路飞一行人航行在海上，香吉士發現食物都被同伴吃掉大發雷霆，路飞他們為了補充冰箱的食物意外釣起了Mr.2馮克雷，Mr.2的模仿能力讓他們非常讚賞，但是事後才知道他們其實是敵對的人讓他們感到這次對手實力堅強相當棘手…

路飞一行人終於到了阿拉巴斯坦的拿哈那，同時也發現了Mr.3的船，為了避免被發現他們決定喬裝成老百姓前往猷巴綠洲，路飞衝動之下一路衝到沙漠裡卻發現了跳舞粉的秘密，而喬巴也在買東西時誤入了叛軍的基地…

路飞與斯摩格上校激烈纏鬥時，白鬍子海賊第二隊隊長艾斯竟出手幫助快招架不住的路飞，艾斯使出燒燒果實能力來對抗斯摩格的冒煙果實能力，原來波特卡斯D艾斯就是路飞的哥哥…

艾斯與路飞的同伴見面了，艾斯婉拒他們的入團邀約，因為他正在追補一個叫黑鬍子的人。途中，艾斯以火拳擊倒追來的五艘億萬長者的船支，於是一行人順利地前往猷巴…

路飞一行人終於來到沙漠入口，卻遇到了功夫海牛的挑戰，路飞居然戰勝了功夫海牛還依規矩收他們為徒幸好喬巴機智解危，於是一行人繼續往猷巴出發並且經過了一個廢城愛爾馬魯，這裡曾經是人稱的綠之城，此時薇薇道出人民對國王猜忌的緣由，大家立誓要打倒克洛克華克組織…

路飞一行人繼續在沙漠行走熱到頭暈，路飞一時大意被大騙鳥砂漠盜賊騙走了所有行李，路飞生氣追出去後卻惹來一隻沙漠大蜥蜴，於是香吉士路飞，索隆聯手打敗蜥蜴而且意外救了一隻駱駝這隻駱駝剛好正是那天喬巴誤闖叛軍基地時，解救牠的駱駝…

路飞一行人趕往猷巴的路上，卻因為娜美和薇薇坐上睫毛駱駝而走失，後來發現原來娜美她們被砂賊巴魯巴魯團抓去了，不過不打不相識原來巴魯巴魯團的拉撒與娜美公主小時後相識，而娜美更加堅定了阻止克洛克達爾煽動內亂，還有平息叛軍內亂的決心…

路飞一行人告別了砂賊之後，前往異鄉村補給食物和水，而異鄉村其實有卡謬小混混等人冒充叛軍名義騙吃騙喝，薇薇不願意見到叛亂軍名號被拿來欺騙村民，但是又希望卡謬真心願意保護村民於是請路飞等人幫忙前去試探，此時艾斯也出現了再次與路飞重逢…

往猷巴的路上娜美好奇的問薇薇關於叛亂軍的事，原來猷巴的首領寇沙，其實與薇薇公主從小就是好朋友，熱血少年寇沙為了村民幸福與國王爭執薇薇也與他大打出手，後來兩人一起率領村裡的砂砂團，國王也委託多托去猷巴開發城市薇薇才與寇沙分開…

路飞一行人在岩場休息，娜美和薇薇很驚訝路飞和艾斯雖為兄弟卻有不同的風格，此時蠍子男出現要取艾斯項上人頭，艾斯聽說蠍子男曾經打敗過他正在追捕的黑鬍子，本來去猷巴就是為了要向他討教，沒想到蠍子男只是為了要與艾斯決鬥才到處吹牛引誘艾斯出現…

與艾斯分手之後，路飞一行人繼續往猷巴趕路希望能在叛亂軍出擊之前，制止這場由克洛克達爾暗中煽動的內亂，然而沙漠中炎熱難耐路飞又開始熱到發瘋害索隆和喬巴一起走失了，他們追趕娜美和薇薇等人時還發現了一個古代遺跡，娜美回想這段路程，發現了新的國家的生存之道…

路飞一行人終於來到猷巴，但是往昔繁榮的猷巴綠洲卻被砂暴襲擊，儼然成為一個沒有水的廢墟薇薇在城裡與多托叔叔多年相逢，老人透露了猶巴的興衰，以及以寇沙為首的叛亂軍早已經在喀特雷亞綠洲集結，同時巴洛克華克高級特務全員已於蜘蛛人咖啡店集合，前往雨地見社長…

巴洛克華克公司的社長竟然就是七武海的克洛克達爾，他將最後指令下達給高級特務要在叛亂軍和國王軍開戰時進行他們的陰謀，路飞一行人在告別多托叔叔後前往喀特雷亞的路上，路飞和薇薇公主激烈口角後來終於達成共識，大家決定繼續旅程去打垮克洛克達爾…

路飞一行人好不容易走到了雨地，不料在那裡等著他們的卻是斯摩格上校及達絲琪帶領的海軍。一場混亂的追逐之後，路飞一行人衝進了克洛克達爾所在的賭場「雨宴」...

路飞一口氣攻進了「雨宴」，可是一進去就被抓了起來，而且不只是他，騙人布、索隆、娜美，甚至連斯摩格上校都被關進監牢，陷入了絕命的危機之中，另一方面，薇薇也遭受到Miss all星期天的攻擊！

克洛克達爾的計劃終於開始實現，偽裝成假國王的馮克雷出現在拿哈那，讓叛亂軍決心揭竿而起。另一方面，被困在「雨宴」的路飞一行人面臨香蕉鱷魚的恐怖威脅，他們能順利地度過這次的危機嗎？？

香吉士的及時出現，誤打誤撞釋放出香蕉鱷魚肚裡的Mr.3，藉助他「魔鬼蠟燭」的融化能力，讓大家得以順利逃出來。可是也被香吉士救出來的斯摩格上校會輕易放過路飞他們嗎？？

終於逃出「雨宴」的路飞一行人，立刻趕往阿爾巴那阻止叛亂軍，沒想到克洛克達爾早已等在前面阻擋他們的去路，路飞決定自己一個人留下來對付克洛克達爾，路飞即將面臨前所未有的危機！！

路飞抵擋不住克洛克達爾強大的攻擊而沈入沙漠，雖然被Miss all星期天救起逃過了一劫，然而受到致命傷的路飞仍然性命垂危...

薇薇在「超級快跑鴨部隊」以及同伴們的協助之下，總算及時趕到了阿爾巴那，然而憑她一個人的力量還是無法抵擋叛亂軍，難道阿拉巴斯坦注定被毀滅，最終的決戰時刻正一分一秒地逼近！

全身傷痕累累的跑得快載著薇薇，拼命逃離Mr.2的攻擊。在混亂的戰況之中，跑得快不幸中了流彈而倒下，在千鈞一髮之際，香吉士即時出現解救了他們。另一方面，在東南門的喬巴和騙人布也和BW高級特務展開了一場激烈的戰鬥...

騙人布和喬巴與Mr.4以及Miss聖誕節之間的戰鬥仍然持續著，在Miss聖誕節與Mr.4毫不留情的攻擊之下，騙人布節節落敗，不過就在Miss聖誕節說出路飞已死的消息時，再一次激發了騙人布的憤怒及鬥志…

Mr.2看準了香吉士的好色心態，在對決之中使出「模仿模仿合成臉」將臉變成娜美，使得香吉士無法對他下手而陷入了危機之中…

為了解救阿拉巴斯坦的危機，薇薇的夥伴們不斷戰鬥著，而薇薇為了拯救人民的性命，下定決心炸毀王宮以平息叛亂軍和國王軍之間的戰爭。不料，在進入爆破的倒數時刻，克洛克達爾竟然現身了…

與Miss雙手指展開死鬥的娜美，雖然從頭到尾一直處於劣勢，所幸騙人布發明的"天候棒"在最後一刻發揮效力，讓她有反敗為勝的機會。另一方面出現在宮殿的克洛克達爾終於在薇薇及寇布拉面前，說出了自己最後的目的…

克洛克達爾終於撕開自己的假面具，承認叛亂軍和國王軍之間的戰鬥都是他一手設計的，而他所作的一切都是為了取得古代兵器「冥王」。正當寇布拉國王要帶克洛克達爾前去時，路飞出現了，之前曾和克洛克達爾有過一場生死之戰的他，這次能順利打敗克洛克達爾嗎?

由於Mr.1鋼鐵般的身體毫無破綻可攻，使得索隆陷入前所未有的苦戰。就在此時，索隆回憶起師父的教誨，進而領悟到真正「豪劍」的奧秘，徹底打敗了Mr.1…

好不容易攻進宮殿大門的"爪鴨部隊"，還是在克洛克達爾的魔掌下犧牲，加卡也不顧自己的性命對克洛克達爾動手。就在這時，叛亂軍的首領寇沙突然出現，他從密道跑進宮殿打算前來說服國王軍投降，卻意外看到了事實的真相…

爪鴨部隊和加卡都犧牲了,寇沙在前線居然被潛伏兩方軍隊的巴洛克華克組織人手暗殺。兩方在不斷地被挑釁下終於開戰了。路飞即時趕來將薇薇公主救起，全體海賊也集合了，大家齊心要把克洛克達爾打出這個國家…

路飞與克洛克達爾展開第二回合的決鬥。路飞這次終於看破克洛克達爾的破綻，背著水桶上仗。娜美和薇薇一行人則拼命在市內找尋砲擊手的蹤影，但是這樣大的砲居然連影子都看不到。克洛洛克達爾使出絕地招式連地面都死掉了。路飞要怎樣才能拯救這個國家呢?

原來Miss all星期天是20年前震驚全世界的超能力小女孩妮可羅賓。她與克洛克達爾搭檔的原因是因為她可以解讀歷史文本，解開名王所在地的秘密。路飞也追進了皇室之墓，決定跟克洛克達爾拼了。此時，薇薇也想起來一個最有可能藏匿大砲的地方。

薇薇等人終於發現了砲擊手的藏身地點，原來就是砂砂團的秘密基地，鐘塔頂端。而點火人就是Mr.7和Miss父親節雙槍搭檔。另一方面路飞也找到了克洛克達爾，並且展開了殊死戰。

娜美用接力方式將薇薇成功的送上了鐘塔，但是鐘塔上的砲擊不是只有手動而已，還有自動啟動的定時炸彈裝置。絕望的薇薇在憤怒的呼喊著不平之聲時，阿拉巴斯坦守護神貝爾出現了，他大義犧牲自己，拯救了整個廣場的危機。

路飞繼續與克洛克達爾打鬥,廣場雖然解除了砲擊的危機,但是人們殺紅了眼,無法停止戰爭。此時,路飞一腳把克洛克達爾踢飛時,一場及時雨將所有的人們澆醒,平息了一場無止盡的戰火。

路飞把克洛克達爾打跑了,一場及時雨在國土盡情的滋潤大地。人們放下武器，也了解到追究傷慟無濟於事。決定在國王的鼓舞下重新攜手建立家園。另外，世界盟國決定要頒發勳章給斯摩格上校和達絲琪上士，讓斯摩格上校非常生氣。

娜芙亞國王舉辦了盛大的國宴犒賞路飞一行人，大家還在宮殿的大浴池度過快樂的一晚。但是畢竟路飞他們打敗了七武海的一名，並且還是懸賞人犯之一，因次還是決定要趁夜脫逃。但是船竟然被Mr.2馮克雷開走了。到底馮克雷是敵是友?路飞一行人能不能逃離完全封鎖的海軍行動呢?

薇薇公主披上了立志式的服裝發表演說，可是國民卻發現其實公主不在現場。原來公主跑去東港為路飞一行人送行。在馮克雷和薇薇的友情支持下，路飞一行人又開始大海冒險。

海军的查缉愈来愈紧，路飞他们已经不能再待在阿拉巴斯坦了。天下没有不散的筵席，充满不舍的薇薇最后还是决定留下来重建她的祖国。路飞一行人在Mr.2冯克雷的牺牲相助下，终于摆脱海军的纠缠，踏上新的旅程，正当大家松了一口气的时候，发现船上居然多了一个人--Miss all星期天的妮可罗宾。