Hace diez años, en la ciudad de Fuyuki, un joven fue atrapado en un infierno masivo que incineró a sus padres y consumió una gran parte de la ciudad; cuando estaba muriendo, un hombre lo salva. Ahora este chico, Shirou Emiya, es un mecánico aficionado que asiste a la escuela en Homurabara Gakuen. Shirou también parece ser bastante mago, pero sus habilidades no están cerca del nivel de su difunto padre. Mientras tanto, la ciudad está empezando a estar plagada de derrames de gasolina y homicidios, y con el sentido de justicia de Shirou comienza a aparecer, ¿qué podría hacer alguien como él?

Rin parece tener problemas con el sirviente que tiene y el hecho de que ella no era lo suficientemente poderosa como para llamar a un sirviente más poderoso. De vuelta en la escuela, Ayako le ha pedido a Shirou que vigile al hermano de Sakura, Shinji Matou, que ha estado jugando en el club de arquería. Al final, Shinji aprovecha la naturaleza servicial de Shirou y lo hace ocuparse del dojo del club de arquería. Sin embargo, mientras que la cabeza de limpieza de Shirou sale a inspeccionar un ruido, solo para presenciar una pelea entre dos sirvientes.

Shirou todavía está perdida e increíblemente confundida, después de ver a un elegante guerrero con el nombre de Saber aparecer ante él y elegirlo como su Maestro. Shirou ni siquiera tiene la oportunidad de entender la situación antes de que Sabre continúe su pelea con Lancer, pero antes de que las cosas se pongan demasiado serias, Lancer se va. Saber elige pelear con Rin y su sirviente, pero Saber acepta a regañadientes la orden de Shirou de detenerse. Shirou luego se entera de la Guerra del Santo Grial, en la que se ha metido.

Después de la reunión con Kirei Kotomine, Shirou y Rin abandonan la iglesia solo para encontrarse con otro Maestro que se hace llamar Illyasviel von Einzbern. Saber se ve obligado a entrar en combate contra un servidor incomprensiblemente más fuerte, llamado Beserker. Dado que la lesión previa de Saber sigue causando problemas importantes y reduciendo su capacidad de combate, ¿hay alguna posibilidad de que gane?

Shirou le presenta a Saber a Sakura y al único maestro que dice que es un pariente lejano. La maestra prueba las habilidades de Saber para poder defender a Shirou bastante patéticamente, le permite quedarse en la casa con él. Cuando Rin y Archer hablan, él le pregunta por qué no persigue a Shirou, un objetivo fácil de matar. Ella dice que si apareciera frente a ella sin darse cuenta, lo mataría. En la escuela, algunas chicas faltan a la escuela por segundo día consecutivo. Después de la escuela, Shirou se ha quedado para investigar esta desaparición cuando se encuentra con Rin. Rin se enfrenta a Shirou llamándolo idiota por caminar sin hacer nada sin su sirviente y ella lo ataca. Shirou huye de ella y se encierra en un salón de clases. Shirou hace la única magia que conoce y fortifica un escritorio para protegerse contra un ataque de Rin. Toda la escuela está siendo iluminada por estos acontecimientos, todo esto siendo observado por un personaje misterioso en los árboles y el episodio termina.

Rin le da a Shirou la opción de traicionar a Saber y renunciar como maestro o ella le romperá el brazo y hará que sea imposible ser usado alguna vez. Antes de que Rin pueda hacer algo, oyen un grito y Shirou va a investigarlo, seguido por Rin. Los dos encuentran a una chica inconsciente en el suelo. Rin comienza a atenderla y Rin no puede concentrarse con la puerta abierta al exterior, así que Shirou va a cerrarla. Justo en ese momento Shirou ve un clavo que se lanza hacia ellos, hacia la cabeza de Rin. Él lo bloquea con su brazo y es atravesado por el brazo por una espiga que luego desaparece. Un sirviente se revela a sí misma, ella usa cadenas y púas en el extremo de ellos como un arma y comienza a atacar a Shirou. El sirviente está a punto de matarlo, Rin dispara la cadena y libera a Shirou, haciendo que el Sirviente se retire. Rin pregunta quién era el maestro y Shirou dice que no sabe. Shirou se dirige a su casa con Archer como su acompañante hasta que llega sano y salvo a Saber. Archer habla con Shirou sobre su método y plan para jugar esta Guerra del Santo Grial. Archer menciona cómo se enteró de la pelea con el Sirviente, a quien llama Rider. Archer dice que cuanto más abrazas un ideal, más fricción y contradicción tienes con la realidad. Se va sin decir nada más. Shirou reflexiona sobre lo que dijo Archer.

Saber le gritó a Shirou por no llamarla cuando estaba en peligro. Saber comienza a ir a la escuela con Shirou. Cuando Rin aparece y dice que caminará con Shirou a la escuela, Saber lo permite después de que Rin hable con ella. Explicó que de esta manera los enemigos pueden pensar que es una trampa no ver a Saber con él, por lo que es menos probable que ataquen. Rin explica que deberían haber marcas de hechizos en la escuela y que si las destruyen demorarán la activación del campo de fuerza. pero no destruirlo, y lo más probable es que obligue al maestro a esconderse. Después de la escuela Shirou y Rin trabajan para encontrar marcas de hechizo y destruirlas. Terminan destruyendo una buena cantidad de ellos y lo llaman una noche. En el camino a casa, antes de que Shirou llegue a algún lado pero después de que Rin se vaya, él siente algo realmente fuerte. Él va a investigarlo y siente que viene del club de arquería. Shirou se dirige al interior, donde ve un gran círculo de hechizos en la pared y cuando trata de tocarlo se queda atónito por la magia. Luego ve a Rider y antes de que ella haga algo, Shinji entra, ordenando a Rider que la haga dar un paso atrás y le pregunta a Shirou si quiere jugar.

Shinji dice cosas como que no tiene intención de pelear y fue arrastrado a esta guerra. Él pide hacer una alianza con Shirou para ir tras Rin, pero Shirou se niega. Shinji dice que porque él no conoce la magia, otros Maestros no pueden detectarlo, lo que significa que Shinji no es el otro Maestro que Rin estaba detectando, lo que significa que hay un cuarto en la escuela. Antes de que Shirou se vaya, Shinji le cuenta a Shirou que uno de los Maestros ha establecido una base en un templo. Shirou llega a casa y Sabre y Rin le gritan, Rin ha venido después de que Shirou no regresó a casa. Shirou les cuenta acerca de Shinji y el Maestro en el templo. Shirou y Rin están de acuerdo, contra el juicio de Sabres, en que no deben atacar el templo todavía, ya que no saben qué Sirviente y puede ser una trampa. Saber aparece de nuevo con Shirou el templo, pero Shirou insiste en que no irán. Después de que Shirou duerme, Saber menciona lo ingenuo que es y se pone su armadura y se dirige hacia el templo donde vemos a un nuevo Sirviente que no habíamos visto antes de esperar.

Saber está ansioso por ir al templo, pero Shirō ha insistido en que no irán porque parece demasiado peligroso. Sin embargo, tan pronto como Shirō se duerma, Saber se dirige sola al templo, no solo para ser confrontada por el sirviente identificado como Assassin. A diferencia de cualquier otro servidor, Assassin en realidad revela su verdadera identidad a Saber, como Sasaki Kojirou. Aunque la conversación termina aquí y la lucha comienza, pero mientras esto sucede, Rider se les escapa y entra al templo para luchar contra una mujer. ¿Quién es esta misteriosa mujer y Shinji estaba planeando esto todo el tiempo?

Saber y Shirou practican por un tiempo, Saber domina completamente a Shirou y no entrena como algunos pensarían, sino solo un ataque directo entre los dos, donde Shirou sigue siendo golpeada y golpeada contra el suelo varias veces. Saber comenta sobre cómo Shirou está haciendo bastante bien y está asombrada por su celo y sus cosas. Tómate un descanso y Shirou le pregunta a Saber qué deseo quiere que conceda si tiene el Santo Grial. Shirou se dirige a comprar cosas para almorzar y se encuentra con Ilya. Hablan un poco sobre su pasado e Ilya dice de dónde vino. Shirou le dice que heredó algo precioso de él. Él dice que no recibió la Marca Mágica de su padre, pero dice que todavía es un maestro, solo un mago a medias. Cuando Shirou llega a su casa, habla con Rin y le dice que en la escuela Shinji le pidió que formara equipo con él. Rin dice que ella lo rechazó, diciendo que ya se había asociado con Shirou y que confía mucho más en él. Archer dice que Shirou es un fracaso y que nunca podrá derrotar a un Sirviente. Sin embargo, parece darle algunos consejos para decir que, si no puedes vencer a alguien, imagina algo en tu cabeza con el que puedas vencerlos, porque eso es todo lo que podrás hacer.

Después de una sesión de entrenamiento por la mañana con Sabre, Shirou es arrastrada por Rin para un entrenamiento más de la suya. Mientras esto sucede, Shirou recibe una llamada telefónica de Shinji, pidiéndole a Shirou que lo encuentre en la escuela. Debido a que parecía urgente, Shirou se dirige a la escuela y se sorprende grandemente por lo que ve. Shinji muestra sus verdaderos colores y dice cómo quería mostrarle a Rin que era superior a Shirou y que lo derrotaría aquí. ¿Qué le sucederá a Shirou y tendrá la voluntad de luchar contra un Maestro y su Siervo, solo?

Shirou está muy preocupada por el bienestar de los estudiantes, el personal y la escuela después de los eventos de ayer; está especialmente preocupado por Taiga, que parece estar recuperándose bien. Shirou ahora está decidido a poner fin a esto y planea perseguir a Shinji antes de que pueda hacer otro campo de fuerza y con el apoyo de Sabres salen. Sin embargo, antes de eso, Shirou tiene información importante para revelarle a Rin sobre el Sirviente de Shinji, Rider sobre el Noble Phantasm que usó.

Shirou se duerme y ve un sueño de un flashback del pasado de Saber. Vemos a Saber en paños antiguos que suben a una espada en una piedra. Saber se despierta y se da cuenta de que Shirou ya no está. Habla con Rin y, a pesar de la objeción de Archer, lo buscan, sospechando que ha sido secuestrado por un enemigo. Shirou se despierta en la casa de Ilya como su prisionero. Ilya dice cómo quiere que Shirou se convierta en suya.

Archer ha sido derrotado por el inmejorable Beserker y ahora Shirou, Saber y Rin están haciendo todo lo posible para escapar de la misma suerte. Pueden encontrar refugio para esperar algún tiempo, porque Shirou tiene que encontrar la forma de reponer el maná de Saber mientras Ilya los busca. Con el sacrificio de Archer, Rin está mucho más decidida a salir de esto con vida y se le ocurre un plan elaborado. Comienza el comienzo de una pelea entre Sabre y Berserker.

La batalla está en el punto de inflexión, donde Rin está a punto de ser aplastada por Beserker y Saber no puede salvarla. Como último recurso, Saber decide usar su Noble Phantasm para derrotar a Beserker, sin importar cómo le afectaría. Al darse cuenta de que Saber podría desaparecer de esto, Shirou la obliga a detenerse y decide tomar cartas en el asunto. El avance del personaje de Shirou a medida que encontramos lo que él realmente puede hacer.

Shirou se despierta después de tener otro sueño más del pasado de Saber y claramente se conmueve por lo que sucedió. Esa mañana, durante el desayuno, Ilya es presentada por Rin como otra persona que permanecerá allí por un tiempo y Taiga parece aceptarla bien. Mientras tanto, ha habido noticias sobre incluso más filtraciones de gas, lo que significa que el Maestro en Ryudouji parece estar escalando sus planes. Mientras Shirou, Rin y Saber están planeando qué hacer al respecto, Ilya entra a la sala con una gran cantidad de información sobre este tema.

Shirou, Saber y Rin están en los escalones del templo. Aparece Assassin, él deja que Shirou y Rin pasen y peleen contra Saber. Shirou y Rin pasan por delante de Assassin y, más allá de él, ven a Sakura, vestida con telas bastante extrañas, que parece estar dolorida, ya que está resplandeciendo de rojo. Ella está en un área de arena de pit y mientras se preparan para ir allí, son atacados por detrás de los cuales Shirou nota y bloquea el ataque con las espadas de Archer. Souichirou aparece y Shirou le dice a Rin que siga adelante mientras él lucha contra Souichirou y ella va a rescatar a Sakura. Mientras tanto, la lucha de Saber y Assassin continúa. Se felicitan mutuamente por ser uno de los mejores espadachines que jamás hayan enfrentado y Assassin le dice a Saber que su identidad, Sasaki Kojirou, realmente no existe. Él es fabricado de las mentes de las personas de ser un gran espadachín, por lo que es un alma heroica ficticia. Él dice que no tiene ningún deseo por el Santo Grial por lo tanto; su verdadero deseo es esto, una pelea con un oponente digno. Nos enteramos más sobre el pasado de Rin y Sakura y cómo alguna vez fueron sus mejores amigos. Caster está viendo esta sonrisa diciendo que solo necesita un mago para el sacrificio. Todo parece ir como ella había planeado.

La pelea de Saber con Assassin y la pelea de Shirou con Souichirou alcanza su clímax. Souichirou rompe las espadas de Shirou nuevamente, enviándolo a volar hacia donde están Rin y Sakura y le toca a Saber vencer a Assassin y llegar a tiempo para salvar a todos. Con Sabre todavía afectado por el Noble Phantasm Rule Breaker de Caster, no puede vencer a Caster cuando de repente su lucha es interrumpida por un Servidor desconocido. Parece que Saber está familiarizado con este Sirviente, pero resulta que él es el octavo Sirviente en esta Guerra del Santo Grial. A la luz de la aparición del octavo Sirviente, Saber finalmente revela a Shirou los impactantes eventos de la anterior Guerra del Santo Grial.

Shirou saca a Saber en una cita para tratar de convencerla de no usar el Grial y volver a su propio tiempo, sino de quedarse en este momento.

Con la aparición del misterioso Servidor de la clase Archer, Saber le dice a Shirou que escape mientras lo mantiene ocupado. Sin embargo, Shirou, sabiendo que Saber no pudo derrotarlo antes, tontamente intenta atacarlo de frente y con el chasquido de sus dedos Shirou es rápidamente derrotado. Will Saber tendrá la fuerza para derrotarlo, sobre todo ahora que conoce su verdadera identidad; dueño de todos los tesoros del mundo, el Rey de los Héroes de la antigua Uruk, Gilgamesh. Kirei Kotomine también parece jugar un papel importante en la Guerra del Santo Grial y no es porque sea el mediador.

Saber parece que no puede olvidar a Shirou, pero es de corta duración cuando se entera por Rin de que Ilya tiene una fiebre terrible y puede que no dure mucho. Mientras tanto, Shirou sigue desaparecido, ya que no ha regresado de la noche anterior y Saber sabe que solo hay un lugar donde podría estar, la iglesia. No pasa mucho tiempo para que Saber se dé cuenta de que Shirou está herida en el piso, pero no puede hacer nada porque Lancer la saludó. Saber debe decidir si realmente desea el Santo Grial ya que se le ha dado un medio para adquirirlo. Kirei Kotomine revela lo que sucedió realmente al final de la última Guerra del Santo Grial y ¿qué harán Shirou y Saber sabiendo el verdadero significado del Santo Grial?

Después del incidente en la iglesia, Saber y Shirou regresan a casa solo para encontrar a Rin en el piso y gravemente herido. Resulta que Kirei Kotomine la atacó, mientras que Shirou y Saber estaban ocupados y eso no es todo porque también se ha llevado a Ilya y planea hacerle el sacrificio por el Santo Grial. Ayudados con el último consejo de Rin, ambos se dirigen a Ryudouji, donde Kirei convocará al Santo Grial. Saber volverá a pelear con Gilgamesh y Shirou tendrá que dejarla y tratar con Kirei, quien obviamente tiene algún tipo de venganza personal contra Shirou. La pelea final acaba de comenzar.

Shirou se encontró atrapada en el mismo lugar donde Kirei Kotomine atrapó al padre de Shirou. Rodeado por la muerte, Shirou debe escapar de este lugar solo con la fuerza de voluntad, si quiere terminar esta Guerra del Santo Grial de una vez por todas. Saber también está teniendo problemas para derrotar al algo imbatible Gilgamesh, pero hay esperanza, con el poder de "Avalon" La Utopía Siempre Distante. ¿Qué sucederá realmente al destruir el Santo Grial? ¿Las cosas podrán volver a la normalidad?