Après que le Vogue Merry échappe de justesse d'être frappé par le "Train des Mers", l'équipage du Chapeau de Paille rencontre une vieille femme du nom de Kokoro et sa petite fille, Chimney. Kokoro donne à Luffy une carte de Water Seven. Luffy, Usopp et Nami achètent des petits monstres marins appelés "Yagara" pour circuler dans la métropole aquatique.

Luffy, Nami et Usopp obtiennent d'étranges salutations de la part des résidents puis ont la chance de découvrir les canaux en forme de Grands huit de Water Seven, la métropole aquatique. Ils trouvent après des pirates qui ont été battus par des artisans puissants de Galley-La Company. Chopper perd Robin et Zoro est menacé par certaines personnes étranges sur le bateau.

Les personnes qui ont attaqué Zoro se révèlent être la redoutée " Franky Family ", bien qu'elle n'ait pas pu rivaliser avec notre sabreur. Luffy a échangé son or contre de l'argent. Ensuite, lui, Nami et Usopp rencontrent un homme qui ressemble à Usopp. Il se nomme Kaku et est un charpentier de Galley-La Company. Deux des valises contenant l'argent sont volées par la Franky Family, alors que Luffy parlait avec Icebarg.

On voit Pauly quand il récupère l'argent volé à Usopp qui court pour le reprendre. Kalifa montre à Luffy et les autres le quais 1 et leur explique comment Icebarg a fondé Galley-La Compagny. Kaku revient du Vogue Merry et leur dit qu'il ne pourra plus être réparé.

Luffy refuse de croire que le Vogue Merry n'est pas réparable. Ensuite, Luffy et Nami se rendent vite compte que non seulement Usopp a disparu mais que les deux valises sont vides. Nami décide de se rendre à la Franky House, et trouve Usopp sur la route dans un état ​​pitoyable. Comme elle se dirige vers le navire pour demander de l'aide, Usopp va à la Franky House lui-même.

Luffy, Sanji, Zoro et Chopper suivent les traces de sang qu'Usopp a laissé derrière lui jusqu'à la Franky House. Ils entrent dans la maison, et apprennent que Franky est absent et qu'il a pris l'argent avec lui. Luffy décide de se séparer du Vogue Merry.

Alors qu'ils sont de retour sur leur bateau, Luffy dit finalement à Usopp que le Vogue Merry ne peut plus être réparé et qu'ils doivent choisir un nouveau bateau. Usopp pense que Luffy a perdu la dignité de leur bateau, Usopp déclare alors qu'il quitte l'équipage. Il défie Luffy en duel et lui dit que s'il gagne, il prendra le Vogue Merry. L'équipage, ne sachant que faire, ne peut que regarder les deux anciens compagnons se livrer un duel.

Usopp n'est pas d'accord avec Luffy au sujet du Vogue Merry et le provoque en duel. L'affrontement commence !

Franky commence son combat. Il roue Luffy de coups et prend rapidement l'avantage. Il encaisse les coups de Luffy. Il s'apprête à lui donner le coup de grâce quand les contremaîtres arrivent et commencent à combattre Franky. Mais il arrive à les battre et donne un énorme coup de vent sur un bateau cassé qui s'effondre sur la population.

Les membres de la Galley-La Company attaquent Luffy et lui disent que Nico Robin est une de ses pirates, Nico Robin et un homme masqué, qui ont attaqué Icebarg. Franky est très énervé car "ils lui ont volé son adversaire". Une gigantesque vague appelée l'Aqua Laguna est en approche de Water Seven. Sanji et Chopper partent prévenir Usopp. Luffy part à la rencontre de Icebarg, pour lui demander ce qu'il se passe. Icebarg lui rétorque qu'il veut voir Robin une dernière fois pour lui demander quelque chose.

Dans un bar, Kokoro est en train de parler à Franky d'une théorie à propos de qui aurait pu tirer sur Icebarg. Des rumeurs disent que Nico Robin aurait été aperçue, accompagnée d'un membre d'une organisation, qui se fait appeler le CP9. Alors que l'Équipage du Chapeau de Paille se cache des habitants en colère, Sanji et Chopper retrouvent Robin. Cette dernière leur dit alors que c'est elle qui a tiré sur Icebarg. Robin demande alors à Sanji et à Chopper de l'oublier, elle ne veut plus faire partie de l'équipage.

Chopper retrouve les autres sans Sanji. Luffy décide que pour comprendre la vérité, ils doivent pouvoir attraper Robin. Usopp tente de réparer le navire assez bien pour qu'il puisse survivre à l'Aqua Laguna, pendant que Franky capture Usopp pour faire sortir Luffy de sa cachette. L'équipage du Chapeau de paille se dirige vers la Galley-La Compagny.

L'Équipage du Chapeau de Paille (excepté Sanji, qui manque toujours à l'appel), se dirige vers le siège de la Galley-La Company, où se situent Nico Robin et le CP9. Dans la pièce d'Icebarg, un homme mystérieux vu auparavant dit à Robin qu'ils ont délibérément choisi d'attaquer les Chapeaux de Paille. Leur véritable cible, ce sont les plans de l'Arme Antique Pluton que Icebarg semble avoir donné à Pauly. Monkey D. Luffy se retrouve coincé entre deux bâtiments, séparé de son équipage.

Tileston s'est fait battre par l'homme possédant un masque d'ours. Nico Robin parle toujours à Icebarg à l'intérieur de sa pièce. Le Gouvernement Mondial sait que Robin peut lire les Ponéglyphes. Et le CP9 pense que Icebarg détient les plans de l'Arme Antique Pluton. Les ennemis masqués se révèlent des personnes que Icebarg connaît bien. Ailleurs, Paulie explique à Luffy que les plans qu'il a en sa possession sont des faux.

Rob Lucci explique à Icebarg ses différentes théories et demande à Kaku de vérifier si ce à quoi il pense est vrai, en prenant le pouls d'Icebarg. Les agents du CP9 suspectent qu'un ami du passé d'Icebarg, Cutty Flam, soit en réalité Franky, leur théorie se révèle être véridique. De plus, Lucci pense que Franky détient les plans de l'Arme Antique Pluton. L'Équipage du Chapeau de Paille, accompagné de Pauly, retrouvent le CP9 et Icebarg.

Luffy et les membres de l'Équipage du Chapeau de Paille veulent que Robin revienne dans l'équipage. Elle refuse et déclare qu'elle ne pourra jamais accomplir son rêve si elle reste avec eux. Luffy tente de la rattraper mais les agents du CP9 l'en empêchent. Robin s'échappe facilement et Rob Lucci montre ses différentes "transformations".

La transformation de Rob Lucci provient d'un Fruit du Démon de type Zoan : le Neko Neko no Mi, modèle: Léopard. Lucci se débarrasse rapidement de l'Équipage du Chapeau de Paille et les autres agents du CP9 attachent Pauly et Icebarg, les laissant à la merci du bâtiment en flamme. Dans l'entrepôt de Franky, Usopp raconte sa malheureuse histoire à Franky, ce dernier, ému, lui parle un petit peu des contributions de Tom pour Water Seven.

Franky dit à Usopp que le Vogue Merry ne pourrait pas atteindre la prochaine île. Franky commence alors à le détruire, Usopp tente de l'en empêcher mais remarque alors que le bateau tombe en lambeaux. Il déclare qu'il le savait déjà mais il ne voulait pas l'abandonner, il l'a réalisé lorsqu'il a aperçu une mystérieuse personne réparant le bateau sur Upper Yard. Usopp pense que la personne qu'il a vu cette nuit-là était le Vogue Merry en personne. Franky lui dit que se devait être un Klabautermann, une très vieille histoire, qui raconte que le Klabautermann serait l'esprit du bateau et ne se manifesterait que si le bateau était aimé par ses compagnons de voyage, et heureux avec eux.

Les agents du CP9 découvrent la pièce secrète de Franky. Un long flashback du passé de Franky chez Tom's Workers commence, Tom est arrêté pour avoir construit l'Oro Jackson, le bateau de Gol D. Roger. Le juge Jorge lui accorde un sursis de dix ans pour construire le train des mers. Ce dernier est donc construit en dix ans grâce à Tom, Icebarg, Franky et Yokozuna.

Spandam, un représentant du CP5, est déterminé à mettre Tom derrière les barreaux pour récupérer des plans. Alors que Franky se rend en ville, des personnes du Gouvernement Mondial commencent à attaquer avec l'aide des bateaux qu'il a personnellement fabriqué. Tom et Icebarg courent en direction de leur chantier naval, où ils sont attaqués par deux des bateaux. Icebarg dit à Franky qu'il doit prendre la responsabilité des évènements, sinon il ne le pardonnera jamais.

Les employés de Tom's Workers sont arrêtés pour la destruction d'un bateau judiciaire. Franky déclare que les bateaux qui l'ont détruit sont les siens mais qu'il ne veut plus que se soit ses bateaux s'ils font de pareilles choses. Cela fait s'enrager Tom qui explique que Franky ne peut pas renier ses bateaux de la sorte. Tom demande à être puni pour son premier crime et que le second lui soit pardonné. Donc, Franky et Icebarg ne partent pas pour Enies Lobby. Mais Franky, très en colère, frappe Spandam au visage ce qui le défigure complètement.

Chopper s'échappe du bâtiment en feu avec Pauly et Icebarg. Icebarg explique à Nami que Robin voulait que tout l'Équipage du Chapeau de Paille survive, exceptée elle-même, et quitte l'île sans aucun problème. Pour se faire, elle s'est rendue au Gouvernement Mondial qui a accepté de laisser libre ses compagnons. Nami le dit à Chopper et, ensemble, ils tentent de retrouver le reste de l'équipage. Ailleurs, le Vogue Merry se lance dans la mer, il semble vouloir être détruit par l'Aqua Laguna se rapprochant.

Pauly aide l'Équipage du Chapeau de Paille en expliquant à la foule qu'ils ne sont pas ceux que l'on croyait. Il demande alors à la foule présente de suivre Chopper pour partir à la recherche des autres membres de l'équipage. Nami arrive à la gare où le train des mers s'apprête à partir. Sanji, qui se trouve lui aussi à la gare, espionne les employés du Gouvernement Mondial qui emmènent Robin avec eux dans le train des mers.

Nami est sauvée de l'Aqua Laguna par Pauly. Un homme vient donner une lettre de Sanji à Nami, il l'informe que Usopp, Franky et lui-même se trouvent à bord du train des mers. Nami le dit à Chopper et part à la recherche de Luffy, qui se trouve coincé entre deux bâtiments, dans la ville basse.

Nami rejoint finalement Luffy et lui dit qu'ils doivent se dépêcher pour rattraper Robin qui s'apprête à partir pour Enies Lobby. Chopper retrouve Zoro qui lui demande de lui donner le Sandai Kitetsu pour qu'il puisse s'échapper de la cheminée dans laquelle il est coincé. Luffy explose les bâtiments entre lesquels il était bloqué en les poussant. Pauly arrive et sauve Luffy, Nami, Chopper et Zoro de l'Aqua Laguna.

Une fois sauvé de l'Aqua Laguna, Kokoro propose à Luffy, malgré la répréhension des habitants et de Pauly, d'utiliser Rocketman, un train incontrôlable. De plus la franky Family, couverte de honte par ses actes contre le chapeau de paille, embarque dans le train pour sauver Franky, et Paulee est caché dans le stock de charbon. Ils montent tous dans le train et partent rejoindre leurs amis.

Le train part du vieil entrepôt, passant par les égouts pour rejoindre la mer. Luffy, qui s'amuse comme toujours, la mamie essaye de placer le train sur les rails pour obtenir la vitesse maximale. Cependant, la petite fille qui s'était introduit sur le train, glisse et s'accroche désespérément. Alors Luffy arrive mais à ce moment-là, le train se met sur les rails et une fulgurante accélération fait envoler Luffy et Chimney mais ils sont rattraper par la Franky Family. Tout le monde se rejoint dans un wagon; Pauly, mais aussi les ingénieurs de la Galley-la Company sont à bords. Maintenant alliés, ils foncent dans la prochaine vague de l'Aqua Laguna. Pendant ce temps, Franky se remémore 4 ans auparavant, les retrouvailles avec Icebarg.

Face aux multiples tirs de la Franky Family, la vague ne laisse pas apparaître une ouverture jusqu'à l'arrivé de Luffy et Zoro. Grâce à l'attaque combinée de ces deux derniers, ils se frayent un chemin à travers l'Aqua Laguna!

À travers l’escargot-phone, Luffy demande à Sanji de commencer l'attaque contre le gouvernement. Aussi étonnant soit-il, Zoro s'inquiète pour le cuistot ! Usopp veut aider son ancien équipage a sauver Robin. Pour cela il se déguise en Sniperking. Ils vont tendre un piège à l'ennemi : rassembler une cinquantaine de soldats dans les deux derniers wagons, et ensuite les décrocher. Sanji, Franky et Sniperking sont maintenant contre le cuisinier ; celui ci est provocateur et arrive sans difficulté a éviter les coups de pieds de Sanji.

Sanji se bat contre le cuisinier, Wanze, l'homme-ramen, dans le wagon 4. Pendant ce temps, Sniperking trouve une idée grâce aux insultes de Franky : Franky passe par le toit, rencontre Nero et engage le combat. Luffy et ses amis sont prêts et impatients. Sanji, à l'aide de couteaux de cuisine, à l'avantage dans son combat contre Wanze. Grâce aux poulpes, Sniperking arrive jusqu'à la vitre de Robin.

On apprend que Nero est un futur super agent de la CP9 comme Kalifa, Rob Lucci, Blueno ou Kaku et qu'il possède l'attaque de s'appuyer contre l'air. Au même moment, le Rocketman va bientôt rencontrer les deux wagons détachés. En continuant sur leurs chemins, l'équipage rencontre un énorme poisson, un Roi des mers, coupé en deux; ce qui signifie que Zoro a un adversaire à rencontrer....

Face à T-Bone, la Franky Family panique mais Luffy fait confiance a Zoro, qui souhaite le vaincre. En un coups, Zoro réussi facilement a esquivé l'attaque de T-Bone et l’envoie hors du train. Sanji a définitivement terminé son combat contre Wanze en défonçant les portes des wagons jusqu'à wagon 2. Au même moment Franky utilise son poing d'acier pour mettre K.O. Nero et rejoint Sanji pour s'attaquer au 4 membres de la CP9.

Après s'être caché sous le manteau de Robin pendant quelques épisodes, Usopp se montre enfin. Ils arrivent dans la salle où se trouve le CP9 et ils y rencontrent Sanji et Franky. Usopp produit un écran de fumée. Les quatre membres du CP9 vont dans un autre wagon, le détachent, et s'échappent. Pas longtemps après, Blueno tire leur wagon en arrière, cependant, Franky renverse le mur afin qu'ils puissent s'échapper, mais finit sur le wagon de l'ennemi. Blueno ouvre une porte dérobée dans le wagon où se trouve L'Équipage du Chapeau de Paille.

Robin suit Blueno à l'intérieur de sa porte improvisée, Sanji et Sogeking se retrouvent seuls. Pendant ce temps, Blueno nous apprend un peu du passé de Robin et du Buster Call. De retour sur le Rocket-Man, Yokozuna grimpe à l'avant du train et le fait dérailler. Kokoro vient le voir et lui explique la situation, Yokozuna se joint au groupe. Le CP9, accompagné de Franky et Robin, arrive à Enies Lobby.