アラバスタの港町ナノハナで暴れる海賊を、クロコダイルは砂嵐を巻き起こし干からびさせた！ 国王コブラも感謝する英雄、“王下七武海”の表の仕事だ。メリー号はホットスポットに突入し、緑の蒸気の中でボン・クレーを釣り上げる。ボン・クレーは、助けられた礼に“マネマネの実”の能力を披露する…。

アラバスタの港町、ナノハナに着くなり、ルフィはメシ屋へ駆け出していった。反乱軍の拠点であるユバへ行って、暴動を止めたいビビ。彼女の為に、サンジとチョッパーが砂漠を渡る為の物資を買いに出る。香水と暑さとでダウンしたチョッパーは、反乱軍の荷車に乗ってしまい…。

ルフィを探す麦わらの一味。同じく彼を捜していた火拳のエースは、たしぎとスモーカーを目撃。レストラン「spice bean」で騒ぎを起こしたところに、スモーカーが現れる。そこに飛び込み、2人を店の外に飛ばしたのはルフィだった。スモーカーに追われるルフィは一味を見つけ合流、今度はエースに助けられる…。

エースがスモーカーを阻み、自然（ロギア）系の能力が激突して渦巻く。メリー号は買い込んだ物資を積んでエルマルへ向かうが、ルフィの姿がまたも見えない。路地裏で再会した義兄弟は腕相撲で勝負。昔話にも花を咲かす。弟ルフィは、エースの「白ひげ海賊団」への誘いを断り、海賊王になる為に白ひげと戦うと宣言する…。

サンドラ河を上ってエルマルへ行く途中、ビビはカルーに、父である国王コブラへの手紙を託す。手紙を持ち、首都アルバーナへと走るカルー。一方、エースはクロコダイルの国取りに裏があると読んでいた。ルフィはダンスパウダーを使ってコブラを陥れたクロコダイルの策略を知り、怒りを燃え上がらせる…。

ユバを目指し、砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。途中、ルフィがワルサギにダマされ、3日分の物資の全てを盗まれてしまう。しかも、巨大な肉食の植物が！ ルフィは食われそうなラクダを救出。それはカトレアでチョッパーを逃がしたラクダで、ナミは「マツゲ」と名前を付ける…。

マツゲに乗って先へ行くナミとビビを追って、歩く一味。ルフィが幻覚剤の原料メスカルサボテンを食べて暴れる中、エースだけがはぐれてしまう。砂族バルバル団の砂族船のメインマストをルフィが折ってしまった為、一行はメリアスへ材木を取りに行く事に。ルフィとビビ、砂族のザバとラサは砂ぞりで出発するが…。

水が手に入るとバルバロッサに教えられた「イド」には、弱いカミュ達が反乱軍を騙って巣食っていた。そこへ現れたエースは水と食料をもらい、麦わらの一味と合流。ニセ反乱軍の存在を知ったビビは、カミュ達に村を護る気持ちがあるか確かめようと、「イド」をルフィ達に襲わせる…。

砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。ビビとコーザ、二人は幼馴染みだった。コーザは“砂砂団”を組織するリーダー、ビビは副リーダーとして互いを認めていたのだ。チンピラの“砂商団”アゴトギがビビを誘拐しようとした時に、命懸けで彼女を守ったコーザは顔を斬られてしまったのだ…。

エースを狙う賞金稼ぎ・スコーピオン。スコーピオンを探す彼の息子であるディップとチップ。実はエース自身も、ユバで黒ひげを倒したと言うスコーピオンに会いたがっていた。エースの前に現れて挑みかかるスコーピオンだが、“黒ひげ”を倒したのは全くのウソだった。陽炎立つ地での決闘の結末は…。

ルフィがまたも幻覚を見て大暴れ！ 素手で止めようとしたゾロと暑さでやられたチョッパーも加え、一行からはぐれてしまう。地下の古代遺跡に落ち、「歴史の本文（ポーネグリフ）」を見たり、空を飛んだり…。ゾロとチョッパーは仲間について話し合い、ビビは国のかたちについて思いを巡らせる…。

ナミがビブルカードを、ルフィの麦わら帽子のリボンの裏に縫い付ける。その頃、スパイダーズカフェにオフィサーエージェントが集結。クロコダイルが待つレインベースへ向かう。麦わらの一味とビビがようやく着いたユバは、エルマルと変わらない枯れた町。トトが1人、オアシスを掘っていた…。

ユバの宿で眠る麦わらの一味とビビ。レインベースのカジノ・レインディナーズでは、クロコダイルによってユートピア作戦が発令されていた。決行は明日の12時。そこにMr.3が現れ、麦わらの一味とビビが生存していると告げる。クロコダイルは、ビビとコーザの再会阻止を厳命する…。

ビビはカトレアからレインべースへ行く先を変更。アルバーナにはカルーが着き、敵がクロコダイルと知ったコブラは、軍をレインべースへと向ける。麦わらの一味はレインべースに着くとすぐに、待っていたスモーカーに追われ、バロックワークスにも見つかってしまう。だが、覚悟を決めるとレインディナーズに突入する…！

ルフィと合流したゾロ、ナミ、ウソップは、レインディナーズの中でもスモーカーに追われる。そのままVIPルームへ通されると海楼石で作られた檻の中へ！　クロコダイルが現れ、ミス・オールサンデーがペルを倒してビビを連れて来る。時は12時を回った。恐るべきユートピア作戦が発動する！

コーザ率いる反乱軍がアルバーナに着くのは、明日の夜明け。クロコダイルも檻の鍵をバナナワニに食わせてアルバーナへ発とうとする。水没し始める部屋。そこへサンジが子電伝虫を鳴らす！“Mr.プリンス”と名乗り、自分はレインディナーズの正面にいると。サンジはクロコダイルを外へ出し、ビビと再会する！

チョッパーがMr.プリンスを名乗って町へ逃げ、クロコダイルをおびき寄せる。その隙にサンジは、スモーカーが指示したバナナワニにキック。口から出たのはMr.3と鍵だった！　鍵を投げるMr.3。本物の鍵はまだクロコダイルの手の中。しかしウソップの発案で、サンジはMr.3に鍵を作らせることに。そして…。

チョッパーが用意したヒッコシクラブに乗って、麦わらの一味とビビはアルバーナへ。だが、突然クロコダイルの鉤爪がビビを捕らえる！　ルフィはビビを逃がして先へ急がせ、その場に残って対決。砂になってルフィに殴らせないクロコダイルは、ユバに向けてとどめの砂嵐を発生させる！

トトにもらった水で濡れたクロコダイルの左腕を掴むルフィだが、流砂へ放り込まれてしまう。ナミの踊り娘姿に加速するヒッコシクラブと、サンドラマレナマズを倒すクンフージュゴンに助けられ、サンドラ河を渡るビビ達を迎えたのは、カルー率いる超カルガモ部隊だった。砂に沈んだルフィを救ったのは…。

コーザ率いる反乱軍とチャカが指揮する国王軍は激突間近。ビビ抹殺を狙うオフィサーエージェントの前に、超カルガモに乗ったビビらしき者が、何と6人も現れる！　その中の本物は、カルーと反乱軍の前へ。しかし、国王軍内部に潜入していたバロックワークスが発砲！　ビビの声はコーザに届かず、両軍は激突を始める。

ボン・クレーを逃がしたウソップに、サンジはチョッパーを助けるよう指示し、ビビのもとへ走る。ビビを乗せて飛び、ボン・クレーから逃げるも力尽きるカルーを、超カルガモのイワンＸとカウボーイが救う。ここからはサンジの出番！　一方、Mr.1とミス・ダブルフィンガーは、ナミを標的に定める。

苦戦中のウソップとチョッパー。モグモグの実のモグラ人間であるミス・メリークリスマスが砂漠に掘るトンネルを駆使。イヌイヌの実の銃ラッスーが野球のボール型の時限爆弾を撃ち出し、それをMr.4が4tバットで打ってくるのだ。ミス・メリークリスマスは、ルフィはクロコダイルに殺されたと言うが…。

ミス・メリークリスマスに高速移動させられるウソップの顔面を、Mr.4が4ｔバットでカッ飛ばす！　それでも立ち上がるウソップ。チョッパーとの連携で、4ｔバットにミス・メリークリスマスの顔面を打たせる。Mr.4にも必殺ウソッチョハンマー彗星が決まり、見事に勝利！　一方、ボン・クレーに対するサンジは…。

ウソップがチョッパーの治療を終えた頃、スパスパの実の刃物人間Mr.１はゾロに、ミス・ダブルフィンガーはナミに狙いを定めていた。サンジは、ナミの姿ではバレエ拳法を使えないというマネマネの実の弱点を見抜き、ボン・クレーに対して勝機を掴む。宮殿では爆破される寸前、ビビの前にクロコダイルが現れ…。

ミス・ダブルフィンガーのトゲトゲの実の能力に右肩を貫かれたナミは、ウソップ作の新兵器・天候棒（クリマ・タクト）を振るう。宴会芸しか放てず説明書を読む隙に、頭から胸への中心線を貫かれるナミ。その頃、宮殿では、クロコダイルがコブラに「プルトン」のありかを訊ねていた。

「プルトン」がアラバスタに実在するか定かでないと答えるコブラ。クロコダイルは両軍が戦う宮前広場に、30分後の午後４時半、砲弾を撃ち込むと言う。それならば、歴史の本文（ポーネグリフ）が記された場所はどこか？…案内を承諾するコブラ。一方、クリマ・タクトを使いこなし始めたナミは…。

刀の硬度を持つ体のMr.1を、ゾロは斬る事が出来ない。追いつめられたゾロの脳裏に、師匠の語った「何も斬らないが鉄でも斬れる」剣士の話がよぎる。Mr.1に散々斬られるも、ゾロは全ての物に呼吸がある事を感じ、鉄の呼吸に耳を済ます。くいなから譲り受けた、和道一文字１本が走る！

エリート護衛団ツメゲリ部隊の４人が、さらにチャカが、次々にクロコダイルに挑むも歯が立たない。宮前広場爆破25分前。宮殿に着いたコーザは、全ての黒幕がクロコダイルだと知る。国王軍はビビの命令で白旗を掲げ、その中央に立つコーザが反乱軍を鎮める。しかし国王軍に潜入していたバロックワークスがコーザを撃つ！

倒れながらも「戦うな」と、声をふりしぼるコーザ。突然、塵旋風が視界を奪う。両軍に潜入するバロックワークスが撃ち合い、戦いは始まってしまう。それでも諦めないビビを、クロコダイルは宮殿から突き落とす！　その瞬間、ペルに乗ったルフィが現れる。ビビを助け着地したその場所に、麦わらの一味が集結する！

ゾロたちとペルは、10分後の宮前広場砲撃をビビから知らされ、砲撃手を探し始める。ルフィはクロコダイルに大量の水を浴びせるが、全て砂に変えられてしまう。その頃、ミス・オールサンデーは、コブラに歴史の本文（ポーネグリフ）のもとへと案内をさせていた。だが、たしぎが現れ、彼女は賞金首だと海軍に告げる。

干涸びたルフィは、クロコダイルに放つがハズレた水を偶然受けて甦る。地下聖殿で対面したポーネグリフ「プルトン」の文字はないと言うミス・オールサンデーを、クロコダイルは鉤爪で貫く！　コブラが地下聖殿崩壊の仕組みを動かした頃、ビビが大砲の隠し場所をひらめく。仮眠を取ったルフィは地下聖殿へ向かい…。

地下聖殿でクロコダイルと対峙するルフィは、血で濡れた足と拳で戦いを挑む。鉤爪の毒針を使うクロコダイル。その頃、ミス・ファーザーズデーに撃たれたペル以外は、海軍を率いるたしぎの援護で時計台に集結。砲撃30秒前、時計の文字盤が開き、大砲とMr.7、ミス・ファーザーズデーが現れる！

クロコダイルの毒に苦しむルフィ。宮前広場ではナミの発案で、ウソップ、サンジ、ゾロ、チョッパーを発射台にして、ビビを時計台のてっぺんへ飛ばすことになる。ビビは大砲の導火線を切って砲撃を止める。しかし砲弾は時限式！　爆発まで十数秒…その時、ペルが現れ、砲弾を持って空高く舞い上がる。

砲弾の爆発を見ても戦いを止めない両軍。ルフィはクロコダイルの毒針を折り、ゴムゴムの暴風雨（ストーム）を浴びせる。地下聖殿から岩盤を突き破り、空に舞うクロコダイル。そして雨が降り出し、ビビの声が人々に届く！　戦いは鎮まり、コブラの礼にルフィは最高の笑顔を返す。

チャカは国王軍に武器を捨てよと命じ、イガラムがカッパに、ナノハナに現れたコブラはニセ者だった事を話させる。コブラからルフィを引き取ったゾロたちは、力尽きて道端で気を失ってしまう。たしぎはクロコダイルを捕らえ、麦わらの一味には手出し無用と命じる。海上にはスモーカーとヒナがいて…。

麦わらの一味は、宮殿の大食堂や大浴場で大騒ぎ。改めて礼を言うコブラ。懸賞金が上がったルフィ、賞金首になったゾロを捕らえる為、ヒナはアラバスタの港を封鎖する。一味は超カルガモ達に乗って、ボン・クレーがメリー号を移したサンドラ河上流へ。旅を続けるなら明日の12時に東の港で、とビビに告げて。

ヒナの黒ヤリの陣に、メリー号とボン・クレーの快速スワンダ号は苦しむ。麦わらの一味に仲間との約束があると知り、ボン・クレーはルフィに化けてヒナを惹きつけ玉砕！　ビビとカルーは立志式を抜けて来るも、別れを告げる。海軍の前で王女と話す訳にはいかない一味は、左腕の仲間の印を全員で掲げる。

復興に向け活気づくアラバスタ全土。カミュもバルバロッサとラサも、そしてペルも無事だった。海軍から逃れたメリー号では、船室からミス・オールサンデーが現れる。リオ・ポーネグリフを探す夢を失い、死を覚悟していた自分を助けた責任をとってくれと……。