Dans une ville du Japon, un féroce combat oppose deux être légendaire, combat qui ravage la cité. Seul un petit garçon en réchappe. Dix ans plus tard, tandis que Shirou Emiya mène une vie tranquille, Rin Tousaka, l'une de ses camarades de lycée, invoque un héros des temps en anciens...

Mitsuzuri s'inquiète du comportement de Shinji, un peu trop hautain dernièrement, et en fait part à son ami Shirou. Celui-ci tente de lui parler mais se retrouve à le remplacer pour la corvée de nettoyage du dojo. Affairé à son travail, Shirou ne voit pas la nuit venir. Attiré par un bruit, il découvre que dehors, deux hommes s'affrontent dans un combat épique. Pris de panique, il s'enfuit. Mais le code précise que toute personne qui découvre l'existence des Servants doit être éliminée...

A peine débarquée, Saber se lance dans la bataille face à Lancer. Armée d'une épée invisible, elle fait plus que tenir tête face à son opposant, qui finit par rompre les hostilités et à s'éclipser dans la brume. Bien que blessée, Saber s'élance vers un nouvel objectif qui n'est autre qu'Archer, qu'elle vaint facilement. Mais au moment de tuer Tousaka, Shirou l'en empêche. Celle-ci , découvrant qu'il n'est qu'un piètre magicien, décide de l'emmener voir celui qui "arbitre" la guerre pour le Saint Graal...

Shirou et Rin se retrouvent face à Ilya et son terrible Servant, Berserker, qui trouve ses origines dans le mythique héros grec Héraclès. D'une puissance colossale, il ne semble devoir faire qu'une bouchée de Saber, qui donne pourtant tout ce qu'elle a. En vain. Blessée, elle ne voit pas arriver le coup de grâce et n'est sauvée que par l'intervention de Shirou, qui le prend à sa place...

Shirou est mal à l'aise de devoir cacher Saber à Sakura et Fuji-nee, et finit par l'inviter à dîner avec tout le monde. Taiga, surprise de l'apparition de la jeune femme, décide de lui faire passer un test avant de l'accepter. Mais Saber, au-delà de la gêne occasionnée par la situation, est surtout de voir que son Maître n'est pas plus soucieux de protéger sa vie...

L'affrontement entre Rin et Shirou est interrompu par le cris d'une fille, à l'étage inférieur. Celle-ci s'est faite vidée de son âme. Rin tente de la réanimer quand ils sont attaqués par un servant invisible. Shirou choisit de le combattre lui-même, ne voulant invoquer Saber qu'en dernier recours...

Saber n'a pas apprécié les risques qu'a pris Shirou face à Rider. Cependant, en plus de la colère de la jeune femme, il doit se démêler avec la présence rapprochée de Rin qui fait de l'ombre à la timide Sakura. Mais pour le moment, une mission l'attend : en compagnie de Rin, ils doivent détruire les sceaux qui créent le champ de force autour de l'école, et ainsi retarder son emprise sur les élèves. Et si la lycéenne sait rompre le charme, Shirou sait trouver les sceaux et leur affaire semble en bonne voie...

Shinji a révélé à Shirou qu'il ne possédait pas de pouvoirs, qu'il était un maître relativement faible, et lui a proposé de s'associer. Ce que Emiya a refusé. Il lui a cependant doné une information de premier ordre : une sorcière très puissante s'est établie au temple Ryuudouji et collecte des âmes. Shirou en parle alors à Saber et Rin, qui décide qu'il vaut mieux attendre et se renseigner plutôt que se jeter dans la gueule du loup. En attendant, elle va vivre chez lui...

Saber s'est rendue seule au Temple Ryuudouji, où elle croise la route d'Assassin, de son vrai nom Kojiro Sasaki. Celui-ci est expert dans le maniement du katana et ne souhaite qu'une chose : que Saber lui montre ses réelles capacités qu'elle continue de cacher pour une obscure raison. A l'écart, Rider profite de ce combat pour s'introduire dans l'enceinte du temple et débusquer le Maître d'Assassin...

Shirou a décidé de rester à la maison pour s'entraîner avec Saber. Celle-ci, comme prévu, ne le ménage pas. La pause déjeuner arrivant, le jeune homme sort faire des courses et tombe sur Ilya. Celle-ci ne lui veut aucun mal, puisqu'il est interdit de se battre en journée. Au contraire, ils commencent à discuter comme des amis, se racontant leurs passés...

Alors que Rin s'est absentée, Shirou est appelé par Shinji, qui a quelque chose d'important. Ce dernier se rue à l'école et tombe dans le piège de son camarade : le kekkai activé, tous les élèves ont sombré dans le coma et Shinji est près à être tué par Rider. Ne voyant plus d'autre solution, le jeune homme invoque Saber...

Shirou et Saber décide de repartir très vite à la recherche de Shinji qui ne cherchera qu'une chose : se venger. Ils commencent à parcourir Shinto à sa recherche...

Saber a été vidée de sa mana par le combat contre Rider et ne sort plus du sommeil profond dans lequel elle est plongée. Pour Rin, la situation est claire : Shirou doit lui redonner de l'énergie et le seul moyen est de la forcer à attaquer des humains. Le jeune homme se refuse bien sûr à cette extrémité. Alors qu'il médite dans un parc, Ilya surgit et le fait prisonnier grâce à ses pouvoirs. Cependant, elle ne souhaite pas le tuer...

Rin, Saber et Archer se sont rendus au château et ont pénétré à l'intérieur alors qu'Ilya est sortie. Ils trouvent rapidement Shirou et commencent à s'enfuir quand ils sont rattrapés dans le hall par Ilya et Berserker, celle-ci trop contente de les voir tomber dans son piège. Rin demande alors à Archer de retenir le monstre pendant qu'ils fuiront, Saber étant trop faible pour se battre. Un combat à mort d'une violence inouïe s'engage alors...

Rin, Shirou et Saber ont trouvé refuge dans une maison abandonnée, perdue au beau milieu de la forêt. Mais la Servant est trop faible et Rin propose une solution pour que Shirou puisse recharger lui-même la mana de Saber. Ce qu'il accepte immédiatement. Rin prépare également son plan pour vaincre Berserker. Mais une surprise l'attend...

Alors que tout semble perdu face à la quasi invincibilité de Berserker, Shirou utilise son don au maximum pour faire apparaître une réplique d'Excalibur, à l'aide de laquelle il vainc le Servant. Mais il refuse que Saber tue Ilya et décide de l'héberger chez lui, au grand dam de Rin et surtout de Saber, qui ne voit pas cette intrusion d'un bon oeil : d'une part parce qu'elle est une ennemie qui peut encore prendre le contrôle d'un Servant errant, mais aussi parce qu'elle a tendance à se coller au jeune homme..

La série de comas qui touche la ville a repris de plus belle. Ilya apprend à ses nouveaux alliés que cette magie est l'oeuvre de Caster, une Servant magicienne. Après s'être débarrassée de son Maître, s'en est trouvée un nouveau et a invoqué Assassin pour les protéger. La seule faille est que ce nouveau Maître n'est pas un magicien lui-même, et se trouve donc être plus vulnérable. Or, selon toute vraisemblance, il s'agit de M. Kuzuki, qui habite justement au temple Ryuudouji depuis 3 ans. Rin, Saber et Shirou se placent donc en embuscade sur le chemin menant de l'école au temple, prêts à l'attaquer...

Saber, Rin et shirou se rendent au temple Ryuudouji où ils découvrent une entrée secrète les menant dans le sous-sol de la colline, où Caster a bâti une grande cité grâce à sa magie. Elle y retient Sakura, prête à exécuter le rituel d'invocation du Graal. Mais pour parvenir jusqu'à elle, les trois arrivants devront se défaire d'Assassin et de Kuzuki...

Shirou, Rin et Saber se retrouvent en très mauvaise posture face à Caster qui a l'avantage du terrain. Mais ils sont sauvés par l'intervention d'un étrange Servant vêtu d'or qui, après avoir défait Caster et Kuzuki sans effort, rappelle à Saber qu'il attend la réponse à sa demande depuis dix ans...

Confrontés à Gilgamesh, Saber et Shirou sont très vite submergés par la puissance du Roi des Héros. Grièvement blessés, ils semblent promis à une mort certaine. Leur seule issue réside dans le pouvoir d'imagination de Shirou...

Rin et Saber commencent à s'inquiéter de la disparition de Shirou. Cette dernière se rend à l'église de Kotomine, un lieu qui ne lui a jamais inspiré confiance. Sur place, elle découvre que Lancer est le Servant de Kirei, celui-ci ayant déjà participé à la précédente guerre, il y a dix ans. C'est à cette époque qu'il conclut un pacte avec Gilgamesh qui, depuis, le suit et l'aide dans sa tâche...

En revenant à la maison, Saber et Shirou découvrent Rin grièvement blessée suite à la visite de Kotomine. Celui-ci a enlevé Ilya pour en faire le réceptacle du Saint Graal et s'est replié au temple Ryuudouji. Avant de sombrer dans le coma, elle leur donne quelques conseils. Le Maître et le Servant se rende sur la colline, prêt pour l'ultime affrontement qui, une fois terminé, les séparera à tout jamais...

Le terrible affrontement entre Shirou et Kirei d'un coté, Saber et Gilgamesh de l'autre, se poursuit. La présence du Saint Graal devient de plus en plus palpable et seul un miracle pourrait permettre à Shirou de triompher...