サニー号で楽しく航海するルフィたちは、「流し樽」を見つける。お供えの酒が入っていると思って開けると、中から真っ赤な光が打ち上がった！　まさか、発光弾!?　一同が敵船を警戒する中、突然の大嵐が襲ってくる。何とか乗り越えたものの、いつの間にか、「魔の三角地帯」に迷い込んでいた！

噂の通りに現れたゴーストシップ。その船に乗っていたのは、生きたガイコツ・ブルックだった。紳士で陽気でちょっとヘンな彼を、ルフィは気に入って仲間にしてしまう。サニー号に正体されてディナーの席に着くと、二人はますます意気投合。ブルックは、自分は「ヨミヨミの実」の能力者だと話し始める。

海をさまようゴーストアイランドこと「スリラーバーク」に、サニー号は閉じ込められてしまった。そうと知るやブルックは、ルフィたちに脱出するよう忠告し、海の上を走ってスリラーバークへと一直線！　ナミたちは忠告を守ろうとするが、ルフィは上陸する気満々だった！

スリラーバークに行く気がなく、ミニメリー２号に乗って浮かれていたナミ、ウソップ、チョッパーの方が、先に上陸してしまった！　しかも、ケルベロスに追われ霧深い不気味な森へ入り込んだところに、ヒルドンから声をかけられ、馬車でドクトル・ホグバックの屋敷へ招待される。

屋敷に着いたナミ達に、ホグバックは死者の蘇生を研究していると語る。尊敬のまなざしで見つめるチョッパー。ところが、シャワーを浴びるナミには、何者かが獣のうなり声をあげて襲いかかり、体の自由を奪って口をふさぐ！　「貴様…おいらの花嫁になれ！」

ナミが感じた通り、ホグバックの屋敷はゾンビ達であふれかえっていた！　飾ってある絵も剥製も敷物も、みんなしゃべり出して襲いかかって来る！　逃げるナミは、使用人であるシンドリーの写真が壁一面に飾られた部屋へと行き着く。何と彼女は、10年も前に事故で死んでいた！

いち早くスリラーバークに上陸したナミ、ウソップ、チョッパーを追う、ルフィ、ゾロ、サンジ、ロビン、フランキー。とてつもなく強い彼らは、墓場の地中から現れたゾンビを一瞬のうちに倒す。するとルフィに声をかける者が…こちらはゾンビではなく、大けがを負った老人だった。

ナミ達は、絶対に覗くなと釘をさされていたホグバックの研究室を、とうとう覗いてしまう。すると、サムライ・リューマに部屋の中に放り込まれてしまった。「ヨホホ！」と笑うリューマは、スカルジョークならぬミイラジョークを飛ばし、ナミに「パンツ見せてもらってもよろしいですか？」と聞く。

真夜中０時の鐘が鳴った。「夜討ち」の始まりだ！　アブサロムが将軍ゾンビとともに、ルフィ達を討ち取れと命じる。戦いに向かう者の中には、アブサロムに激しく求婚するイボイノシシのゾンビ・ローラがいた。しかし、アブサロムがナミと結婚すると言い出すと、ローラはナミを抹殺しようと…。

びっくりゾンビをあっさり倒したルフィたちだが、いつの間にかサンジ、そしてゾロまでも姿を消していた！　原因がわからぬままロビンとフランキーとの三人になったルフィの前に、倒れても倒れても立ち上がってくる将軍ゾンビが現れる！

サンジによく似た性格の犬ペンギンがナミを守り、ゾロそっくりの技を使う剣士がルフィを襲う！　ロビンとフランキーの行く手をふさぐのは、巨大なスパイダーモンキーのタララン。そしてナミには、アブサロム絡みの嫉妬の炎を燃やすローラが、猛突進をかけてくる！

ついにナミを追い詰めたローラ。二本の刀がナミのナイスバディに突き刺さろうとした瞬間…「私、実は男なんだぜ！」というとんでもない嘘を、ローラは真に受けて、刀を持つ手をギリギリで止めた。一方、捕まったルフィは棺桶から出され、モリアの手にかかろうとしていて…。

ブルックがタラランに「鼻唄三丁矢筈斬り」を決める！　だが、ゾンビならばすぐに蘇ってしまうのでは…。対処をしたと言うブルック。するとタラランの口から、黒い何かが天に抜けていった。あれがゾンビの魂だろうか？　五年前にスリラーバークをめちゃくちゃにした男・ブルックが、ゾンビの謎を明かす！

ルフィの影がモリアに切り取られた！　ペローナに使えるクマシーの中に潜む、ナミとウソップ、チョッパーも、その様子を目撃する。ホグバックが力を尽くして造り上げていた“没人形”900号にルフィの影を入れると、史上最強のゾンビが誕生してしまう！　一同は900号の眠る特別冷凍室へ向かう。

震えるだけのナミ達に、なすすべは無かった。500年前に生き、歴史上で唯一“魔人”と呼ばれた狂戦士オーズから作った900号に、モリアはルフィの影を入れる。グラグラと揺れ、表面を覆う氷を落としながら、ついにオーズが蘇った！　悲鳴を上げてしまったナミ達は、アブサロムに追われる！

剣豪リューマに挑むブルック。この戦い、実は初めてではなかった。ゾンビの弱点が塩であると知った５年前に、ブルックはゾンビ達を浄化していき、自分の影を持つリューマにたどり着いたのだ。しかし肉体のレベルは決定的にリューマの方が上。かなわないブルックは、アフロを切られそうになり…。

サニー号に戻るフランキー、ロビン、ウソップ、チョッパー。そこには予想通り、影を取られたルフィ、ゾロ、サンジが運ばれていた。アブサロムにさらわれて眠るナミは、ウェディングドレスに着替えさせられる。ルフィ達はナミと影を取り返す作戦を練る。助けてくれたブルックは…。

ブルックがアフロを守る理由。それは50年前に再開を固く誓った、同じ海賊団の仲間のためだった。その仲間とはクジラのラブーン。ラブーンならルフィ達も知っている。グランドラインへと漕ぎ出す前に出会っていたからだ。ルフィ達とラブーンの出会いと対決、そして別れがまざまざと甦る！

ルフィ、ゾロ、サンジの影を取り戻す…まずはそのゾンビをどう探すか。しかしルフィは、そんなことは気にしない。モリアを倒せば、全員の影が戻るからだ。言われてみればその通り！　ナミ救出に燃え上がるサンジ。フランキーとゾロは心配なブルックのもとへ。朝日が射し体が消滅する、夜明けまでがタイムリミットだ！

“ホロホロの実”の能力者であるペローナの生み出すゴーストも、相手の心を虚ろにするネガティブ・ホロウも、ウソップには通用しなかった。「おれはもとからネガティブだあ!!!」と、意気上がるウソップ。先へと急ぐサンジ、フランキー、ゾロ。しかしウソップは、周囲の動物ゾンビを倒す自信はなく…。

モリアをぶっ飛ばしても影は抜けない。「主人のもとへ帰れ」と、命令させなければならないのだ。ルフィを前に寝ころんだまま、余裕しゃくしゃくのモリア。なぜなら彼には、影法師（ドッペルマン）がいた。ルフィの攻撃を全て受け止め、反撃を仕掛けてくる！　ルフィはモリアに触れることさえ出来ない。

ナミを取り返し、“スケスケ”の能力者アブサロムを蹴り飛ばすサンジ。それでも怒りは燃え上がるばかり。アブサロムとは初対面だが因縁があると言う。サンジがただ一つ憧れていた悪魔の実“スケスケの実”が、アブサロムのせいで、もうこの世には存在しなくなってしまったからだ！

影法師を倒す手立てが見つからず、ルフィの苦戦は続く。一方のウソップは、動物ゾンビを倒し、残るはペローナと追いかけるが、窓の先に見つけた彼女は、何と空中に浮いていた！　振り返ると、巨大ペローナが迫ってきている。宙を舞い狙撃をかわす彼女は、ウソップの胸に両手を突っ込み…。

宙を舞い巨大にもなるペローナは本体ではないと、ウソップは見破る。幽体離脱して脱け殻になっている本体に攻撃を仕掛けるのだ！　必殺の“大爆発星”が炸裂するが…外した!?　その頃チョッパーとロビンは、犬ペンギンとジゴロウに追いかけられていた。絶体絶命のピンチに現れたのは…。

ホグバック研究所の屋根が斬られて落ちる。それと共にゾロも降ってきた！　青い炎に包まれ倒れるゾロを、見下ろしているリューマ。ずっとそばにいたブルックとフランキーも、何が起こったのか分からない。もう決着がついたのか…？　今から５分前、ゾロとリューマは刀を交え始めたのだが…。

チョッパーとロビンを取り押さえる、犬ペンギンとジゴロウ。彼らはもう、完全にホグバックのしもべになってしまった…。命をもてあそぶかのようなホグバックに、チョッパーは激怒。するとホグバックは、シンドリーとの過去を話し始める。そして、そのシンドリーにチョッパーとロビンの抹殺を命じる！

ルフィの影が“没人形”になじんたオーズは、モリアが主人だと自覚する。最初の任務は、麦わらの一味をぶっつぶすこと！　左腕に貼られたそれぞれの手配書と見くらべ、早速モリアのそばにいたルフィを見つけて攻撃する！　すると建物が崩れ、ホグバックと戦うチョッパーとロビンの所へ…！

チョッパーとロビンに合流したウソップに、リューマと戦った塔の上から、フランキーやブルックと一緒にいるゾロが呼びかけてくる。一同がオーズから身をひそめる中、アブサロムにさらわれたナミを追うサンジが、オーズの巨体と真正面からにらみ合う！　オーズは手配書からサンジを見分け…。

サンジだけでなくウソップ達やゾロ達も、オーズに叩きのめされてしまった！　手配書と見くらべ、残る目標を探しに出て行くオーズ。ここにはいないルフィとナミ、ウソップと同一人物だとはわからなかったソゲキングだ。その頃、アブサロムの結婚式で、誓いのキスを受ける直前にナミは目を覚ました！

超巨体のオーズを一丁投げ飛ばそうと、ゾロは秘策を提案。サンジ、ロビン、フランキー、チョッパーは作戦に乗る。ビビるウソップ。そこにオーズは、ルフィも使わない“ゴムゴムの尻もち”を放った！ 一味はフランキーを核に合体して対抗しようとするが、ロビンが「人として恥ずかしい」として合体を拒み…。

オーズから１ダウンを奪ったゾロ達。フランキーは懲りずに合体を望むが、ロビンは相変わらず断固拒否。やむなく６体合体をあきらめ、ウソップにチョッパーを加えた３体合体でオーズへ突進していく！　その頃、ペローナはスリラーバークの宝をサニー号に積んで出て行こうとしていたが…。

ゾロはオーズに真っ向から挑んで行く。リューマを倒して手にした名刀・秋水を試すのに絶好の機会だ！　一方、突然姿を現したバーソロミュー・くまは、モリアと面会していた。くまはルフィに倒されたクロコダイルの後釜として、“黒ひげ”マーシャル・Ｄ・ティーチが王家七武海に入ると告げる。

自分では手を下さずに海賊王を目指していたモリアが、ルフィを倒すためについに出撃、オーズの腹部に作らせておいたコクピットに乗り込む！　ルフィを欠く麦わらの一味だが、凄まじい勢いで連係攻撃。だが、まるで動じないオーズは、影であるルフィゆずりの“ゴムゴムの銃”を放つ！

オーズは次々に、本当に体を伸ばしながらゴムゴムの技を放ってくる！　それはモリアの分身である影法師の“影革命”によるものだった。動きを封じようと、ロビンは“ハナハナの実”の能力でモリアをクラッチする。ところがモリアは影法師と瞬時に入れ替わってかわし、ロビンの影を切り取ってしまう！

サンジとチョッパーもオーズの前に倒れ、残るはゾロ、ナミ、ウソップの三人。ゾロも敗れるが、その隙に、ウソップはゾンビの弱点である塩の詰まった袋を、オーズの口に撃ち込む。ところが、またしても影法師が活躍し、塩の袋を取り出してしまう。そこへ、“ナイトメア・ルフィ”が現れる！

ナイトメア・ルフィは、乗っていたモリアごとオーズを倒す。ルフィに入れていた100人分の影は抜け、元の姿に戻る。モリアに奪われた影を取り戻すには、「本来の主人のもとへ帰れ」と、影に命令させなければならない。日の出が迫る中、モリアを叩き起こして力ずくでも言わせようとするが…。

麦わらの一味の連続攻撃で、今度こそオーズは倒れるが、モリアは“影の集合地”で1000体分の影を取り込んでパワーアップした！　朝日が射し始める中でも、ローラは逃げ出さずに立ったまま。なぜなら麦わらの一味も、勝負を捨てずに立っているからだ！　そのローラの頭が、朝日を受けて燃え始め…。

倒したモリアの口から、全ての影が吹き上がる！　しかし体に戻る前に朝日が昇り、影を奪われているルフィ、サンジ、ロビン、ローラは頭から燃えていく！　影は…影は間一髪で戻っていた！　ローリング海賊団にも、シンドリーの影の主であるマルガリータにも。ところがそこに、くまが現れる。

モリアを倒し、影を取り戻した麦わらの一味とローリング海賊団の前に現れたくま。彼は“ニキュニキュの実”を食べた肉球人間だった！　掌にある肉球で、ゾロの斬撃も、ウソップの“火の鳥星”も、すべてを弾き飛ばしてしまうのだ！　しかも頭は、蹴ったサンジが脚を痛めるほど硬い！

肉球で圧縮した大気を放つ“熊の衝撃”で、くまは全てを吹き飛ばしてしまう。横になったままのルフィに、無表情で迫るくま。そこにゾロが飛び込み、左肩めがけて斬りつけた！　ところが…驚愕の表情を浮かべるゾロ。何と傷口からは機械が覗き、くまは口からビームを放ったのだ！

くまはゾロにルフィのダメージを移して去り、モリアはホグバックとアブサロムに小舟に乗せられ、スリラーバークを脱出した。奪われた影を取り戻したことと勝利を祝って、ルフィたちは宴の準備！　そこにローリング海賊団のリスキー兄弟が現れ、くまがしたことの一部始終を見たと言い出す。

勝利の宴の席で、ルフィからクジラのラブーンの健在を知り、ブルックは号泣する。まだラブーンが小さかった頃、ブルックが生身の人間だった頃の想い出が、まざまざと甦ってくる…。ブルックはかつて、ヨーキの率いるルンバー海賊団に所属。音楽を通して、ラブーンと心通じ合っていたのだ。

ラブーンと再会を誓い、ルンバー海賊団は旅立った。しかし全滅し、“ヨミヨミの実”で蘇ったブルックだけが、骨だけになってひとり寂しく生き続けていたのだ。ブルックは、海賊団全滅の直前に、「ビンクスの酒」の唄をラブーンに聞かせようと録音していた。それは、仲間達の最後の大合唱だった…。

生きているからこそ、今日という日を迎えることが出来る。生きていればきっと、またいつの日か、ラブーンと再会出来る時も来るだろう。「生きててよかったあ！」と、心の底から叫ぶブルック。同じ頃、ラブーンも人知れず目を閉じて、水平線の果てまで届けと鳴き声を轟かせていた！