Die Bürger von Alabasta verehren Mr. Zero, doch die wirklichen Absichten der Baroque-Firma erkennt keiner. Als Ruffy und seine Crew dorthin fahren, sehen sie plötzlich weißen Rauch über dem Meer. Nami erklärt ihnen, dass es sich dabei um einen so genannten Hot Spot, einen Vulkan auf dem Meeresgrund handelt. Mr. 2 und seine Leute sind an der gleichen Stelle unterwegs.

In Alabasta angekommen, stürzt Ruffy sich ausgehungert gleich in das nächste Wirtshaus. Doch bei dem Gebäude handelt es sich keineswegs um eine Gaststätte. Statt Essen gibt es dort nur grünes Pulver, das Ruffy mit dem Finger kostet. Da es scheußlich schmeckt, denkt er, es sei vielleicht Schießpulver und zündet eine Probe davon an. Umgehend beginnt es zu regnen! Ein alter Mann taucht auf und schimpft mit Ruffy, weil er sein Regenpulver verbrannt hat. Kamonegi, so heißt der Alte, erzählt Ruffy, was es damit auf sich hat. Sanji und Chopper gehen inzwischen einkaufen. Dabei gerät Chopper in die Schusslinie der Rebellen. Ein Kamel hilft ihm, zu fliehen.

Während Ruffys Freunde sich in Alabasta umsehen, begegnen sie den untereinander verfeindeten Piraten Ace und Käpt’n Smoker. Sie beschließen daraufhin, die Stadt sofort zu verlassen. Doch inzwischen sind die Beiden auch Ruffy über den Weg gelaufen und es hat sich ein Kampf entwickelt, den einige zufällig anwesende Marinesoldaten schlichten können.

Ace hat die Marine aufgehalten, damit Ruffy und seine Freunde auf ihr Schiff fliehen können. Dabei verläuft sich Ruffy in den Gassen. Seine Freund lichten trotzdem den Anker, da die Gefahr zu warten zu groß ist. Sie wollen die Flying Lamb auf einem Fluss im Landesinneren verstecken. Ace und Ruffy treffen sich in Nanohana. Die Billions versuchen sie zu schnappen, aber die beiden Brüder werden leicht mit ihnen fertig. Dann sieht Ruffy auf einmal die Flying Lamb und zieht sich mit seinem langen Arm aufs Schiff. Ace folgt kurze Zeit später und versucht Ruffy und seine Crew zu überreden, mit ihm zusammen in Whitebeards Piratenbande einzutreten. Aber davon will Ruffy nichts wissen. Kurze Zeit später tauchen die Billions mit fünf Schiffen auf. Ace setzt sie in Flammen.

Auf dem Weg nach Yuba begegnen die Freunde Kung Fu Robben, die Ruffy an Bord nimmt. Dann beginnen sie ihre Reise durch die Wüste. In Elumalu, die einst die Grüne Stadt genannt wurde, hat die Baroque-Firma die Wasserversorgung zerstört, weshalb die Bewohner abgewandert sind. Elumalu ist eine Geisterstadt. Die Freunde erfahren nun auch, weshalb das Regenpulver Nebelin, das künstlich Regen erzeugen kann, nicht verwendet werden darf. Es stiehlt dem Nachbarland den Regen.

Ruffy und seine Freunde sind auf dem Weg durch die Wüste zur Oase Yuba, um die Rebellen aufzuhalten. Unterwegs gerät Ruffy immer wieder in Gefahr: Mal wird er von einer Fleisch fressenden Pflanze angegriffen, mal ist eine riesige Sandora-Echse hinter ihm her. Dank eines Kamels, das er vor der hungrigen Pflanze gerettet hat, kann er aber immer wieder fliehen. Chopper scheint das Kamel zu kennen.

Ruffy und seine Freunde lernen den Wüstenpiraten Barbarossa und seine Bande kennen. Dummerweise beschädigt Ruffy versehentlich den Mast ihres Schiffes und geht nun mit Vivi zur Knit-Oase, um Holz zu holen, damit der Mast repariert werden kann. Vivi erkennt dabei in ihrer Begleiterin Lasa eine Bekannte aus der Kindheit. Die führt aber Böses im Schilde und will Ruffy und Vivi im Treibsand verschwinden lassen.

Ruffy und seine Freunde verabschieden sich von den Wüstenpiraten und setzen die Reise nach Ido fort, wo sie ihre Wasservorräte auffüllen wollen. Dort gebärden sich Kamyu und seine drei Anhänger als Beschützer des Ortes. In Wirklichkeit sind sie Betrüger. Sie wollen Ruffys Truppe daran hindern, ins Dorf zu gelangen.

Vivi, die in Alabasta aufgewachsen ist, erzählt Nami, wie sie den Dorfjungen Corsa kennen gelernt hat. Er war Anführer einer Bande, die sich „Wüstenkids“ nannte. Vivi schloss Freundschaft mit ihm und wurde Vize-Chefin in seiner Truppe. Als sie von Gangstern entführt werden sollte, setzten die Wüstenkids ihr Leben aufs Spiel, um Vivi zu retten.

Ace wird von dem Piraten Scorpion verfolgt, von dem es heißt er habe Black Beard besiegt. Als es zum Kampf zwischen Ace und Scorpion kommt, schneidet Scorpion allerdings schlecht ab. Es stellt sich heraus, dass er der Vater der hungrigen Jungs ist, die kurz zuvor Ruffy sein Mittagessen vom Teller stibitzt haben. Ace und Ruffy sind gerührt von der Geschichte. Doch dann löst sich versehentlich ein Schuss aus Scorpions Gewehr.

Ruffy hat von den verrückten Kakteen gegessen und ist gerade nicht ansprechbar. Chopper ist so übermüdet, dass er auch nicht weiterlaufen kann. Die anderen wollen nicht warten, und gehen schon mal weiter. Als Ruffy wieder zu sich kommt und Chopper sich erholt hat, machen sie sich wieder auf den Weg. Dabei versinken sie im Sand und landen in einer unterirdischen Ruine mit seltsamen Schriftzeichen.

Die Freunde sind noch unterwegs zur Oase Yuba. Unterdessen streiten sich Mr. 2 und Mr. 1. Pola, die in Wirklichkeit Miss Doublefinger ist, kann die Streithähne trennen. Während die beiden weiterziehen, trifft im schlimmsten Sandsturm Ruffy mit seiner Crew in Yuba ein. Dort lernen sie Toto kennen, der, wie sich herausstellt, Vivis Onkel ist. Toto fleht sie an, die Rebellion zu stoppen.

In der Oase Yuba erfahren Ruffy und seine Freunde, dass die Rebellen-Armee Katorea erreicht hat. Die Spezial-Agenten der Baroque-Firma haben sich unterdessen in Rainbase im Casino versammelt. Sie begegnen dort erstmals Mr. Zero, alias das Krokodil, der sie auf ihre letzte große Mission einschwört. Auch Mr. 3 taucht wieder auf und bittet um eine zweite Chance, nachdem ihm die Strohhut-Bande und Prinzessin Vivi entwischt sind. Doch Mr. Zero kennt keine Gnade.

Prinzessin Vivi, Ruffy und seine Crew wollen nach Rainbase, um dort Mr. Zero alias das Krokodil zu stellen. Inzwischen ist auch Vivis Vater, der König von Alabasta alarmiert. Er will ebenfalls nach Rainbase aufzubrechen, um das Krokodil anzugreifen. Bei der Ankunft von Ruffy und Co. in Rainbase, macht ihnen die Marine Schwierigkeiten. Außerdem haben die Millions, die in der Stadt Spitzel verteilt haben, dem Krokodil berichtet, dass sie in der Stadt sind.

Smoker, Ruffy und seine Freunde stürmen das Casino, um mit Mr. Zero abzurechnen. Dabei geraten sie in eine Falle. Nur Vivi bleibt verschont, weil sie ihre Freunde noch nicht wieder gefunden hat.

Ruffy und seine Freunde sind immer noch Geiseln im Casino, das Mr. Zero zu seinem Hauptquartier gemacht hat. In einer Stunde will das Krokodil den ganzen Raum mit Wasser überfluten. Vivi gelingt jedoch die Flucht. Sie will Sanji und Chopper zu Hilfe holen. Sanji hat inzwischen die Brücke des Goldregen-Casinos zum Einsturz gebracht. Er will, dass die Agenten der Baroque-Firma nicht mehr in das Casino können.

Sanji dringt in den Geheimkeller von Mr. Zero ein, wo Ruffy und die anderen gefangen gehalten werden. Plötzlich taucht Mr. 3 auf, der sich in einer Wachskugel versteckt hatte. Sanji zwingt ihn, einen Schlüssel für den Käfig zu formen, um Ruffy und die anderen zu befreien. Das gelingt auch. Dabei retten sie auch Käpt’n Smoker vor den inzwischen hereinstürzenden Fluten.

Ruffy und seine Freunde gehen nach Arbana, um einen Kampf zwischen der Armee des Königs und den Rebellen zu verhindern. Plötzlich taucht Mr. Zero auf und greift Vivi an. Ruffy kann sie befreien und bleibt zurück, weil er mit dem Krokodil kämpfen will. Ruffy setzt dabei seine Gum-Gum-Attacken ein, was aber nicht den gewünschten Errfolg bringt. Das Krokodil lässt einen Sandsturm aufkommen, den es in Richtung Yuba schickt. Dort ist Onkel Toto, der sich nun in größter Gefahr befindet …

Ruffy ist dem „Krokodil“ Mr. Zero nicht gewachsen und verliert den Kampf. Vivi und die anderen brechen nach Arbana auf. Der König dort befindet sich in Gefangenschaft von Miss Merrychristmas und Mr. 4, die allerdings nicht gut auf ihn aufpassen. Unterwegs gilt es, einen Krebs und einen Menschenfresser-Wels zu überlisten und einen großen Fluss zu überqueren.

Vor Arbana haben sich die Special Agents der Baroque-Firma versammelt und versuchen Vivi aufzuhalten, doch sie kann sie mit einem Mummenschanz ablenken. In Arbana kann Vivi sich nun frei bewegen. Sie blockiert das Stadttor, um die Rebellen aufzuhalten, doch dann schlägt eine Kanonenkugel vor ihr ein und alles ist voll Staub. Die Armee fängt an zu schießen und der Kampf beginnt.

Die Rebellen haben Arbana erreicht und die Schlacht ist im vollen Gang. Vivi ist mit Karuh auf der Flucht vor Mr. 2. Die Rennenten, die Vivi geholfen haben, die Rebellen vor der Stadt aufzuhalten, bringen Karuh und die schwer verletzte Vivi in Sicherheit. Lysop ist inzwischen Chopper zu Hilfe gekommen. Die beiden kämpfen mit Mr. 4 und Miss Merrychristmas. Als sich Miss Merrychristmas in einen Maulwurfsmenschen verwandelt, wird es schwierig.

Lysop und Chopper kämpfen gegen Miss Merrychristmas und gegen Mr.4. Lysop benutzt dabei die Maulwurfstunnel von Miss Merrychristmas, um sich an Mr. 4 heran zu schleichen. Miss Merrychristmas ist von seinem Manöver schwer beeindruckt und flieht.

Der Kampf zwischen den Rebellen und der königlichen Armee ist noch nicht zu Ende. Corsa will den König zur Aufgabe bewegen und begibt sich zum Palast. Chopper und Lysop konnten inzwischen Mr. 4 und Miss Merrychristmas besiegen. Vivi schlägt Chaka vor, den Palast in die Luft zu sprengen, um die Aufmerksamkeit der Rebellen auf sich zu ziehen.

Vivi gibt Befehl den Königspalast in Arbana zu zerstören, damit die Kämpfe in der Stadt aufhören und sie ihrem Volk erklären kann, wer an der ganzen Misere Schuld hat. Als die Wachen die Lunten anzünden, taucht plötzlich Mr. Zero auf. Inzwischen kämpft Sanji mit Mr. 2, der sich erfolgreich zur Wehr setzt. Sanji erkennt jedoch die Schwachstelle seines Gegners und setzt ihn außer Gefecht.

Das „Krokodil“ Mr. Zero verhindert die Sprengung des Palastes, weil er nach seinem Sieg dort selbst residieren möchte. Um seine Position zu stärken behauptet er, dass er Ruffy in der Wüste besiegt habe.

Das Krokodil plant, eine Bombe zu zünden, wenn die Armeen des Königs und der Rebellen aufeinander treffen. Sein einziger Gedanke dabei: Der Königspalast soll nicht zerstört werden. Nami liefert sich einen erbitterten Kampf mit Miss Doublefinger, die eine Geheimwaffe benutzt, einen Klimataktstock. Dennoch gelingt es ihr, die Gegnerin zu besiegen.

Zorro und Mr. 1 kämpfen vor dem Parlamentsgebäude Arbanas. Zorro erinnert sich an die Worte eines Lehrers aus seiner Kindheit: Die Kunst des Schwertkämpfers besteht darin, schneiden zu können, ohne zu spalten. Zorro erkennt, was sein Meister damit gemeint hat: Er sammelt seine letzten Kräfte und kann Mr. 1 besiegen.

Die Elite-Truppe Alabastas versucht das Krokodil einzuzingeln, was aber misslingt. Auch Chakas Versuch, das Krokodil anzugreifen, scheitert. Die Rebellen sind kurz vor Arbana. In letzter Sekunde gelingt es Prinzessin Vivi, die Königsarmee zur Aufgabe zu überreden. Als die Rebellen vor dem Palast eintreffen, kann Corsa auch sie dazu bewegen, die Waffen wegzuwerfen.

Obwohl die weiße Fahne gehisst ist, schießen die Baroque-Agenten weiter. Mr. Zero lässt einen Sandsturm aufwirbeln, und da nun niemand mehr erkennen kann wer schießt, bricht der Kampf aufs Neue los. Das „Krokodil“ schnappt sich Vivi und wirft sie über die Palastmauer, doch Ruffy, der plötzlich wieder aufgetaucht ist, fängt sie auf. Danach greift er das Krokodil an. Er weiß, dass Mr. Zero Angst vor Wasser hat.

Während Vivi nach der Kanone sucht, die um halb fünf auf dem Palast-Platz abgefeuert werden soll, tauchen Billions auf und greifen sie an. Unterdessen geht der Kampf zwischen Ruffy und Mr. Zero weiter. Ruffy attackiert das „Krokodil“ mit einem Wasserstrahl.

Ruffy scheint nach dem Kampf von Mr. Zero geschlagen zu sein, doch er erholt sich schnell wieder. Vivi und die anderen suchen immer noch die Kanone, haben aber bis jetzt noch nichts gefunden. Als Ruffy bei Tashgi ankommt, sagt sie ihm, wo er das „Krokodil“ finden kann. Sie scheint langsam zu begreifen, was vor sich geht.

Vivi und Lysop treffen auf die Marine-Soldaten, die die Billions schnell Schach Matt setzen. Tashgi befiehlt ihnen, möglichst schnell die Bombe zu suchen. Vivi ist sicher, dass die Bombe im Glockenturm sein muss. Plötzlich öffnet sich der Glockenturm und Mr.7 und Miss Valentine kommen heraus.

Auf dem Glockenturm sieht man Mr.7 und Miss Valentine, die darauf warten, die Kanone abzuschießen. Ruffy kämpft immer noch gegen das „Krokodil“. Seine Freunde versuchen derweil den Glockenturm zu erklimmen. Nami weiß auch schon wie: Sie schießen Vivi zum Uhrturm hoch, wo sie Mr.7 und Miss Valentine überlisten und die Zündschnur der Kanone abschneiden kann. Doch dann hört sie ein Ticken und merkt, dass in der Kanone eine Zeitbombe ist. Überraschend taucht Peruh hinter Vivi auf, der sich in einen Vogel verwandelt und mit der Zeitbombe davonfliegt.

Noch immer kämpfen vor dem Königspalast von Arbana die Rebellen gegen die Königsarmee. Vivi fleht ihr Volk inständig an, den kampf zu beenden, doch scheint niemand auf sie zu hören. Zwischen dem „Krokodil“ und Ruffy kommt es endlich zu einer Entscheidung. Ruffy siegt und es beginnt plötzlich zu regnen. Die Armeen beenden ihren Kampf und der Friede scheint nah.

Nachdem Ruffy das „Krokodil“ Mr. Zero besiegt hat, wird den Rebellen und der Königsarmee klar, dass dieser Alabasta fast zerstört hätte. Es regnet noch immer und König Kobra verspricht seinem Volk, das Land wieder aufzubauen. Lieutenant Tashigi bringt das „Krokodil“ zum Hauptquartier der Marine. Man möchte verhindern, dass bekannt wird, dass es Ruffy und seine Freunde waren, die den Verbrecher zur Strecke gebracht haben.

König Kobra gibt für Ruffy und seine Freunde ein Festmahl. Dann heißt es Abschied nehmen. Sie müssen Alabasta schnellstens verlassen, denn die Marine ist ihnen dicht auf den Fersen. Ihr Schiff „Flying Lamb“ liegt am Sandora vor Anker. Vivi überlegt noch, ob sie mit ihren Piratenfreunden weiterreisen soll. Nami bietet ihr an, sie am nächsten Tag am Ost-Hafen abzuholen.

Das Volk vor dem Königspalast wartet drauf, dass Prinzessin Vivi eine Rede hält. Sie erzählt, wie sie Ruffy und ihre Freunde kennen gelernt hat und wie alles doch noch zum Guten gewendet werden konnte. Niemand ahnt, dass zur selben Zeit Ruffy und seine Truppe von Miss Hina bedrängt werden. Dank eines Manövers von Mr. 2 können Ruffy und seine Freunde fliehen und erreichen den Osthafen, wo sie Vivi in Empfang nehmen wollen. Vivi ist schon da, denn die Rede vor dem Palast hält gar nicht sie, sondern Igaram, die sich als Prinzessin verkleidet hat. Die Prinzessin ist aber nur gekommen, um sich von ihren Freunden zu verabschieden. Sie hat sich entschlossen, in ihrer Heimat zu bleiben.

Ruffy und seine Truppe werden von der Marine verfolgt. Es gelingt ihnen mit einem Trick, ihre Verfolger abzuhängen. Doch sie befürchten einen Angriff von Smoker und Tashigi. Außerdem haben sie einen blinden Passagier an Bord: Nico Robin von der Baroque-Firma. Sie erzählt, dass sie auf der Suche nach dem Porneglyph ist. Sie bittet Ruffy, sie in ihre Bande aufzunehmen. Ruffy stimmt zu, aber Nami ist die Frau nicht geheuer. Als sie aber die Juwelen des „Krokodils“ auf den Tisch legt, sieht alles schon ganz anders aus.