Después de huir de unos monstruos gigantescos, la tripulación pone rumbo a la isla de Jaya con la intención de buscar información sobre la isla de Skypiea. Mientras, Ace llega al barco de Buggy y éste le tiene un gran respeto por pertenecer a los piratas de Shirohige.

La tripulación de Luffy llega a la isla de Jaya buscando información sobre como subir a la isla del cielo. Desembarcan en la ciudad de Mock Town, una ciudad que es un hervidero de piratas y donde no hay ninguna ley. Luffy, Zoro y Nami son objeto de las burlas del resto de piratas cuando se enteran de los que buscan.

Luffy y Zoro son humillados por la banda de Bellamy al hablar de sus sueños. Para sorpresa de Nami, estos no se defienden. Tras esto se dirigen a conocer al único hombre que puede tener alguna información sobre la extraña isla del cielo.

Los Sombrero de Paja se encuentran con Montblanc Cricket, descendiente del legendario Norland, un hombre que fue sentenciado a muerte por engañar a un rey y hacerle creer que en Jaya existía una ciudad de oro.

Finalmente Cricket explica a Luffy y a los suyos que la única forma que existe para subir a la isla del cielo es utilizando el Knock-Up, una corriente ascendente que ocurre cada cierto tiempo cerca de la isla. Pero para conseguirlo, antes deberán encontrar un Pájaro del Sur, una especie que siempre mira hacia el Sur.

Mientra los Sombrero de Paja buscan el Pájaro del Sur, Bellamy y su banda asaltan a Cricket y su alianza para arrebatarles todo el oro que han encontrado hasta ahora. Cuando Luffy regresa a la casa de Cricket y lo encuentra malherido, decide ir él solo a recuperar su oro antes de que tenga lugar el Knock-Up.

El Gobierno Mundial organiza una reunión para encontrar un sustituto para Crocodile como Shichibukai y aparece el nombre de Kurohige como posible candidato. Mientras, Luffy se enfrenta a Bellamy en Mock Town.

El Going Merry sufre unas modificaciones para poder soportar el Knock-Up. Luffy llega a tiempo de embarcar y la tripulación al completo zarpa hasta el punto donde tendrá lugar el fenómeno. Mientras, Kurohige y su banda buscan a Luffy con la intención de capturarlo y entregárselo a la Marina para así ser nombrado Shichibukai.

El Going Merry consigue llevar a la tripulación hasta el blanco mar del cielo. Allí son atacados por un misterioso guerrero y ayudados por un anciano caballero. Finalmente llegan hasta la puerta que les conducirá hasta Skypiea, en el mar superior.

La tripulación es recibida en una extraña playa de nubes por Conis y su padre. Allí les enseñan como es la vida en Skypiea y los increibles diales.

Nami es testigo de lo que sucede a los que entran en la tierra sagrada. Mientras tanto, los agentes de la ley en la isla de las nubes aparecen con la intención de arrestar a Luffy y su tripulación por no pagar la entrada a Skypiea.

Luffy y su tripulación se enfrentan a las fuerzas del orden en Skypiea, los “Boinas Blancas”, que se ven sorprendidos por el poder de la banda.

Mientras Luffy, Sanji y Usopp buscan la manera de escapar de Skypiea, una langosta enorme se lleva el Going Merry junto al resto de la banda al Jardín Superior para ser allí ajusticiados por Dios.

Conis acompaña a Luffy, Usopp y Sanji hasta un barca para que puedan llegar al Jardín Superior a rescatar a sus compañeros, pero la Sentencia del Cielo cae sobre ellos.

Usopp, Sanji y Luffy llegan al Jardín Superior donde tienen algunos problemas para continuar el rumbo. Mientras, Nico Robin, Zoro y Nami salen del altar de los sacrificos para investigar la zona mientras Chopper se queda en el barco para protegerlo y arreglar sus desperfectos.

Los tres tripulantes del Pequeño Cuervo entran de lleno en el Juicio de la Bola, donde deberán enfrentarse al sacerdote Satori, el cual tiene un extraño poder llamado Mantra que le permite adivinar los movimientos del contrario.

Luffy, Usopp y Sanji tienen serios problemas para derrotar al sacerdote Satori que les cierra el paso. Mientras, Chopper se encuentra en apuros cuando el sacerdote Shura lo encuentra.

Chopper hace todo lo que puede por defender el Going Merry del ataque del sacerdote Shura, pero cuando se ve en peligro, el caballero Gan Fall, anterior dios de Skypiea, aparece para ayudarle.

El sacerdote Shura derrota a Gan Fall que cae a las nubes bajo el altar de los sacrificios y Chopper salta para ayudarle. Mientras tanto, Luffy, Sanji y Usopp continuan con su batalla contra Satori.

Chopper y Gan fall son salvados por unos Pájaros del Sur mientras que Nico Robin, Nami y Zoro encuentran evidencias del origen de la tierra que hay en el Jardín Superior. Toda la isla parece tener alguna conexión con Jaya. Por otro lado, los guerreros de Shandia se preparan para un ataque contra el Jardín Superior y recuperar así sus tierras.

El ataque por parte de Shandia al Jardín Superior ha empezado mientras que Luffy y su banda se reunen y planean cual será su próximo objetivo.

Gan Fall explica a la tripulación todo lo referente al pasado del Jardín Superior, luego tiene lugar una fiesta para celebrar todo el oro que esperan conseguir cuando encuentren la Ciudad de Oro. Mientras, los sacerdotes se dedican hacer frente a los Shandias que se preparan para volver cuando salga el Sol.

Enel reune a sus sacerdotes y les da libertad para actuar por todo el Jardín Superior. Al amanecer, Usopp cree ver a alguien reparar el Going Merry y este aparece misteriosamente arreglado cuando todos despiertan. Entonces empiezan a planear como conseguir el oro y escapar de Skypiea con él.

Una gran serpiente Pitón obliga a Zoro, Luffy, Robin y Chopper a dividirse para así llegar hasta las ruinas de la ciudad de oro. Mientras, Nami, Sanji y Usopp junto a Gan Fall les esperaran al otro lado del Jardín Superior en el Going Merry para escapar.

Wiper se enfrenta al sacerdote Shura y consigue derrotarlo poniendo en riesgo su vida. Mientras, Enel se atreve a vaticinar cuantas personas quedarán con vida en el Jardín Superior al final del juego de supervivencia.

Zoro se enfrenta contra uno de los guerreros de Shandia llamado Braham mientras Luffy se las ve contra Wiper. Por otro lado, Chopper se encuentra a otro sacerdote y en el Going Merry hace presencia el todopoderoso dios Enel.

Luffy se enfrenta a Wiper en una lucha igualada en la que Luffy acaba cayendo al interior de unas misteriosas ruinas. Por otro lado, Enel derrota a Sanji y Usopp fácilmente y despues de hablar con Gan Fall desaparece dejando a los hermanos de Satori para que se encarguen de éste y de Nami.

Chopper es atacado por Gedatsu y debe luchar en el Juicio del Pantano para continuar su camino hacía las ruinas. Mientras, Robin se encuentra con Yama, el capitán de la guardia personal del Dios Enel.

Enel muestra la verdadera naturaleza de su poder derrotando a varios guerreros de Shandia de un solo ataque. Mientras tanto, Nami y Gan Fall luchan contra Hotori y Kotori que quieren vengar a su hermano Satori, vencido por Luffy.

Robin es atacada por Yama, el jefe de la guardia de Enel, mientras estudiaba unas ruinas muy próximas a la legendaria ciudad de Shandora.

El sacerdote Ohm se encarga de cortarle el paso a Chopper derrotándolo con facilidad. Mientras, se descubre que Luffy está en el interior de una serpiente gigante. Cerca de allí, cuatro de los supervivientes en esta batalla se encuentran para desafiarse.

Tiene lugar una dura batalla entre Zoro, Ohm, Wiper y Gan Fall. Nami llega hasta las ruinas junto con Aisa y se encuentran a la serpiente que tiene a Luffy en su interior.

Ohm crea una jaula de alambre espinado y encierra a Wiper y Zoro dentro con él. Por otro lado, Nami, Gan Fall y Aisa descubren el motivo de que la serpiente gigante estuviera tan inquieta.

Zoro se enfrenta al sacerdote Ohm en un duro combate que resuelve el espadachín con una poderosa técnica. Mientras tanto, Pagaya y Conis descubren cual es la verdadera intención del dios Enel.

Enel aparece con la intención de que su profecía sobre el número de supervivientes al final del juego se cumpla.

Enel se enfrenta a Gan Fall, Nico Robin y Zoro y los va derrotando uno a uno. Cuando ya solo queda Wiper en pie, éste saca un arma capaz de hacer frente a Enel.

Enel acaba derrotando a Wiper y a Zoro. Nami, que se ve acorralada, decide acompañar al dios hasta una cueva donde le muestra su arca Maxim. Mientras tanto, Luffy consigue salir de la serpiente gigante y descubre el estado en el que han quedado sus compañeros tras enfrentarse a Enel.

Luffy llega hasta Enel con la intención de hacerle pagar lo que ha hecho a sus amigos y empieza un combate entre el dios y el pirata. Mientras tanto, Conis ha llegado a la isla de los ángeles y advierte a todos de las intenciones de Enel.

Luffy hace frente a Enel gracias a los poderes Goma-Goma que posee pero no consigue evitar que el arca se ponga en funcionamiento. El dios quiere empezar su plan de destruir Skypiea lo antes posible ahora que ha empezado la evacuación de la isla.

Durante su batalla con Enel, un brazo de Luffy queda atrapado por una gigantesca bola de oro y el pirata acaba cayendo del arca. Nami decide entonces enfrentarse a Enel aún sabiendo que no tiene ninguna posibilidad de vencerle.

Usopp y Sanji consiguen subir al arca Maxim con la intención de rescatar a Nami, pero sus fuerzas se ven superadas por el poder de Enel. Aún así, consiguen su objetivo.

Ahora que Enel ha derrotado a todos sus enemigos, comienza a ejecutar su plan de destruir Skypiea y una lluvia de rayos empieza a caer sobre la isla del cielo. El pánico y la desesperación empiezan a cundir entre los habitantes de la isla.

Wiper cuenta la historia de un antepasado suyo, Calgara, y de como se encontró con Norland Montblanc en una época en que una rara enfermadad destruía lentamente a la tribu de Shandia.

Norland encuentra una cura para la enfermedad de los Shandias y se crea una gran amistad entre él y Calgara. Pero con el paso del tiempo la tribu se empieza a comportar de forma extraña con Norland y sus hombres.

Tras solucionar el malentendido, Norland debe separase de su amigo Calgara y volver a su país, jurándose amistad eterna entre amigos. Un año despues, Norland regresa a la isla por orden del Rey para apoderarse de todo el oro de Shandora, pero la mitad de la isla había desaparecido. Al no haber oro por ninguna parte, Norland es acusado de mentiroso y condenado a muerte.

La Isla de los Ángeles queda totalmente destruida por el ataque de Enel. Luffy se propone llegar hasta la campana de oro y hacerla sonar antes que el dios se apodere de ella.

Nami encuentra una manera de llevar a Luffy hasta el dios Enel pero necesita la ayuda de los demás para derribar la enredadera gigante. Nico Robin cuenta a Wiper los motivos por los que Luffy quiere hacer sonar la campana.

Luffy finalmente llega hasta Enel gracias al plan de Nami y lanza un ataque que acaba con las ambiciones del dios.

Finalmente, Luffy derrota a Enel y hace sonar la campana de oro, cuyo repicar llega incluso al mar azul. En Skypiea se preparan para celebrar con una gran fiesta el fín de la guerra.

Nico Robin descifra el Poneglyph que hay bajo la campana de oro y hace un descubrimiento increible. Cuando la fiesta termina, los Sombrero de Paja aprovechan que todo el mundo duerme para coger todo el oro que pueden cargar y salir corriendo.

Conis y Pagaya ayudan a los piratas a llegar hasta el final de las nubes con todo el botín que han conseguido y la banda se ve obligada a caer directos hacía las aguas del mar azul.