リヴァース・マウンテンを“偉大なる航路（グランドライン）”へ向けて一気に下るメリー号の行く手を、巨大なアイランドクジラのラブーンが塞ぐ！メリー号はラブーンに丸飲みされるが、胃袋には青空が！？そしてそこにはクロッカスという人物がいて…。

ラブーンはルンバー海賊団と双子岬へ来た。世界を一周して戻る2、3年の間という約束で、船長のヨーキが灯台守のクロッカスにラブーンを預けたのだ。しかし既に、それから50年が過ぎていた。ラブーンは仲間の帰りを信じ、レッドラインに頭をぶつける。

Mr.9とミス・ウェンズデーと共にウイスキーピークへ向かうが、季節・天候・海流・風向き、全てがデタラメなグランドラインに翻弄される！何とか乗り切り、恐る恐る島へ。ところが麦わらの一味は、町長のイガラッポイを始め島民に歓迎を受けるが…。

襲ってくる賞金稼ぎたちを、次々と斬って行くゾロ。ローグタウンで手に入れた「雪走」と「三代鬼徹」も試す！ゾロはミス・マンデーも倒し、イガラッポイと名乗ったMr.8らあっさり全員を片付けるが、そこにMr.5とミス・バレンタインが出現し…。

Mr.8はアラバスタ王国護衛隊長イガラムだった。イガラムは、ゾロにミス・ウェンズデーこと王女ビビを無事アラバスタまで送り届けるよう頼み、ナミがその契約に乗る。ビビに迫る刺客のMr.5とミス・バレンタインの前に、ゾロが契約を守り割って入り…。

海軍将校になる夢に向かい、コビーはシェルズタウンの基地で雑用係として張り切っていた。そこにはモーガン元大佐の息子でルフィを恨むヘルメッポもいた。モーガンを海軍本部へ護送する為、中将のガープが姿を見せるが、モーガンはガープを斬り逃亡する！

モーガンをとり逃がしたコビーとヘルメッポは、ガープに海軍本部へ連れて行かれる。2人はガープのゲンコツを受けながらも、昼は雑用、夜は自主的に始めた特訓を続け、過酷だが充実した日々を送る。しかしコビーがルフィと友達なのをガープに知られ…。

航海を続ける麦わらの一味は、ビビとカルーを連れてグランドライン2つ目の島・リトルガーデンに着く。古代植物が生い茂る秘境に上陸をためらうナミとウソップ。だが、ルフィはカルーに乗ったビビと冒険へ出かける。ここは太古の島、巨人族までいるようで…。

メリー号にブロギーという巨人が訪れ、ブラキオザウルスに飲まれたルフィを巨人ドリーが救う。共に客人として一味を迎える。2人の巨人は故郷エルバフの掟に従い、100年も決闘を続けていて、“真ん中山”の噴火を合図に二人は闘いをはじめる！

ドリーとブロギーが繰り広げる戦士達の誇り高き決闘に、ウソップは感動し憧れる！73466戦目も引き分け。ブロギーはナミとウソップからもらった酒をドリーに分けるが、その酒をドリーが飲んだ途端爆発する！麦わらの一味を疑うドリーに、ルフィは…。

胃袋をやられたボロボロの体のまま、ドリーはエルバフの戦士として決闘に臨む。決闘の最中、ゾロとナミがジャングルで姿を消す。押されながらも持ち堪えるドリーだが、Mr.3が“ドルドルの実”の能力で放つロウに足元をすべらせ、ブロギーに敗北する！

ドリーの酒に爆弾を入れたのはMr.5の仕業だった。Mr.3はロウでブロギーを捕らえ、特大キャンドルにビビとゾロとナミをセットする！このままでは、3人がろう人形にされてしまう！そんな中、ルフィ、ウソップ、カルーがボロボロの状態から復活し…！

ルフィは特大キャンドルの一部を壊すが、却ってゾロ達のロウ人形化が早まることに。Mr.3はブッ飛ばすが、突然3人を助けるのを拒否するルフィ。ミス・ゴールデンウィークの“カラーズトラップ”にかかったり感情を操られているのだ。

ウソップが“カラーズトラップ”のマークごとルフィの服を焼く。そこへMr.3がろうで作った鎧を着て襲いかかる！ゾロたち救出のタイムリミットが迫る中、ウソップは油たっぷりのスペシャルロープを特大キャンドルとブロギーに巻き付けて点火する！

ドリーを失った悲しみに号泣するブロギーだが、ドリーは生きていた。100年の戦いでブロギーの戦斧が弱っていて、傷が浅かったのだ。一方サンジは、Mr.3たちのアジトでMr.0からの電伝虫に出て、麦わらたちは始末したとウソの報告をするが…。