離開露露卡島之後原本以為可以暫時得到平靜,沒想到突然有好多東西從天而降,最離譜的是有一艘大型帆船也掉下來,而且娜美的記錄時針也好像壞掉了,妮可羅賓卻說這是因為空島的引力…

路飞他們到了這片海域,不但突然掉了一艘大型帆船下來,突然跑出一個自稱是打撈王的人猿,更可怕的是又跑出一隻像陸地一樣大的大海龜,即使如此娜美還是一心一意想要找到"空島",現在唯一的線索就是到加亞島去問人;另一方面沒想到巴其海賊團也到了偉大的航道,還有路飞的哥哥艾斯居然也出現在他們的船上…

路飞他們好不容易來到了加亞島魔谷鎮,沒想到這裡竟然是個充滿兇神惡煞的地方,不是打打殺殺就是槍彈相向的情景,娜美為了收集到"空島"的情報要路飞跟索隆兩個人絕對不能鬧事,路飞也說好自已絕對不打架…

路飞為了信守約定要自己跟索隆都不能動手,最後果然被"鬣狗"貝拉密打得很慘,而且也沒有探聽到"空島"的線索,幸好妮可羅賓有了一點收穫他們決定先去找一個被加亞島驅逐出境的夢想家蒙布朗庫力凱,沒想到一出海又遇到了打撈船…

帶著唯一的線索,路飞他們來找一個叫蒙布朗庫力凱的夢想家,原來他就是"大騙子諾蘭德"的子孫,而諾蘭德也是庫力凱所知唯一相信空島的人不過在這同時貝拉密一夥人也得知這個線索,庫力凱希望人猿跟猩猩幫路飞他們完成這個夢想…

庫力凱終於對路飞他們說出了前往"空島"的方法不過他們必須掌握到"由下往上的海流"出的時機而這次的時間就是明天中午,可是庫力凱突然想到路飞他們必須先抓到能夠指引方向的"南南見鳥"才行,因此路飞一行人摸黑到森林抓鳥…

路飞他們好不容易抓到了"南南見鳥",沒想到貝拉密海賊團卻在這個時間來搶庫力凱的黃金,一心保護庫力凱老爹的人猿跟猩猩都受了重傷,因為貝拉密的"彈簧果實"能力太強,庫力凱也不支倒地,抓到鳥回來的路飞看到非常憤怒…

路飞一出拳就解決掉了貝拉密，也總算在天亮趕回去，帶著被搶走的金塊還給庫力凱，同時他們也準備出航。另一方面，海軍本部為了決定由誰來接替克洛克達爾的位子而開會，並且邀請王下七武海的人一起來…

在路飞趕回來之後他們終於要出發了，在人猿與猩猩兩艘船的護航下，總算到達了由下往上的海流可能出現的地點，只是沒想到先出現的是超大的漩渦，讓騙人布跟娜美他們都嚇到了，而且後面還有想要取路飞人頭的黑鬍子海賊團追趕…

路飞他們順著可怕的〝由下往上的海流〞，總算到了天上，回神之後發現船外一片白茫茫的景色，不過很快地就被不知名的人從天而降襲擊，幸好有自稱是天空騎士的甘福爾出面營救。不過一波未平一波又起，他們又在天國之門監視官亞馬遜面前被丟進了一條往上衝的雲河…

在特快蝦的引導下，路飞他們終於到了空島，也就是所謂的神之國（SKY PIEA）。一到了這裡，他們就遇見了像天使一樣的女孩柯妮絲，以及她的父親派葛亞。派葛亞還把這裡的交通工具威霸借給娜美，並且盛情招待一行人到他們家作客…

在柯妮絲父女的接待下，路飞一行人除了飽餐一頓〝天珍海味〞之外，也得知了〝貝〞對空島生活的重要程度。空之民最敬畏的神聖之地–神之島，是個絕對不能進去的地方。但是沒想到路飞卻對神之島抱持著高度興趣，同一時間，娜美竟然接近了這個神之島…

看到神之島天的制裁的娜美，急著趕回來通知路飞他們，沒想到白貝雷部隊已經早一步找到路飞等人。原本路飞他們只是非法入國罪名，可是白貝雷部隊隊長麥金利卻故意害他們的罪越來越重，甚至要被判〝雲浮流〞的死刑…

路飞他們在麥金利的逼迫下，從非法入國者的罪名升到第二級重大的罪犯，為了不拖累柯妮絲跟派葛亞路飞他們決定先離開天使海灘再說。只是沒想到先上船準備出航的娜美、喬巴、妮可羅賓跟索隆他們，竟然被巨大的蝦子帶到了神之島…

在娜美他們被〝超特快蝦〞帶走之後，路飞跟香吉士、騙人布三個人不得不去〝神之島〞（UPPER YARD）的〝活祭品祭壇〞救他們。柯妮絲不但為他們帶路，還在碼頭準備好了船。路飞發現柯妮絲似乎不太對勁，一問之下柯妮絲說出了真相，沒想到這時候天的制裁就降臨了…

即使聽到了柯妮絲的警告，路飞他們為了營救夥伴，還是衝向了〝神之島〞。果然一到入口就面臨了各種不同怪物的襲擊。另一方面被巨蝦帶到〝活祭品祭壇〞的娜美他們，索隆決定到森林裡探險，妮可羅賓跟娜美也跟著，只剩下了喬巴一個人留下來看守船…

來到四大試鍊之門的路飞他們，最後選擇了球的試鍊。沒想到一進入森林裡，就看到了飄來飄去的大球，原來這是〝驚奇雲〞形成的大球，而負責看守這片迷之森林的是神官之一大悟，而且路飞跟香吉士根本就不是大悟的對手…

選擇球的試鍊的路飞他們，面臨到神官大悟無情的攻擊，然而路飞及香吉士展開的反擊卻都沒用，因為他們出招前就已經被大悟看穿。另一方面，獨自留下來看守船的喬巴也面臨到空前危機，可怕的神官之一修羅出現了…

甘福爾救回柯妮絲後，帶著她及她的父親躲藏在安全的地方，沒想到他的寵物皮耶爾突然聽到哨一聲的求救聲，原來是一個人留守的喬巴遭遇到神官之一修羅的襲擊，於是立刻趕去營救。另一方面，路飞他們與大悟也陷入苦戰…

及時趕來救喬巴的甘福爾眼看就要戰勝修羅，卻不知道中了什麼計全身無法動彈，因而敗在修羅手下沈入空鯊的海裡，喬巴不顧自己不會游泳跟著跳下去救人；另一方面路飞總算找到了大悟的弱點，與香吉士兩個人合力解決掉第一個神官…

在瓦夷帕的帶領下，香狄亞戰士利用神官把注意力放在甘福爾身上的機會。攻進了目標神之社。同時擊倒神官之一大悟的路飞等人，也正朝向活祭品祭壇前進。受了重傷的甘福爾，與差點溺斃的喬巴，則是被南南見鳥救了。就在這時，來到海岸的娜美等人，發現了神之島令人驚訝的秘密！？

路飞等人順著雲河之路趕到祭壇途中，遇到了瓦夷帕等香狄亞戰士，瓦夷帕警告他們盡快離開這裡，不過在娜美的研究調查之下發現原來這座所謂的神之島，是地上的加亞島飄到天上的一部份，而諾蘭德說的黃金鄉的確是存在的…

與三個神官展開大戰的香狄亞戰士，由於蘭奇要保護愛紗的〝VIRS〞（大地）造成失誤，讓卡馬奇利為了救她而身受重傷，香狄亞也因此不得不撤退。另一方面，路飞他們在會合之後，娜美對著大家解開黃金鄉之謎，並且知道黃金藏在什麼地方…

在快樂的營火晚會之後，路飞等人在湖邊紮營休息，沒想到隔天醒來，卻發現黃金梅利號已經不知道被什麼人修好了。為了尋找黃金，騙人布想辦法把黃金梅利號從活祭品祭壇放下來，只不過必須由喬巴當作誘餌…

在娜美的分配下，路飞他們分成了兩隊分別行動。探索隊的路飞、喬巴、索隆、羅賓這組目的是要尋找黃金，另一邊則是娜美、騙人布、香吉士組，是負責把船開到會合的地點，並且照顧受傷的天空騎士甘福爾。另一方面香狄亞戰士也將再次攻向神之社…

瓦夷帕帶領的香狄亞戰士們為了擊倒艾涅爾，一行人攻向了神之社。但是以心綱看穿這一切的艾涅爾，開放整座島給神官作為試鍊的地方，讓神官及神兵們，與香狄亞人以及藍海人也就是路飞一行人，展開了一場生死交戰的生存遊戲。

由於路飞他們沒有照瓦夷帕的話離開這裡，不但路飞遇到瓦夷帕時展開了決鬥，索隆也遇到了香狄亞的戰士布拉哈姆，兩人也展開了前所未有的空中戰，最後索隆是用飛躍的斬擊〝一刀流三十六煩惱鳳〞擊敗了布拉哈姆！

路飞遇上了香狄亞的戰鬼瓦夷帕，兩個人也展開了死鬥，雖然路飞有著所向無敵的橡膠能力，不過瓦夷帕也有著威力驚人的〝燃燒砲〞。就在兩人打得難分高下時，路飞竟然掉到一個很詭異的地方。另一方面，在黃金梅利號的娜美他們遭到艾涅爾突襲，香吉士跟騙人布都被艾涅爾擊倒了…

迷路的喬巴不知不覺中踏進了神官涅槃的地盤，涅槃佈下的是〝沼的試鍊〞。涅槃雖然做事老是少一根筋，不過他的沼雲仍然十分厲害。喬巴本來一心想逃，最後他想既然逃不了就跟涅槃一決勝負，讓自己成為真正的海賊…

娜美為了救被燒焦昏迷不醒的香吉士跟騙人布，與甘福爾聯手擊敗了中悟跟小悟，不過甘福爾也隨即趕去追艾涅爾。不料這時柯妮絲父女載著愛紗來到黃金梅利號旁，害怕的愛紗一心想要救自己的族人，因為她感覺得到他們的聲音一個個消失了…

神兵長大山不珍惜遺跡的破壞行動，對羅賓來說是件非常不可原諒之事。就在她盡全力的打敗大山之後，她竟然找到了黃金都巿–香朵拉，而更令她驚訝的是，還發現了她夢寐以求的〝歷史本文〞。

意外跑到巨大豆蔓的上層遺跡裡的喬巴，遇到神官歐姆及其愛犬聖潔。喬巴因性命受到威脅而不斷的躲著歐姆。同時在遺跡之外，所有人都來了，但是可憐的喬巴卻等不到大家的救援，就被神官之一的歐姆給擊倒了…。

在這場生存者遊戲之中，羅賓發現了黃金都巿–香朵拉的同時，喬巴在上層遺跡慘遭神官歐姆的毒手。就在這時候，巨大豆蔓的上層遺跡前存活下來的索隆、甘福爾、瓦夷帕、歐姆即將爆發出新的戰鬥火花…。

最後來到遺跡前的只剩下雙方的幾個人及索隆、甘福爾、瓦夷帕。他們都陷入了神官歐姆的鐵的試鍊之中，更沒想到的是，甘福爾為了救娜美與愛紗一起被吞進大蟒蛇肚子，而且他們還在大蛇肚裡遇到了路飞…。

索隆在與歐姆歷經苦戰之後，終於以絕招〝百八煩惱鳳〞擊倒了歐姆。另外，好不容易找到遺跡的羅賓，卻遍尋不到傳說中的黃金鐘。不料此時艾涅爾居然出現在她的面前！更可怕的是，之後他竟以天的制裁結束了在遠方的派葛亞及神隊的人的性命！

柯妮絲經由神隊的人，知道了艾涅爾想將神之國推落藍海，把所有在神之國的人類都消滅掉。因父親的死而傷心的柯妮絲，還是打起精神趕緊回天使島通知眾人。另外，艾涅爾口中的〝最後計劃〞也將到啟動之時，因此他將所有的人召集起來…

在艾涅爾的生存者遊戲裡，最後果然如他所預測的，只剩下了五個人。艾涅爾和剩下的五人坦言，他打算把目前的神之國打落天空，然後前往夢的世界─無限大地，建立一個新的神之國。當羅賓與索隆表示拒絕一起前往之後，立即遭到艾涅爾的電擊…

瓦夷帕利用海樓石讓艾涅爾無力反抗，雖然一時間打倒了艾涅爾，但艾涅爾卻以電擊為自己的心臟按摩，並重新再站了起來，反過來以雷擊打倒了眾人。娜美眼見情勢無望，便主動投降，要艾涅爾帶她一起前往無限大地。艾涅爾於是帶她來到一艘大船前…

遲遲趕到的路飞，看到索隆等人被艾涅爾打倒在地，娜美也被帶走了，路飞於是要求愛紗使用心綱的能力帶他去找艾涅爾算帳。在這同時，柯妮絲冒著被逮捕的危險，回到了天使島，只為了傳達訊息要居民趕緊去避難…

在神艾涅爾的毀滅計畫下，空島居民開始紛紛避難。而在黃金船方舟箴言上，路飞與艾涅爾正在對決中，艾涅爾雷的能力雖然對橡膠人路飞不管用，但艾涅爾的心綱讀心術，卻也令路飞招架不住，這時候，路飞想到了一個好方法…

神艾涅爾的計劃已經進入了最後的階段，雖然路飞及時趕到向艾涅爾挑戰，然而經歷了一番死鬥路飞從方舟上摔了下去，艾涅爾則是勸船上唯一剩下的娜美放棄那些沒用的夥伴，跟他一起離開不料香吉士與騙人布已經追了上來…

為了救出娜美，香吉士與騙人布也搭上了方舟箴言的香吉士與騙人布，不過艾涅爾很早就察覺到他們的到來，就在娜美面臨危機時騙人布及時出現，但是還是敵不過艾涅爾的力量，被逼上了絕路幸好這時候香吉士也出現了…

神艾涅爾下毒手毀滅了香朵拉村,瓦夷帕回想起酋長告訴過他距今四百年前的故事,一段關於大戰士卡爾葛拉與一個被稱作是大騙子的冒險家-蒙布朗諾蘭德之間,從敵人變成莫逆之交的感人故事…

神艾涅爾下毒手毀滅了香朵拉村,瓦夷帕回想起酋長告訴過他距今四百年前的故事,一段關於大戰士卡爾葛拉與一個被稱作是大騙子的冒險家-蒙布朗諾蘭德之間,從敵人變成莫逆之交的感人故事…

在卡爾葛拉的女兒穆絲去找諾蘭德的船醫,才讓真相大白,原來諾蘭德他們砍了香朵拉族很重要的神木,而諾蘭德卻是為了阻止樹熱傳染才砍樹兩人終於解開了心結,然而諾蘭德的船已經出航他們只好約定一定要再見,沒想到這一別卻是天人永隔…

路飞原本為了救娜美衝上巨大豆蔓頂端,結果反而遇到去追他的娜美,不過路飞卻不願意和娜美一起回來,因為他要完成菱形臉大叔庫力凱願望證明庫力凱的祖先諾蘭德不是大騙子,黃金鄉的確存在,所以他一定要敲響黃金鐘…

路飞與娜美被困在神之社無法前進,就在這時候艾涅爾已經找到了黃金鐘,好不容易終於想到一計的娜美,傳送訊息給在巨大豆蔓底下的騙人布等人,要他們把這棵巨大豆蔓砍倒讓它倒向西邊但是,艾涅爾最後一擊的"雷迎"就在眼前…

為了不讓路飞他們阻止方舟前進,艾涅爾釋放出"萬雷"企圖毀滅神之島,然而這一次大地不服輸反倒是逼近方舟的路飞要艾涅爾把黃金鐘還來,與艾涅爾展開一場激戰,下定決心敲鐘的路飞要把艾涅爾一起敲下去…

路飞終於擊敗了艾涅爾並且敲響了黃金鐘,不僅在底下的庫力凱他們聽見了,也完成了香狄亞大戰士卡爾葛拉的遺願,諾蘭德幾百年來的污名也終於洗刷,因為傳來美妙鐘聲的黃金鐘真的存在黃金都巿香朵拉也一直存在在天上…

神之國長達四百年的戰爭終於結束了,全國的人民興高采烈地連續舉辦了好幾天的慶祝會,正當所有人沈睡時路飞叫醒夥伴們,表示要偷些黃金回藍海,其實他們根本沒想到天空之民想送他們黃金鐘樓的一根巨大的黃金柱…

飛也似地逃離空島的路飞一行人,讓空島的人們沒有機會向他們說聲謝謝及再見,不過在響徹雲霄的鐘聲中,以及柯妮絲釋放的章魚熱氣球讓他們順利離開了空島,但是快降落時卻又發生了意外,由於章魚突然縮小讓他們摔到了莫名的地方…