바다 열차에 놀라 허둥대던 루피 일행은 스테이션에 있던 침니와 코코로의 말을 듣고, 세계 제일의 조선소가 있다는 워터 세븐으로 향한다. 워터 세븐에 도착한 일행은 황금을 돈으로 바꿔 배를 수리하려 하는데..

루피 일행은 수로를 이용해 워터 세븐 중심가의 골목 상점가를 찾아간다. 한편 쵸파와 나온 로빈은 지나가던 가면 쓴 사람에게서 CP9이라는 말을 듣고 모습을 감추는데..

프랑키 일가가 밀짚모자 해적단을 노리는 가운데 루피 일행은 황금을 돈으로 교환해 조선소를 찾아간다. 아이스버그를 찾으러 무조건 안으로 들어가려던 루피는 갑자기 나타난 사람에게 앞이 막히는데..

돈을 되찾은 후 조선소 구경을 하던 우솝은 프랭키 일가의 기습을 받고 사라진다. 한편 조선소를 구경하던 루피와 나미는 고잉 메리호를 보고 온 카쿠에게서 충격적인 얘기를 듣게 되는데..

루피와 나미는 루루의 말에 프랑키 일가가 우솝을 끌려간 걸 알게 된다. 루피는 무작정 우솝을 찾으러 가고, 서둘러 배로 돌아가던 나미는 엉망이 된 모습으로 쓰러져 있는 우솝을 발견하는데..

빼앗긴 돈을 되찾기 위해, 프랑키 하우스로 간 우솝은 엉망진창이 된 채 버려진다. 우솝을 구하러 간 루피 일행은 그 모습을 보고 조용히 프랑키 하우스로 향하는데..

정신을 차린 우솝은 배를 새로 바꾼다는 얘기에 크게 흥분해 루피와 싸우고 해적단에서 나가겠다고 한다. 배에서 내린 우솝은 루피에게 메리 호를 걸고 결투하자고 하는데..

루피에 대해 잘 알고 있는 우솝은 만반의 준비를 갖추고 싸움에 임한다. 우솝은 쉴 새 없는 공격으로 루피를 궁지로 모는 듯 하지만, 결국 루피에게 지고 만다. 루피는 쓰러진 우솝에게 메리를 주겠다고 하는데..

워터세븐은 아이스버그 습격 사건으로 소동이 일어난다. 메리 호를 떠나 숙소에 있던 루피는 그 소식에 아이스버그를 만나러 나가고, 상디와 쵸파는 로빈을 찾아다니는데..

루피는 불을 내뿜고 팔을 쏘는 프랑키의 공격에 속수무책으로 당한다. 한편 아이스버그로부터 범인 중 한 명이 니코 로빈이란 얘기를 들은 직공장들은 루피 일행이 범인이라고 믿는데..

루피는 아이스버그를 습격한 범인이 로빈이라는 소리에 아이스버그를 직접 만나 진실을 확인하기로 한다. 본사로 침입해 조선공들에게 쫓기던 루피를 비서 칼리파가 불러 세우는데..

루피와 나미, 조로는 각각 섬 사람들과 조선공들에게 쫓기게 된다. 상디와 쵸파는 블루 스테이션 근처에서 로빈을 만나지만, 로빈은 이제 돌아오지 않겠다는 말을 남기고 돌아선다.

루피는 쵸파를 만나 로빈이 한 얘기를 전해 듣고 사실을 확인하기 위해, 밤에 있을 암살 현장으로 가 로빈을 붙잡기로 한다. 한편 아이스버그를 지키기 위해 갤리 라의 조선공들이 총동원되는데..

건물로 들어가려다 들켜 쫓기던 조로는 정면 돌파를 감행하고, 아이스버그는 로빈을 만나려 했던 목적과 이유를 얘기해준다. 한편 파울리는 CP9 두 명에게 빼앗아간 게 실은 가짜라고 말하는데..

가짜 설계도롤 보고 하나의 가설을 세운 루치는 차근차근 설명하며, 진짜 설계도를 가지고 있는 인물이 누구인지 추리한다. 한편 루피와 파울리, 조로와 나미, 쵸파는 각각 아이스버그의 침실로 뛰어드는데..

CP9은 진짜 설계도를 찾으러 가기 전, 증거를 없애기 위해 방 안에 있는 모두를 없애려 한다. 루피와 조로가 이에 맞서지만, 인간의 한계를 뛰어넘는 CP9의 힘에 당하기만 하는데..

거대한 표범인간으로 변한 루치는 루피와 조로를 간단히 제압해 창밖으로 던지고, 아이스버그와 파울리를 묶어둔 채 떠난다. 프랑키를 찾던 CP9은 프랑키의 부하들이 소리치는 걸 듣고 접근하는데..

프랑키는 배를 고쳐 다시 타겠다는 우솝의 말에, 배를 해체하겠다고 나선다. 우솝이 온 힘을 다해 이를 막자, 프랑키는 직접 배 상태를 확인하라며 우솝을 물속으로 던져 넣고, 물에서 나온 우솝은 하늘섬에서 있었던 일을 얘기하는데..

설계도를 빼앗으려던 CP9은 그 장소가 예전 톰즈 워커스가 있던 자리란 걸 알게 된다. 한편 프랑키는 어릴 때 톰을 처음 만나 바다 열차를 만들 때까지의 기억을 떠올리는데..

어느 날 스팬덤이란 정부인사가 톰이 가지고 있는 고대 병기의 설계도를 노리고 찾아온다. 그리고 무죄로 풀려날 톰을 죄인으로 만들기 위해 프랑키가 만든 전함을 이용하는데..

스팬덤의 함정에 빠진 톰과 프랑키, 아이스버그는 재판을 받고, 재판장은 해적왕의 선박 제조죄는 면해주지만, 사법선 습격죄는 묻겠다고 한다. 이에 톰은 죄 하나를 면해줄 거라면 사법선 습격죄를 면해달라고 하는데..

쵸파는 불길 속에서 아이스버그와 파울리를 구해내고 쓰러진다. 나미는 아이스버그로부터 로빈의 행동이 밀짚모자 해적단을 구하기 위한 것이었다는 얘기를 듣고, 루피와 조로를 찾아 로빈을 구하러 가기로 결심하는데..

정부 관계자들이 탄 바다 열차가 11시에 출발한다는 소리를 들은 나미는 로빈을 설득하러 역으로 가고, 쵸파는 갤리 라의 조선공들과 함께 루피, 조로를 찾아다닌다. 한편 역에 있던 상디는 열차가 출발할 때까지 아무도 오지 않자 혼자 올라타는데..

바다 열차를 놓친 나미는 상디가 남긴 편지를 읽고, 로빈 곁에 상디가 있다는 생각에 일단 안심한다. 루피와 조로를 찾아 바다 열차를 쫓기로 결심한 나미는, 갈레라의 조선공들과 함께 루피를 찾아다니는데..

나미가 건물 사이에 낀 루피를 보고 달려가는 동안, 쵸파는 굴뚝에 꽂힌 조로를 발견한다. 최대한 가까이 간 나미는 루피에게 큰 소리로 로빈에 대해 말하고, 쵸파는 조로를 꺼내기 위해 애쓴다. 그러는 사이 어마어마한 아쿠아 라그나가 다가오는데..

루피는 아침까지 기다리라는 파울리의 말에 배를 빼앗겠다고 선언한다. 이를 보던 코코로는 바다 열차가 한 대 더 있다고 알려주고 루피 일행을 창고로 안내한다. 한편 바다 열차 안으로 들어간 상디는 우솝과 만나게 되는데..

워터세븐을 출발한 로켓 맨은 코코로의 노력으로 무사히 선로 위에 올라간다. 루피 일행은 프랑키 일가, 그리고 몰래 탄 갤리 라의 직공장들과 함께 퍼핑 톰을 쫓기로 하지만, 그때 그들 앞에 거대한 아쿠아 라그나가 다가오는데..

루피와 조로의 무시무시한 합체 기술로 아쿠아 라그나를 뚫은 로켓 맨은 퍼핑 톰을 쫓아간다. 한편, 나미로부터 사정을 모두 들은 상디는 로빈을 구하기 위해 움직이기로 한다. 우솝은 자신과 상관없는 일이라며 빠진다고 하는데..

상디는 로빈을 구하기 위해, 뒤에서부터 객차를 하나씩 처리하며 나아간다. 6호차와 7호차를 떼어내고 순조롭게 나아가선 상디 일행은 4호차에서 급사장 완제와 만나게 되는데..

상디는 다른 두 사람을 먼저 보내고 완제와 싸우기로 한다. 저격왕의 작전에 따라 따로 움직이던 두 사람 중 프랑키는 CP9의 신입인 네로와 지붕 위에서 만나게 된다. 한편 저격왕은 바다 열차의 외벽을 타고 로빈을 찾아가는데..

상디와 프랑키가 각자의 적과 싸우고 있을 때, 저격왕은 로빈을 만나 함께 탈출하자고 설득한다. 한편 퍼핑 톰을 뒤쫓고 있던 루피 일행은 선로 위에 서 있는 상디가 떼어낸 객차와 마주치는데..

선로 위에서 마주선 조로와 티본은 서로의 실력을 가늠하며 검을 뽑는다. 루피는 상디가 퍼핑 톰의 객차를 떼어냈을 거란 소리에 거의 따라잡았다며 기뻐한다. 한편 상디와 프랑키는 각각 완제와 네로를 물리치고 CP9과 마주하게 되는데..

CP9과 마주하고 있던 상디와 프랑키는 저격왕의 잔꾀로 로빈을 데리고 객차 하나를 떼어낸다. 그러나 안심하는 것도 잠시, 칼리파의 채찍에 잡힌 객차를 브루노가 끌어당기는데..

상디와 저격왕이 브루노와 싸우는 모습을 보던 로빈은 도망가지 않겠다며 먼저 나서서 원래의 객차로 돌아간다. 이를 막으려던 상디에게 브루노는 로빈이 어릴 때 겪은 버스터 콜에 대해 말해 주는데..