Crocodile utiliza su rango de Shichibukai para hacerse pasar por un héroe en Arabasta sin que nadie sepa que en realidad él es Mr. 0. Por otro lado, Luffy y su tripulación tienen un encuentro fortuito con Mr. 2 de camino a Arabasta.

La tripulación llega a Nanohana, un puerto en Arabasta y Vivi encarga a Carue que se dirija rápidamente al palacio del reino para entregar un mensaje a su padre. Por otro lado, Luffy sale en busca de comida y se separa demasiado de la banda.

Fortuitamente Luffy acaba topándose con el capitán Smoker y un pirata llamado Portgas D. Ace en Nanohana, Ace ayudará a Luffy a escapar.

Ace consigue despistar a Smoker y reunirse con Luffy más tarde. La tripulación queda sorprendida al enterarse que ambos son hermanos y Ace ayuda a la banda a huir de Nanohana ahora que la Marina y Baroque Works saben que están allí.

Ace decide acompañar a Luffy durante un tiempo mientras busca a un pirata llamado Kurohige. La banda llegará a Erumalu y descubrirá que lo que antaño era una ciudad verde, ahora está completamente desertificada.

Después de dejar atrás Erumalu, la banda emprende el camino hacia la base del ejército rebelde en Yuba. El camino está plagado de monstruos que viven en la arena.

Nami y Vivi encuentran una manera más rápida de viajar por el desierto gracias a Matsuge, un camello con unos gustos peculiares. Ace se queda atrás y los Sombrero de Paja se encuentran con unos piratas que viven en las arenas.

La tripulación de Luffy llega a un pequeño pueblo donde actua una banda de impostores que se hacen pasar por miembros del ejército rebelde para así conseguir privilegios. Vivi decide ponerlos a prueba.

Still trekking through the Alabasta desert, the crew beats up a giant desert scorpion for lunch, while Vivi tells Nami about her past and her friendship with Kohza.

Ace fights against a bounty hunter, who claims to have defeated Blackbeard, although this was a lie to lure Ace out and challenge him in order to inspire his children to follow their dreams.

Zoro, Luffy y Chopper se acaban perdiendo en las profundidades de unas ruinas en medio del desierto y buscan la manera de salir para reunirse con el resto de la banda que sigue su camino hacia Yuba.

Los agentes más poderosos de Baroque Works se reunen en el Spiders Cafe para comenzar a preparar los planes de su jefe, Mr. 0. Por otro lado, la banda finalmente llega a Yuba, pero lo que encuentran allí no es lo que esperaban.

Luffy no está de acuerdo con Vivi en cual será el próximo paso a dar para detener la rebelión y se enfrentan, tras la pelea se marcan un nuevo objetivo.

La banda llega a Rainbase con la intención de derrotar a Crocodile y su organización criminal Baroque Works, pero la Marina está allí también y tienen que dividirse para llegar hasta Rain Dinners, dónde está Crocodile.

Luffy, Zoro, Nami, Usopp y el capitán Smoker han caido en la trampa de Crocodile y ahora son sus prisioneros. Mientras, Vivi está teniendo dificultades para llegar a Rain Dinners y Miss All Sunday se interpone en su camino.

Vivi se entera de todo lo que tiene planeado hacer Crocodile con su organización Baroque Works y de como piensa engañar a los rebeldes para que crean que el Rey está en contra de su pueblo. Llena de rabia se enfrentará a él.

Crocodile recibe la llamada de un tal Mr. Prince y libera a los Bananawani para que se encarguen de Vivi y compañía mientras él sale en búsqueda del misterioso Mr. Prince al exterior de Rain Dinners.

Chopper se encarga de distraer a Crocodile por Rain Base mientras Sanji intenta liberar a Luffy y al resto antes de que Rain Dinners se venga abajo. Mr. 3 vuelve a escena para intentar poner las cosas más difíciles a Sanji.

La tripulación consigue salir de Rain Base y se dirige a Alubarna para detener al ejército rebelde antes de que empiece la guerra, pero Crocodile aparece y Luffy debe quedarse atrás para luchar contra él mientras el resto de la banda sigue el camino. Comienza así un enfrentamiento que rápidamente se decantará por uno de los dos.

Smoker deja a Tashigi a cargo de la situación y se marcha de Rain Base. Mientras, la tripulación sin Luffy se dirige veloz a Alubarna antes de que sea demasiado tarde. Luffy es rescatado entre la arena por alguien inesperado pero está gravemente herido.

La rebelión está a punto de empezar y Vivi se lo juega todo a una carta para impedir que el ejército rebelde llegue a Alubarna. Mientras, los miembros más poderosos de Baroque Works esperan la llegada de Vivi a la ciudad.

El intento de Vivi por detener al ejército rebelde a fracasado y el choque entre ejércitos ha tenido lugar. Aunque en un principio habían burlado a los agente de Baroque Works que custodiaban la entrada a la ciudad, Mr. 2 acaba encontrando a Vivi y Carue le hace frente.

Chopper y Usopp se enfrentan a Mr. 4 y Miss Merry Christmas pero no consiguen detener sus poderosos ataques combinados. La noticia de la muerte de Luffy hace mella en su espíritu combativo.

Mr. 2 encuentra la debilidad de Sanji y saca ventaja de ella en la dura batalla que tiene contra el cocinero. Por otro lado, Vivi se dirige rápidamente a Palacio para detener la batalla que se está produciendo en las calles de Alubarna entre los ejércitos.

Vivi llega al Palacio Real pero Crocodile y Miss All Sunday aparecen para impedir que pueda parar la rebelión. Mientras, Nami debe enfrentarse contra Miss Doublefinger al mismo tiempo que intenta descubrir como se maneja su nueva arma que Usopp le preparó, el Clima Tact.

Crocodile desvela a Vivi y a su padre el principal motivo de su interés por Arabasta, que no es otro que obtener el poder del arma Plutón que está escondida en Arabasta. Por su parte, Nami continua con su enfrentamiento contra Miss Doublefinger.

Zoro se enfrenta a Daz Bones en un duro combate. Mr. 1 puede transformar cualquier parte de su cuerpo en filo de acero y cortarlo todo, mientras que Zoro es incapaz de cortar algo tan duro como el acero, por lo que tendrá que superar sus límites si quiere salir vivo de este combate.

Crocodile revela que escondida en alguna parte de la ciudad, hay una bomba de destrucción masiva que se activará en poco tiempo. Kohza se entera de que todo ha sido manipulado por Crocodile y junto a Vivi intentan detener la batalla para evacuar a todo el mundo, mientras Chaka intenta darles tiempo enfrentándose a Crocodile.

Kohza cae herido de bala por un agente de Baroque Works camuflado entre el ejército Real, este acto hace que el ejército rebelde vuelva a tomar las armas y se reanuda el enfrentamiento. Vivi, desde lo alto de Palacio, intenta hacerles parar a gritos, pero Crocodile la arroja al abismo. En ese momento llega Luffy.

Luffy encuentra el punto débil de Crocodile y vuelven a enfrentarse está vez en un combate más igualado. Mientras, el resto de la banda se pone en marcha para localizar la bomba antes de que explote. Miss All Sunday se lleva al Rey Nefertari para que éste le revele donde se esconde el Poneglyph.

Nico Robin llega hasta el Poneglyph y poco después llega Crocodile que volvió a derrotar a Luffy. Cuando Crocodile descubre que lo que hay escrito ahí no le es útil, decide deshacerse de Robin. Mientras, Luffy recupera fuerzas y sale corriendo hacia donde se encuentra Crocodile.

Luffy llega a la tumba de la Familia Real cuando ésta empieza a derrumbarse y vuelve a enfrentarse a Crocodile. Al mismo tiempo, Vivi recuerda un lugar donde es posible que se encuentre la bomba y reune a toda la banda a los pies del reloj de la plaza de Alubarna.

La bomba se encuentra en el interior de la torre del reloj pero apenas les queda tiempo a llegar hasta ella, además Mr. 7 y Miss Father’s Day se encuentran custodiándola. Nami encontrará la forma de llegar hasta ella a tiempo, pero la bomba tiene un sistema de seguridad para garantizar su explosión.

Pell consigue alejar la bomba de la plaza pero a costa de sacrificar su vida. Mientras, el combate entre Luffy y Crocodile llega al climax final y Luffy cumple la promesa que le hizo a Vivi.

La batalla ha terminado. La lluvia limpia las calles e Igaram regresa para limpiar el nombre del Rey. Los Sombrero de Paja están completamente exhaustos después de tan duro combate y caen rendidos.

Los Sombrero de Paja despiertan en Palacio y disfrutan de un gran banquete y de un merecido descanso. Mientras, la Marina empieza a moverse para impedir que Luffy y su tripulación puedan abandonar Arabasta. Vivi deberá tomar la difícil decisión de si quedarse en Palacio o irse con los Sombrero de Paja de aventuras al mar. Cuando Luffy y su banda llegan al Going Merry, se encuentran a Mr. 2 allí.

Los Sombrero de Paja se preparan para huir de Arabasta que ahora se encuentra sitiada por la Marina, pero todavía tienen que esperar a Vivi tal como prometieron. La capitana Hina se les echa encima y gracias a la ayuda de Mr. 2 consiguen ganar algo de tiempo, pero Vivi sigue sin aparecer en el lugar acordado.

Vivi ve alejarse el Going Merry y sabe que ahora tendrá por delante la difícil tarea de reconstruir su país que ha quedado muy maltrecho tras la crisis del agua y la rebelión. Mientras el Going Merry deja atrás Arabasta, la tripulación descubre que llevan una pasajera extra. Nico Robin aparece para sorpresa de todos y muestra su deseo de unirse a la tripulación.