Mr. 2, uomo della Baroque Works, cade dalla sua nave. Rufy e la sua ciurma gli salvano la vita. Egli ha mangiato uno dei frutti del diavolo, quello Mimo Mimo, tramite il quale toccando gli altri individui riesce a riprodurne le sembianze e la voce. Mr. 2 tocca il volto di tutti i passeggeri della nave ad eccezione di Sanji. Mr. 2 infatti, grato ai pirati, decide di fare una specie di spettacolo. Durante lo spettacolo, Bibi ad un certo punto si spaventa e, dopo la partenza dell'uomo, rivela di aver riconosciuto in Mr. 2 uno degli uomini di Crocodile, visto che durante le sue trasformazioni l'uomo ha assunto il volto di suo padre, il re Nefertari Cobra. La ciurma decide di mettersi al braccio un laccio bianco per potersi distinguere fra loro e si promettono di liberare il regno dalla Baroque Works.

Rufy e la sua ciurma giungono nel porto di Nanohana. Rufy affamato si allontana dal gruppo perdendosi nel deserto. Giunto in una casa scopre la polvere della pioggia, sostanza vietata dal Governo mondiale. Essa genera la pioggia nel luogo in cui viene bruciata, privandone però le zone circostanti. Alabasta infatti da anni è ormai afflitta da una terribile carestia. I Billions, uomini della Baroque Works, giungono nel porto.

Rufy torna a Nanohana. Sono giunti nel porto anche Smoker, Tashigi ed i suoi uomini. Smoker incontra Rufy all'interno di un ristorante dove incontra anche Portuguese D. Ace. Questi è il fratello di Rufy, e ha mangiato uno dei frutti del diavolo più potenti, ovvero il Foco Foco, uno della categoria Rogia che gli permette di trasformarsi in fuoco.

Ace scontrandosi con Smoker riesce a far fuggire Rufy. Successivamente i due si riuniscono alla ciurma. Dopo aver eliminato un bel po' di Billions, la Going Merry riesce a salpare da Nanohana, fuggendo così anche dalla Marina.

Ace decide di accompagnare suo fratello e la sua ciurma. Egli è alla ricerca di un traditore della ciurma di Barbabianca, Barbanera, un uomo che si è macchiato di un terribile delitto: ha ucciso un suo compagno. I pirati sbarcano di nuovo sulla terra ferma e a Karl viene affidato il compito di avvisare il re Nefertari Cobra dell'arrivo della principessa e delle sue scoperte. L'obiettivo dei membri della ciurma di Rufy è quello di raggiungere i rivoltosi che si trovano nell'oasi di Yuba e vi si dirigono ma al loro arrivo è completamente deserta e in gran parte distrutta. Bibi spiega che questo è l'effetto della polvere della pioggia. Questa sostanza infatti viene usata illegalmente nell'isola proprio dagli uomini della Baroque Works, che però hanno fatto sì che la colpa di tutto fosse attribuita al re Cobra.

Dopo avere lasciato la città verde, la ciurma rientra nel deserto affrontando molti pericoli.

Nami e Bibi iniziano a viaggiare con un cammello, Ciglione. Dopo un po' la ciurma incontra una nave dei pirati del deserto. Bibi ricorda grazie a questo incontro alcuni episodi del suo passato.

I pirati arrivano in un villaggio nel deserto. In questo villaggio vi sono alcuni ragazzi che per avere da mangiare si fingono dei valorosi combattenti pur non essendolo. Bibi scoperta la truffa li vuole mettere alla prova. Simulando un attacco i pirati riusciranno a dimostrare il valore dei tre giovani.

Bibi, durante una pausa, inizia a raccontare a Nami del capo dei rivoltosi. Egli è Kosa, un suo carissimo amico di infanzia. Più volte il giovane aveva difeso la piccola Bibi. Sin da allora aveva mostrato un carattere forte ed un grande senso della giustizia. Quando era ancora piccolo Kosa partì insieme al padre per costruire una nuova oasi, ovvero l'oasi di Yuba. La principessa ritiene che proprio qui si trovi l'esercito dei ribelli.

Zoro, Rufy e Chopper si distaccano dal gruppo. Dopo aver incontrato delle rovine abbandonate, sfruttando l'olfatto della piccola renna, riescono a raggiungere i loro amici.

In uno sperduto locale una parte degli Official Agents della Baroque Works si incontrano. Essi sono Mr. 2, Mr. 1, Mr. 4 e Miss Merry Christmas. Improvvisamente la locandiera rivela di essere Miss Doublefinger e che è giunto il momento di incontrare il grande capo che personalmente darà disposizioni ai singoli agenti per la realizzazione del piano Utopia. Gli Official Agents quindi partono alla volta di Rainbase. Bibi e i pirati giungono all'oasi di Yuba. I ribelli però si sono già spostati. Nella città è rimasto solo il padre di Kosa, Toto.

Lasciata Yuba Rufy e Bibi hanno una discussione ma alla fine la principessa capisce che Rufy vuole solo aiutarla a sconfiggere Crocodile. La ciurma quindi si dirige verso Rainbase. Gli Office Agents incontrano Crocodile. Mr. 0 affida a tutti i suoi uomini i compiti per la realizzazione dell'Operazione Utopia. Durante l'incontro giunge nella sala Mr. 3 che comunica a Crocodile che la ciurma di Cappello di Paglia e la principessa Bibi sono ancora vivi. Mr. 0 arrabbiato punisce Mr. 3 gettandolo nella piscina dei Coccobanana, giganteschi e feroci coccodrilli.

Arrivati a Rainbase i membri della ciurma vengono attaccati sia dagli uomini della Baroque Works che dagli uomini della Marina di Smoker e Tashigi.

I membri della ciurma, ad eccezione di Sanji e Chopper, entrano nel casinò di Crocodile inseguiti da Smoker. Tutti vengono catturati da Mr. 0 e rinchiusi in una prigione di agalmatolite marina. Bibi che ha incontrato Pell, uno degli uomini di Re Cobra che ha mangiato il frutto del diavolo Avis Avis che gli permette di trasformarsi in falco, viene catturata a sua volta da Miss All Sunday. Crocodile mostra il potere del suo frutto del diavolo Sand Sand che gli permette di trasformarsi in sabbia.

Gli uomini di Crocodile iniziano a realizzare l'Operazione Utopia. Mr. 2, dopo aver assunto l'aspetto di Re Cobra, si presenta nella città in cui si trovano i ribelli. Dichiara di aver utilizzato la polvere della pioggia a suo favore e dopo ordina ai suoi uomini (travestiti da guardie reali) di sparare sulla folla. Questo fatto determina la rabbia di Kosa e dei suoi uomini che decidono di attaccare Alubarna, la capitale. A Rain Base Sanji riesce ad entrare nel casinò.

Mr. 0 lancia la chiave della gabbia nella piscina dei coccobanana e uno di essi divora la chiave. La stanza viene allagata dall'acqua. Crocodile lascia l'opportunità a Bibi di salvare la vita ai suoi amici prima che anneghino. Prima di uscire Crocodile viene chiamato da Sanji che si presenta come Mr. Prince e lo sfida. Crocodile allora abbandona il casinò e Sanji in questo modo può entrarvi ed intervenire in aiuto dei suoi amici.

Sanji dopo varie peripezie riesce a liberare i suoi compagni e Smoker. Inoltre dentro uno dei Cocobanana trova Mr. 3 ancora vivo. Smoker vista la situazione decide di far fuggire Rufy e la sua ciurma.

Mentre la ciurma si allontana da Rainbase, Rufy viene fermato da Crocodile; gli altri continuano a dirigersi verso Alubarna per poter fermare la guerra imminente. Lo scontro tra Rufy e Crocodile è quasi a senso unico, però alla fine con la mano bagnata dal sangue Rufy riesce a colpire Crocodile. Infine con il suo uncino Mr. 0 ferisce violentemente Cappello di Paglia e lo lancia in un vortice di sabbia che lentamente lo divora, aggiudicandosi così la vittoria.

Grazie all'aiuto di molti animali la ciurma e Bibi riescono ad accelerare la loro marcia verso Alubarna.

Ad Alubarna sta per iniziare la battaglia decisiva. Sanji, Bibi, Chopper, Nami, Zoro e Usop giungono nella città travestiti. Vengono individuati dagli Official Agents che si dividono per ostacolarli. Bibi cerca di fermare i rivoltosi ma, non sentita, rischia di venire travolta. Karl le fa scudo e le salva la vita.

Bibi pur avendo compiuto un grande sforzo non riesce a bloccare lo scoppio della battaglia. Inseguita da Mr. 2 riesce a sfuggirgli: egli viene infatti sfidato da Sanji. Inizia il combattimento di Usop e Chopper contro Mr. 4 e Miss Merry Christmas.

Miss Merry Christmas ha mangiato uno dei frutti del diavolo, quello Mole Mole che le permette di trasformarsi in una talpa gigante. Inoltre Mr. 4 è un abile battitore e, grazie all'aiuto del suo fucile, che a causa del frutto del diavolo Dog Dog è diventato un bassotto, batte palle esplosive velocissime. Il combattimento continua senza che nessuno riesca a prevalere in maniera definitiva, per quanto Usop e Chopper siano messi in seria difficoltà.

Infine Usop e Chopper riescono a sconfiggere i due agenti della Baroque Works. Sanji viene messo in seria difficoltà da Mr. 2. Quest'ultimo infatti ha individuato il punto debole del pirata: nel momento in cui assume l'aspetto di Nami il cuoco non riesce più a contrattaccare.

Sanji, dopo un combattimento estenuante che ha visto i due avversari quasi alla pari, riesce comunque ad avere la meglio contro Mr. 2. Bibi continua ad avanzare nella città devastata dalla battaglia alla ricerca disperata di Kosa. Crocodile è giunto al palazzo reale.

Nami si scontra con la temibile Miss Doublefinger. Questo agente della Baroque Works ha mangiato uno dei frutti del diavolo, quello Ago Ago che le permette di far spuntare degli aculei in ogni punto del suo corpo. Nami appare in notevole difficoltà, ma sfodera l'arma appena donatagli dall'ingegnoso Usop: il bastone Clima Tact. Inizialmente, il bastone, però, sembra inefficace e incapace di avere qualsiasi funzione offensiva. La giovane pirata però durante la battaglia capirà le funzioni del bastone e le sue reali potenzialità.

Nami riesce ad eliminare Miss Doublefinger con la sua mossa più potente: il Tornado Tempo. Crocodile all'ingresso del palazzo reale svela a re Cobra e a Bibi le sue reali intenzioni: vuole impossessarsi del progetto per la costruzione di una antica e temibile arma, Pluton.

Zoro si scontra contro Mr. 1 il quale ha mangiato uno dei frutti del diavolo, quello Lama Lama che gli ha reso il corpo duro come l'acciaio. Zoro in evidente difficoltà ricorda gli insegnamenti del maestro. In questo modo riesce ad ottenere la concentrazione necessaria per tagliare qualsiasi materiale, compreso l'acciaio. Pertanto sconfigge il suo nemico.

Kosa, avendo scoperto il macchinoso piano ordito da Crocodile, cerca di fermare la battaglia alzando una bandiera bianca di fronte ai suoi uomini. Anche Bibi cerca di fare lo stesso con le sue guardie reali. Uno dei Billions della Baroque Works infiltrato nell'esercito governativo spara però a Kosa e la battaglia ricomincia. Crocodile rivela inoltre che alcuni dei suoi uomini stanno per far saltare una bomba devastante che distruggerà tutta la capitale.

Quando Bibi pensa che ormai sia tutto perduto, Rufy arriva portato da Pell. Il giovane, dopo averla consolata, decide di risfidare Crocodile. Sulle spalle porta un barile colmo d'acqua.

Il secondo scontro con Crocodile è più favorevole del primo per Rufy. Gli effetti del frutto del diavolo Sand Sand vengono infatti neutralizzati dall'acqua. Intanto, il resto della ciurma insieme a Pell cerca disperatamente il luogo in cui è collocata la bomba. Miss All Sunday costringe Cobra a condurla nel luogo in cui è custodito il Poignee Griffe in cui è celato il progetto di Pluton. Infine Rufy viene sconfitto per la seconda volta da Crocodile che si mette sulle tracce di Miss All Sunday.

Crocodile raggiunge Miss All Sunday nella tomba in cui è custodito il cubo della storia. La donna è l'unica che può tradurre le scritte del Poignee Griffe. Pur vedendo che esso è davvero il progetto per la costruzione di Pluton, finge che vi sia narrata la storia del regno di Alabasta, così Crocodile infuriato la trafigge con il suo uncino. Giunge nella tomba anche Rufy, che inizia un nuovo scontro.

Rufy continua il suo combattimento contro Crocodile grazie al sangue delle sue ferite. Bibi scopre che la bomba è collocata nel campanile della città. La principessa pertanto richiama gli altri uomini della ciurma.

Grazie alla ciurma la Principessa Bibi riesce a scalare il campanile. Dopo avere sconfitto i due agenti custodi della bomba, ovvero Mr. 7 e Miss Father's Day, si rende conto che il tempo per disinnescare la bomba è ormai irrisorio. Pell decide di sacrificarsi, ed avendo preso la bomba si erge nel cielo facendosi in tal modo travolgere dall'esplosione. In questo modo però la città è salva.

Rufy infine riesce a sconfiggere il malvagio Crocodile. La caduta di una pioggia scrosciante sulla città fa bloccare i combattimenti.

A conclusione del combattimento appare Igaram. Grazie all'aiuto datogli da Kosa riesce a dimostrare l'innocenza di re Cobra e a dimostrare la colpevolezza di Crocodile, placando in questo modo gli animi. A Smoker e a Tashigi viene attribuita da parte della Marina la cattura di Crocodile. I due però conoscendo il ruolo della ciurma di Cappello di Paglia non sono felici del fatto.

Sia a Zoro che a Rufy dopo gli eventi di Alabasta è stata attribuita una nuova taglia. A Zoro una taglia di 60 milioni di berry mentre a Rufy una di ben 100 milioni. Alla ciurma non rimane altro che lasciare l'isola. Bibi vorrebbe partire all'avventura con i suoi amici, ma è indecisa perché sa che il suo ruolo nel regno di Alabasta è di fondamentale importanza.

La principessa nel suo discorso d'insediamento saluta i suoi amici pirati. La Marina cerca di catturare Cappello di paglia e la sua ciurma, ma viene ostacolata ed imbrogliata da Mr. 2 ed i suoi uomini. Mr. 2 in questo modo decide di dimostrare la sua amicizia, ma viene catturato da Hina.

La ciurma scopre che dentro la nave c'è un'altra persona: è Miss All Sunday, il cui vero nome è Nico Robin. Dopo esser stata salvata da Rufy decide di entrare nella sua ciurma. Tutti si mostrano abbastanza diffidenti, ad eccezione del capitano che invece è favorevole. La giovane cercherà di conquistare la simpatia dei suoi futuri compagni di viaggio.