Hace diez años, en la ciudad de Fuyuki, un joven fue atrapado en un infierno masivo que incineró a sus padres y consumió una gran parte de la ciudad; cuando estaba muriendo, un hombre lo salva. Ahora este chico, Shirou Emiya, es un mecánico aficionado que asiste a la escuela en Homurabara Gakuen. Shirou también parece ser bastante mago, pero sus habilidades no están cerca del nivel de su difunto padre. Mientras tanto, la ciudad está empezando a estar plagada de derrames de gasolina y homicidios, y con el sentido de justicia de Shirou comienza a aparecer, ¿qué podría hacer alguien como él?

Shirou todavía está perdida e increíblemente confundida, después de ver a un elegante guerrero con el nombre de Saber aparecer ante él y elegirlo como su Maestro. Shirou ni siquiera tiene la oportunidad de entender la situación antes de que Sabre continúe su pelea con Lancer, pero antes de que las cosas se pongan demasiado serias, Lancer se va. Saber elige pelear con Rin y su sirviente, pero Saber acepta a regañadientes la orden de Shirou de detenerse. Shirou luego se entera de la Guerra del Santo Grial, en la que se ha metido.

Después de la reunión con Kirei Kotomine, Shirou y Rin abandonan la iglesia solo para encontrarse con otro Maestro que se hace llamar Illyasviel von Einzbern. Saber se ve obligado a entrar en combate contra un servidor incomprensiblemente más fuerte, llamado Beserker. Dado que la lesión previa de Saber sigue causando problemas importantes y reduciendo su capacidad de combate, ¿hay alguna posibilidad de que gane?

Saber y Shirou practican por un tiempo, Saber domina completamente a Shirou y no entrena como algunos pensarían, sino solo un ataque directo entre los dos, donde Shirou sigue siendo golpeada y golpeada contra el suelo varias veces. Saber comenta sobre cómo Shirou está haciendo bastante bien y está asombrada por su celo y sus cosas. Tómate un descanso y Shirou le pregunta a Saber qué deseo quiere que conceda si tiene el Santo Grial. Shirou se dirige a comprar cosas para almorzar y se encuentra con Ilya. Hablan un poco sobre su pasado e Ilya dice de dónde vino. Shirou le dice que heredó algo precioso de él. Él dice que no recibió la Marca Mágica de su padre, pero dice que todavía es un maestro, solo un mago a medias. Cuando Shirou llega a su casa, habla con Rin y le dice que en la escuela Shinji le pidió que formara equipo con él. Rin dice que ella lo rechazó, diciendo que ya se había asociado con Shirou y que confía mucho más en él. Archer dice que Shirou es un fracaso y que nunca podrá derrotar a un Sirviente. Sin embargo, parece darle algunos consejos para decir que, si no puedes vencer a alguien, imagina algo en tu cabeza con el que puedas vencerlos, porque eso es todo lo que podrás hacer.

Después de una sesión de entrenamiento por la mañana con Sabre, Shirou es arrastrada por Rin para un entrenamiento más de la suya. Mientras esto sucede, Shirou recibe una llamada telefónica de Shinji, pidiéndole a Shirou que lo encuentre en la escuela. Debido a que parecía urgente, Shirou se dirige a la escuela y se sorprende grandemente por lo que ve. Shinji muestra sus verdaderos colores y dice cómo quería mostrarle a Rin que era superior a Shirou y que lo derrotaría aquí. ¿Qué le sucederá a Shirou y tendrá la voluntad de luchar contra un Maestro y su Siervo, solo?

Shirou se duerme y ve un sueño de un flashback del pasado de Saber. Vemos a Saber en paños antiguos que suben a una espada en una piedra. Saber se despierta y se da cuenta de que Shirou ya no está. Habla con Rin y, a pesar de la objeción de Archer, lo buscan, sospechando que ha sido secuestrado por un enemigo. Shirou se despierta en la casa de Ilya como su prisionero. Ilya dice cómo quiere que Shirou se convierta en suya.

Rin, Saber y Archer a las afueras de la mansión de Ilya. Ven que Ilya sale, por lo que pronto se dirigen al interior para rescatar a Shirou.Rin le pide a Archer que reduzca la velocidad de Berserker mientras el resto escapa. Archer dice que está bien, pero le pregunta si está bien patear el culo de Berserker mientras lo hace. Rin tipo de sonrisas y se escapan, dejando a Archer para luchar contra Berserker. Antes de irse, Archer grita Emiya Shirou. Shirou se detiene y Archer le dice, entiende: no eres quien pelea. No eres más que alguien que crea. Arrojar pensamientos irrelevantes. Solo hay una cosa que puedes hacer. ¡Domina esa única cosa! Archer luego hace que una parte del techo caiga separándolos para que Shirou huya. Comienza la pelea entre Archer y Berserker.

Archer ha sido derrotado por el inmejorable Beserker y ahora Shirou, Saber y Rin están haciendo todo lo posible para escapar de la misma suerte. Pueden encontrar refugio para esperar algún tiempo, porque Shirou tiene que encontrar la forma de reponer el maná de Saber mientras Ilya los busca. Con el sacrificio de Archer, Rin está mucho más decidida a salir de esto con vida y se le ocurre un plan elaborado. Comienza el comienzo de una pelea entre Sabre y Berserker.

La batalla está en el punto de inflexión, donde Rin está a punto de ser aplastada por Beserker y Saber no puede salvarla. Como último recurso, Saber decide usar su Noble Phantasm para derrotar a Beserker, sin importar cómo le afectaría. Al darse cuenta de que Saber podría desaparecer de esto, Shirou la obliga a detenerse y decide tomar cartas en el asunto. El avance del personaje de Shirou a medida que encontramos lo que él realmente puede hacer.

Shirou se despierta después de tener otro sueño más del pasado de Saber y claramente se conmueve por lo que sucedió. Esa mañana, durante el desayuno, Ilya es presentada por Rin como otra persona que permanecerá allí por un tiempo y Taiga parece aceptarla bien. Mientras tanto, ha habido noticias sobre incluso más filtraciones de gas, lo que significa que el Maestro en Ryudouji parece estar escalando sus planes. Mientras Shirou, Rin y Saber están planeando qué hacer al respecto, Ilya entra a la sala con una gran cantidad de información sobre este tema.

Shirou saca a Saber en una cita para tratar de convencerla de no usar el Grial y volver a su propio tiempo, sino de quedarse en este momento.

Saber parece que no puede olvidar a Shirou, pero es de corta duración cuando se entera por Rin de que Ilya tiene una fiebre terrible y puede que no dure mucho. Mientras tanto, Shirou sigue desaparecido, ya que no ha regresado de la noche anterior y Saber sabe que solo hay un lugar donde podría estar, la iglesia. No pasa mucho tiempo para que Saber se dé cuenta de que Shirou está herida en el piso, pero no puede hacer nada porque Lancer la saludó. Saber debe decidir si realmente desea el Santo Grial ya que se le ha dado un medio para adquirirlo. Kirei Kotomine revela lo que sucedió realmente al final de la última Guerra del Santo Grial y ¿qué harán Shirou y Saber sabiendo el verdadero significado del Santo Grial?

Shirou se encontró atrapada en el mismo lugar donde Kirei Kotomine atrapó al padre de Shirou. Rodeado por la muerte, Shirou debe escapar de este lugar solo con la fuerza de voluntad, si quiere terminar esta Guerra del Santo Grial de una vez por todas. Saber también está teniendo problemas para derrotar al algo imbatible Gilgamesh, pero hay esperanza, con el poder de "Avalon" La Utopía Siempre Distante. ¿Qué sucederá realmente al destruir el Santo Grial? ¿Las cosas podrán volver a la normalidad?