og Rin, Rin som kom over efter Shirou ikke kom hjem. Shirou fortæller dem om Shinji og Master på temple.Shirou og Rin begge enige om, imod Sabers dom, at de ikke bør angribe templet endnu, da de ikke ved, hvad Servant og det kan være en trap.Saber bringer op igen med Shirou templet men Shirou insisterer på, at de ikke vil være at gå. Efter Shirou sover Saber nævner hvor naiv han er, og dons hendes rustning og hoveder mod templet selv, hvor vi ser en ny Servant vi ikke har set før vente.

Saber er ivrig efter at komme i templet, men Shiro har insisteret på, at de ikke vil være at gå, fordi det virker for farligt. Ikke desto mindre, så snart Shiro falder i søvn, Saber hoveder ud af sig selv til templet, ikke kun for at blive konfronteret med den tjener identificeret som Assassin. I modsætning til alle andre tjener, Assassin faktisk afslører sin sande identitet til Saber, da Sasaki Kojirou. Selvom de taler slutter her, og kampene begynder, men mens dette foregår Rider sniger forbi dem og ind i templet for at bekæmpe nogle kvinde. Hvem er denne mystiske kvinde og blev Shinji planlægge det hele sammen?

Saber og Shirou praksis for lidt, Saber helt dominerer i Shirou og ikke uddannelse, hvordan nogle ville tænke, men bare en lige ud angreb mellem de to af dem, hvor Shirou holder fik ramt og smed på gulvet flere gange. Saber kommentarer om, hvordan Shirou klarer ganske godt, og hun er forbløffet over hans iver og ting. Thy tage en pause og Shirou spørger Saber hvad ønsker hun ønsker gives, hvis hun fik den hellige Grail.Shirou hoveder ud at købe ting til frokost og han løber ind Ilya. De taler for lidt om deres fortid og Ilya siger, hvor hun kom fra. Shirou fortæller hende, at han har arvet noget dyrebart fra ham. Han siger, hvordan han ikke modtog hans Fædre Magic Mark, men siger, at han er stadig en mester, bare en halv-assed magician.Shirou kommer hjem, han taler med Rin, der siger i skolen Shinji bad hende om at slå op med ham. Rin siger, at hun afviste ham selv, siger hun var allerede indgået et samarbejde med Shirou og hun stoler ham en masse more.Archer siger, hvor meget af en fiasko Shirou er, og at han aldrig ville være i stand til at besejre et Servant. Han ser dog ud til at give ham nogle råd at sige, at hvis du ikke kan besejre nogen, forestille sig noget i dit hoved, du kan besejre dem med, for det er alt, hvad du vil være i stand til at gøre.

Efter en formiddag træningssession med Saber er Shirou derefter straks trukket fra ved Rin for nogle mere uddannelse af hendes egen. Mens dette foregår Shirou modtager et telefonopkald fra Shinji, beder Shirou at møde ham på skolen. Fordi det virkede presserende Shirou hoveder i skole og er meget chokeret over, hvad han ser. Shinji viser sine sande farver og siger, hvordan han ønskede at vise Rin hvordan han var overlegen Shirou og at han ville besejre ham her. Hvad vil der ske til Shirou og har han viljen til at kæmpe fra en Mester og hans tjener, alene?

Shirou er meget bekymret over velvære af elever, personale og på skolen efter gårsdagens begivenheder, han er især bekymret for Taiga, der synes at være at komme godt. Shirou er nu fast besluttet på at sætte en stopper for dette, og har planer om at gå efter Shinji, før han kan gøre en anden kraftfelt og med Sabers støtte, de hovedet ud. Men før, at Shirou har nogle vigtige oplysninger at videregive til Rin om Shinji tjener, Rider om Noble Phantasm hun brugte.

Shirou falder i søvn og ser en drøm om et flashback af Saber fortid. Vi ser Saber i almindeligt fordums tid klude gå op til et sværd i en stone.Saber vågner op og opdager Shirou er væk. Hun taler til Rin og på trods af Archers indvending, de går på udkig efter ham, mistanke om at han er blevet kidnappet af en enemy.Shirou vågner op i Ilya hus som hendes Fange. Ilya siger, hvordan hun ønsker Shirou at blive hendes.

Rin, Saber og Archer lige uden for Ilya palæ. De ser Ilya gå ud, så de snart hovedet inde til at redde Shirou.Rin spørger Archer at bremse Berserker ned af sig selv, mens resten af ​​dem undslippe. Archer siger fint, men spørger, om det er ok at sparke Berserker røv mens du gør det. Rin slags smil og de kører ud, forlader Archer til at kæmpe Berserker. Før de forlader Archer råber ud Emiya Shirou. Shirou stopper og Archer fortæller ham, Få denne straight: Du er ikke en, der kæmper. Du er intet mere end en, der skaber. Smid irrelevante tanker væk. Der er kun én ting du kan gøre. Mester, at én ting! Archer derefter forårsager en del af loftet til at falde adskille dem, så Shirou vil køre away.The kamp mellem Archer og Berserker påbegyndes.

Archer er blevet besejret af den uovertrufne Beserker og nu Shirou, Saber og Rin forsøger deres bedste for at undslippe den samme skæbne. De er i stand til at finde husly til bide et stykke tid, fordi Shirou skal finde en måde at genopbygge Saber mana mens Ilya ser for dem. Med Archer offer, Rin er, at meget mere fast besluttet på at komme ud af denne levende og kommer op med en omfattende plan. Begyndelsen på en kamp mellem Saber og Berserker påbegyndes.

Kampen er ved et vendepunkt, hvor Rin er ved at blive smadret af Beserker og Saber er ude af stand til at redde hende. Som en sidste udvej Saber beslutter sig for at bruge sin Noble Phantasm at besejre Beserker, uanset hvordan det ville påvirke hende. Indse, at Saber kunne forsvinde fra dette, Shirou tvinger hende til at stoppe op og beslutter sig for at tage sagen i sin egen hands.The fremme af Shirou karakter, som vi finder, hvad han er virkelig i stand til at gøre.

Shirou vågner op efter at have endnu en drøm om Saber fortid og er tydeligt rystet op af, hvad der skete. Den morgen, under morgenmaden, er Ilya indført ved Rin som en anden person, der skal bo der et stykke tid og Taiga synes at acceptere det godt. I mellemtiden har der været nyheder om endnu flere gasudslip, hvilket betyder, at Mesteren på Ryudouji synes at være eskalerende hans planer. Mens Shirou, Rin og Saber planlægger, hvad de skal gøre ved det, Ilya kommer ind i

Shirou, Saber og Rin er på trinnene til temple.Assassin vises, lader han Shirou og Rin gå forbi og bekæmper Saber. Shirou og Rin hovedet forbi Assassin og forbi ham de ser Sakura, i mærkværdig klude, der er i hvad synes at være smerter, som hun er glødende rød. Hun er i en pit arena område, og som de forbereder sig på at gå ned der de bliver angrebet bagfra som Shirou meddelelser og blokerer angreb med Archers sværd. Souichirou vises, og Shirou fortæller Rin at gå videre, da han kæmper Souichirou og hun går til at redde Sakura. Imens Saber og Assassin kamp fortsætter på. De komplimenterer hinanden på at være en af ​​de bedste våbenføre de nogensinde har stået over for, og Assassin fortæller Saber, at hans identitet, Sasaki Kojirou ikke eksisterer i virkeligheden. Han er fremstillet af folks bevidsthed om at være en stor sværdkæmper, så han er en fiktiv heroisk sjæl. Han siger, at han ikke har noget ønske om den hellige gral derfor; hans sande ønske er dette en kamp med en værdig opponent.We finde ud af mere om den fortid Rin & Sakura og hvordan de engang var bestfriends. Caster er ser denne smilende siger hun bare har brug for en tryllekunstner til offer. Alt synes at gå som hun havde planlagt.

Saber kamp med Assassin og Shirou kamp med Souichirou når sit klimaks. Souichirou smadrer SHiROU s vingerne igen, sender ham flyvende ned til hvor Rin og Sakura er, og det er op Saber at besejre Assassin og gøre det ned i tide til at redde alle. Med Saber fortsat påvirket af Caster Noble Phantasm Rule Breaker, hun ikke er i stand til at besejre Caster når alle pludselig deres kamp bliver afbrudt af en ukendt Servant. Det ser ud til, at Saber er bekendt med dette Servant, men det viser sig at han er den ottende Servant i denne hellige gral War.In lyset af forekomsten af ​​den ottende Servant, Saber endelig afslører Shirou de chokerende begivenheder i det tidligere hellige gral krig.

Shirou tager Saber ud på en date for at forsøge at overbevise hende om ikke at bruge gral og gå tilbage til sin egen tid, men at bo i denne tid i stedet.

Med fremkomsten af ​​den mystiske Archer-klasse Servant, Saber fortæller Shirou at flygte, mens holder ham beskæftiget. Men Shirou, knowning at Saber ikke kunne besejre ham før, tåbeligt forsøger at angribe ham hovedet på og med snap af hans fingre Shirou er hurtigt besejret. Vil Saber har styrken til at besejre ham, esepecially nu kende sin sande identitet; ejer af alle verdens skatte, kongen af ​​Heroes af antikke Uruk, Gilgamesh.Kirei Kotomine synes også at spille en stor rolle i den Hellige Gral krig, og det er ikke fordi han er den mægler.

Saber kan tilsyneladende ikke få Shirou af hendes sind, men der er kortlivet, da hun finder ud fra Rin at Ilya har en frygtelig feber og kan ikke vare længe. Imens Shirou mangler stadig, ikke have returneret fra natten før og Saber ved, at der kun er ét sted, han kunne være kirken. Det tager ikke lang tid for Saber at lægge mærke til de sårede Shirou på gulvet, men hun er i stand til at gøre noget, fordi hun har mødt af Lancer. Saber skal beslutte, om hun virkelig ønsker den hellige gral, som hun har givet et middel i at erhverve it.Kirei Kotomine afslører, hvad der virkelig skete i slutningen af sidste Holy Grail Krig og hvad der vil Shirou og Saber behøver at kende den sande betydning af den hellige gral?

Efter hændelsen ved kirken, Saber og Shirou vende hjem blot for at finde Rin på gulvet og hårdt såret. Det viser sig at Kirei Kotomine overfaldt hende, mens Shirou og Saber blev besat, og det er ikke alle, fordi han også har taget Ilya og har planer om at gøre hende det offer for den hellige gral. Hjulpet med Rin endelige rådgivning, de begge hovedet til Ryudouji hvor Kirei kommer til at indkalde den hellige gral. Saber vil kæmpe igen med Gilgamesh og Shirou bliver nødt til at forlade hende og beskæftige sig med Kirei, der tydeligvis har en form for personlig vendetta mod Shirou.The sidste kamp er først lige begyndt.

Shirou har fundet sig selv fanget i det samme sted Kirei Kotomine fanget Shirou far. Omgivet af døden Shirou skal undslippe dette sted gennem viljestyrke alene, hvis han vil have os til at afslutte denne hellige gral krig en gang for alle. Saber er også at have problemer med at besejre den noget uovervindelig Gilgamesh men der er håb, med magt af "Avalon" The Ever-fjernt Utopia.What vil virkelig komme over fra at ødelægge den hellige gral? Vil tingene være i stand til at gå tilbage til normal?