Le Log Pose de Nami commence à pointer vers le ciel, après quoi un grand navire vieux de 200 ans tombe du ciel. L'équipage trouve une carte d'une île nommée «Skypiea». Pendant ce temps, Masira et son équipage apparaît. Ils demandent aux Chapeaux de paille s'ils essaient de voler leur repêchage. Nami dit qu'elle ne savait pas que ce serait facile si l'équipage de Masira récupère le navire. Ensuite, Nami convainc Masira de sauver le navire.

L'Équipage du Chapeau de Paille décide de se rendre sur Jaya pour trouver des informations concernant les îles célestes de Skypiea. Pendant ce temps, Ace rencontre Baggy, qui lui parle de ses envie de tuer Edward Newgate.

Luffy, Nami et Zoro entrent dans un bar de Mock Town, là, ils posent des questions au barman à propos des îles célestes. Entendant leur conversation, Bellamy et son équipage insultent, humilient et frappent Luffy et Zoro, car, d'après Bellamy, la période des rêves est révolue. En sortant du bar, Luffy, Nami et Zoro rencontrent Marshall D. Teach qui leur explique que les Hommes ne cesseront jamais d'avoir des rêves.

Luffy ordonne à Zoro de ne surtout pas riposter aux attaques de Bellamy et son équipage. Luffy et Zoro se font expulser du bar et Nami les rejoint dehors, ils rencontrent un homme qui leur explique que les îles célestes existent. L'Équipage du Chapeau de Paille quitte Mock Town mais entre dans un combat contre le frère de Masira, Shôjô.

L'Équipage du Chapeau de Paille rencontre Montblanc Cricket, sur une autre partie de l'île de Jaya. Cricket se trouve être le descendant de Montblanc Norland, un homme connu pour avoir été le roi des menteurs. Cricket explique aux chapeaux de paille qu'il veut retrouver la cité d'or que son ancêtre aurait découverte.

Montblanc Cricket explique aux chapeaux de paille que le voyage vers les îles célestes sera très dur. Mais avant, ils doivent trouver le South Bird, qui les mènera au droit chemin.

Les Pirates au Chapeau de Paille continuent de chercher un South Bird. Pendant ce temps, Bellamy et son équipage attaque la maison de Cricket. Luffy décide de retourner à Mock Town pour battre Bellamy. Il arrive dans la ville et le combat commence.

Luffy arrive à s'imposer quand il défie Bellamy pour obtenir l'Oiseau d'or de Cricket alors que celui-ci se moque des rêves de pirates qui souhaitent conquérir le nouveau monde. Alors que le capitaine de l'équipage du chapeau de paille est la nouvelle cible du gouvernement mondial, celui-ci tente d'empêcher la rencontre de deux grandes puissances.

Le Vogue Merry est réaménagé par Masira et Shoujou pour qu'il soit capable de voler et glisser sur le Knock-Up-Stream, puis les Chapeaux de Paille prennent le Knock-Up-Stream et se rendent jusqu'à Skypiea.

Le Vogue Merry est lancé jusqu'à la mer Blanche, où les Pirates du Chapeau de Paille rencontrent des créatures étranges et des personnes dangereuses, avant d'atteindre les portes de l'île céleste de Skypiea.

Comme l'équipage arrive à Skypiea, ils sont accueillis par Conis et son animal de compagnie Suu. Conis et son père commencent à expliquer comment vivent les habitants de Skypiea et comment les différents types de Dials fonctionnent.

Alors qu'elle essaye le Waver que Luffy avait trouvé dans l'épave du navire qui était tombé sur le Vogue Merry, et que Pagaya lui avait gracieusement réparé, Nami est témoin de ce qui arrive à ceux qui osent entrer illégalement dans la Terre Sainte, territoire interdit du Dieu Ener.

Les Bérets Blancs, venus pour arrêter les pirates au Chapeau de Paille car ces derniers n'ont pas payé leur entrée,se battent contre l'équipage mais ils seront facilement vaincus par Luffy et Nami.

Tout en essayant d'échapper à Skypiea, Robin, Chopper, Nami et Zoro finissent par aller dans la forêt, emmenés par un énorme crabe: un serviteur de Ener.

Conis conduit Luffy, Usopp et Sanji à un bateau pour aller à Upper Yard, mais elle leur avoue que c'est un piège et se fait presque frappée par le "jugement Divin" car elle a mis en colère Dieu.

Luffy, Usopp et Sanji sont enfin entrés à Upper Yard. Ils découvrent que la route y est fortement piégée mais arrivent enfin aux portes des ordalies. Pendant ce temps, Robin, Zoro et Nami vont partir à la découverte de Upper Yard tandis que Chopper reste sur le bateau pour le garder.

Luffy, Sanji et Usopp choisissent d'entrer dans l'Ordalie des Ballons; et ils y rencontrent le prélat de l'ordalie, Satori.

Luffy, Sanji et Usopp se retrouvent en face à face, contre Satori et ils sont en grande difficulté, mais Luffy, Sanji et Usopp doivent remporter le duel pour sortir de l'Ordalie des Ballons et de la forêt de Upper Yard. Pendant ce temps, Chopper rencontre un autre prélat, Shura.

Chopper menacé par le prélat Shura, siffle pour que Gan Forr vienne à son secours, mais malheureusement, Shura commence à attaquer Chopper et à détruire le Vogue Merry. Zoro, Nami et Robin poursuivent leur exploration de la forêt.

Gan Forr ne pouvant vaincre le prélat Shura est vaincu et perd le combat. Pendant ce temps,le prélat Satori est vaincu par Sanji et Luffy.

Chopper est sauvé par un groupe de South Birds géants qui lui apprennent que Gan Forr était en fait le Dieu de l'île céleste. Nami, Zoro et Robin découvrent la raison de la présence de terre sur Upper Yard, c'était autrefois une partie de l'île de Jaya, la partie que Montblanc Norland avait vu. De leur côté, les shandias attaquent Upper Yard.

Luffy, Sanji et Usopp font encore le chemin en direction de l'autel du sacrifice. De son côté, Nami explique que la moitié de l'île de Jaya présente le ciel serait, en réalité, la cité d'Or. Luffy prend d'ailleurs la décision de prendre le trésor que renferme la Cité de d'Or. Pendant ce temps, la bataille continue entre les Shandia et les prêtres de la Haute Cour.

L'équipage du Chapeau de Paille se prépare pour partir trouver la Cité de d'Or. Au village, Kamakiri est bléssé et les Shandias mettent Laki en porte-à-faux. Kamakiri, lui, leur explique que les guerriers doivent retourner et poursuivre la lutte afin de reprendre leur terre.

Usopp se retrouve témoin d’un phénomène étrange : une silhouette mystérieuse est en train de réparer leur bateau. Les prélats, eux, sont convoqués par Ener mais, alors qu’ils attendaient ce dernier, ils commencent à se battre afin de savoir lequel d'entre eux est le plus fort. Ener apparaît alors dans un éclair, révèle aux Prélats la raison de la présence de l’équipage au chapeau de paille sur Skypiea et les libère des restrictions qu'il leur avait jusqu'alors imposé.

Un python géant séparent maintenant Luffy, Robin, Chopper et Zoro, ce qui les force à poursuive leur chemin chacun de leur côté vers les ruines de la cité des Shandias. Pendant ce temps, Gan Forr raconte l'histoire de la guerre entre les Shandias et les habitants de l'île de Skypiea. Les guerriers Shandias, eux, se lancent dans la bataille d'Upper Yard.

Le jeu de survie continue avec un duel Wiper vs Shura. Wiper parvient à vaincre Shura en risquant sa vie et rappelle aux Shandias qu'ils doivent absolument récupérer leurs terres et tuer Ener par la même occasion.

Luffy se fait stopper par Wiper. Pendant ce temps, Chopper est apparemment pris de panique est fait face à quelque chose... Robin, elle, cherche les ponéglyphes des ruines de Shandora. De son coté Zoro, alors qu'il se baladait se fait attaquer par un oiseau géant, qu'il bat facilement grâce à sa nouvelle technique.

Après qu'Ener ait foudroyé sur place Sanji et Usopp, il explique à Gan Forr que le projet qui lui tient à cœur depuis 6 ans s'achève. Pendant ce temps, le combat entre Luffy et Wiper fait rage... Alors que le combat de celui-ci venait à peine de se terminer Luffy se fait avalé par une mystérieuse créature...

Chopper est attaqué par Gedatsu, qui ne se révèle que peu intelligent. Chopper fini par gagné en l'envoyant tout droit dans un de ses vasonimbus.

Ener a rejoint le jeu de survie, Kamakiri les Shandia, plusieurs soldats de la garde sacrée et les prélats se battent déjà. Nami et Gan Forr battent Hotori et Kotori. Conis et Pagaya sauvent Aisa et prennent contact avec Nami.

Pendant que Robin explore les ruines, elle entre en contact contre Yama, qui l'attaque. Mais Yama est vaincu par Robin. Quelques temps plus tard, Robin découvre la légendaire ville : Shandora.

Chopper s'aventure dans les ruines où il rencontre le prélat Ohm et Holy son chien géant. Ohm lui annonce que dans son Ordalie du Fer, ses chances de survie sont de 0%. Luffy, de son côté, cherche toujours la sortie de la grotte.

La lutte se poursuit dans le jeu de survie, le nombre de participants ne cesse de diminuer. Zoro, lui, affronte le prélat Ohm, mais ce dernier semble plus forts grâce à son maniement de l'épée...

Ohm ne fait qu'empirer les choses, en créant une cage en barbelé autour de la zone de combat. Laki, elle, est assommée par Ener. Alors que Nami, Aisa, et Gan Forr essayent de sortir Luffy, toujours coincé à l'intérieur du Python géant.

Le combat fait rage dans le dôme de fer. Wiper se bat contre le serpent et Zoro réussi à battre le prélat Ohm après un intense combat. Il ne reste donc plus que Zoro, Wiper, Holy et le serpent dans le dôme. Aisa, de son côté, essaye de tuer Gan Forr dans le ventre du serpent mais Luffy l'en empêche. Robin, elle, rencontre Ener et lui apprend qu'il existe une cloche d'or sur l'île.

Après avoir pleuré pour son père, Conis décide d'aller prévenir les habitants de l'île. Ener fait descendre Zoro , Wiper et le serpent dans la cité de Shandora. Gan Forr et Nami arrivent à sortir du ventre du serpent. Ils sont six, mais il ne doit en rester que 5 dans les trois prochaines minutes.

Ener attaque Gan Forr et le bat facilement. Il frappe ensuite Nico Robin, car elle tente de le manipuler grâce à son pouvoir. Zoro impressionne Ener avec sa puissance à l'épée mais est facilement battu, tout en essayant de lui faire payer ce qu'il a fait à Robin ; mais Wiper attaque Ener avec une arme secrète, un reject-dial.

Wiper a réussi à battre Ener grâce au granit marin. Mais Ener redémarre son coeur avec son pouvoir et se ressuscite. Tous sont terrassés et Ener encore sonné libère une quantité d'électricité, ce qui met à terre tous les survivants. Nami est la seule survivante et décide de s'allier avec lui, vu qu'elle pense que personne ne pourra le battre.

Luffy fonce vers l'Arche d'Ener, guidé par Aisa, tandis que Conis débarque sur Angel Island pour prévenir les autres de la destruction imminente de l'île. Elle arrive finalement à les convaincre de fuir Skypiea, tandis que Luffy entame le combat contre Ener.

Ener réalise que l'électricité ne peut rien contre le caoutchouc, une matière de la mer bleue, mais qu'elle se découpe facilement. Il utilise donc sa lance et son Mentra pour contrer Luffy.

Entre-temps, les habitants de Skypiea consentent à prévenir les Shantia pour fuir ensemble. Mais Ener commence à s'en prendre aux îles par le biais des nuages d'orages, jusqu'à ce que Luffy ne trouve le moyen d'éviter son Mentra ! Il commence par le rouer de coups jusqu'à ce qu'il tombe mais ça ne suffit pas pour vaincre Ener. Il se relève et reprend l'avantage.

L'arche Maxim s'envole progressivement, et Ener se sert de la chaleur de l'électricité pour piéger Luffy. Peu après, Sanji se réveille et décide d'aller sauver Nami, accompagné par Usopp.

Mais celle-ci projette de se défendre seule.

Usopp et Sanji arrivent sur le pont pour sauver Nami. Usopp tente d'abord de le faire, mais échoue et est aux portes de la mort à cause de l'attaque d'Ener. Usopp se relève et arrive à s'échapper avec Nami tandis que Sanji reste héroïquement en arrière pour leur permettre de prendre la fuite.

Sanji a saboté l'Arche et profitant de la diversion provoquée, Usopp le sauve. Luffy retrouve Robin avant de repartir à la poursuite d'Ener, tandis que Nami, Usopp et Sanji la rejoignent à leur tour. Nami se lance à la poursuite de Luffy alors que Wiper, Zoro et Gan Forr se réveillent. Ener lance Deathpiea.

Dans cet épisode survient le début du Flash-back des Shandias, avec la rencontre entre Norland qui tente de guérir le peuple d'une épidémie grâce à ses connaissances en botanique, après avoir empêché un sacrifice, et Calgara, le plus grand guerrier Shandia qui refuse son aide, persuadé qu'il va à l'encontre de la volonté des Dieux, et refusant la présence d'un étranger sur l'île que son peuple doit protéger...

C'est la suite du flash-back de l'histoire de Calgara et Norland. L'équipage de Norland réussit à convaincre le peuple Shandia de se laisser soigner et ils stoppent l'épidémie, mais un mois plus tard, la colère de la tribu revient, sans que personne ne comprenne pourquoi.

Le flash-back continue. Montblanc Norland quitte l'île après s'être réconcilié avec Calgara et revient ensuite avec le roi mais l'île était montée dans les cieux. Norland fut exécuté et une bataille commença entre les Shandias et la Garde Sacrée. Retour au présent. Ener continue à tout détruire et Monkey D. Luffy est toujours à sa poursuite, coursé lui aussi par Nami.

Nami rattrape enfin Luffy, mais Ener détruit Angel Island avec son Raigou. Luffy est toujours déterminé à l'affronter et tente plusieurs fois d'attendre son Arche, sans succès.

Suivant les directives de Nami, Zoro et Wiper coupent la base du Giant Jack pour permettre à la navigatrice et à Luffy d'atteindre Ener.

Luffy arrive finalement jusqu'à Ener, détruit son Raigou et le bat en faisant sonner la cloche d'or.

Luffy a enfin vaincu Ener et fait sonner la cloche, marquant la fin de la guerre. Tout le monde soigne les blessés et fait la fête sur Upper Yard.

Robin découvre ce qu'est le Rio Ponéglyphe, et l'équipage s'enfuit d'Upper Yard avec un immense trésor trouvé dans le corps de Nola.

L'équipage du Chapeau de Paille ramasse beaucoup d'or pour ne pas repartir les mains vides. Les Skypiéns leur apporte une des colonnes d'or de la cloche des Shandias pour les remercier. Mais Luffy et ses amis s'enfuient en pensant que les habitants les pourchassent pour reprendre leur or. Après un dernier au revoir à Conis et Pagaya, ils partent pour la mer bleue. Arrivés à la fin de la route des nuages, ils pensent faire une chute de 10 000 mètres, mais une pieuvre géante attrape le Vogue Merry avec ses tentacules, et descend tout doucement jusqu'à la mer bleue.