Los Sombrero de Paja llegan al Florian Triangle, un mar conocido por ser un lugar tenebroso y lleno de misterios. Mientras navegan por él, el Thousand Sunny se cruza con un enorme y viejo navío pirata en muy mal estado de conservación y la tripulación ve a un esqueleto que los mira atentamente desde la cubierta.

Luffy ha invitado a Brook, un esqueleto viviente, a unirse a la tripulación pese a que el resto de la banda no está muy de acuerdo. Pero Brook rechaza la oferta debido a que no puede abandonar el Florian Triangle y exponerse a la luz del Sol ya que le robaron la sombra.

Tras la aparición de unos fantasmas en el Thousand Sunny, Brook se despide de la tripulación y se marcha. El barco está cerca de una misteriosa isla cubierta por la niebla y Nami, Usopp y Chopper desaparecen mientras investigaban los alrededores a bordo del Mini-Merry. Mientras, en el Thousand Sunny empiezan a ocurrir cosas extrañas.

Usopp, Nami y Chopper son acompañados por un ser vampírico a una enorme mansión en la isla donde vive el doctor Hogback, un famoso cirujano al que Chopper admira mucho. Éste empieza a comportarse de forma extraña cuando se entera que sus invitados han visto a Brook. Por otro lado, el Thousand Sunny ha quedado atrapado en una telaraña gigante.

Mientras Nami se toma un baño en la mansión donde vive el Dr. Hogback, es acosada por un extraño ser invisible. Pero no es lo único raro que se encuentran en la mansión, ya que tanto cuadros como alfombras y otros adornos de la mansión parecen tener vida propia. Lejos de allí, Luffy y el resto de la banda buscan a sus amigos y se enfrentan a extrañas criaturas.

Mientras huyen de los extraños seres que hay en la mansión, Nami, Usopp y Chopper llegan al laboratorio del Dr. Hogback donde descubren la verdad sobre sus experimentos en la isla. Lejos de allí, el resto de la banda sigue buscando a sus amigos y se enfrentan a zombies y seres fantasmales a su paso.

Los Sombrero de Paja descubren que un tal Gecko Moria, uno de los Shichibukai, vive en la isla y se dedica a robar las sombras de las personas que llegan a ella, para luego utilizarlas en revivir zombies. Mientras, Absalom y Perona, dos comandantes de Moria, preparan a sus criaturas para un ataque contra los Sombrero de Paja a medianoche.

Ussop, Nami y Chopper han sido descubiertos por el Dr. Hogback en su laboratorio y son atacados por un espadachín que les recuerda a alguien. Luffy y los demás han entrado en el castillo derrotando fácilmente a todos los zombies que encontraban a su paso, pero Sanji desaparece de repente. Absalom entonces invoca a los generales zombies para que se ocupen de la banda.

Mientras Luffy y el resto de la banda siguen buscando a sus amigos en el castillo, Zoro desaparece también. Nami, Ussop y Chopper se escapan del ataúd donde estaban encerrados para aparecer en un jardín repleto de animales zombies que les atacan.

Mientras se enfrentaban a un ejército de generales zombies, aparece uno que lucha y actúa como Zoro. En la contienda, Luffy es raptado por unos extraños animales. Franky y Robin se encuentran más adelante con un enorme mono-araña que les corta el paso en un puente.

Uno de los animales del Wonder Garden de Perona se comporta igual que Sanji y proteje a Nami del resto de animales, por lo que Absalom decide deshacerse de él. Lola, una zombie jabalí enamorada de Absalom, quiere matar a Nami por la fijación que tiene él por la navegante. Franky y Robin siguen luchando contra el mono-araña en el puente y se ven obligados a destruirlo para que los generales zombies no les alcancen.

Nami consigue convencer a Lola para que deje de atacarla y la ayuda a conquistar a Absalom. Después, ella, Usopp y Chopper se esconden dentro de una mascota de Perona para no ser descubiertos mientras se dirigen al encuentro de Moria que ha convocado a sus hombres. Franky y Robin son capturados por unas extrañas ratas-araña en el momento en que Brook aparece cayendo del cielo. Moria, por su parte, tiene a Luffy capturado.

Gecko Moria tiene la intención de utilizar la sombra de Luffy para convertirse en el rey de los piratas, Sombrero de Paja intenta resistirse pero sus intentos son en vano. En el puente, Brook ha conseguido acabar con el mono-araña y liberar a Franky y Robin, luego les explica su relación con Thriller Bark y porqué está él ahí.

Nami, Usopp y Chopper, escondidos en el interior de Kumashi, han sido testigos de como Moria ha robado la sombra de Luffy y se propone utilizarla para resucitar al monstruoso demonio Oz que lleva 500 años muerto. En otra parte, Brook da consejos a Franky y Robin sobre como acabar con los zombies y se dirige a buscar a Ryuuma, el zombie que tiene su sombra, para luchar contra él.

Moria ha introducido la sombra de Luffy en el interior del cadáver de Oz y éste cobra vida. Nami, Ussop y Chopper son descubiertos y huyen, pero Absalom atrapa a Nami y los otros dos son salvados por Franky y Robin que aparecen para derrotar a los zombies que les perseguian.

Cuando Ussop, Chopper, Franky y Robin regresan al Thousand Sunny descubren que Luffy, Zoro y Sanji están allí inconscientes. Además, se han llevado todas las provisiones de comida y oro que había en el barco. Cuando estos cuatro despiertan, Franky cuenta al resto de la banda lo que Brook contó sobre su pasado y la promesa que le hizo a un amigo de volverse a encontrar.

Laboon, la ballena del Cabo de la Promesa, es el amigo con quien Brook quiere reencontrarse. Pero antes debe recuperar su sombra. Luffy y el resto de la banda se disponen a poner patas arriba Thriller Bark para recuperar lo que les fue robado y derrotar a Gecko Moria.

Sanji se enfurece al enterarse que Absalom quiere casarse con Nami al igual que Luffy al ver que no hay comida en el barco. Así pues, inician el contraataque a Thriller Bark derrotando a todos los zombies a su paso hasta que llegan al castillo y aparece Oz caído del cielo dividiendo a la banda.

La banda tiene problemas para enfrentarse a Perona por su poder negativo, pero no ocurre lo mismo con Ussop que es inmune a sus ataques. Mientras Ussop se encarga de Perona, el resto de la banda sigue adelante. Luffy llega hasta Moria que no parece interesado en luchar, Sanji corre para evitar la boda de Nami, que ya se está celebrando. Chopper y Robin llegan hasta Hogback que está al mando del ejército zombie ahora.

Ussop sigue su lucha con una sorprendida Perona que ve increible que su poder no sirva contra el pirata. Lejos de allí, Brook no puede con Ryuuma y cae derrotado justo antes de la llegada de Zoro y Franky. El super zombie Oz sigue descontrolado en Thriller Bark y aniquila a todos los generales zombies que Absalom envió para detenerle mientras él seguia con su boda.

Gecko Moria saca su sombra a luchar contra Luffy mientras que Sanji irrumpe en la ceremonia de Absalom y arruina su boda con Nami. Comienza así una pelea entre el hombre invisible y Sanji. Mientras, Perona huye de Ussop que intenta evitar que los animales zombies lo maten.

Sanji desvela que, aparte de la boda con Nami, tiene otro motivo más para odiar a Absalom. Por lo que el combate entre ellos dos se vuelve más violento. Luffy sigue teniendo problemas para luchar con la sombra de Moria que puede cambiar de forma y Ussop sigue persiguiendo a Perona tras deshacerse de sus mascotas zombies.

Misteriosamente, Perona deja de huir de Ussop y se enfrenta a él convertida en un fantasma al cual Ussop no puede tocar. Entonces aparece Sogeking y derrota a Kumashi introduciéndole sal en su boca. Pero Perona sigue siendo intocable y ahora invoca unos fantasmas explosivos que ponen en apuros al héroe enmascarado.

Ussop ha descubierto el secreto de Perona y la habitación donde ella se está escondiendo. Robin y Chopper siguen luchando contra Hogback y sus zombies pero tienen problemas ya que les superan en número. Ussop utiliza todo su ingenio y habilidad en el engaño para derrotar a Perona.

Zoro se enfrenta al zombie samurai Ryuuma sobre el tejado del laboratorio de Hogback en un colosal combate mientras Franky y Brook asisten atónitos a la pelea. Finalmente, Ryuuma es derrotado y entrega su espada a Zoro. La sombra de Brook regresa a su cuerpo.

Chopper está muy enfurecido debido al uso que ha hecho Hogback de sus conocimientos médicos para beneficio propio. Pero los zombies que ahora portan las sombras de Sanji y Zoro son demasiado fuertes para él y Robin por lo que se encuentran en apuros. Mientras, Luffy sigue intentando luchar contra Moria cuando Oz hace acto de presencia.

Robin consigue deshacerse momentaneamente de los zombis que portan las sombras de Zoro y Sanji, dejando el camino libre para que Chopper se enfrente a Hogback. No lejos de allí, Moria ordena a Oz que aniquile a toda la banda de Sombrero de Paja y el super zombie empieza a buscarles atravesando el castillo e interrumpiendo los combates que aún estaban teniendo lugar. Absalom, aprovechando el desconcierto de Sanji con Oz, se vuelve a llevar a Nami que aún está inconsciente.

Mientras Luffy persigue a Moria que quiere alejarlo del castillo. Oz ha encontrado a la banda de Sombrero de Paja y empieza a cumplir las ordenes de su amo de aniquilarlos a todos. Perona, que ha despertado y se ha enterado de como están las cosas por Thriller Bark, decide llevar todo el oro y comida que pueda al Sunny para huir en el barco de los Sombrero de Paja.

Cuando Absalom se dispone a completar su boda con Nami, ésta despierta y Lola aparece para ayudarla. Absalom no duda en quitarse de encima a Lola, haciendo que Nami se enfurezca y cargue contra él utilizando todo el poder de su Clima Tact. Mientras tanto, los Sombrero de Paja, que en un principio parecía que habían sido derrotados por Oz, vuelven a levantarse para enfrentarse a él de nuevo.

Nami, tras deshacerse de Absalom, se dirige a buscar los tesoros de Thriller Bark, solo para encontrarse que alguien se los ha llevado. El resto de la banda se enfrenta a Oz combinando sus fuerzas y consiguen hacerle caer. Fuera del castillo, Luffy sigue persiguiendo a Moria.

Mientras los Sombrero de Paja se enfrentan a Oz, Nami ha llegado al Thousand Sunny donde Perona ha llevado todo el oro y comida del castillo. Pero inesperadamente aparece Bartholomew Kuma, otro Shichibukai, que hace desaparecer a Perona y a algunas de sus mascotas cuando le plantan cara. Tras preguntarle a Nami por el hermano de Luffy, Kuma se marcha.

Luffy se da cuenta que ha estado persiguiendo a la sombra de Moria, por lo que decide regresar al castillo. Allí, Kuma se ha reunido con Moria para anunciarle que Kurohige forma parte de los Shichibukai y advertirle de las consecuencias que tendría su derrota ante los Sombrero de Paja. Mientras la banda continúa enfrentándose a Oz, descubren que Moria ha aparecido en su interior.

Brook ha salvado a Usopp de morir en un ataque de Oz y trae consigo un saco de sal para emplearlo contra el super zombie. Pero ahora la banda tiene nuevos problemas, ya que la aparición de Moria en el interior de Oz ha despertado los poderes Gomu Gomu de la sombra de Luffy y la primera en sufrir las consecuencias es Nami, que había ido a apoyar a la banda en el combate. Fuera del castillo, Luffy se encuentra con unos piratas que buscan vengarse de Moria por haberles robado las sombras y tienen un plan para ayudar a Luffy.

Los piratas sin sombra que Luffy conoció en el bosque, le han introducido en el cuerpo todas las sombras que han estado robando durante los años que llevan escondidos, con la esperanza que esto le ayude a enfrentarse a Moria. En el castillo, la nueva fuerza de Oz es demasiado poderosa para la banda de Sombrero de Paja que van cayendo uno a uno en combate.

El plan de hacerle tragar a Oz el saco de sal ha fracasado. Zoro también ha caido ante el poder del monstruoso super zombie. Cuando todo parece acabado para Usopp y Nami, Luffy llega convertido en Nightmare Luffy. Ahora que tiene el poder de 100 sombras en su interior, Luffy se enfrenta a Oz y Moria y sorprendentemente es mucho más poderoso que ellos.

Antes de que las sombras abandonasen su cuerpo, Luffy consigue derrotar a Moria y Oz. Pero momentos después el gigantesco zombie vuelve a levantarse por su condición de inmortal. La banda vuelve a unir sus fuerzas de nuevo y juntos consiguen darle el golpe definitivo que termina con su amenaza. Pero cuando parece que todo terminó, Moria se pone en pie y empieza a absorber las sombras de todos los zombies de Thriller Bark.

Luffy se enfrenta a Moria, que ahora posee la fuerza de mil sombras, utilizando todo el poder del Gia Sekando. El combate termina con victoria para Luffy que hace que el mástil de Thriller Bark caiga sobre Moria haciéndole liberar todas las sombras que había en su interior, justo cuando el Sol empieza a asomar por el horizonte y a desintegrar a los que les fueron arrebatadas las sombras.

Mientras todos los piratas celebran la recuperación de sus sombras, Bartholomew Kuma, que ha estado viendo todo desde una torre del castillo, recibe órdenes del Gobierno Mundial de eliminar a todos los piratas que haya en Thriller Bark para encubrir la derrota de Moria. Luffy ha quedado inconsciente tras utilizar el Gia Sekando combinado con el Gia Sado.

Zoro se enfrenta a Kuma, poseedor de la habilidad de repeler cualquier ataque con sus manos. Tras demostrar su increible poder contra el cual ni Zoro ni Sanji pueden hacer nada, pide que le entreguen a Monkey D. Luffy a cambio de permitir marchar a los demás, pero todos se niegan con la intención de proteger a Sombrero de Paja hasta el final y Kuma lanza un ataque devastador.

Thriller Bark sufre las consecuencias del devastador Ursus Shock de Kuma. Solo Zoro y Sanji, malheridos, han quedado en pie y tras discutirlo entre ellos, Zoro ofrece su vida a Kuma a cambio de que no se lleve a Luffy. El Shichibukai expulsa todo el dolor acumulado en el cuerpo de Luffy y se lo entrega a Zoro.

Zoro ha quedado en muy mal estado tras sufrir en sus carnes las consecuencias del pacto que hizo con Kuma, que se ha marchado. El resto de la banda va recuperando la conciencia y Luffy despierta sorprendido de no tener ninguna herida en su cuerpo. La banda pirata que vivía escondida en Thriller Bark y los Sombrero de Paja celebran una fiesta por la victoria conseguida. Brook recibe la noticia de que Laboon sigue viva y aún está esperándole.

Brook recuerda como 50 años atrás, su extinta banda pirata conoció a Laboon en el West Blue cuando aún era una cría de ballena. La relación de los piratas Rumbar con la pequeña Laboon fue estrechándose y se acabó convirtiendo en una más de la tripulación. Pero al llegar a la Grand Line, tuvieron que tomar la difícil decisión de dejar a Laboon en el Cabo de la Promesa, ya que era muy peligroso que continuara el viaje con ellos, prometiendo a la ballena que volverían a buscarla cuando dieran la vuelta al mundo.

Los piratas Rumbar fueron avanzando por la Grand Line. Su capitán murió de una enfermedad y más tarde, el resto de la banda vió llegar su hora a manos de otros piratas mientras atravesaban el Florian Triangle. Antes de morir, cantaron una canción con la intención de que Brook se la entregase a Laboon, ya que sabían que gracias al poder de su habilidad, volvería a la vida tras morir.

Brook se ofrece a Luffy para formar parte de la banda como músico de a bordo y Luffy acepta. Dos días después, Franky y Usopp han preparado una tumba a los piratas Rumbar para que Brook pueda despedirse de ellos y Zoro recupera el conocimiento. Cuando la banda se prepara para salir de Thriller Bark, Lola hace entrega a Luffy de una vivre card que le llevará hasta su madre cuando estén en el Nuevo Mundo. Es entonces cuando Luffy se da cuenta de que la vivre card de su hermano Ace, se está consumiendo.