海を漂う樽を、豪華客船レディ・メリィ号の水夫が引き上げた…。アニメーション『ワンピース』は海の上から始まる！　樽から飛び出たルフィが、アルビダ海賊団の雑用係コビーに勇気を与え、“スベスベの実”を食べる前のイカついアルビダをぶっ飛ばす!!　その隙にMissラブ・ダック号から宝を盗むナミがいた。

海賊狩りの異名をとる賞金稼ぎゾロの噂を耳にしたルフィは、彼が仲間に相応しいか会う為、捕らえられているシェルズタウンにコビーの操船で上陸する。海軍基地の塀にのぼり覗くと、ゾロが磔になっていた。そこへおにぎりを持った少女リカ、続いてこの島の暴君モーガン大佐の息子ヘルメッポが現れる。

弾丸を弾き、海賊王になると言ったルフィに心を打たれたゾロが、仲間に！　２人はモーガンを倒し、町だけでなく島の海兵にも自由をもたらす。ルフィとゾロと友情を深めるコビーだが、彼は海軍入隊志望…。訪ねて来た海兵に２年間も海賊として生活していた事を話し出すルフィを、コビーがぶん殴る!!

大海原を小舟で行くルフィとゾロ。宙に舞った麦わら帽子を追うルフィに、10年前の記憶がよぎる…。フーシャ村の泳ぎの上手い少年ルフィが、山賊ヒグマとの争いを通じて、シャンクスに男を見た！　少年は海賊王になると宣言する!!　ルフィが“ゴムゴムの実”を食べ、ゴム人間になった瞬間も描かれる。

バギーが海軍基地から奪った“偉大なる航路”の海図をオレンジの町で盗んだナミは追われる。すると上空に、怪鳥ピンキーにくわえられたルフィが！　バギーの大砲で落ちたルフィに救われるナミだが、海賊と聞くと激昂!!　ルフィをバギーに差し出す！　奴はナミに“特製バギー玉”でルフィを撃てと命じる!!

ルフィは捕らえられた檻ごとゾロに運ばれ、バギーから逃れた。ナミが檻の鍵を盗んで来たが、犬のシュシュが飲み込む！　エサをやりに来た町長ブ?ドルが、バギーに腹部を刺されていたゾロを寝かせ、主人の病死後もペットショップを守り続けるシュシュの事を話す。そこへバギー一味副船長モージが現れる！

宝である我が町を守ると単身バギーに叶わぬ戦いを挑むブ?ドルを、ルフィは壁に叩き付ける！　死なせない為だ。バギーに思い切り「デカッ鼻っ!!!!」と叫んだルフィは、怒りを込めて放たれた“特製バギー玉”を“ゴムゴムの風船”で弾き返す!!　躍り出たバギー一味No.２参謀長カバジの剣をゾロが受ける！

ルフィの麦わら帽子がシャンクスの物と知ったバギーは、海賊見習い時代、同じ船に乗っていた赤髪との因縁を語る…。シャンクスのせいで“バラバラの実”を食べてしまい、手にした宝の地図も失ったと恨んでいた。上半身を切り離し宙に舞い上がったバギーは、自分の宝を持ち出そうとするナミを襲う！

毎朝、海賊が攻めて来たとウソを叫び、シロップ村を走り抜けるウソップ。バギーのマークを掲げた帆を張るナミの小舟に、子どもと結成したウソップ海賊団は出動する！　パチンコを向けるウソップに「ピストル抜いたからには命賭けろよ」とルフィ…。ルフィはすぐにウソップがヤソップの息子だと見抜く。

病弱なお嬢様カヤを元気づけようと心優しいウソの冒険譚を日課にしていたウソップは、ルフィ達のせいで執事クラハドールに見つかる。奴にヤソップが海賊である事を侮辱され、屋敷から追い出される一同。落ち込むウソップがルフィと海岸で見たのは、ジャンゴとカヤの暗殺を企てるクラハドールだった！

クラハドールは、３年前に処刑されたはずのクロネコ海賊団のクロだった。明日決行される計画を知ったウソップは村へ走り、海賊が攻めて来ると叫ぶ！　だが誰も信じてくれない。カヤからは平手打ちを!!　…でも大好きなシロップ村を守る為、ウソップは奴らを迎え撃ち、この件をウソにしようとする。

ウソつきが通そうとする筋を意気に感じたルフィ達は加勢する事に。ウソップは村へ入る唯一の坂道に油をまいて夜明けを待つ。だが朝になってもクロネコ海賊団は現れない。北にも上陸出来る坂道があったのだ！　急いで向かう４人だが、ゾロは油で滑って坂の下に。ルフィは道が分からず村へ出てしまう。

やっと来たルフィとゾロに一瞬でやられた部下達を、ジャンゴは催眠術で凶暴にする！　しかしルフィにも掛かり奴らは壊滅寸前！　ジャンゴは慌ててルフィを眠らせる。飛び出す切り札ニャーバン兄弟に二刀を奪われ苦戦するゾロに、刀を取ろうとナミが走るが、ジャンゴに斬られる！　そこへクロが現れた!!

なじるクロに我慢出来ず、ニャーバン兄弟が襲い掛かる！　しかしクロの強さは健在！　この場を片付けるのに５分与えられる。必死のニャーバン兄弟だが、ナミのおかげで三刀を得たゾロに一撃で敗れる。脂肪の為生き残ったブチはジャンゴの催眠術で凶暴に！　ルフィはナミに顔を踏まれて目を覚ます。

話しに来たカヤの思い出を傷付けるクロへ、ルフィのパンチが決まる！　ところがウソップ海賊団の３人が奴に連打を浴びせ、一層クロを怒らせてしまった。カヤへ向かうジャンゴに、ウソップは３人の子分へ彼女を守れと命令を下す！　そして３年前、モーガンに偽物を捕らえさせたクロの計画が語られる…。

カヤを連れて３人が逃げ込んだ林の木を切り倒し、追い詰めるジャンゴ。３人は生きる為に戦うと決意する！　ルフィに右手の刀を折られたクロは“杓死”を放った！　部下も無差別に斬り裂く奴の技に、仲間を大事に思うルフィは怒り、動きも捕らえる!!　ついにカヤは、クロへ全財産を譲る遺書を書かされる。

ゾロとの連携でウソップの“火薬星”がジャンゴに命中！　ルフィの“ゴムゴムの鐘”にクロの計画は断たれた!!　ウソップは５年間続いたウソップ海賊団を解散！　カヤはルフィ達へゴーイング・メリー号を贈り、ウソップも乗せて海へ出る。ウソップのウソには、彼の母・バンキーナの死が関わっていた。

ルフィが考えていた海賊旗のマークを、ウソップが形にしてメリー号の帆にも描く。伝説の宝島と言われる珍獣の島に麦わらの一味は上陸する。20年前に箱にハマッて取り残された海賊ガイモンに出会う。彼が見つけ守り続けて来た５つの宝箱は全てカラだった。ルフィはガイモンを仲間に誘う。

大砲の練習に沸くルフィ達の横で眠り続けるゾロ…。２話では一瞬だった、くいなとの少年時代が描かれる。道場破りのゾロの相手をしたのは、道場主コウシロウの娘くいな。彼女は強く、ゾロは修行を始める。三刀のうちの「和道一文字」は彼女の刀であり、世界一の剣豪の夢は彼女との約束であった。

殴り込んで来たジョニーはゾロの弟分の賞金稼ぎ。ウソップが大砲を命中させた岩山で、相棒のヨサクを看病していたのだ。ナミの知識でヨサクはライムを口にし回復するが、料理人の必要性を思い知り、一味は海上レストラン『バラティエ』へ行く。その日は副料理長のサンジが料理を運んでいた。

見栄を張った結果スープを粗末し、サンジに蹴り飛ばされた海軍大尉フルボディの所に、クリークの手下を逃がしたと海兵が報告する。その海兵を撃ち、現れる当人ギン。金を持たないギンはパティに殴られ追い出されるが、サンジはタダ飯を食わせてやる。それを見たルフィはサンジを仲間に誘う。

『バラティエ』にクリークが来た！　ギンに支えられ餓死寸前の奴は食わせて欲しいと懇願する。周囲の反対に構わずサンジは飯を食わせるが、息を吹き返したクリークは速攻で恩人をぶちのめす!!　しかしサンジは奴の部下100人の飯を用意しようと立つ。腹を空かしてる者には食わせてやるだけと。

『バラティエ』のオーナーが伝説の海賊ゼフと知ったクリークは、“偉大なる航路”を丸一年無傷で渡った記録「航海日誌」を要求する。情報さえ手に入れば大海賊時代の頂点に立つと言う奴の前に、ルフィが出て行く！「海賊王になるのはおれだ」　怒るクリークが売った喧嘩を、ルフィは買う。

ゼフが与えた飯でクリーク海賊団が回復した所に、ミホークが奴らを追って現れる！　その直前、アーロンの手配書を見つめるナミがメリー号を奪って行く！　ルフィの為にナミを追うゾロだったが、ミホークを見て勝負を挑む!!　ミホークは黒刀「夜」を抜かず、ペンダントにしていた短刀で受ける。

クリーク海賊団が攻めて来る。ルフィはゴムゴム全開で先制攻撃！　『バラティエ』は「ヒレ」を開いて備える。出撃した海戦兵器「サバガシラ一号」をクリークは『バラティエ』へ放り投げるがサンジが蹴り守った！　パティとカルネは初めて店へ来た時を振り返り、戦う！　そこへパール登場。

ギンがゼフに銃を突き付け、サンジに船を降りるように言う。拒む無抵抗のサンジをパールが全力で攻撃する！　意識が遠のく中、ゼフの右足を奪った９年前を思う…。伝説の海“オールブルー”を夢見るサンジがコック見習いとして働く客船オービット号に、ゼフのクック海賊団が襲撃して来た。

クリークが猛毒ガス弾『MH5』を発射！サンジを助ける為、ギンは自分の身を犠牲にしていた。仲間を殺そうとしたクリークに怒りが爆発したルフィは、クリークに突撃し、“剣山マント”ごとクリークをぶっ飛ばす！！クリークも“大戦槍”を振るい反撃する！

“大戦槍”の刃を折ったルフィだが、クリークは全身に武器を秘めていた！諦めないルフィのパンチの積み重ねが、遂にクリークが誇るウーツ鋼の鎧を砕き、ルフィのとどめの一撃が決まる。一方メリー号を奪ったナミは、涙を流し、写真に話し掛けていた。

ルフィはサンジを仲間に誘うが、サンジは店への恩義から断る。だが、伝説の海“オールブルー”への夢を抱えるサンジを旅立たせるため、食堂でコック全員でサンジのスープがまずいと一芝居を打つ。旅立ちを決意したサンジに、『バラティエ』を始めた頃が甦る。

サンジを仲間に加えたルフィたちは、“アーロンパーク”へ向ったナミを追う。アーロンとは、王下七武海の一人・ジンベエと肩を並べるほどの魚人だという。ナミに続いて一同もアーロンパークのある島へ到着するが、ゾロが作戦もなしに斬り込もうとして…。

アーロン一味から逃げるウソップは、ナミの義姉ノジコに助けられ、ナミがアーロン一味の幹部をしている理由を聞くことに。一方アーロンパークへ連れられたゾロは、アーロン一味の幹部ナミを試そうと、手足を縛られたままプールに飛び込む！

ゾロはアーロンの留守中にアーロンパークの一味を全て斬り、ウソップを助けようとココヤシ村へ。一方、アーロンパークに戻ったアーロンは、ゾロが“海賊狩りのゾロ”と知り、ナミを疑う。そしてゾロと入れ違いに捕まえられてきたウソップを刺すように命じる！

ナミがウソップを殺したと知らせるジョニー。そこにナミが現れる。怒りのゾロとナミをかばうサンジが言い争いをはじめるが、それをよそにナミはこの村のことに首を突っ込まないで去っていく。その後、ウソップが戻ってきて、ナミに助けられたと告げ…。

ルフィを除くゾロ、ウソップ、サンジは、8年前のいきさつをノジコから聞く…。自分の目で見た世界地図を作るのが夢の少女ナミは、ノジコと共に、貧しいながらもベルメールに育てられていた。ベルメールは元海兵で、ノジコとナミとは戦場で出会ったのだ。

ベルメールの家が“貢ぎ金”を要求するアーロンに見つかってしまった！独身のベルメールの“貢ぎ金”は1人分あり、命は助かるはずだった。だが、血が繋がってないからこそ、ノジコとナミをいない事には出来ず、金が足りないとアーロンに撃たれてしまう！

あと少しでアーロンから解放される金額の1億ベリー。だが、アーロンと結託する海軍大佐のネズミが、ナミの盗んだ金品の没収を告げる。みかん畑から出て来る、8年間コツコツ貯めた財宝。あまりの仕打ちに激昂したナミを止めようとして、ノジコが撃たれる！

“アーロンパーク”に乗り込んだルフィが、アーロンを一発ぶっ飛ばす！続いて踏み入るサンジ、ウソップ、ゾロ。だが、ルフィが“ゴムゴムの風車”を試し、その足が抜けなくなったため、アーロンは石を切り取りルフィをプールへ投げ込む！

ゾロはミホークに受けた傷が深く、ハチとの戦いの中立つのもやっとの状態。サンジも魚人空手40段のクロオビに手を焼いていた。ルフィはかろうじてゲンゾウとノジコに息ができる状態だった。ゾロは、ヨサクとジョニーから刀を借りて、三刀流に戻る！

ルフィを救おうと海に飛び込んだサンジだが、クロオビの一撃を食らい呼吸に苦労する！水中では魚人が圧倒的に有利。だが女性を守る自分の騎士道を侮辱されたサンジは、クロオビのエラに息を吹き込んで逆に相手の呼吸を止めて逃れ、闘いの場を地上に移す！

ナミはアーロンに戻るよう選択を迫られるが、ルフィを信じ、村人の命と共に奴と最後まで戦うと宣言！ゾロが傷を露わにされながらもアーロンを足止めし、サンジがプールへ飛び込みルフィの石を蹴り砕き、水から自由になったルフィが復活した！！

ルフィはアーロンの歯を折るが、それは何度でも生え変わる“歯＜トゥース＞ガム”。両手に歯を持ってルフィに襲い掛かって来る！加えてアーロンは一度海に入り、海から飛び出す“鮫＜シャーク＞・ON・DARTS”を繰り出すが…。

アーロンがナミを道具のように扱い海図を描かせて来たと、ルフィは知る。ナミにとって“居たくない居場所”である部屋を壊しはじめるルフィ。ルフィは“ゴムゴムの斧”を振り下ろし、アーロンごと踏み抜き、“アーロンパーク”を崩壊させる！！！

アーロンからの解放を喜び、島はお祭り騒ぎ！ルフィは食べ続け、ゾロはDr傷の手当てをしてもらう。ナミは墓前でベルメールに報告する。そして村を去る前にDr.ナコーにナミは、アーロンの刺青を消し、新しい刺青を頼む。それはみかんと風車で…。

麦わらの一味になったナミは、新聞から落ちたルフィの手配書を見る。賞金は3千万ベリー！海軍ではルフィたちの捕縛への動きが活発になり。医者を目指し始めたカヤは写真に写り込むウソップに喜ぶ。そして、これまで出会った人々も記事を目にしていた。

バラバラのボディパーツの大部分をナミに奪われ、ルフィにオレンジの村から弾き飛ばされたバギーは、孤島にいた！復讐に燃えてイカダで海に出るが、小さいままでは魚や鳥にも命懸け。珍獣の島でガイモンと出会い、2人は酒を酌み交わし意気投合するが…。

オレンジの村を追われたバギー以外のバギー一味は、バラバラパーツを回収しつつ、ビッグトップ号で逃げていた。クマテ族の島でバギーの葬式を済ませると、次期船長の座を巡りモージとカバジが一騎打ち！戦いは意外な決着を迎えるが…。

麦わらの一味はそれぞれの買物のためにローグタウンへ上陸。ルフィはゴールド・ロジャーの処刑台に向かう。ゾロがミホークに折られた二刀の代わりを探していると、くいなにそっくりの女性に出会う。一方で、海軍基地にはルフィたちの情報が届けられていて…。

自分を逮捕しようとするスモーカーに対し、ルフィは技を失敗、吹っ飛んでしまう。ゾロはたしぎに連れられ眼鏡の償いに海軍で掃除をするが、海兵に正体がバレて飛び出す。その後、武器屋でたしぎと再会。そこでゾロは妖刀“三代鬼徹”を手にするが…。

ウソップは欲しかったスナイパーゴーグルを、少女キャロルに先に買われてしまう。ウソップは自分は3千万ベリーの賞金首だとウソをついてすごむが、彼女の父はダディ・マスターソン。スモーカーの元同期で、有名な銃使いの賞金稼ぎだった。

“東の海＜イーストブルー＞”No．1コックになる為、評判の腕利き料理人たちに挑んで来たカルメン。しかし『バラティエ』の副料理長こそが一番と聞き、サンジに挑戦する。料理コンテストの賞品・海の宝石エレファント・ホンマグロをかけた勝負がはじまる！

やっと処刑台に登ったルフィは、海賊王が最後に見た景色を眺める。そこへアルビダとバギー一味が襲い掛かる！海賊全員を包囲しようとするスモーカー率いる海軍が見守る中、カバジがルフィを抑え込みバギーが処刑しようとするが…。

ナミが感じた通り嵐になったローグタウン。海軍がバギー、アルビダを捕獲後、メリー号を沈めにかかる。たしぎはゾロに挑み、スモーカーはルフィを阻む。海軍に手こずるサンジに、ウソップが加勢。果たして麦わらの一味は無事出航できるのか？

嵐が去り、晴れた海に、魚だと思ってとルフィが腕を伸ばしてつかんだもの、それは見知らぬ少女だった。アピスという名のその少女は、嵐を利用して海軍の船から逃げ出していた。ルフィ達は進路を少し変えて少女の故郷の軍艦島へ送っていく事にするが…。

“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号だが、海王類のくしゃみで無事脱出し、軍艦島へ到着。長老ボクデンの家で歓迎を受ける。軍艦島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、海軍の狙いは“竜骨”という不老不死の妙薬だという。

海軍艦隊が軍艦島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィはリュウ爺を乗せる荷車を作り、“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。

エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追うことで“竜骨”に辿り着こうと考える。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。ふとしたことからリュウ爺はロストアイランドの位置を思い出した。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。

“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックが現れたのだ！

船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃する海軍！ルフィたちが応戦する中エリックはリュウ爺とアピスをボートで奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピス人質にとるエリックだが、起き上がったリュウ爺が翼を広げ…！

リュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。リュウ爺の最期の呼び声に応えて、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来したのだ。だが、リュウ爺は、目を閉じ…。

あくまで不老不死のために“竜骨”を欲しを求めるエリック。“竜の巣”を守りたいというアピスの願いを叶え、彼女を守るというリュウ爺との約束を果たすためルフィはエリックと戦い勝利する！“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してメリー号は進む！