식량을 몰래 훔쳐먹은 루피는 상디에게 혼이 난 후 식량조달을 위해서 낚시를 시작한다. 미끼까지 몽땅 먹어치운 바람에 카루를 미끼 대신 매달지만 잡히라는 물고기는 안 잡히고 이상한 무용수 한 사람만 걸려든다. 그 사람은 바로크 주식회사의 간부인 Mr.2 봉쿠레로 은혜에 보답을 하겠다면서 복사복사 열매의 능력을 보여준다.

알라바스타의 항구도시 나노하나에 도착하자마자 배고픈 루피는 식당을 찾아서 사라져 버린다. 하지만 미스터 쓰리의 배를 발견한 나머지 단원들은 고민에 빠진다. 그들의 얼굴을 알고 있는 미스터 쓰리가 나노하나에 와있는 이상 함부로 돌아다니는 것은 매우 위험하기 때문이다.

밥 먹던 중 갑자기 쓰러진 손님 때문에 한 바탕 소동이 벌어진 식당! 그는 바로 루피의 형인 에이스다! 술렁거림에 이끌려서 식당 안으로 들어온 스모커 대령은 하얀 수염 해적단의 제 2인자인 에이스를 알아본다. 그 때 밥집을 찾아다니던 루피는 냄새에 이끌려서 식당을 향해 전속력으로 달려드는데…

에이스 덕분에 스모커 대령의 추격을 벗어난 밀짚모자 해적단. 한 눈을 팔던 루피는 또다시 동료들과 헤어져 미아가 된다. 뒤따라온 에이스와 만난 루피는 배로 돌아가려 하지만 배가 어디 있는지 기억이 나질 않는다. 한편 스모커 대령은 밀짚모자 해적단과 함께 있던 비비 공주 때문에 머리가 혼란스럽다.

유바로 가기 위해 산도라 강을 거슬러 올라가는 루피 해적단. 육지에 오르려는 순간 쿵푸 듀공가 나타나서는 결투를 신청한다. 비비가 미처 말릴 틈도 없이 루피는 쿵푸 듀공 한 마리를 눈 깜짝할 새 쓰러트린다. 그러자 수많은 쿵푸 듀공들이 루피를 사부님으로 모시겠다며 무릎을 꿇는다.

유바를 향해 사막을 횡단하는 밀짚모자 해적단. 식량과 물이 들어있는 짐을 혼자 끌고 가던 루피는 사기꾼 새들한테 속아서 모든 짐들을 빼앗긴다. 동료들의 만류에도 불구하고 새들을 뒤쫓던 루피는 식충 식물한테 잡아먹히기 일보직전인 낙타를 구해준다. 얼마 전 쵸파를 구해줬던 바로 그 낙타다.

낙타를 타고 앞서 가던 비비와 나미는 사막의 도둑들인 바르바르 단한테 붙잡힌다. 이 상황을 본 루피는 앞 뒤 안 가리고 배를 향해 뛰어가고 나머지 대원들 역시 동료를 구하기 위해 루피를 뒤따른다. 하지만 루피가 달려간 이유는 물을 얻어 마시기 위해서였다. 설상가상 배의 돛대마저 부러뜨리는 실수까지 저지르고 만다.

사막해적 바르바르 단의 선장 바르바롯사는 루피 해적단을 이도 마을 근처에 내려준다. 이도 마을은 반란군 카뮤가 머물러 있는 덕분에 도적들로부터 안전한 곳이다. 하지만 카뮤와 그의 친구들은 잠자리와 먹을 것을 얻기 위해 반란군인 척하는 가짜들로 실제는 겁쟁이 건달에 불과하다.

유바로 향하는 도중 나미는 비비에게 반란군에 대해 얘기해 달라고 한다. 나미는 어릴 때 궁전으로 찾아와 울분을 터트리던 한 꼬마 얘기를 들려준다. 가뭄 때문에 고향을 떠날 수 밖에 없었던 코자는 뭐든지 다 할 수 있는 왕이면서 왜 도와주지 않았냐며 항의한다.

또 다시 환각제가 든 선인장을 잘못 먹은 루피! 쵸파 역시 지쳐 쓰러진 상태라 조로에게 루피를 돌보라는 임무가 떨어진다. 제정신이 아닌 루피는 조로를 크로커다일이라고 부르며 선전포고를 한다. 인내심이 바닥난 조로는 루피와 맞대결을 펼치다가 둘 다 의식을 잃고 쓰러진다.

8시가 가까워 오자 스파이더즈 카페에 바로크 주식회사의 간부들이 속속 모여들기 시작한다. 지금껏 얼굴도 모르는 채 사장으로 모셨던 사나이를 만나기 위해서 이들은 꿈의 도시 레인 베이스로 향한다. 한편 유바에 도착한 밀짚모자 해적단은 에르말과 별 다를 바 없이 폐허가 된 모습에 놀라움을 감추지 못 한다.

꿈의 도시 레인 베이스에 모인 바로크 주식회사의 간부들. 얼굴도 모르는 채 보스로 모셔왔던 사람이 크로커다일이란 사실을 알고는 경악을 감추지 못한다. 한편 다른 해적들이 휴식을 취하는 동안 루피는 유바의 오아시스를 되살리려는 토토 아저씨 옆에 앉아서 왜 물이 안 나오는 거냐며 툴툴거린다.

드디어 레인베이스에 도착한 밀짚모자 해적단. 목이 마른 루피와 우솝은 자청해서 물을 사러가지만 남아있는 친구들은 불안하기만 하다. 예상대로 루피와 우솝은 스모커대령과 해군들을 몰고 나타나고 혼비백산한 동료들은 크로커다일이 경영하는 레인 디너즈에서 집결하기로 정하고는 뿔뿔이 흩어진다.

스모커 대령한테 쫓겨서 레인디너즈로 뛰어들어간 루피와 동료들은 크로커다일이 파놓은 함정에 빠져서 철창 속에 갇히고 만다. 철창에 갇힌 루피는 마치 바다에 빠진 것처럼 힘을 쓰지 못한다. 그 철창은 특수한 돌로 만들어진 것으로 악마의 열매 능력자들을 무력화시키는 기운을 내뿜고 있기 때문이다.

출정을 앞두고 왕궁 안에서 갑자기 사라진 코브라 국왕이 나노하나에 모습을 드러낸다. 코브라 국왕은 댄스 파우더를 써서 비를 빼앗은 사실을 국민들 앞에 고백하며 사죄를 하겠다고 한다. 그 순간 거대한 배가 항구를 덮치고 코브라와 국왕군은 도시에 불을 지른 채 어디론가 사라져 버린다.

레인 디너즈의 지하 감옥에 갇혀버린 밀짚모자 해적단. 크로커다일은 감옥 열쇠를 일부러 악어 우리에 떨어트려 놓고는 비비에게 국민들과 친구들 중 하나만 선택하라고 강요한다. 그 때 울리는 전화벌레 소리. 전화를 건 사람은 바로크 주식회사에 얼굴이 알려지지 않은 상디다.

비비를 따라 지하 감옥으로 내려온 상디는 악어를 발로 차서 열쇠를 토하게 만든다. 하지만 악어가 뱉은 건 미스터 쓰리. 물론 열쇠도 함께다. 상황을 파악한 미스터 쓰리는 열쇠를 물 속에 던져버리고는 약을 올린다. 우솝은 미스터 쓰리의 능력을 이용하면 감옥 열쇠를 만들어낼 수 있다는 생각을 해낸다.

마츠게 친구인 ‘거인 게’ 덕분에 아르바나로 가는 길이 수월해진다. 하지만 뒤따라온 크로커다일은 비비를 잡아채고, 루피는 비비를 구하고 난 후 크로커다일과 1대 1로 남겨진다. 크로커다일은 3분 동안 시간을 주겠다고 말하고 드디어 결투가 시작되지만 루피의 공격이 전혀 먹혀들질 않는다.

루피를 남겨두고 아르바나를 향해 달려가는 비비와 해적들. 하지만 산도라 강을 앞두고 난관에 부딪친다. 사막에서만 살던 집게발이 물을 무서워하기 때문이다. 한편 크로커다일과의 한판 대결에서 패배한 루피는 모래 늪 속에 파묻히지만 미스 올선데이 덕분에 목숨을 건진다.

마중 나온 ‘초 카루가모’의 도움으로 아르바나 근처까지 무사히 달려온 비비와 밀짚모자 해적단. 바로크 주식회사로부터 습격당할 것을 염려한 이들은 다들 똑같은 망토를 뒤집어쓰고는 사방으로 흩어진다. 예상한대로 길목을 지키고 있던 바로크 주식회사의 간부들은 누가 비비인지 몰라서 당황한다.

우솝으로 변신한 Mr.2는 비비를 노리고 뒤쫓아 오지만 충성스런 카루가 절벽을 기어오르는 투혼을 발휘하여 비비의 목숨을 구한다. 하지만 힘들게 기어올라간 아르바나는 이미 전쟁터로 변한 뒤였다. 코자보다는 챠가를 만나는 게 급선무라고 판단한 비비! 하지만 카루가 그만 유탄에 맞아서 쓰러지고 만다.

쵸파를 도와주러 달려온 우솝! 하지만 Mr.4와 미스 메리크리스마스의 괴력 앞에서 속수무책일 뿐이다. 잠깐 5 톤 짜리 쇠망치를 휘두르는 우솝을 보고 겁을 먹기도 하지만 가짜라는 걸 알고 나서는 오히려 공격의 수위를 높이는 Mr.4와 미스 메리크리스마스다. 쵸파는 마지막 방법으로 럼블볼을 쓰기로 하는데.....

미스 메리크리스마스 한테서 루피가 죽었단 말을 들은 우솝은 언젠가 해적왕이 될 루피가 죽었을 리가 없다며, 오열한다. 이 말을 들은 미스 메리크리스마스와 미스터 포는 박장대소를 하며 비웃고, 친구의 꿈이 한낮 웃음거리로 전락한 것을 보고 화가 난 우솝은 사나이라면 지금이야말로 싸워야 할 때라고 말한다.

상디가 나미를 공격하지 못 한다는 점을 간파한 미스터 투는 복사복사 열매의 능력을 써서 나미로 변신한다. Mr.2한테 계속 당하기만 하던 상디는 마침내 복사복사 능력의 약점을 간파한다. 그 약점은 바로 미스터 투가 발레권법을 제대로 쓰기 위해서는 반드시 원래 자기 모습으로 되돌아와야 한다는 것.

알라바스타에 도착하기 전, 자신을 강하게 만들어 달라는 나미에게 우솝은 크리마택트라는 무기를 만들어 준다. 미스 더블핑거에게 쫓겨다니던 나미는 크리마택트를 떠올리고는 맞서 싸우기로 결심한다. 우솝이 설명서에 써놓은대로 사용해 보지만 적을 쓰러뜨리기엔 역부족인 무기라 당황스럽기만 하다.

크로커다일은 코브라에게 플루톤이 묻혀 있는 장소를 가르쳐 주지 않으면 광장에 폭탄을 떨어뜨리겠다고 위협한다. 코브라는 국민들의 목숨을 구하기 위해서 기꺼이 안내하기로 결심한다. 한편 나미는 우솝이 만들어준 크리마택트에서 기적적인 힘을 이끌어내어 미스 더블핑거를 쓰러뜨린다.

싹둑싹둑 열매의 능력자인 미스터 원과 맞서게 된 조로. 온몸이 강철처럼 단단한 미스터 원에게는 조로의 삼검술도 역부족이다. 미스터 원의 계속되는 공격을 받고 온 몸이 만신창이가 된 조로는 ‘아무 것도 베지 않을 수 있는 자만이 강철도 벨 수 있다는 사부님의 말씀을 떠올린다.

더 큰 희생을 막기 위해 국왕군을 설득하러 궁전으로 숨어든 코자는 자기 눈을 의심한다. 국민의 영웅으로 믿었던 크로커다일이 지금까지 있어왔던 모든 재앙의 제공자였던 것. 비비와 코자는 국왕군과 반란군이 전쟁을 일으키는 것을 막기 위해서 국왕군에게 백기를 들고 항복하라고 부탁한다.

미스터 제로는 국왕군 쪽에 미리 심어놓은 사람을 시켜서 백기를 들고 항복하는 코자에게 총을 쏜다. 쓰러진 코자를 보고 흥분한 반란군과 국왕군은 모든 것이 미스터 제로의 음모라는 것도 모르는 채 전쟁을 시작한다. 한편 미스터 제로는 비비를 성 밑으로 떨어뜨리지만 때마침 나타난 루피에 의해 구출된다.

비비한테서 폭탄이 떨어질 거란 사실을 전해들은 해적들은 사방으로 흩어져서 대포와 포격수를 찾기 시작한다. 한편 미스터 제로의 약점을 꿰뚫어 본 루피는 물을 뿌린 주먹으로 공격을 퍼붓는다. 의외의 공격을 당한 미스터 제로는 한순간 당황하지만 수분을 빨아들이는 힘으로 곧 반격에 나선다.

크로커다일한테 수분을 빼앗긴 루피는 자기가 쏜 물대포를 맞고서 기사회생한다. 한편 왕가의 신전으로 들어간 니코로빈은 마침내 포네그리프 앞에 서서 역사의 본문을 읽어 내려가기 시작한다. 플루톤의 행방을 묻는 크로커다일에게 미스 올선데이는 그것에 관해선 한 마디도 언급돼 있지 않다고 말한다.

대포와 포격수를 찾아 헤매던 비비는 마침내 거기가 어딘지 짐작해낸다. 어릴 때 모래모래단의 비밀기지였던 시계탑. 우솝은 서둘러 신호탄을 쏘아서 친구들을 불러들이지만 남은 시간은 겨우 1분 30초. 해군들 도움으로 겨우겨우 시계탑 앞에 도착하지만 걸어서 올라가기엔 턱없이 부족한 시간이다.

가까스로 대포의 위치를 알아낸 비비! 나미의 기지 덕분에 겨우겨우 대포의 발사를 막는데 성공한다. 하지만 만약을 대비해서 대포에 시한폭탄을 장착해놓은 크로커다일. 카운트다운은 다시 시작되고...! 애초부터 폭발을 막을 수 없었단 사실을 깨달은 비비는 크로커다일의 이름을 외치며 울부짖는다.

자신의 목숨을 희생해서 알라바스타를 구해낸 페루. 하지만 이성을 잃은 국왕군과 반란군은 서로에 대한 공격을 멈추지 않는다. 한편 왕가의 신전 밑에서는 루피와 크로커다일의 결투가 계속되고, 전갈독에 감염되어 목숨이 위태롭던 루피는 마침내 크로커다일을 지상으로 날려버리는데 성공한다.

마침내 알라바스타에는 반가운 단비가 쏟아진다. 하지만 국왕군과 반란군은 다시 전투를 시작할 조짐을 보이고 그 때 나타난 이가람은 군중들에게 크로커다일이 지금까지 어떤 음모를 꾸며왔는지 들려준다. 한편 타시기는 지쳐 쓰러진 밀짚모자 일당들을 체포하려는 반란군들에게 손대지 말 것을 명령한다.

마침내 루피가 깨어나고 대 연회장에서는 시끌벅적한 파티가 벌어진다. 봉쿠레로부터 배를 접수했다는 전화를 받은 밀짚모자 해적단은 서둘러 배로 돌아가기로 의견을 모은다. 나미는 비비에게 함께 모험을 계속하고 싶으면 내일 낮 12시까지 동쪽 항구로 나오라고 말한다.

비비를 태우기 위해 동쪽 항구로 향하던 밀짚모자 해적단과 봉쿠레는 히나대령이 지휘하는 해군 함정에 포위되어 침몰할 위기에 처한다. 하지만 우솝이 대포로 남쪽 방어선을 무너뜨려 탈출할 길이 열린다. 하지만 루피는 비비를 데리러 가야한다며 동쪽 행을 고수한다. 이를 안 봉쿠레는....

해군들의 추적을 힘들게 물리치고 알라바스타를 빠져 나오는 데 성공한 밀짚모자 해적단. 겨우 한숨을 돌리려던 참에 배 안에 숨어있던 니코 로빈이 모습을 드러낸다. 니코 로빈은 루피에게 생을 마치려던 자기를 억지로 살려낸 죄인이라면서 책임을 지라고 떼를 쓴다.