Un grupo de piratas dirigidos por Alvida atraca un barco, donde encuentran un barril que contiene a un muchacho extraño llamado Luffy. Luffy está buscando el tesoro legendario One Piece y él traba amistad con el grumete del barco, Coby, que en realidad quiere alistarse en la marina. Luffy derrota Alvida y junto a Coby se embarca a la aventura.

Gracias a Coby, Luffy se entera de la existencia del famoso cazador de piratas Roronoa Zoro, el cual se encuentra encarcelado en la base de la marina a cargo del capitán "mano de hacha" Morgan, después de saber la razón por la cual Zoro está encarcelado Luffy le dice que lo liberará y se convertirá en parte de su tripulación.

Después de irrumpir en la base de la marina en busca de la espadas de Zoro, Luffy lo libera y juntos pelean contra Morgan "mano de hacha" y sus marinos lo cual termina con la victoria de Luffy y así Zoro se convierte en el primer integrante de la tripulación del sombrero de paja.

Mientras navegan a la deriva, Zoro quiere averiguar mas sobre el pasado de Luffy y la razón por la cual desea convertirse en el rey de los piratas, Luffy le cuenta la historia del sombrero de paja que lleva, y de su dueño, la persona que lo inspiro a seguir ese sueño, mientras que por otro lado, una extraña joven engaña a unos piratas y les roba su barco.

Por circunstancias ridículas Luffy y Zoro se separan, y el primero termina repentinamente en pueblo de una isla cercana, donde conoce a muchacha huyendo de unos piratas, luego descubre que su nombre es Nami y el pueblo donde están se encuentra ocupado por la banda pirata del temido Capitán payaso Buggy, engañando al sombrero de paja, esta lo entrega al mismísimo capitán.

Pese a la traición, lo que Nami en realidad quiere, es el mapa del Grand Line que Buggy posee, pero las cosas se complican para ambos, cuando todo parece perdido Zoro aparece para ayudarlos, aunque termina malherido por el poder de la akuma no mi del capitán milagrosamente logran escapar a una parte alejada de la ciudad, pero rápidamente son alcanzados por uno de los hombres de Buggy, el domador de bestias Mohji. Luffy logra derrotar fácilmente a su perseguidor y convence a Nami de unirseles, aunque esta solo acepta por el bien de sus “negocios” pero no como pirata, ya recuperados, deciden ir a pelear contra Buggy.

Luffy se enfrentara Buggy, quien al reconocer el sombrero de paja que lleva le habla de cómo conoció a ese mismo hombre, mientras que Zoro lo hará con el segundo más fuerte, el espadachín acróbata Cabaji.

Zoro derrota a Cabaji, mientras que Luffy tiene problemas con la habilidad Bara Bara de Buggy, quien para rabia de Luffy logra dañar su sombrero, pero gracias a una ayudita de Nami, quien había entrado en la base de Buggy y robado el mapa, finalmente le derrotan, huyendo de los enfurecidos aldeanos que llegan de sorpresa, y del alcalde quien para sorpresa de de estos les agradece el favor.

Ahora que tienen a Nami en su tripulación, pueden navegar con facilidad, pero aún no están listos para ir a Grand Line, necesitan una nave más grande, lo que suponen que podrán conseguir en la próxima isla, donde conocen a un extraño joven de nariz larga y a su tripulación, un grupo de niños, amigos suyos.

Luffy reconoce al joven como el hijo de uno de los piratas de Shanks, llamado Usopp. También conocen a Kaya una muchacha con una enorme herencia pero quien yace sola y enferma tras de la muerte de sus padres. Mientras, un extraño hombre llamado Jango llega a la isla también.

Luffy y Usopp descubren una conspiración de Jango y de uno de los mayordomos de la mansión de Kaya, llamado Kurahadol para asesinar a Kaya, quedarse con su herencia, y destruir el pueblo. Ussop trata de advertir a todos, pero luego de años de mentirle a la gente del pueblo, pierde credibilidad ante ellos, inclusive ante la misma Kaya.

Luffy y los demás aceptan ayudarle a defender el pueblo que tanto aprecia. El día de la batalla, debido a un error de dirección, sólo Usopp y Nami llegan al sitio de desembarco de los piratas.

Cuando Usopp es herido en la batalla, Zoro y Luffy llegan y vencen a toda la tripulación fácilmente, pero debido a los poderes de hipnosis de Jango, Luffy cae dormido, el capitán decide mandar a los hermanos Nyaban a terminar el trabajo, pero Zoro los enfrenta con algo de dificultad tras perder dos de sus espadas, justo entonces Kurahadol llega a escena.

Kurahadol, cuya verdadera identidad es Captain Kuro esta molesto porque aún no ha llegado al pueblo, y amenaza con matarlos a todos en cuatro minutos, Nami consigue devolver sus espadas a Zoro, quien termina por derrotar a los dos hermanos, y después logra despertar a Luffy, cuando de pronto la señorita Kaya aparece.

Al enterarse de los planes de su mayordomo, Kaya le pide que se detenga y a cambio le entregara la herencia si eso quiere, pero el no esta interesado solamente en su dinero, con ayuda de la hipnosis Jango consigue que Buchi, uno de los hermanos Nyaban regrese de nuevo a la pelea, los piratas de Usopp también llegan al lugar, Usopp le ordena a sus amigos proteger a Kaya, estos le obedecen llevándola al bosque seguidos de cerca por Jango.

Zoro derrota nuevamente a su oponente y con ayuda de Usopp deciden ir a por sus amigos quien para sorpresa de Jango logran darle pelea con tácticas y engaño, mientras que Luffy finalmente pelea con Kuro, quien utiliza un par de garras extra-largas como armas y una técnica de supervelocidad conocida como el pie sigiloso, pero luego Luffy logra superar su velocidad e inclinar la pelea a su favor, Kuro finalmente decide revelar su técnica secreta, el Shakushi.

El shakushi es una técnica de super velocidad con la que el usuario se desplaza y corta todo lo que a su alrededor este, pese a ello Luffy lo derrota finalmente, furioso de ver como atacaba a todos a quemarropa, incluyendo a sus propios camaradas, mientras que Usopp y Zoro logran salvar a Kaya justo antes de que este sea asesinada por Jango, y aunque deciden no decirle nada a nadie de lo ocurrido, en agradecimiento Kaya les entrega el “Alma de Merry” una carabela de 3 velas para ellos, Ussop decide irse con Luffy y Zoro para seguir su sueño, convirtiéndose en el tercer miembro.

El grupo llega a una isla que los piratas persiguen por un supuesto tesoro que se encuentra en algún lugar de esta, pero el rumor dice que en esa isla le suceden cosas extrañas a todo aquel que desembarca en ella. Allí conocen a Gaimon y descubren el secreto de la isla.

Zoro recuerda a Kuina, una joven que conoció en su niñez a la cual nunca pudo vencer y murió sin llegar a cumplir el sueño que ambos se prometieron, ser los mejores espadachines del mundo. Pero después un extraño sujeto ataca el barco.

Zoro reconoce al extraño sujeto, su nombre es Jhonny y venia acompañado de su amigo Yosaku fueron amigos cuando el era un cazarecompensas, Nami les dice a todos que otra prioridad más antes de zarpar hacia Grand Line, es encontrar un cocinero, Jhonny les habla de alguien de un famoso restaurante puede ser el indicado.

Después de conocer a Sanji, uno de los cocineros del Baratie, Luffy tiene que trabajar en el restaurante para pagar unos destrozos que causo, cuando aparece un hombre llamado Gin quien ordena que le den comida pese a no tener con quien pagar, con lo cual es botado del lugar, pese a ello Sanji acepta a darle algo de comer.

Mas Tarde vemos que Gin es en realidad un pirata a las órdenes de la flota del Capitán Don Krieg uno de los piratas más temidos del mar del Este, con una flota de 50 naves y más de 5000 hombres a su mando quien llega al restaurante por comida.

Pese a la negación de todos en el restaurante Sanji le da de comer a él también, aunque luego recibe un golpe de parte de este y la orden de preparar mas comida para su tripulación que se encuentra en su barco, Zeff en defensa de Sanji y le entrega la comida a Krieg, mientras que afuera el barco de Krieg que volvió del Grand Line es partido a la mitad por un poderoso ataque.

El grupo y los demás descubren que Nami los ha traicionado y se ha llevado el barco y todo lo que había en su interior. Jhonny y Ussop deciden perseguirla por orden de Luffy, y antes de que Zoro vaya con ellos, descubre la identidad del que ataco el barco de Krieg, la persona que ha estado buscando todo este tiempo, Mihawk, el mejor espadachín del mundo, Zoro se enfrenta a él y es derrotado fácilmente.

Después de la batalla contra Mihawk, la tripulación de Krieg esta preparada para atacar el restaurante y volverlo su nave insignia, mientras que Sanji prepara la defensa del mismo revelando la técnica de la pierna roja con la que supuestamente Zeff, antes un pirata, había navegado por el Grand Line, aunque en realidad lo Krieg quiere, La bitácora de navegación que escribió mientras estuvo allí.

Sanji recuerda su pasado, de cómo conoció a Zeff y el sueño que ambos comparten, encontrar All Blue, el punto donde convergen todos los mares del mundo, y el sueño de todo cocinero del mar.

Gin decide entrar al combate, peleando contra Sanji, quien ya se encuentra malherido por el ataque de "Muro de hierro" Pearl, pese a su malvada reputación, Gin revela que se ha hecho amigo de Sanji y que no quiere matarlo, Krieg enfurecido decide acabar con él y con todos usando el MH5, una bomba de gas venenoso.

Pese al mortal ataque, todos consiguen ponerse a salvo del gas, excepto Gin quien le había entregado su mascara a Luffy, enfurecido el sombrero de paja se arroja al ataque pese a las advertencias de este, sorprendiendo a todos, incluso al mismo Krieg, del cual se dice que vence a sus enemigos sin recibir ni un golpe de estos.

Continua la batalla de Luffy contra Krieg, quien revela su arma secreta, una enorme lanza bomba, después de recibir unos cuantos ataques Luffy rompe la lanza e inclina la batalla a su favor, después de muchos ataques, Luffy finalmente derrota a Krieg para sorpresa de todos y del mismo Gin, quien antes de partir y pese estar condenando le pide a Sanji que le diga que estará bien.

Con todos recuperándose de la batalla, los cocineros del restaurante logran convencer a Sanji de marcharse con el sombrero de paja, y en una emotiva despedida, les promete a todos que regresara, no sin antes agradecer a Zeff por todo, convirtiéndose en el cuarto miembro.

Ya de camino para encontrarse con Usopp, Yosaku les cuenta a Sanji y a Luffy su próximo destino, y también aprovecha para hablarles acerca del Shichibukai y su próximo enemigo, mientras que Nami finalmente llega a su isla natal, tomada por la banda de piratas tritones del capitán "Nariz de sierra" Arlong.

Luego de llegar a la isla, Zoro es capturado por los tritones y Ussop y Jhonny llegan al pueblo de Gosa, el cual recientemente había sido destruido por la banda de Arlong, también conocen a Nojiko una habitante de Cocoyashi quien revela ser la hermana de Nami, quien en realidad es una pirata que esta al mando de Arlong como la cartógrafa.

Zoro también descubre que Nami pertenece a los tritones, pero se da cuenta de que parece que no esta a gusto con ellos, ya que lo ayuda a escapar, Usopp también es capturado por los tritones al intentar ayudar a la gente del pueblo, ahí descubre a Nami, quien para evitar que siga interfiriendo sus planes lo mata.

Luffy llega finalmente a la isla y se reúne con Zoro y los demás, y aunque descubre de parte Jhonny que Nami ha matado a Usopp, pero el mismo Usopp aparece ante ellos diciéndoles que todo fue un montaje para que cayera al agua y se salvara el pellejo, el grupo se encuentra con Nojiko quien les cuenta la historia de Nami y la de ella a excepción de Luffy que decide no escucharla y se duerme.

El grupo descubre parte del pasado de Nami y Nojiko, y la persona que fue como una madre para ellas, excepto Luffy quien se había marchado de ahí porque no le interesaba oirla.

Continua la historia, finalmente les cuenta el día que los tritones llegaran a la isla, se apoderaron de todo, y mataron a la madre de Nami por no poder pagar el impuesto que impusieron por las vidas de cada persona de la isla, ella solo pago la cuota de Nami y Nojiko, y como Nami fue obligada a unirseles por saber dibujar mapas.

Termina la historia, ahora comprenden la situación, Nami acepto a unirse a los tritones pero solo para cumplir un trato que Arlong le propuso, pagarle 100 millones a cambio de liberar su aldea, pero cuando solo restaba poco para tener la cuota, el Capitán de la Marina Nezumi, un oficial corrupto a las órdenes de Arlong, le arrebata al dinero, el pueblo cansado de los abusos de Arlong deciden alzarse en armas para expulsarlo, o morir en el intento. Engañada e impotente, una Nami sollozante le pide a Luffy su ayuda, quien enojado por la forma en que la trataron, él y los demás deciden ir a pelear contra el tritón para liberar su pueblo.

La batalla entre los tritones y los piratas de Luffy comienza, pero en una jugada sucia Arlong arroja a Luffy al océano, con el tiempo en su contra Zoro se enfrenta al espadachín de la banda, el triton pulpo Hatchan, quien al poseer seis brazos puede utilizar el Rokutōryū, eso incluido al mal estado en que se encuentra hacen el combate difícil.

Hatchan es finalmente derrotado por un exhausto Zoro, mientras que Sanji se arroja al agua para ayudar a Luffy siendo perseguido por el tercer miembro más fuerte de los tritones, Kuroobi el tritón karateka, Sanji no tiene otra que enfrentarle en su propia cancha, mientras que Ussop logra sacar del lugar al tirador de la banda, el triton Chew, aunque ser un cobarde total le complica las cosas.

Después de recibir varios golpes, Sanji logra sacar al triton del agua y vencerlo con un juego de poderosas patadas, mientras que Usopp viendo que no podía huir siempre de su enemigo lo enfrenta y lo derrota con una ingeniosa táctica, Nami llega a la escena y ve que él único triton que queda es Arlong.

Con la ayuda de Nojiko y Sanji, Luffy consigue salir del agua y comienza su combate contra Arlong quien se encontraba a punto de matar con Zoro, al principio consigue darle unos golpes, pero es acorralado por el increíble poder del tritón.

Continua la pelea entre Luffy y Arlong, despues el combate se traslada al interior del cuartel de Arlong hasta llegar a un cuarto especial, la habitación de trabajo de Nami.

Arlong revela las intenciones de usar a Nami para su propósito, ante un furioso Luffy que siente como Arlong la ha maltratado a lo largo de los años, consigue la fuerza para vencerle y destruir Arlong Park en el proceso, su grito furioso se escucha por todo el lugar, mientras que Nami sorprendida solo puede derramar unas lágrimas de agradecimiento.

Hay fiesta en villa Cocoyashi y en toda la isla luego de la caída de Arlong Park y de su imperio. Mientras sus amigos celebran con el pueblo, Nami reflexiona todo lo sucedido ante la tumba de Bellemere, al día siguiente ella zarpa con sus nuevos compañeros, despidiéndose de todos.

Los hechos ocurridos en Arlong Park le han valido a Luffy su primera recompensa, 30 millones, en casa y todas partes, muchos quedan sorprendidos, otros intrigados y muchos más admirados, mientras el grupo zarpa hacia Grand Line.

Buggy despues de ser derrotado por Luffy, comienza una travesía para recuperar su cuerpo, donde se enfrenta a una enorme ave, conoce a Gaimon y luego se encuentra con Alvida.

Buggy finalmente llegan a la isla donde estaba su tripulación, esta se encuentra atrapada por una tribu de caníbales, despues de liberarlos zarpan en busca de la persona que los fastidio a todos. Mientras tanto Nami convence a todos de realizar una parada en Loguetown.

Loguetown, la ciudad donde comenzó la Era de los Piratas y donde acabó la vida de Gold Roger. La banda decide abastecerse por última vez de suministros antes de irrumpir en la Grand Line y esta ciudad es una parada obligatoria, ya que es la última ciudad antes de llegar a la Grand Line. Antaño esta ciudad estaba llena de piratas, ahora, un solo hombre se encarga de mantenerla limpia, el capitán de la Marina llamado Smoker.

Luffy tiene un encuentro con el Capitán Smoker mientras observa la torre donde fue ejecutado el mismísimo Gold Roger. Zoro por su parte decide reemplazar las katanas que perdió durante su pelea contra Mihawk, y acaba conociendo a la Sargento Mayor Tashigi, que tiene un casual parecido con alguien de su pasado.

La tripulación sigue abasteciendose en Loguetown de víveres y cosas útiles para entrar en la Grand Line. Usopp mientras busca objetos modernos conoce a una niña que resulta ser la hija de un peligroso cazarecompensas, Daddy ‘The Father’. Después de conocerse, Daddy descubre que Usopp es hijo de Yasopp, el único hombre que ha podido vencerle, y decide retarle a un duelo.

La banda sigue dispersa por Loguetown y Sanji acabará metido en un concurso de cocina donde el premio es un raro ejemplar de pez elefante. Sanji participará con tal de conseguir el premio, pero deberá enfrentarse a una bella cocinera llamada Carmen.

Luffy llega finalmente a la plataforma donde fue ejecutado Gold Roger. Una vez ha conseguido subir hasta arriba, Buggy aparece y consigue atraparlo con la intención de ejecutarlo allí arriba. El resto de la banda se enfrentará a la Marina y a los piratas de Alvida que se encuentran en la plaza para impedirlo.

Milagrosamente salvado en el último momento por un rayo que cae sobre Buggy, Luffy y su banda aprovechan la confusión del momento para salir corriendo hacía el Going Merry y huir de Loguetown. En su huida Zoro tendrá que enfrentarse a la Sargento Tashigi y Luffy al capitán Smoker.

En una noche tormentosa una chica llamada Apis escapa de la Marina y llega hasta el barco de Luffy y su banda, pero cuando la chica se da cuenta que está en un barco pirata, empieza a esconder los motivos por los que la Marina va detrás de ella.

El Calm Belt se revela como un lugar sin vientos ni corrientes y el hogar de múltiples Reyes del Mar. Apis prepara un plan con la ayuda de Luffy para salir de esta peligrosa zona y llegar hasta Isla Gunkan. Es allí donde Luffy y Nami descubrirán el motivo por el que Apis es buscada por la Marina.

Ahora que la tripulación está al tanto de los motivos por los que Apis es perseguida, escaparán a toda prisa de la isla para que Ryuuji pueda ser salvado, pero se encontrarán a un enemigo que querrá al dragón para él. Zoro y Ussop prepararán el barco mientras Nami y Apis llevan a Ryuuji en una carreta y Sanji y Luffy entretienen a la Marina.

Después de llegar a lo que parece ser Lost Island, la tripulación encuentra un antiguo templo con viejas pinturas que podrían indicar donde se encuentra realmente Lost Island.

Zoro se queda atrás luchando contra Erik mientras el resto de la banda corre hacía el barco con el objetivo de llegar a Lost Island, pero solo encuentran más problemas. La flota del almirante Nelson les está esperando.

Ryuuji con su último grito, consigue llamar a sus camaradas y que ayuden a Luffy en la lucha contra el almirante Nelson. De repente el secreto de Lost Island se desvela delante de la tripulación y Apis por su parte se da cuenta de que Ryuuji solo queria llegar a la isla para morir en ella.

Despues de dejar atrás la Isla Gunkan, el Going Merry va directo hacía la Grand Line. Pero antes la tripulación de Sombrero de Paja deberá cruzar la Red Line por el único punto posible, la Montaña Inversa, y utilizando la peligrosa corriente ascendente.