Nami si rende conto che il Log Pose sta puntando verso il cielo: Nico Robin pertanto ipotizza che l'imbarcazione sia caduta dal mare della leggendaria isola nel cielo, Skypiea. Rufy immergendosi nell'acqua a rischio della sua vita, trova la mappa di Skypiea. I pirati decidono di immergersi nell'oceano per avere ulteriori informazioni. Mentre Sanji, Rufy e Zoro s'immergono, giunge in prossimità della Going Merry la ciurma di Mashira, il re del recupero delle navi affondate. Sott'acqua arriva anche Mashira che fa amicizia con Rufy. Una tartaruga gigante divora il relitto con i pirati e Mashira.

La tartaruga gigante riemerge, facendo capire a tutti la sorte dei pirati e di Mashira. Fuori dall'acqua esce Rufy, seguito da Sanji e Zoro. I tre sono carichi di oggetti presi della nave: quest'atto genera l'ira di Mashira. Infatti uscito anche egli dall'acqua cerca di attaccare i pirati. Ma improvvisamente delle ombre di giganteschi uomini alati si allungano nel mare. La ciurma terrorizzata si allontana velocemente da quel luogo e decide di dirigersi verso l'isola di Jaya per avere ulteriori informazioni sull'isola del cielo e per sapere come raggiungerla. Lontano da qui la ciurma di Bagy incontra sulla sua nave Ace. Bagy il Clown non osa affrontarlo essendo uno dei capitani della flotta pirata del temibile Barbabianca.

La ciurma giunge nell'isola di Jaya e scopre che questa è abitata essenzialmente da criminali e pirati. Zoro, Rufy e Nami giungono in una taverna per avere qualche informazione sull'isola del cielo. Rufy al bancone viene affiancato dal pirata Iena Bellamy. Egli è il capitano di pirati di nuova generazione che non credono nei sogni e amano la vita del pirata solo per arricchirsi e ergersi al di sopra dei più deboli. Il pirata colpisce Rufy con l'intenzione di sfidarlo per la sua taglia. Nami chiede al barista qualche informazione sull'isola del cielo e viene immediatamente derisa, con i suoi compagni, dai presenti. Tutti considerano quest'isola una semplice invenzione, una storiella per bambini.

Bellamy e i suoi uomini picchiano violentemente Rufy e Zoro, che però non si difendono. Entrambi infatti ritengono che non sia adeguato scontrarsi senza una reale motivazione. Picchiati e derisi i tre pirati vengono allontanati dalla taverna. Fuori incontrano un pirata che mostra una certa simpatia per Rufy. Egli rivolge a Rufy e ai suoi delle parole di amicizia, dicendogli anche che l'isola del cielo esiste davvero. La ciurma, sotto consiglio di Robin, riprende il mare dirigendosi verso l'altro lato dell'isola: qui infatti vive Montblanc Cricket, noto come l'estraneo di Jaya, che potrebbe avere qualche informazione su Skypiea. Durante il viaggio la Going Merry incrocia la nave del capitano Orangutan, fratello di Mashira.

Arrivati nell'altro lato dell'isola la ciurma avvista un grandissimo palazzo: questa però è solo una copertura di legno per una dimora molto più modesta e tagliata verticalmente a metà. Robin rivela che Cricket fu scacciato da Mock Town perché considerato un bugiardo: egli infatti afferma che nell'isola di Jaya ci siano grandi quantità di oro. Scesi nell'isola la ciurma trova il libro che parla di un certo Montblanc Noland chiamato il bugiardo.

Cricket decide di rivelare le sue informazioni su Skypiea. Infatti, rivela che delle volte il cielo si oscura improvvisamente a causa dei cumulonembi fossili, che costituiscono la base dell'isola del cielo. Per salirci la ciurma dovrebbe sfruttare una corrente particolare, la Knock Up Stream. Questa è talmente forte da riuscire a sollevare un'imbarcazione. Mentre la ciurma festeggia prima della partenza, Cricket svela l'ultima frase riportata nel diario di Noland: "credo di aver visto l'oro nell'occhio del teschio". Improvvisamente Cricket si ricorda che per questo viaggio occorre uno strumento infallibile per potersi orientare: l'uccello del sud. Mentre i pirati vanno alla ricerca di questo uccello, l'Alleanza Saruyama (cioè Cricket, la ciurma di Mashira e quella di Orangutan) inizia a riparare la Going Merry ed a prepararla per il viaggio. Intanto la ciurma di Bellamy giunge da Cricket e gli impone di consegnargli tutto il suo oro.

Bellamy, utilizzando il potere del frutto del diavolo Coil-Coil, che gli permette di trasformare il suo corpo in una molla, riesce a sconfiggere Mashira, Orangutan e Cricket e ruba il loro oro. Rufy e la sua ciurma dopo aver catturato un uccello del sud tornano all'abitazione di Cricket e trovano i tre feriti e la Going Merry sventrata. Ciò genera l'ira di Rufy che decide di vendicare Cricket e di recuperare l’oro. A Mock Town giungono i nuovi volantini dei ricercati, con le nuove taglie: quella di Rufy è pari a 100 milioni di berry mentre quella di Zoro è pari a 60 milioni di berry. Anche Bellamy viene avvisato, non credendo però nella loro veridicità. Infine Rufy arriva da Bellamy imponendogli la restituzione dei tesori appena rubati.

Bellamy per niente intimorito continua a deridere Rufy. Egli inizialmente sembra avere la meglio, ma Cappello di Paglia con un sol colpo lo sconfigge, recuperando così l'oro. Successivamente si svolge una riunione tra i 5 Astri di Saggezza, i cinque uomini a capo del Governo Mondiale e diversi componenti della Flotta dei 7: occorre rimpiazzare Crocodile. I membri della flotta dei sette presenti sono Donquijote Doflamingo, Orso Bartholomew e Drakul Mihawk. Alla riunione si presenta Lafitte, membro della Ciurma di Barbanera, che propone il suo capitano come sostituto di Crocodile. In mare aperto nel frattempo Rockstar, un uomo di Shanks il rosso porta un messaggio ad Edward Newgate, ovvero Barbabianca, che però lo ignora richiedendo la presenza diretta del suo capitano. Il pirata incontrato da Rufy a Mock Town si scopre essere Barbanera; questi scopre la nuova taglia di Rufy e decide di catturarlo con l'aiuto dei suoi uomini.

Rufy riesce ad arrivare in tempo all'appuntamento con i suoi compagni. Mashira e Orangutan con le rispettive navi conducono la Going Merry (riparata e con sembianze leggermente diverse) verso la Knock Up Stream. Barbanera e i suoi uomini cercano di raggiungerli per poterli eliminare ed intascare le loro taglie ma pur essendo arrivati in prossimità della Going Merry, non riescono a catturare Rufy, in quanto la Knock Up Stream porta nel cielo l'imbarcazione.

La Going Merry riesce a raggiungere, grazie alla Knock Up Stream, il Mare Bianco. Qui, la ciurma viene attaccata da uno strano individuo mascherato che riesce facilmente a mettere fuori combattimento Sanji, Zoro e Rufy. Giunge in loro soccorso il Cavaliere Celeste Gan Forr, che mette in fuga il misterioso uomo ed offre alla ciurma la sua protezione donandogli un fischietto che servirà proprio per chiamarlo in caso di pericolo. Dopo la sua partenza, la Going Merry giunge alla porta del Paradiso: qui la vecchia guardiana Amazon afferma che per poter entrare a Skypiea occorre pagare e, al rifiuto della ciurma, avvisa il Dio ed i suoi sacerdoti dell'arrivo dei sette alieni del Mare Blu.

La Going Merry riesce a raggiungere dopo una lunga salita l'agognata Skypiea. Tutti i membri della ciurma sono estasiati per la buona riuscita dell'impresa. Nella spiaggia dell'Angelo del Cielo, incontrano l'amabile Konis e suo padre Pagaya. I due mostrano agli uomini di Cappello di Paglia le tecnologie e i segreti dell'isola. Tra queste il Weaver che si muove grazie a un Dial ventoso. Esistono diversi tipi di Dial: quello vocale, quello ventoso, quello luminoso, quello riscaldatore, quello aromatico e quello visivo. Mentre gli altri membri della ciurma si recano a casa di Pagaya, Nami rimane da sola per provare il Weaver. La navigatrice giunge in prossimità dell'Upper Yard, il luogo sacro in cui vive il dio.

Konis rivela alla ciurma i segreti dell'Upper Yard, un luogo in cui è vietato metter piede senza il permesso del dio, e i poteri del dio: egli è capace di controllare tutti gli abitanti dell'isola di Skypiea. Nami, in prossimità del luogo proibito, è testimone di un terribile combattimento. Un alieno clandestino del Mare Blu viene attaccato da quattro misteriosi individui. Essi sono i sacerdoti del dio: Satori, Gedatsu, Shura e Ohm. Egli viene inoltre eliminato da un colpo dello stesso dio. Nami si nasconde ed ascoltando i discorsi dei Sacerdoti scopre che tutti i membri della ciurma sono in pericolo, pertanto cerca di tornare dai suoi amici per avvisarli del rischio che stanno per correre. Intanto nella spiaggia dell'Angelo del Cielo giungono i Berretti Bianchi per arrestare Rufy e i suoi uomini per il mancato pagamento del pedaggio all'ingresso dell'isola.

Rufy, Sanji e Usop vengono accusati dai Berreti Bianchi di crimini sempre più gravi nonostante i loro tentativi di non infrangere la legge. La tensione continua a salire finché, poco dopo il ritorno di Nami, non si arriva al confronto fisico. Rei di aver assalito i Berretti Bianchi, i pirati vengono accusati di un crimine di classe 2 la cui punizione verrà elargita dei Sacerdoti in persona.

Zoro, Nami, Robin e Chopper salgono a bordo della nave per poi salpare al ritorno degli altri tre. Poco dopo Konis torna da Nami e gli altri per informarli dell’esistenza di una corrente marina che li porterebbe direttamente a Cloud End da dove potrebbero tornare nel mare blu. Poco dopo che Konis ha abbandonato la nave ed è tornata a casa sua, Chopper salpa l'ancora e la nave viene portata via dal mezzo di trasporto del cielo, l’aragosta express che li porta all’altare del sacrificio, nella parte nord dell'Upper Yard.

Konis accompagna Rufy, Usop e Sanji al porto dell’isola. Qui i tre pirati si accorgono che la gente del posto cerca di evitare il contatto con loro. Una volta giunti al porto, sotto la pressione di Rufy, Konis rivela ai tre il perché del comportamento degli abitanti del cielo: loro temono la reazione del divino Ener. Appena finito il racconto, Konis viene raggiunta dal giudizio divino, ma si salva solo grazie all’intervento di Rufy e, soprattutto, di Gan Forr.

Rufy, Sanji e Usop a bordo della barca datagli da Konis si addentrano nella foresta del dio. Dopo aver superato molti pericoli riescono finalmente ad arrivare alla vera entrata della foresta, dove ci sono quattro porte: la porta della palude, la porta del ferro, la porta della corda e la porta della palla. Nami, Zoro, Robin e Chopper sono arrivati all’altare del sacrificio, un altare circondato dall’acqua. Tre di loro trovano il modo di scendere a terra e addentrarsi nella foresta alla ricerca di informazioni, lasciando Chopper da solo a riparare la Going Merry.

Rufy, Sanji e Usop decidono di entrare nella porta della palla, dove li attende, a loro insaputa, uno dei quattro sacerdoti: Satori. La zona da lui controllata è piena di nuvole a forma di palla, chiamate nuvole a sorpresa, da cui possono uscire serpenti giganti, ma anche bombe. Satori riesce a stordire i tre pirati. Comincia così il combattimento tra Rufy e Satori.

Mentre Rufy continua a combattere contro Satori, Usop e Sanji tentano di recuperare la barca di Konis. I tre pirati cercano di mettere in atto un piano per sconfiggere il sacerdote, che però grazie all’utilizzo del mantra lo prevede e sconfigge Sanji e Usop. Nel frattempo Chopper, sentendosi minacciato dall’arrivo di Shura, uno dei sacerdoti del dio, chiama Gan Forr con il fischietto che il cavaliere celeste aveva donato ai pirati non appena erano giunti nel cielo.

Rufy, Sanji e Usop si trovano in difficoltà contro Satori. Chopper viene attaccato da Shura, che danneggia gran parte della nave. Quando Shura sta per eliminare Chopper interviene Gan Forr che combatte contro Shura avendo appararentemente la meglio.

Continua il combattimento tra Sanji, Rufy e Usop contro il sacerdote Satori. I tre pirati riusciranno a sconfiggerlo grazie ad un piccolo colpo di fortuna di Rufy e da un calcio di Sanji. Comincia nel frattempo lo scontro tra il sacerdote Shura e Gan Forr. Quest'ultimo viene sconfitto e scompare nelle acque del fiume. Intanto Zoro, Nami e Robin sono alla ricerca di Ener.

Liberatisi di Satori, Sanji, Rufy e Usop lasciano il territorio della prova della palla. Chopper, Gan Forr e Pierre, svenuti e caduti nelle acque del mare bianco, vengono salvati da un gigantesco uccello del sud. Lo strano individuo mascherato che aveva attaccato la ciurma appena giunta in cielo, è in realtà Wiper, uno dei capi degli Shandia, una tribù che secoli prima viveva nell'Upper Yard e che venne cacciata via dall'esercito divino. Aisa, una bambina capace di usare il mantra, avvisa Wiper che nell'Upper Yard sono in corso dei feroci combattimenti. Quindi gli Shandia, guidati da Wiper decidono di attaccare Ener e l'esercito divino. I tre sacerdoti rimasti, ossia Gedatsu, Shura e Ohm, si preparano ad affrontare i pericolosi avversari. Nel frattempo Nami, Zoro e Robin, analizzando la foresta dell'Upper Yard si rendono conto che l'Upper Yard è in realtà una parte dell'isola di Jaya scagliata nel cielo dalla Knock Up Stream secoli fa.

I sacerdoti del divino Ener infliggono diverse perdite agli Shandia e questi si ritirano al sopraggiungere della notte. I sacerdoti vengono convocati al tempio divino da Ener. Nami, unendo le mappe di Skypiea e di Jaya, riesce a capire il significato della misteriosa frase di Noland: "credo di aver visto l'oro nell'occhio destro del teschio". L'isola di Jaya infatti, prima che fosse divisa dalla Knock Up Stream, aveva la forma di un teschio. Nami suggerisce di dividere la ciurma in due gruppi, uno di guardia alla nave e uno alla caccia del tesoro. La notte Rufy e compagni festeggiano insieme ad alcuni lupi selvaggi, incuranti di trovarsi nella terra del dio. Gan Forr si risveglia e spiega perché l'Upper Yard è così importante per gli abitanti del cielo, per Ener e per gli Shandia: esso è costituito di terra, un materiale tanto comune nel mare blu, quanto inesistente in cielo. La terra è chiamata dagli abitanti del cielo e dagli Shandia col nome di "warth".

Wiper e gli Shandia aspettano l'alba per attaccare l'esercito divino. I sacerdoti sono in riunione con Yama, comandante dell'esercito divino, e con Ener, che appare per la prima volta. Il dio di Skypiea svela ai suoi uomini il suo piano: distruggere l'isola nel cielo e dirigersi verso il mondo del sogno. Dopo i festeggiamenti la ciurma di Cappello di Paglia si riposa. Usop, svegliatosi per andare in bagno, si accorge che un'ombra avvolta dalla nebbia sta riparando la Going Merry. Il giorno dopo la nave è non solo completamente riparata, ma ha anche ripreso le sembianze che aveva prima di volare verso il cielo. Il piano di Nami è così delineato: la squadra di cercatori (costituita da Rufy, Zoro, Chopper e Robin) si dirigerà verso "l'occhio del teschio" per prendere l'oro, mentre l'altra squadra (costituita da Sanji, Nami e Usop) circumnavigherà l'Upper Yard per farsi trovare alla spiaggia settentrionale dell'isola.

La squadra di recupero si dirige con la Going Merry verso la spiaggia settentrionale dell'Upper Yard. Sulla nave, Gan Forr fa alcune importanti rivelazioni a Nami, Sanji e Usop: l'Upper Yard giunse nel cielo quattrocento anni fa e da quel momento iniziarono le lotte tra gli Shandia, tribù nativa di Jaya e quindi dello stesso Upper Yard, e i signori del cielo, che consideravano territorio sacro l'intera porzione di isola trasportata dalla Knock Up Stream. Gan Forr era stato il dio prima di Ener e aveva cercato di arrivare ad una soluzione pacifica con gli Shandia. Le trattative furono però bruscamente interrotte sei anni prima degli eventi attuali, allorché Ener giunse con i suoi sacerdoti nell'Upper Yard, sconfisse gli Shandia, detronizzò Gan Forr, si autonominò dio e impose un regime tirannico fondato sulla paura su tutta Skypiea. Robin, Zoro, Chopper e Rufy vengono divisi dall'attacco di un gigantesco serpente. Gli Shandia si lanciano all'attacco, la loro meta resta il tempio divino.

L'ex-dio di Skypiea parla ai ragazzi delle incredibili qualità del mantra di Ener e dei suoi sacerdoti. Al tempio divino, Ener calcola il numero dei partecipanti alla battaglia: lui stesso, i suoi tre sacerdoti, i cinquanta soldati del suo esercito divino, venti Shandia e i sette pirati, per un totale di ottantuno elementi. Il dio prevede che dopo tre ore di combattimenti in tutta l'isola non rimarranno in vita che cinque persone. Intanto nella foresta gli Shandia affrontano subito la prova della corda di Shura. Il sacerdote e Fuza, il suo uccello sputafuoco, vengono però sconfitti da Wiper. Rufy, vagando da solo per la foresta, incontra nuovamente Wiper.

La battaglia prosegue senza esclusione di colpi: guerrieri Shandia e soldati dell'esercito divino cadono come mosche. Robin giunge presso le prime rovine e lì sconfigge un soldato di Ener, Chopper incappa fortuitamente nel sacerdote Gedatsu e Rufy inizia il suo scontro con Wiper. Un guerriero Shandia sconfigge un soldato divino, ma viene subito atterrato da Zoro. Anche Braham elimina un soldato divino, ma commette poi l'errore di sfidare Zoro: lo spadaccino sconfigge il suo potente avversario ricorrendo alle 36 passioni demoniache della fenice. Ener attacca improvvisamente la Going Merry: Sanji finisce fulminato in men che non si dica.

Dopo Sanji, anche Usop finisce fulminato da Ener che poi scompare. Lo scontro tra Rufy e Wiper prosegue intensamente, senza che nessuno dei due riesca a prevalere sull'altro. Improvvisamente Rufy viene ingoiato dal gigantesco serpente che già in precedenza aveva attaccato lui e gli altri, e Wiper prosegue la sua caccia ad Ener. Sulla Merry i guai intanto non sono finiti, perché Nami e Gan Forr vengono attaccati da Hotori e Kotori, i due luogotenenti dell'esercito divino e fratelli del sacerdote Satori. La navigatrice e il cavaliere celeste si apprestano a combatterli. Genbo, dopo aver sconfitto un manipolo di soldati divini, viene rapidamente atterrato da Yama. Nel frattempo, Chopper sta per affrontare la prova della palude.

Robin, analizzando le rovine, scopre che Shandora, la città dell'oro, era la sede di un'antica civiltà dalla quale discendono gli attuali Shandia e che abitava Jaya secoli prima che parte dell'isola venisse spedita in cielo dalla Knock Up Stream. Attraverso le rovine, Robin spera di far luce sul misterioso secolo buio del quale non si sa assolutamente. Improvvisamente Robin viene attaccata da Yama, con il quale inizia a combattere. Dopo un furioso scontro, Chopper riesce a battere Gedatsu e a superare la prova della palude. Il sacerdote finisce inghiottito dalla palude e precipita nel mare blu. La piccola Aisa, intanto, si sta dirigendo verso l'Upper Yard, ma il suo weaver si guasta e viene attaccata da ferocissimi squali ma viene tratta in salvo da Konis e Pagaya.

Sulla Going Merry Nami e Gan Forr sconfiggono i luogotenenti Hotori e Kotori. Gan Forr decide di mettersi all'inseguimento di Ener, preoccupato per la sorte dei soldati dell'esercito divino. Nami viene raggiunta da Konis, Pagaya e Aisa. Usando un Milky Dial, Pagaya è riuscito a creare una via d'uscita alternativa dall'Upper Yard. Kamakiri e un altro soldato Shandia raggiungono per primi il Giant Jack, una gigantesca pianta rampicante presso la quale si trova l'antica città di Shandora. Il guerriero Shandia viene fulminato all'istante da Ener. Kamakiri comprende la vera forza di Ener e cerca di scappare per avvisare Wiper. Ener si crede una vera divinità, ma in realtà ha mangiato un frutto del diavolo, quello Rombo-Rombo della categoria Rogia che gli conferisce incredibili capacità: muoversi alla velocità della luce, invulnerabilità, emissione di scariche elettriche di altissimo voltaggio. Ener con una scarica elettrica abbatte Kamakiri.

Mentre Ener continua a mietere vittime, Zoro incontra un fastidiosissimo uccello del sud e Rufy continua a vagare all'interno del serpente. Robin annienta Yama, colpevole tra l'altro di aver arrecato numerosi danni alle rovine dell'Upper Yard. Giunta ai piedi del Giant Jack, Robin scopre sotto le nuvole il grosso dell'antica città d'oro, Shandora. Investigando tra le rovine, Robin scopre un sicuro collegamento tra Shandora, il Poignee Griffe, la campana descritta da Noland nel suo diario e la vera storia del secolo buio.

Chopper scala il giant jack e si trova di fronte Ohm e il suo cane. La prova del ferro è fatale per Chopper, che viene presto sconfitto. Zoro intanto, girando in tondo è tornato all'altare del sacrificio. Laki entrata nell'upper yard incontra anche Kamakiri a terra sconfitto, che l'avvisa della pericolosità di Ener. Laki comincia così a cercare Wiper ed Ener.

Lo scontro tra Gan Forr, Zoro, Wiper e Ohm prosegue senza esclusione di colpi. Laki, come tutti i sopravvissuti, continua a dirigersi verso il Giant Jack. Nami e Aisa sono inseguite da tre soldati dell'esercito divino. Il Signore del Cielo intanto continua a devastare le rovine e a infastidire i quattro combattenti. Alle rovine sul Giant Jack arrivano cinque soldati dell'esercito divino e tre superstiti dell'armata Shandia. Giungono anche Nami e Aisa, seguite da tre soldati dell'esercito divino presto abbattuti da Zoro, Wiper e Gan Forr. L'ex-dio salva Nami e Aisa da un attacco sconsiderato di Wiper, ma abbassa la guardia e viene inghiottito dal Signore del Cielo insieme alle due ragazze e a Pierre.

Con l'aiuto di Holly, Ohm attiva l'ultima follia della prova del ferro: una gigantesca graticola di filo spinato costituito da nuvole ferrose circonda adesso il campo di battaglia. Ohm elimina uno dei tre guerrieri Shandia sopravvissuti, mentre Wiper e Zoro tolgono di mezzo quattro dei cinque soldati dell'esercito divino. Laki raggiunge le rovine sul Giant Jack e avvisa Wiper della pericolosità di Ener. Proprio il dio compare e fulmina la povera ragazza, per poi sparire di nuovo. All'interno del Signore del Cielo, Gan Forr, Nami, Pierre e Aisa incontrano Rufy.

Ohm toglie di mezzo gli ultimi due guerrieri Shandia sopravvissuti, mentre Wiper sconfigge l'unico superstite dell'esercito divino. Con la tecnica delle 108 passioni demoniache della fenice, Zoro elimina l'ultimo sacerdote di Ener. Robin, conversando con Ener, scopre che il dio ha prelevato tutto l'oro di Shandora per un suo misterioso progetto. Nel frattempo un soldato dell'esercito divino scampato alle lotte dell'Upper Yard fugge verso la Merry. Il ferito informa Pagaya e Konis delle vere intenzioni di Ener: distruggere Angel Island e fuggire via con l'Arca Maxim, una nave volante che lo stesso esercito divino ha costruito per ordine del dio. Ener, grazie al mantra, si accorge del traditore e opera il suo giudizio dio. Pagaya fa appena in tempo a spostar via Konis: lui e il soldato ferito sono colpiti in pieno dal fulmine di Ener.

Dopo aver sconfitto Ohm e dopo aver ordinato ad Holly di autostendersi, Zoro si avventa sul Signore del Cielo. Sia lui che Wiper, però, non riescono a scalfirlo. Improvvisamente Ener con un colpo devastante distrugge le rovine sul Giant Jack e fa precipitare tutti nelle rovine nascoste di Shandora. Mentre il Signore del Cielo cade, Nami e Gan Forr ne approfittano per uscire dalla bocca del gigantesco serpente.

Mentre Konis corre verso Angel Island per informare la popolazione dei piani di Ener, il dio rivela le sue intenzioni di distruggere Skypiea e di raggiungere il mondo del sogno. Gan Forr prova quindi a fermarlo, ma viene fulminato da una scarica di venti milioni di volt. Robin prova a fermare Ener con un trucchetto psicologico, ma il dio non ci casca e colpisce anche lei. Zoro parte quindi all'attacco e taglia il dio, ma ovviamente Ener sopravvive. Proprio mentre Nami si rende conto dell'invincibilità del loro avversario, Wiper blocca Ener con i dial che ha ai piedi. Questi dial sono infatti costituiti di agalmatolite marina, il minerale che blocca i poteri dei frutti del diavolo. Wiper utilizza quindi il potentissimo Reject Dial, uccidendo apparentemente Ener.

Il frutto Rombo-Rombo svela una sua grande capacità: grazie alle scariche elettriche, Ener ripristina il suo cuore e si riprende. Con due scariche da trenta milioni di volt ciascuna, Ener sconfigge Zoro e Wiper ma questi si rialza ancora e allora Ener lo colpisce con un scarica ad altissimo voltaggio. L'unica sopravvissuta alla fine è Nami che finge di voler seguire Ener nel mondo del sogno per non essere eliminata. Il dio conduce quindi Nami (che porta con sé il weaver) al luogo in cui è custodita la gigantesca Arca Maxim.

Konis giunge ad Angel Island e, superate le iniziali ostilità degli abitanti, convince la popolazione a fuggire via per scampare alla distruzione. Inaspettatamente Konis viene aiutata nel suo intento da McKinley, il capitano dei berretti bianchi. Konis torna verso la Going Merry per aiutare la ciurma pirata. Nel frattempo Rufy è giunto da Ener e ingaggia battaglia con lui. Nami si rende conto che Rufy è l'unico al mondo in grado di battere Ener, perché il ragazzo è fatto di gomma.

I colpi di Rufy hanno effetto su Ener, ma il dio grazie al mantra riesce ad evitarli. Ener decide quindi di mettere in moto l'arca: con una scarica da duecento milioni di volt attiva i circuiti dell'imponente imbarcazione che comincia a salire nel cielo sovrastante l'Upper Yard. Tramite Despia, un circuito particolare dell'arca, del fumo nero fuoriesce da una ciminiera. Si tratta in realtà di cumulonembi che si aggregano e formano una coltre di nubi nere che piano piano comincia a coprire tutta Skypiea. Attraverso queste nuvole nere Ener è in grado di amplificare il suo potere e di distruggere qualsiasi cosa. Ne dà una dimostrazione facendo colpire da un fulmine una parte di Angel Island. Continua lo scontro tra Ener e Rufy che elabora diverse strategie per rendere inefficace il mantra del dio e riesce a metterlo al tappeto.

Ener si rialza ancora e grazie ai suoi poteri intrappola il braccio di Rufy in una sfera d'oro resa incandescente dall'elettricità. La sfera, lanciata fuoribordo, trascina Rufy con sè. Aisa, in groppa a Pierre, cerca di salvarlo, ma Ener li colpisce con la solita scarica. Il dio decide quindi di prelevare la campana d'oro di Shandora prima di distruggere Skypiea e prima di andarsene. A bordo della Going Merry intanto Sanji e Usop si risvegliano. Pur essendo ancora deboli per i colpi ricevuti dal dio, i due decidono di salire sull'arca per salvare Nami. Konis torna a bordo della nave e non trova i due ragazzi. Sull'Arca Maxim Nami, pur consapevole di non avere alcuna speranza, decide di affrontare Ener.

Grazie a Pierre, adesso svenuto, Aisa è riuscita a sopravvivere. Anche Rufy è vivo, ma deve fare i conti con la sfera che tiene intrappolato il suo braccio. Il capotribù Shandia decide di seguire l'esempio degli abitanti di Angel Island e ordina l'evacuazione del villaggio. Sanji e Usop sono riusciti a salire sull'arca e si separano per cercare Nami. La ragazza sta combattendo con il dio e proprio mentre Ener sta per fulminarla, giunge Usop in suo aiuto. In realtà i due possono fare ben poco e decidono quindi di fuggire dall'arca con il weaver. Mentre Nami recupera il veicolo mentre Usop tiene impegnato il dio con il combattimento psicologico. Ener comunque lo colpisce. Non riesce a finirlo perché giunge Sanji che calcia Usop sul weaver controllato da Nami. I due ragazzi fuggono via mentre Ener colpisce con una potente scarica Sanji. Non può comunque gioire della sua vittoria, perché il cuoco ha manomesso qualche congegno della nave volante.

Ener comunque riesce a rimettere in moto l'Arca Maxim senza troppi problemi. Approfittando della sua assenza, Usop, grazie al suo rampino, riesce a risalire sulla nave volante e a prendere Sanji. Scesi nell'Upper Yard, i due ragazzi e Nami si dirigono verso la base del Giant Jack. Rufy, Aisa e Pierre, scalando la gigantesca pianta, incontrano Robin e gli altri, ancora svenuti.

Mentre Rufy e Nami continuano la scalata del Giant Jack, comincia il lungo flashback sulla vera storia di Montblanc Noland e del guerriero Calgara (antenato diretto di Wiper) narrato dal capotribù Shandia, un flashback che riporta indietro nel tempo di quattrocento anni. Noland era un avventuriero appassionato di botanica, comandante di una nave che da due anni esplorava il tratto di mare in cui si trovava Jaya. Attratti dal suono di una campana, Noland e i suoi uomini attraccarono sull'isola.

Noland riesce a convincere Calgara di poter salvare il villaggio con delle speciali sostanze che è riuscito a trovare nella foresta. Calgara quindi dapprima uccide un gigantesco serpente (figlio dell'ananconda gigante eliminata da Noland) e poi salva l'avventuriero. I due fermano il sacrificio dell'equipaggio di Noland e della ragazza, che si scopre essere figlia di Calgara. Grazie alle sue conoscenze, Noland salva il villaggio dalla terribile epidemia. Noland e Calgara diventano grandi amici, e lo stesso succede tra gli Shandia e l'equipaggio. Per premiare gli stranieri la gente del villaggio consente a Calgara di condurre Noland e i suoi uomini a Shandora, la città completamente rivestita d'oro che gli Shandia difendono da secoli. Calgara permette agli uomini di Noland di prendere tutto l'oro e tutti i tesori che vogliono, mentre mostra all'amico la "luce di Shandora", la campana d'oro che da secoli fa udire il suo rintocco in tutto il tratto di mare circostante Jaya. Improvvisamente, però, gli Shandia, dopo notti intere passate a festeggiare con gli stranieri, si mostrano scontrosi e schivi.

Continua il flashback di Wiper su Calgara e Noland. Si scopre perché gli Shandia siano così scontrosi nei confronti degli uomini di Noland. L'avventuriero botanico ha fatto tagliare una serie di alberi considerati sacri dagli abitanti di Jaya. Noland, che costringe i suoi uomini a lasciare a terra tutto l'oro offerto da Calgara, l'ha fatto però per un motivo ben preciso: quegli alberi erano non solo già morti, ma continuavano a portare la malattia che aveva afflitto gli Shandia. Quando lo scopre, Calgara corre verso la spiaggia per chiedergli perdono. Noland dal canto suo promette a Calgara che tornerà. Noland torna nel mare settentrionale e comunica al suo re di aver trovato una città tutta d'oro. L'avido re organizza quindi una nuova spedizione nella Rotta Maggiore con lo scopo di arrivare a Shandora. Su Jaya però sta per accadere l'irreparabile: la Knock Up Stream trasporta parte di Jaya nel cielo. I rintocchi della campana d’oro vengono uditi ovunque nel cielo. E il dio di quattrocento anni prima decide che l'Upper Yard sarà la sua residenza: inizia quindi la plurisecolare lotta tra guerrieri Shandia e esercito divino per il possesso della "terra sacra". Proprio in una di queste lotte Calgara perde la vita. Intanto nel mare blu Noland è riuscito a tornare a Jaya, ma non trova più la città. Il suo sovrano lo fa arrestare per aver detto una menzogna e viene giustiziato e bollato per sempre come un bugiardo. Wiper vuole riprendere possesso di Shandora non solo perché è la terra dei suoi avi, ma anche perché vuole suonare la campana per mantenere la promessa fatta dal suo antenato: ciò che rende assai determinato Wiper è proprio quella grande ed eterna amicizia tra Calgara e Noland. Ener, ad ogni modo, ha portato un violento attacco ad Angel Island e si appresta a distruggere tutto. Rufy continua a salire il Giant Jack.

Rufy raggiunge il tempio divino ormai praticamente distrutto. Cerca di salire ancora più in alto, ma con un fulmine Ener spezza una parte del Giant Jack. Il capitano viene, quindi, raggiunto da Nami. Grazie alle parole di Robin, intanto, Wiper scopre che la campana si trova in cima alla pianta. È più che mai determinato a raggiungerla per farla suonare. Ma anche Rufy ha lo stesso obiettivo: vuole suonare la campana per farne udire i rintocchi a Montblanc Cricket e dimostrargli che il suo antenato non era un bugiardo e che stava dicendo la verità. Cerca, quindi, più volte di continuare a salire, ma viene ripetutamente fermato. Il capitano, comunque, non si arrende e non presta ascolto a Nami che lo invita a tornare alla Merry per fuggire via da Skypiea. Ener, nel frattempo, con un attacco di proporzioni gigantesche ha cancellato Angel Island dalla volta celeste.

Ener giunge per primo alla campana d'oro e si prepara a distruggere anche l'Upper Yard. Tutti i tentativi di Rufy di salire il Giant Jack si rivelano inutili a causa della sfera d'oro che continua ad opprimere il suo braccio. Nami, convinta dalle sue intenzioni, elabora un piano e lo trasmette al resto della ciurma: distruggere la base del Giant Jack per farlo cadere in direzione dell'arca Maxim. Zoro, Usop, il Signore del Cielo colpiscono la pianta ma i loro colpi non sono sufficienti. Wiper non riesce a capire perché Rufy voglia a tutti i costi suonare la campana. Robin gli spiega allora che chilometri sotto di loro un discendente di Noland, Montblanc Cricket, è convinto della verità delle parole del suo antenato e che Rufy vuole suonare la campana per dimostrargli che la città d'oro esiste davvero. Wiper distrugge allora la base del Giant Jack usando il Reject Dial. La gigantesca pianta comincia lentamente ad incrinarsi, così, Nami e Rufy, usando il waver, cominciano a percorrerla in direzione dell'arca, continuamente ostacolati da Ener.

Ener, usando il circuito Despair e i suoi poteri, crea un immenso cumulonembo destinato a distruggere l'Upper Yard. Mentre Konis, McKinley, gli Shandia e tutti gli abitanti del cielo pregano affinché Skypiea sia salva, Nami e Rufy saltano dal Giant Jack in direzione dell'arca. Rufy lancia di sotto Nami e il waver per non far correre pericoli alla ragazza, ed entra nel cumulonembo. Il Giant Jack si spezza del tutto e cade sull'isola. Lanciando colpi potenti e veloci in ogni direzione e sfruttando l'energia cinetica della sfera d'oro che ha al braccio, Rufy riesce a distruggere il cumulonembo, salvando l'Upper Yard da distruzione sicura. Ener, adirato per la fine del suo piano, attacca Rufy con una scarica da duecento milioni di volt. Ma i fulmini sono del tutto inefficaci sul ragazzo di gomma. Rufy colpisce in pieno Ener e lo scaglia contro la campana, distruggendo contemporaneamente la sfera d'oro che aveva al braccio. Grazie al colpo di Rufy, dopo quattrocento anni, la "luce di Shandora" torna a brillare e a far udire i suoi rintocchi.

La battaglia dell'Upper Yard si è finalmente conclusa e con essa una guerra vecchia quattrocento anni. Tutti odono il rintocco della campana: gli Shandia, gli abitanti del cielo, Konis, McKinley, la ciurma di Rufy, Wiper, il Signore del Cielo e perfino la coalizione della montagna delle scimmie su Jaya. Cricket adesso sa che la città d'oro esiste davvero e si trova nel cielo. Abitanti del cielo e Shandia raggiungono l'Upper Yard, visto che sia Angel Island che il villaggio Shandia sono stati completamente distrutti. I guerrieri Shandia (tra cui Laki, Braham, Genbo e Kamakiri) sono ancora vivi, e così anche Pagaya. Chopper presta le sue cure ai feriti, mentre Gan Forr trova gli uomini del suo vecchio esercito che avevano costruito l'arca Maxim e li restituisce alle loro famiglie. La campana, l'arca Maxim ed Ener sono precipitati nel mare bianco. Il dio, però, è ancora vivo e, rimessa in moto l'arca, si dirige definitivamente verso il suo mondo del sogno (altro non è che la luna). La notte vede abitanti del cielo, Shandia e pirati festeggiare tutti insieme.

Dopo giorni di festeggiamenti Nami e Rufy ideano un piano di fuga dall'isola nel cielo. Parte della ciurma esplora l'interno del Signore del Cielo mentre questi sta dormendo, e trova numerosi oggetti d'oro. Konis prepara la nave alla partenza mentre Zoro si allena e Usop mercanteggia con gli abitanti del cielo barattando oggetti inutili con molti preziosissimi dial. Frattanto la campana d'oro viene ritrovata. È incastrata nel mare bianco, ed è necessario lo sforzo congiunto di Shandia e abitanti del cielo per recuperarla. Alla base della campana c'è il Poignee Griffe. Robin, leggendolo, scopre che parla di Poseidon, un'altra arma ancestrale diversa da Pluton, l'arma descritta nel Poignee Griffe di Alabasta. Gli Shandia, per ringraziare i pirati, offrono loro una delle colonne d'oro che reggevano la campana e che nella caduta si era spezzata. Mentre la stanno portando a Rufy e agli altri, i pirati, pensando che gli abitanti del cielo volessero catturarli perché avevano preso indebitamente dell'oro, fuggono verso la Going Merry. Robin, pur cosciente dell'equivoco, li segue verso la nave.

La ciurma raggiunge la Going Merry e con essa il Cloud End, la porta per la via che conduce al mare blu. Konis e Pagaya accompagnano la ciurma all'inizio della discesa e, per evitare che la nave precipiti sulla terra, chiamano in soccorso una piovra mongolfiera, che rallenta la caduta come un paracadute. La campana d'oro di Shandora suona ancora una volta per salutare i pirati. Abitanti del cielo e Shandia hanno frattanto scelto Gan Forr come dio. Rufy e gli altri lasciano Skypiea e tornano nel mare blu. Un inconveniente però fa restringere la piovra mongolfiera. Per evitare che la nave precipiti da chilometri di altezza, Usop applica dei dial ventosi sul fondo della nave. Non sono comunque sufficienti perché la piovra si restringe del tutto e diventa piccolissima, ma ormai la nave è a poche decine di metri dal mare. Una volta nel mare, la Merry viene accolta da diversi riflettori: la ciurma è atterrata nel bel mezzo di una base della Marina.