새로운 모험을 향해 항해 중이던 밀짚모자 해적단은 하늘에서 배가 떨어지는 것을 목격하고는 충격에 휩싸인다. 설상가상으로 영구지침마저 이상한 증상을 보이는데... 바늘이 하늘을 향하고 있는 것이다. 로빈 말에 따르면 보다 강력한 자력을 지닌 섬에 의해서 영구지침의 기록이 덧씌워진 것이라고 한다. 그 섬의 이름은 바로 ‘하늘섬’이다.

하늘 섬에 로그를 빼앗겨버린 밀짚모자 해적단. 나미는 루피, 상디, 조로가 난파선에서 하늘섬에 갈 수 있는 단서를 가져올 거란 것에 희망을 건다. 하지만 그들이 가져온 것은 잡동사니뿐. 분노하는 나미에게 로빈은 자야로 갈 수 있는 이터널포스를 내민다. 원숭이 인양선에서 슬쩍한 것이다.

하늘섬으로 가는 정보를 얻기 위해 도착한 자야섬의 항구도시, 모크타운. 멀리서 보기에는 멋진 휴양지인 그곳은 거친 해적들이 즐기러 오는 환락도시로 무법자 천국이다. 괜한 싸움에 휘말리면 정보를 얻기도 전에 섬에서 떠나야 하므로 나미는 조로와 루피에게 절대로 싸우지 않겠다는 맹세를 받는다.

루피와 조로는 나미와의 약속을 지키기 위해 베라미와 그 동료들이 주먹을 휘두르는데도 저항을 하지 않는다. 아무 소득 없이 돌아온 루피에게 로빈은 지도 한 장을 내미는데, 그 지도에는 꿈을 이야기하다 모크타운에서 쫓겨난 몽블랑 크리켓이 살고 있는 곳이 표시되어 있다.

몽블랑 크리켓이 사는 곳에 도착한 루피 해적단. 예상과는 달리 궁전 같은 집을 보고는 놀란다. 하지만 실상은 나무판에 그려진 그림일 뿐. 실제 집은 절반 크기에도 미치지 못한다. 텅 비어있는 집을 어슬렁거리던 중 ‘거짓말쟁이 놀랜드’ 라는 제목의 동화책 한 권을 발견한다.

하늘섬에 가려는 루피와 그 동료들의 열의에 마음이 움직인 크리켓은 하늘섬이 어떤 곳인지 어떻게 갈 수 있는지 설명해준다. 들으면 들을수록 위험한 여정임을 깨달은 우솝은 포기하자고 주장하지만 루피는 뜻을 굽히지 않는다. 게다가 크리켓과 마시라, 쇼죠가 하늘섬에 가는 것을 도와주기까지 한단다.

사우스 버드를 잡으러 숲으로 들어간 밀짚모자 해적단은 사우스 버드가 벌레들을 조종하여 방해하는 바람에 도망치기 바쁘다. 한편 금괴를 빼앗기 위해 몽블랑 크리켓의 집으로 쳐들어온 베라미와 그 부하들은 잔인한 방법으로 원숭이 연합군을 쓰러뜨리고는 금괴를 싣고 유유히 사라진다.

금괴를 되찾으러 마을로 달려간 루피는 마침내 베라미와 마주선다. 선제 공격을 퍼붓는 베라미를 주먹 한 방으로 쓰러뜨린 루피는 금괴를 찾아서 동료들이 있는 곳으로 달려간다. 한편 해군 본부는 크로커다일 대신 새로운 칠무해 멤버를 영입하기 위해 긴급 소집 명령을 내리는데..

약속시간이 지나서 나타난 루피 때문에 출항이 늦어진 밀짚모자 해적단. 새롭게 단장한 고잉메리호를 타고 쇼죠와 마시라 해적단의 호위를 받으며 남쪽으로 출발한다. 하지만 녹업스트림이 발생할 위치도 파악 하지 못한 상황에 적제운이 일찍 발생해 당황하게 되는데..

험난한 여행 끝에 하늘 바다에 도착한 밀짚모자 해적단. 온 사방이 새하얀 구름인 것을 보고 흥분한 우솝은 헤엄을 치겠다며 뛰어들었다가 구름 밑으로 빠져버리고 만다. 루피와 로빈은 급히 손을 뻗어 우솝을 구해내지만 거대한 바다 괴물이 우솝을 삼키려고 따라 올라오는 바람에 한 바탕 소동이 벌어진다.

하늘섬에 도착한 밀짚모자 해적단은 그곳에서 아름다운 소녀 코니스와 그녀의 아버지인 파가야를 만난다. 그곳은 신의 나라, 스카이피아란 곳으로 그들 등뒤에는 하얀 날개가 달려있다. 저녁초대를 받아 파가야 집으로 간 밀짚모자 해적단은 코니스로부터 웨이버를 움직이는 동력원에 대한 이야기를 듣는다.

구름바다에서 웨이버를 타고 있는 줄만 알았던 나미의 모습이 보이질 않자 코니스와 파가야는 불안해지기 시작한다. 나미가 금단의 땅인 ‘업퍼야드’로 갔을까봐다. 업퍼야드 섬은 어떤 경우에도 발을 들여놓아서는 안 되는 금단의 땅으로 이를 어긴 자는 신의 이름으로 무서운 벌을 받게 된다.

불법입국한 죄로 입국료의 열 배를 지불하지 않으면 사형이나 마찬가지인 구름가두기 형을 당할지도 모르는 밀짚모자 해적단. 우솝은 나미가 돌아올 때까지 분란을 막아보려고 애쓴다. 하지만 화이트 베레 부대 대장인 맥킨리는 사사건건 꼬투리를 잡아서 죄를 무겁게 하려는 것처럼 보이는데....

화이트 베레 부대를 쓰러트린 루피! 맥킨리는 하늘의 심판을 받게 될 거라고 경고하고는 사라진다. 나미는 추적자들이 몰려오기 전에 청해로 돌아가자고 주장하고 금단의 땅에 가보고 싶은 루피는 완강하게 거부한다. 일단 코니스와 파가야를 위해서 도망치기로 한 밀짚모자 해적단, 하지만 루피가 먹다 남은 요리로 도시락을 싸가자고 한다.

루피는 코니스 부녀에게 폐를 끼치지 않기 위해 아무 말 없이 업퍼야드로 향한다. 하지만 어디로 가야할지 어떻게 가야할지 막막하기만 할뿐이다. 그 때 뒤따라온 코니스가 업퍼야드로 갈 수 있는 방법을 알려주겠다며 선착장까지 안내해준다. 하지만 계속 떨고 있는 코니스가 아무래도 이상한데....

마침내 업퍼야드 안으로 들어간 루피와 상디 그리고 우솝. 하지만 들어가자마자 계속되는 공격에 겁먹은 우솝은 다시 돌아가자며 울부짖는다. 한편 초특급 새우한테 끌려서 산 제물의 제단에 올려진 고잉메리호는 바닥에 큰 손상을 입어 오도 가도 못하는 처지가 되었는데, 조로는 신을 만나러 숲으로 들어가겠다고 한다.

네 개의 문으로 이루어진 시련의 문 앞에서 어디로 들어갈까 망설이는 우솝. 루피는 단지 신날 것 같다는 이유만으로 구슬의 시련을 택하자고 주장하고별 대안이 없는 우솝과 상디는 루피의 의견을 따르기로 한다. 허나 어두컴컴한 굴을 지나 밖으로 나온 순간 끝을 알 수 없는 절벽 밑으로 추락하기 시작하는데…

마음을 읽는 힘을 지닌 사토리의 공격에 루피와 상디 그리고 우솝은 속수무책으로 당할 뿐이다. 그 사이 배는 점점 더 멀어지고 사토리를 루피한테 맡긴 상디와 우솝은 배를 멈추게 하는데 총력을 기울인다. 한편 고잉메리호에 홀로 남은 쵸파는 배를 수선하려다가 잘못해서 망치를 제단 밑에 떨어트리는데....

홀로 배를 지키고 있던 쵸파 앞에 나타난 신관 슈라, 그는 산 제물의 제단에서 도망친 동료들을 대신해서 죽음으로 그 죄 값을 치러야 한다며 쵸파를 공격한다. 한편 쵸파가 불은 호루라기 소리를 듣고 급히 출동한 하늘 기사 간 폴. 슈라는 간 폴 역시 죄인이라면서 끈의 시련을 내리는데…

사토리가 최후의 공격무기로 내놓은 구슬 드래곤! 손가락 하나만 대도 폭발한다는 엄포에 도망 다니기 바쁘던 루피는 마침내 사토리가 구슬 드래건에다 끈을 매달아서 조종한다는 사실을 알아내고는 그 끈을 끊어버린다. 한편 배를 뒤쫓아간 우솝은 마침내 출구의 위치를 알아내는데...

아이사가 지닌 만트라의 힘으로 신관 한 명과 간 폴이 쓰러졌단 사실을 알게 된 샨디아 족의 우두머리 와이퍼는 업퍼야드에 대한 총공격을 명령한다. 샨디아 족이 쳐들어올 거란 사실을 간파한 신관들은 일단 밀짚모자 해적단은 내버려두고 샨디아 족의 공격에 맞서 싸우기로 결의한다.

산제물의 제단으로 다시 돌아온 나미, 조로 그리고 니코 로빈. 돛대가 부러진 고잉메리호를 발견하고는 불안한 마음에 쵸파를 불러보지만 대답이 없다. 한편 제단을 향해서 전진하던 루피, 우솝, 상디는 해골들이 널려있는 초원을 지나가며 언제 어디서 신관이 나타날지도 모른다는 생각에 가슴을 졸이다 샨디아족과 맞딱뜨리게 되지만, 루피의 방어로 위기를 극복하고 밀키로드를 따라 결국 산 제물의 제단로 돌아와 모두와 다시 만난다.

샨디아 족과 신관들 사이에 마침내 전투가 시작된다. 밀고 밀리는 공방 끝에 라키가 그만 신관인 오움에게 붙잡히고 그녀를 구하려던 카마키리 마저 크게 부상을 입고 만다. 한편 루피 일당은 나미를 통해 400년전 자야의 모습에 관한 수수께끼를 풀고 황금도시로 가는 일만 남았다며 기뻐하고, 그곳에서 만난 구름 늑대들과 친구가 되어 신나는 황금전야제를 벌인다.

화장실이 급해서 한 밤중에 일어난 우솝. 그런데 배에서 이상한 소리가 들려온다. 가까이 다가간 우솝은 자기를 향해 웃고 있는 존재에 놀라서 그만 기절을 하고 만다. 다음 날 루피 일행은 고잉메리호의 초기 형태로 배가 말끔히 수리되어 있는 것에 놀라고 우솝은 자신이 꿈을 꾼 게 아니라는 것을 확신한다. 한편 에넬신은 신관들을 불러 각각의 시련을 펼쳐 대결할 것을 지시하는데…

나미의 계획에 따라 두 팀으로 나뉜 밀짚모자 해적단. 루피, 조로, 로빈, 쵸파는 황금을 구하러 가는 길에 무서운 독을 지닌 이무기를 만나 대결하는 와중 뿔뿔이 흩어지고 만다. 또한 나미, 우솝, 상디 일행은 간폴에게 스파이피아의 역사에 대해 듣게 된다. 한편 샨디아족은 반드시 지금이 에넬의 목을 칠 기회라며 각오를 다지는데…

마침내 업퍼야드를 둘러싸고 시작된 생존게임. 첫 번째 대결은 샨디아 족의 승리. 끈의 시련을 쳐놓고 기다리던 슈라는 샨디아 족 전사들을 꼼짝 못할 정도로 묶어놓는데 성공한다. 하지만 < 임펙트 다이얼 > 보다 열 배나 강한 위력을 지닌 < 리젝트 다이얼 >을 들고 나온 와이퍼에게 당하고 만다.

이무기 때문에 뿔뿔이 흩어지게 된 루피, 조로, 로빈 그리고 쵸파는 어느새 에넬의 서바이벌게임의 일원이 되어 곳곳에서 샨디아 전사 그리고 신병들과 부딪히게 된다. 한편 고잉메리호를 타고 업퍼야드를 빠져나가려던 간폴과 나미, 우솝 그리고 상디 앞에 에넬이 나타나고, 위협을 느낀 상디는 에넬에게 대항하다가 오히려 공격을 받아서 의식을 잃고 마는데…

간폴 앞에 나타난 에넬은 업퍼야드를 강제로 빼앗은 진짜 이유를 알고 있냐면서 전설의 황금 도시에 대해서 내비친다. 상디에 이어 우솝까지 에넬에게 당하게 되고, 두 번째로 마주친 루피에게 와이퍼는 비장의 바주카 공격을 퍼부으며 대결을 펼친다. 한편, 외톨이가 된 쵸파는 친구들의 이름을 부르며 숲 속을 헤매고 다니다가 신관 게다츠와 맞닥뜨린다.

샨도라의 유적을 향해 가던 카마키리는 에넬과 마주친다. 에넬은 카마키리에게 5분 동안 손가락 하나도 까딱하지 않을테니 마음껏 공격해보라고 한다. 하지만, 카마키리는 어떤 공격을 할 지라도 지금 상태로는 에넬을 꺽을 방법이 없다는 것을 깨닫고 와이퍼에게 그 사실을 알려주기 위해 서둘러 웨이버에 올라탄다.

소중한 유적을 마구 부수는 야마를 외곽으로 유인한 로빈은 역사 이름으로 심판을 내린다. 도시의 중심부로 짐작되는 곳에 도착하지만 위령비에 그려져 있는 지도 속 모습하고는 많이 다르다. 게다가 샨도라는 푸른 바다에 서부터 있어왔던 도시인데도 불구하고 한 단면이 섬구름으로 이루어져 있는게 아무래도 이상하다.

게다츠를 물리치고 의기양양해진 쵸파는 친구들보다 먼저 황금도시를 찾아내서 깜짝 놀라게 해주겠다고 결심한다. 하지만 얼마 못 가 신관 오움과 마주치고 결국 아무런 저항도 하지 못한 채 무릎을 꿇고만다. 한편 가방을 훔쳐 달아가던 사우스버드에게 매달린 조로는 이무기에게 쫓기던 중 오움, 간폴, 와이퍼가 있는 철의 시련 구역으로 떨어지게 되는데…

생존 게임에서 살아남아 자이언트 잭 주변에 모여든 오움, 조로, 간폴 그리고 와이퍼! 각자 원하는 대답을 듣기 위해 생명을 건 결투에 나선다. 한편 신병들한테 쫓겨서 상층유적지에까지 오게 된 나미와 아이사는 그들을 구해주려던 간폴과 함께 이무기한테 잡아먹히는데…

카마키리가 남긴 유언을 전하기 위해서 와이퍼를 찾아온 라키는 와이퍼 눈앞에서 에넬에게 공격을 받아 쓰러지고, 오움, 와이퍼, 조로는 계속해서 목숨을 건 결투를 벌인다. 한편 이무기에게 삼켜진 나미와 아이사 그리고 간폴은 뱃속에서 루피와 만나게 되고, 그제서야 자기가 갇힌 곳이 이무기의 위장 속이란 사실을 알게 된다.

이무기한테 잡아먹힌 나미를 구하고자 애쓰는 조로. 하지만 계속 공격해오는 오움의 공격에도 불구하고 그를 쓰러뜨리고야마는 조로. 한편 로빈은 처음으로 갓 에넬을 맞대면 하게되고, 고잉메리호를 지키고 있던 파가야와 코니스는 도망 중인 탈주범을 만나게 되는데..

세 시간째로 접어들자 에넬은 벼락을 끌어 모아 상층부 유적을 내리친다. 무너지는 지반과 함께 조로, 와이퍼가 추락해서 떨어진 곳은 샨디아 족의 고향인 샨도라. 혼란을 틈타 나미와 간폴은 이무기 위장 속에서 탈출하지만 루피와 아이사는 루피가 웨이버의 분출구를 잡는 바람에 탈출에 실패하고 에넬은 으로 이무기를 쓰러뜨리고 마는데…

생존게임에서 여섯 명만이 남은 상황. 에넬은 생존자 다섯 명만이 페어리 바스로 갈 수 있다고 함께 갈 것을 제의한다. 한편 스카이피아를 멸망시키고자 하는 음모를 알게 된 로빈은 에넬에게 함부로 스카이피아를 파괴했다가는 황금종도 영원히 잃어버리게 될 거라고 경고하지만 결국, 에넬에게 공격을 당하고 마는데…

다섯 명의 생존자들마저 에넬과 싸우다가 쓰러지고 남은 건 나미 한 명뿐이다. 나미는 기회를 봐서 탈출하기로 마음먹고는 일단 에넬을 따라나선다. 에넬이 데려간 곳은 동굴 속. 그곳엔 신군들을 가둬두고 만들게 했던 신의 방주 맥심이 놓여있고, 나미는 방주의 규모에 말을 잃고 만다. 한편 루피와 아이사, 피엘은 이무기로부터 극적으로 탈출 하지만, 에넬에게 당한 친구들을 보고 분노하게 되는데…

엔젤섬으로 돌아간 코니스는 화이트 베레부대를 뚫고 어렵게 주민들 앞에 나선다. 하지만 주민들은 에넬이 스카이피아를 멸망시키려 한다는 사실을 좀처럼 믿지 않는다. 사람들을 믿게하기 위해 코니스는 에넬을 신으로 인정하지 않는다며 소리치지만 신의 심판이 내려지지 않자 그제서야 주민들은 코니스의 말을 믿고 클라우드엔드로 도망치기 시작한다.

코니스 덕분에 에넬의 계획을 미리 알게 된 엔젤섬 주민들은 서둘러 클라우드엔드로 탈출하기 시작한다. 한편 루피한테 번개가 통하지 않는다는 사실을 알게된 에넬은 새로운 공격 방법을 모색하고 마침내 루피의 약점을 찾아낸다. 드디어 방주가 하늘로 날아오르기 시작하고 하늘은 뇌운으로 뒤덮히자 스카이피아 사람들은 공포에 휩싸인다.

루피에게 대결을 청했던 에넬은 번개가 통하지 않는 루피한테 호되게 당한 후 루피를 방주 밑으로 떨어트린다. 한편 의식이 돌아온 상디는 우연히 나미가 방주에 타고 있는 것을 발견하고는 에넬에게 납치당한 것으로 판단하고 우솝을 억지로 깨워서 나미 구출작전에 나선다.

나미를 구하기 위해 방주로 숨어든 상디와 우솝은 갑판에서 만나기로 하고 헤어진다. 혼자 행동하는 게 두려운 우솝은 유령선 같은 분위기에 다리마저 후들거린다. 한편 에넬은 목숨 대신 친구들을 선택한 나미를 번개로 응징한다. 나미는 우솝 덕분에 간신히 번개를 피하고 웨이버를 타고 탈출하기 위해 작전을 펼치는데…

상디의 희생 덕분에 무사히 탈출에 성공한 우솝과 나미. 하지만 탈출한 줄 알았던 우솝은 다시 배로 돌아와 상디를 구해낸다. 한편 방주 밖으로 떨어진 루피는 설욕을 하기 위해 로빈에게 종루의 위치를 다시금 확인하고 자이언트 잭 꼭대기 위로 달려간다.

400여 년 전 탐험가이자 식물학자인 몽블랑 놀랜드는 바다를 항해하다가 신비한 종소리에 이끌려서 이름 모를 섬에 상륙한다. 하지만 그섬은 무서운 역병이 퍼져 사람들이 죽어 나가고 있고, 신관의 유언에 따라 신께 산제물인 처녀를 바치는 의식이 거행되고 있는 순간, 놀랜드가 신인 이무기를 죽이고 마는데…

놀랜드는 수열 치료제를 만드는 코나나무를 찾아낸다. 하지만 갑자기 일어난 지진 때문에 하반신이 땅에 파묻히고, 카르가라는 그런 놀랜드에게 신을 모독한 죄를 받는 거라며 비웃는다. 놀랜드는 카르가라를 설득해 고통받고 있는 부족과 그 딸을 구해주겠다는 약속을 하고 그 약속대로 샨디아족 마을에는 평화가 찾아오는데…

갑자기 차가운 태도를 보이는 샨디아족 사람들. 영문을 모르는 놀랜드 일행은 답답하고 두렵기까지 하다. 놀랜드와 카르가라 사이가 소원해진 것을 안타깝게 여긴 무스는 선의를 찾아와서 그 이유를 말해주고, 선의도 또한 놀랜드가 한 행동에 대한 이유를 말해주는데…

금덩이를 매단 채 자이언트 잭 위로 기어오르는 루피. 하지만 번번이 에넬에게 가로막혀 밑으로 떨어진다. 뒤쫓아온 나미는 루피에게 밑으로 내려가자고 설득하지만 루피는 황금종을 울려 크리켓에게 황금도시가 하늘에 있다는 것을 알려줄 수 있다며 함께 가기를 거부한다. 한편 에넬은 라이고(뇌영)으로 엔젤섬 전체를 소멸시킨다.

마침내 황금종을 손에 넣은 에넬은 스카이피아를 완전히 소멸시키기 위한 단계로 들어간다. 한편 자이언트 잭 위로 올라갈 방법을 궁리하던 나미는 밑에 남아있는 친구들에게 자이언트 잭을 서쪽으로 쓰러트려 달라는 메시지를 보낸다. 있는 힘을 다해 검을 휘두르는 조로와 우솝의 공격에 더해 와이퍼의 리젝트 다이얼로 줄기가 쓰러지기 시작하는데…

밑에 남아 있는 동료들 덕분에 자이언트 잭이 기울기 시작하고 마침내 루피는 방주 가까이 다가간다. 하지만 루피가 달려간 곳은 방주가 아니라 뇌운 안. 그 때부터 뇌운속에서 이유를 알 수 없는 방전이 일어나기 시작하고 루피는 뇌운을 없애는데 성공하는데…

마침내 황금 종소리는 자야까지 울려 퍼지고 황금종이 하늘에 있었다는 사실을 알게된 크리켓은 회한과 함께 고마움의 눈물을 흘린다. 한편 하늘섬 사람들은 종소리가 다시 한 번 울릴 때 오랜 전쟁이 끝날 거라는 전설을 증명이라도 하듯 스카이피아와 샨디아가 하나가 되어 기쁨의 축제를 벌인다.

나흘 간의 축제가 끝나고 다들 잠이 든 사이, 나미를 깨운 루피는 황금을 훔쳐서 달아나자고 한다. 한편 황금종을 찾았단 소리에 하늘 섬 사람들은 모두 서쪽 해안으로 달려가고, 함께 갔던 로빈은 포네그리프를 확인하지만 이번에도 그녀가 찾던 리오 포네그리프는 아니었다. 하지만 돌의 측면에 골. D 로져란 이름이 새겨져 있는데…

감사의 보답으로 황금 기둥을 이고 쫒아오는 스카이 피아사람들을 어렵사리 따돌리고 황금이 든 자루를 둘러매고 업퍼야드를 빠져 나온 밀짚모자 해적단. 마침내 파가야와 코니스에게 안내를 받아 ‘ 클라우드 엔드’에 도착한다. 청해로 낙하하는 고잉메리호의 충격을 덜어주기 위해 코니스는 문어풍선을 달아주지만... 청해에 가까워질수록 문어 풍선은 점점 작아지는데…