마침내 리버스 마운틴을 넘어서 위대한 항로로 들어가기 일보직전! 하지만 거대한 산 하나가 출구를 가로막고 서있다. 거대한 산으로 알았던 것은 가까이 가서 보니 어마어마한 고래. 어쩔 수 없이 충돌하려는 급박한 순간! 루피가 대포를 쏴서 가까스로 침몰은 피하지만 루피가 아끼는 특등석이 부서지고 만다. 화가 난 루피는 고래의 눈을 향해서 고무고무 주먹을 날린다.

라분은 친구들이 이미 위대한 항로에서 떠나버렸다는 크로커스커스의 말을 듣고서도 좀처럼 그 사실을 인정하지 않는다. 라분에게 새로운 삶의 의미를 주고싶었던 루피는 일부러 싸움을 건 다음, 자기가 위대한 항로에서 돌아오는 날 다시 승부를 가리자고 제의한다. 루피의 진심을 알아들은 라분은 눈물을 흘리며 루피의 제의를 받아들인다.

집까지 태워다 달라는 미스터 나인과 미스 웬즈데이의 부탁을 받아들인 루피는 일곱 개의 항로 중 위스키 피크를 선택한다. 위스키 피크가 바라다 보이자 미스터 나인과 미스 웬즈데이는 바다 속으로 뛰어들고, 낯선 곳에 상륙한다는 두려움 때문에 다들 긴장하는데, 그 때 멀리서 환호성 소리가 들려오기 시작한다.

바로크 주식회사의 비밀을 알고 있는 조로를 이가라포이는 당장 처치하라고 명령한다. 조로는 오히려 로그타운에서 구한 새 검들을 시험해 볼 기회라면서 반기는 분위기. 마침내 미스터 에잇인 이가라포이까지 쓰러트린 순간 바로크 주식회사의 새로운 간부인 미스터 화이브와 미스 발렌타인이 등장해서는 놀라운 비밀을 폭로한다.

알라바스타 왕국의 호위대장인 이가람은 비비 공주를 지키다가 크게 부상을 당하고 조로에게 자기 대신 비비를 탈출시켜 달라고 부탁한다. 한편 자다가 깬 루피는 사람들이 여기저기 쓰러져 있는 것을 보고는 크게 놀란다. 조로한테 당했다는 사람들 말에 루피는 용서할 수 없다면서 조로를 찾아 나선다.

해군에 입대한 코비와 헤르메포는 온갖 굳은 일을 도맡아 한다. 장차 해군 장교가 되는 것이 꿈인 코비는 묵묵히 주어진 일을 해내지만 무쇠팔 모건의 아들인 헤르메포는 편했던 과거만 그리워하며 아버지를 해군에서 몰아낸 루피를 원망한다. 어느 날 두 사람이 소속된 부대에 새로운 임무가 떨어지는 데 그것은 바로 죄인 모건을 해군본부로 호송하는 것이다.

가프 중장을 따라서 해군본부로 간 코비와 헤르메포. 헤르메포는 엄청난 해군훈련에 겁을 먹고는 도망을 치려다가 가프 중장한테 들켜서 꾸중만 듣는다. 옛날 생활로 돌아갈 방법을 찾던 헤르메포는 해군 장교가 되는 수밖에 없다는 결론을 내리고는 코비와 함께 밤마다 체력훈련을 시작한다.

위대한 항로에서 두 번째 항해를 시작한 루피 해적단. 마침내 리틀 가든에 도착하지만 아무리 봐도 이름하고는 전혀 안 어울리는 밀림 뿐이다. 나미와 우솝은 두려움에 떨면서 상륙하지 말자고 주장하고... 루피는 잔뜩 흥분해서는 모험을 떠나겠다면서 상디에게 도시락을 싸달라고 재촉한다.

고잉메리호에 남아있던 우솝과 나미 앞에 거인이 나타나서는 술이 있냐고 묻는다. 겁에 질린 우솝과 나미는 죽은 척하며 쓰러진다. 거인이 공룡 고기를 굽는 사이 겨우겨우 달아나지만 맹수와 공룡한테 쫓겨서 다시금 거인과 마주치게 된다. 거인은 우솝과 나미에게 술을 준 보답으로 공룡 고기를 대접하겠다고 말한다.

100년째 계속 돼온 거인들의 결투는 오늘도 무승부로 끝난다. 브로기는 해적들한테서 얻은 술을 도리한테 나눠주는데 그 술을 마시자마자 도리의 위장 속에서 폭발이 일어난다. 브로기가 술에다 폭약을 넣은 것이라고 믿는 비비! 하지만 루피는 그럴 리 없다며 펄쩍 뛴다. 그 순간 결투의 시작을 뜻하는 화산 폭발이 또 일어나는데…

브로기가 나눠준 술이 위장에서 폭발하는 바람에 큰 부상을 입은 도리! 하지만 두 번째 화산이 분화를 시작하자 루피의 만류에도 불구하고 결투장으로 향한다. 한편 공룡한테 쫓기다가 나미를 잃어버린 우솝은 루피에게 달려와 나미가 공룡한테 잡아먹혔다며 호들갑을 떤다. 하지만 루피 역시 거대한 바위 밑에 깔려서 꼼짝 못 하는 상태!

미스터 쓰리가 파놓은 함정에 빠진 나미, 비비, 조로, 그리고 브로기는 밀랍인형이 될 위기에 처한다. 도리의 술에 폭탄이 들어있었다는 말을 들은 브로기는 안감힘을 써서 밀랍 재킷을 깨지만 Mr.5의 공격을 받아서 다시 붙잡히고 만다. 한편 미스터 화이브의 공격을 받아 거의 죽을 뻔했던 루피는...

미스터 쓰리에게 붙잡혀서 밀랍인형이 될 처지에 놓인 나미, 비비, 조로! 뒤늦게 루피가 나타나서 미스터 쓰리를 쓰러트린 덕분에 희망을 갖지만 그것도 잠시! 루피는 웬일인지 좀처럼 친구들을 구하려고 하지 않는다! 그건 바로 미스 골든위크가 쳐놓은 색깔마술에 걸렸기 때문이다

루피가 색깔 마술에 걸렸단 사실을 안 우솝은 일부러 루피를 공격한다. 그리고 밀랍이 불에 녹는단 사실을 깨닫고는 루피에게 동료들을 구할 수 있는 방법을 가르쳐준다. 한편 거대한 사냥감을 잡고서 배로 돌아온 상디는 아무리 기다려도 동료들이 돌아오지 않자 위험을 감지하고는 찾아 나서는데..

상디를 미스터 쓰리로 착각한 크로커다일은 왜 진작 보고를 하지 않았냐며 추궁한다. 사태를 짐작한 상디는 밀짚모자 일당을 전부 제거했다고 거짓보고를 올리지만 때마침 나타난 지옥의 사자들 때문에 의심을 사게 된다. 한편 죽은 줄 알았던 도리가 정신을 차리자 브로기는 기쁨의 눈물을 흘리는데.....