La ciurma di Cappello di Paglia fa la conoscenza delle custodi della stazione in mezzo al mare, la vecchia Kokoro e sua nipote Chimney. Queste danno a Nami una lettera ed una "mappa" da consegnare al sindaco della città che si apprestano a visitare: Water Seven, la metropoli dell'acqua. Attraccati, Nami, Usop e Rufy entrano in città alla ricerca di una banca che cambi i tesori ottenuti a Skypiea in denaro e di un carpentiere che possa aggiustare la Going Merry ed unirsi alla ciurma

Nami, Usop e Rufy girano in città, prima nella zona commerciale e dopo in quella dei cantieri. Qui si vedono per la prima volta Iceburg ed i carpentieri della Galley-La Company alle prese con un gruppo di pirati. Chopper e Robin decidono di andare in cerca di una libreria: appena fuori, una figura in maschera sussurra la sigla del CP9 all'attonita archeologa che poi scompare. Infine, un gruppo di uomini attacca Zoro rimasto di guardia sulla nave.

Nei pressi del cantiere navale i tre pirati incontrano Kaku, con un naso simile a quello di Usop, che decide di aiutarli. Sanji scende in città alla ricerca di frutta e verdura fresca intravedendo un'assente Robin che segue la misteriosa figura in maschera. Nami, Usop e Rufy conoscono Iceburg, il sindaco di Water Seven.

Nami, Usop e Rufy sono guidati al Dock 1 della Galley-La Company, dove si trovano i cinque carpentieri più abili della compagnia. Appena fuori vengono loro presentati Rob Lucci e Pauly, due di essi. Iceburg chiede informazione a Rufy riguardanti Robin. Sanji e Chopper si riuniscono. Intanto, Kaku torna dall'ispezione della Going Merry affermando che questa non è più in grado di proseguire il viaggio a causa delle pessime condizioni della chiglia.

Al cantiere giungono tre misteriosi individui che si allontanano con Iceburg per parlare di faccende private. Nami e Rufy si accorgono di essere stati derubati di parte dei loro danari e vengono a sapere che i colpevoli sono gli uomini della Franky Family. Tornando alla Going Merry la navigatrice si imbatte in Usop, in fin di vita e dispiaciuto del furto subito. Allo stremo delle forze, questi si presenta alla Franky House deciso a farsi giustizia.

Mentre Nami rimane di guardia sulla nave, Rufy, Zoro, Sanji e Chopper giungono in aiuto del loro compagno riuscendo facilmente a sconfiggere tutti gli uomini della Franky Family e a demolire la Franky House. Terminata la missione, Rufy afferma di aver deciso di separarsi dalla Going Merry. Intanto Franky, capo dell'organizzazione, si allontana con il treno marino portando con sé i soldi appena rubati.

Rufy, Sanji, Zoro e Chopper riportano Usop alla nave e, insieme con Nami, lo informano del fatto che la Going Merry non può essere riparata e che dunque bisogna abbandonarla e prenderne una nuova. Tuttavia Usop non è d'accordo e dopo un litigio, abbandona la ciurma e si allontana dalla nave non prima di aver chiesto al proprio capitano di affrontarlo in un duello per decidere chi si terrà la Going Merry.

La ciurma di Cappello di paglia si reca in una locanda per passare la notte. Il mattino dopo Nami scopre che Iceburg è stato aggredito nella notte e si reca insieme con Rufy alla Galley-La ma non vengono lasciati entrare. Infine compare Franky che vuole sconfiggere Rufy per vendicare i suoi compagni e la distruzione del suo covo.

Mentre Rufy si scontra con Franky fuori dal Dock 1, Iceburg si sveglia dal coma ricordando che ad aggredirlo sono stati un alto uomo mascherato ed una donna nella quale riconosce Robin. Nel frattempo, Sanji e Chopper scoprono che si sta per abbattere su Water 7 una gigantesca onda, l'Acqua Laguna, che la sommergerà quasi interamente. I carpentieri del Dock 1 fermano il combattimento ed informano Rufy che la sua ciurma è sospettata dell'aggressione del sindaco di Water Seven.

I carpentieri iniziano a combattere contro Rufy e ciò fa infuriare Franky che comincia a scagliarglisi contro. Sanji e Chopper si recano ad informare Usop. Approfittando del caos, Rufy riesce a raggiungere la stanza di Iceburg per chiedergli delucidazioni sulle accuse mosse a Robin e costui afferma di volerla incontrare di nuovo.

Nel bar di Blueno, Kokoro spiega a Franky che secondo lei l'aggressione ad Iceburg è opera del CP9. I membri dell'organizzazione e Robin progettano una nuova irruzione nella casa del sindaco per sottrargli importanti progetti. Sanji e Chopper riescono infine ad incontrare l'archeologa, ma questa dice loro che non ha più intenzione di far parte della ciurma perché convinta di essere per loro un pericolo.

Separatosi da Sanji, Chopper si riunisce con gli altri compagni e riferisce loro le intenzioni di Robin. Rufy è deciso a scoprire la verità e per questo si recano tutti alla sede della Galley-La Company. Nel frattempo, Usop cerca di riparare la nave per affrontare l'Acqua Laguna.

La ciurma di Cappello di paglia (ancora senza Sanji) giunge alla sede della Galley-La dove nel frattempo si infiltrano Robin ed il CP9. Nella stanza di Iceburg, Robin e l'uomo misterioso gli spiegano che hanno voluto appositamente far incolpare i pirati dell'aggressione. Il loro vero obiettivo sono i progetti che lui avrebbe dato a Pauly. Rufy si separa dal gruppo.

Robin rimane sola con Iceburg, il detentore dei progetti dell'arma ancestrale Pluton, e questi mostra di sapere che Robin sa leggere i Poignee Griffe, cercando di ucciderla perché la ritiene pericolosa. Rufy viene bloccato insieme a Pauly dai membri del CP9 dopo che il carpentiere li informa che i progetti in suo possesso sono falsi. Nella stanza di Iceburg i membri del CP9 si tolgono la maschera e mostrano di essere proprio le persone che avrebbe immaginato meno facilmente: Kaku, Rob Lucci, Califa e Blueno.

Lucci spiega la sua teoria: secondo lui l'amico di infanzia di Iceburg, Cutty Flam, è il cyborg Franky e i veri progetti di Pluton sarebbero in mano sua. Grazie al battito cardiaco di Iceburg, Kaku capisce che quanto detto da Lucci è vero. La ciurma di Cappello di paglia e Pauly fanno irruzione nella stanza.

La ciurma di Cappello di paglia chiede a Robin di tornare con loro ma questa rifiuta, affermando che se tornasse con loro non si realizzerebbe il suo desiderio, e scappa dalla finestra. Lucci mostra la sua trasformazione.

Lucci ha mangiato il frutto del diavolo Felis Felis modello leopardo. Si libera facilmente della ciurma e così il CP9 lascia l'edificio dopo aver legato Pauly ed Iceburg ed averli abbandonati nell'edificio in fiamme. Nel nascondiglio segreto sotterraneo di Franky, Usop gli racconta la sua storia e il cyborg si commuove e gli racconta così una parte della storia di Tom.

Usop crede che la persona che ha riparato la Going Merry a Skypiea sia stata la Going Merry stessa e Franky conferma questa ipotesi, spiegando che Usop ha visto un Klabautermann, ovvero uno spirito che si mostra quando una nave profondamente amata dal suo equipaggio è ormai prossima alla rottura. I membri del CP9 fanno irruzione nel nascondiglio di Franky.

Il CP9 trova una stanza segreta nel nascondiglio di Franky, che custodisce preziosi ricordi del suo passato. Parte un flashback che mostra un giovane Franky, abbandonato dai genitori, lavorare alle dipendenze del carpentiere-uomo pesce di Water Seven Tom. Franky, allora chiamato Cutty Flam, viveva insieme all'altro allievo di Tom, Iceburg, e alla sua segretaria, Kokoro. Tom era stato accusato di aver costruito la nave del re dei pirati Gol D. Roger, la Oro Jackson, un crimine per il quale era prevista anche la morte, ma questi chiese al giudice del tempo per portare a termine il suo progetto: costruire una nave a vapore in grado di viaggiare sul mare su rotaie, che collegasse Water Seven alle isole di San Popula, Pucci e San Faldo: il treno marino. Il giudice, affascinato dal progetto, decise di sospendere il suo giudizio e diede a Tom dieci anni per portarlo a termine.

Dodici anni dopo, ultimato il treno, la nave giudiziaria del Governo torna a Water Seven per assolvere Tom. Tuttavia Spandam, un membro del CP5, che doveva far accusare Tom per ottenere i progetti di Pluton in suo possesso, fa attaccare dai suoi sottoposti la nave giudiziaria con le Battle Franky, delle piccole navi da guerra costruite da Cutty Flam. Iceburg e Tom si precipitano presso il cantiere navale dove vengono attaccati da due navi che distruggono le altre. Iceburg dice a Cutty Flam che deve assumersi la responsabilità di quanto accaduto o non lo perdonerà mai.

Cutty Flam dice che se le sue navi sono state usate come armi allora non possono più essere considerate sue e per questo Tom lo colpisce per la prima volta, dicendogli che deve sempre essere orgoglioso di una nave costruita da lui. Quindi chiede al giudice che la costruzione del treno marino sia usata per discolparlo dal crimine di aver attaccato la nave del Governo e non di aver costruito la Oro Jackson, facendo così discolpare Iceburg e Cutty Flam. Viene dunque fatto salire sul treno marino da lui costruito per essere portato ad Enies Lobby, l'isola giudiziaria. Cutty Flam prova a fermare il treno.

Chopper riesce a portare fuori dall'edificio Iceburg e Pauly. Iceburg spiega a Nami che in realtà il desiderio di Robin consisteva nel far sì che i suoi sei compagni potessero partire sani e salvi da Water Seven, e per questo aveva fatto un accordo con il CP9 secondo cui avrebbe dovuto cooperare nel recupero dei progetti di Pluton. Nel frattempo, Kaku butta la Going Merry in mare per farla distruggere dalle onde.

Pauly parla alla folla fuori dall'edificio dell'innocenza della ciurma di Rufy, quindi, li manda insieme a Chopper a cercare gli altri membri della ciurma. Nami si reca verso la stazione del treno marittimo dove Sanji si sta avvicinando al treno.

Nami viene salvata da Pauly proprio mentre l'Acqua Laguna si avvicina alla stazione. Un uomo le consegna una lettera di Sanji che la informa che è salito sul treno diretto ad Enies Lobby dove si trovano anche Robin, Usop e Franky. Dopo aver parlato con Kokoro, Nami trova Rufy, bloccato in mezzo a due edifici dopo essere stato lanciato da Lucci.

Nami riesce a raggiungere Rufy e gli urla che devono salvare Robin prima che raggiunga Enies Lobby e questi si libera dai due palazzi distruggendoli. I due pirati vengono salvati da Pauly dall'Acqua Laguna; intanto, Chopper trova Zoro e lo aiuta a liberarsi dal camino nel quale era imprigionato

Dopo avere sconfitto alcuni membri di altri Cipher Pol, Sanji raggiunge la carrozza dove si trovano Usop e Franky e li libera. Vedendo la determinazione di Rufy, Kokoro ed Iceburg decidono di aiutare la ciurma di Cappello di paglia a raggiungere Enies Lobby grazie al Rocket Man, un altro treno marino che parte da Water Seven guidato da Kokoro. Anche la Franky Family si unisce al gruppo in quanto è determinata a salvare il proprio capo.

Il Rocket Man raggiunge il mare e mentre questo si aggancia alle rotaie Rufy salva Chimney che era stata sbalzata via dal treno per l'impatto. All'interno del treno, Pauly spiega agli altri carpentieri chi fossero i veri aggressori di Iceburg e la ciurma di Cappello di Paglia, la Franky Family e la Galley-La Company stringono un'alleanza. Nel frattempo, Iceburg ha un flashback di come avesse rincontrato Franky a Water Seven.

Rufy e Zoro, grazie ad un nuovo attacco combinato dall'effetto simile ad un cannone, riescono ad aprire un buco in una gigantesca onda che permette al treno di continuare il suo viaggio. Sanji contatta il resto della ciurma e li informa della situazione attuale. Nel frattempo, Usop si separa per un attimo dalla ciurma ma pochi istanti dopo compare al suo posto un uomo misterioso di nome Sogeking.

Sanji e Franky fingono di non riconoscere Usop dietro alla maschera di Sogeking. I tre elaborano una strategia per salvare Robin che gli consenta di non perdere tempo affrontando gli occupanti del treno. Nami mostra ai compagni la sua nuova arma il Perfect Clima Takt, creato da Usop aggiungendo dei dial all'arma precedente. Il CP9 viene informato della presenza di intrusi a bordo del Puffing Tom, ma Lucci non se ne preoccupa. Il resto degli agenti invece inizia a perquisire le varie carrozze, finché non li sorprende in coda al treno. Molti uomini accorrono per catturarli, cadendo nella loro trappola: il vagone su cui si trovano insieme al capitano T-Bone viene staccato dal treno e lasciato sui binari in mezzo al mare. Sanji, Franky ed Usop proseguono e sconfiggono i nemici presenti nella carrozza successiva e poi entrano in quella custodita da Wanze intenzionato a fermarli con il suo Ramen Kempo. Sanji decide di affrontarlo per permettere agli altri di proseguire.

Usop e Franky decidono di proseguire passando dal tetto del vagone, lasciando Sanji ad affrontare Wanze. I due cuochi utilizzano le loro arti marziali e Sanji si dimostra più forte. Franky continua ad avanzare e si imbatte in Nero, del CP9 esperto nell'uso di quattro Rokushiki. Sanji continua ad attaccare, ma rimane impigliato nei ramen ed inizia ad essere scagliato contro le pareti ed il pavimento. Quando alla fine riesce a liberarsi, cerca di colpirlo al volto, ma viene ferito da proiettili di pasta che Wanze espelle dal naso. Wanze riparte all'attacco, ma Sanji ricorre all'uso di due coltelli. Di solito egli non usa armi perché un cuoco non può sporcarsi le mani, ma poiché si trova in cucina e Wanze gioca col cibo fa a pezzi l'armatura e si prepara a sconfiggerlo. Franky e Nero iniziano a combattere ed entrambi rimangono stupiti nel constatare le abilità. Nel frattempo Usop raggiunge la carrozza in cui si trova Robin.

Nero scopre che il punto debole di Franky è la sua schiena, priva di modifiche. Per sconfiggere Nero, Franky decide di utilizzare i suoi meccanismi e trasformarsi in un centauro. All'interno del primo vagone del Puffing Tom Usop spiega a Robin di essere lì con Sanji e Franky per portarla in salvo e che Rufy li sta inseguendo con un altro treno marino. Robin però si rifiuta di seguirlo e difende la sua scelta di sacrificarsi. Gli occupanti del Rocket Man scorgono in lontananza il vagone del Puffing Tom sganciato in precedenza da Sanji, pieno di marine ed agenti governativi. Rufy vi si lancia per verificare che a bordo non ci siano i suoi compagni e successivamente ordina a Zoro di tranciarlo per permettere loro di continuare ad avanzare. Zoro lo taglia in due con un singolo fendente, lasciando a bocca aperta i membri della Franky Family. Rufy poi salta di nuovo sul convoglio.

Il Rocket Man prosegue la sua corsa superando il cadavere di un gigantesco Re del mare. T-Bone si accorge dell'altro treno marino pieno di malintenzionati e decide di distruggerlo con la sua spada; anche Zoro, però, si prepara a sconfiggerlo per liberare la strada. Lo scontro tra i due spadaccini è di breve durata e Zoro ha la meglio. A bordo del Puffing Tom, Wanze si dispera perché la sua armatura di ramen è stata distrutta. Sanji lo colpisce al volto ripetutamente fino a cambiargli i connotati. Sul tetto del vagone successivo Franky è in difficoltà contro Nero e rischia di cadere dal treno. Wanze sfodera la sua arma finale, consistente in un gigantesco coltello ricoperto di veleno. Sanji lo sconfigge scagliandolo nel vagone in cui si trovano i membri del CP9. Pochi istanti dopo, Nero piomba nella stessa carrozza, colpito al viso da un pugno di Franky. Lucci ed i suoi compagni si preparano ad affrontare i due.

Lucci si avvicina a Nero, disgustato dalla sua debolezza e dal fatto che ha permesso alla sua ira di prendere il controllo delle sue azioni infangando il nome del CP9. Per questo lo colpisce con uno Shigan e lo getta fuori dal treno. Nell'altra carrozza Usop esce allo scoperto e sconfigge Coogy con la sua fionda. Robin però non è intenzionata a tornare con i suoi compagni e raggiunge l'altra carrozza. Usop crea una cortina fumogena ed afferra Robin, trascinandola verso il vagone di coda, che Franky sgancia dal resto del Puffing Tom. Califa utilizza la sua frusta di spine per impedire che i vagoni si separino, così Franky decide di sacrificarsi scagliandosi contro gli agenti governativi e distruggendo parte della carrozza in modo da permettere nuovamente la fuga dei tre pirati. Blueno però ricorre al suo potere e li raggiunge.

Blueno sconfigge Sanji ed Usop, dopodiché Robin torna volontariamente dal resto degli agenti del CP9. I due pirati provano a convincerla a tornare indietro, ma Blueno spiega loro che Robin non lo farà perché ha troppa paura del Buster Call. Blueno infine fa ritorno dai suoi colleghi sul Puffing Tom ancora diretto ad Enies Lobby ed in prossimità dell'arrivo. Intanto il Rocket Man si è scontrato con la rana ed è uscito dai binari. Kokoro cerca di ritrovare la direzione giusta del treno ed intanto inizia a parlare con il gigantesco rospo, salito su di esso. L'imbarcazione della Franky Family invece prosegue lungo i binari. Kokoro intanto spiega alla rana che Franky sta venendo condotto ad Enies Lobby come già successo a Tom molti anni prima e lo convince ad unirsi alla spedizione per tentare di salvarlo. Il Puffing Tom raggiunge la sua destinazione ed i membri del CP9 sbarcano con i prigionieri iniziando a condurli verso l'edificio principale dell'isola.