겁 많은 코비는 어느 날 우연히 해적선에 납치된 뒤, 도망갈 엄두도 못 낸 채 갖은 잡일을 하며 하루 하루를 보내게 된다. 그러다 우연히 커다란 술통과 맞딱뜨리게 되는데 그 안에 있던 것은 다름 아닌 루피! 천하 태평해 보이는 루피는 스스로 해적왕이 되겠다고 말하며 자신이 하고 싶은 일을 위해서는 목숨을 걸 수도 있어야 한다는 명언을 던진다. 이에 고무된 코비는 알비다와 대항할 용기를 얻고 작은 배에 몸을 싣고 바다로 향한다.

해적이 되기로 결심하고 그에 적합한 동료 영입 작전에 돌입한 루피. 첫 번째 후보는 악명 높기로 소문난 현상금 사냥꾼 롤로노아 조로. 그가 잡혀 있다는 해군 기지에 도착한 코비와 루피. 포박을 풀어줄 테니 함께 해적이 되자는 루피의 제안을 일언지하에 거절하는 조로. 스스로 악당이 되기는 싫다며 굳이 처형장에 붙잡혀 있기를 고집하는 조로, 과연 조로에게는 어떤 사연이 있는 걸까?

헤르메포와의 약속을 믿고 금식으로 한 달을 채우려 한 조로. 그러나 다음 날 자신이 처형될 거라는 사실을 듣고 해적이 되기로 결심하는 조로. 해군에 둘러싸인 조로와 루피. 그러나 루피가 고무고무 인간임을 알게 된 해군들은 겁에 떤다. 이를 본 모건은 힘으로 루피를 제압하려 하지만 역부족으로 당하고 만다. 폭군 휘하에 있던 마을은 평화를 되찾고, 코비는 해군에 입대를 허락 받았으며 조로와 루피는 해군 결성 이후 첫 출항에 나선다.

어릴 적, 해적두목인 샹크스를 동경하며 따라다니던 어린 루피는 그가 가지고 있던 이상한 열매를 먹고 고무고무 인간이 된다. 그 뒤 겁 없이 샹크스 해적단에게 시비를 걸던 산적 두목에게 대들다 인질로 잡혀 바다에 빠지는 루피. 루피를 구하려던 샹크스는 바다 괴물에게 팔 한쪽을 잃고 만다. 꼭 멋진 해적이 되겠다는 루피에게 약속의 상징으로 샹크스는 자신이 소중히 아끼는 밀짚모자를 벗어주며 떠난다.

첫 출항에서 새를 잡으려다 오히려 새에게 붙잡혀 낯선 마을에 떨어진 루피. 해적 버기 선장의 지도를 훔쳐 달아나던 나미와 우연히 맞딱뜨리는 루피는 항해사 자격으로 동료가 돼 달라고 부탁한다. 그러나 해적을 증오하는 나미는 일언지하에 거절한다.

버기 선장 부하들에게 쫓기는 나미는 위기 탈출을 위해 루피와 거래를 하고, 버기 선장에게 데려간다.

영문을 모른채 버기 선장의 인질이 된 루피.

때마침 루피를 구하러 온 조로는 버기 선장과의 혈투에서 큰 부상을 입게 되는데...

버기 선장과의 싸움에서 겨우 살아 도망친 루피 일행.

큰 부상을 입은 조로는 마을 촌장의 도움으로 휴식을 취하고, 루피는 여전히 우리에 갇힌 채 길에서 우연히 슈슈라는 개와 마주친다.

촌장의 죽마고우였던 슈슈의 주인은 이미 병으로 세상을 떠났지만 주인과의 의리가 깊은 개 슈슈는 주인이 운영하던 애완동물 가게를 떠나지 못하고 지키며 주인을 기다린다.

이를 알 리 없는 버기 해적단의 새로운 악당 모디는 슈슈가 지키던 가게를 파괴하고, 이에 분개한 루피가 모디와 한판 대결을 벌이게 된다.

버기 해적단의 또 다른 멤버 캐버디! 검객을 자칭하는 캐버디는 조로의 상저를 보고, 비겁한 짓을 일삼지만 조로의 실력 앞에 무릎을 꿇는다. 부상이 심한 조로는 나가떨어지고, 드디어 버기와 루피의 대결!

그러나 버기는 루피의 소중한 모자를 망가뜨리고, 그 과정에서 버기와 샹크스가 같은 배에 탔던 해적 시절 과거 이야기를 듣게 되는데…

젊은 해적단 시절. 샹크스와 동료였던 버기. 우연히 전리품 중 하나였던 악마의 열매를 훔친 버기. 악마의 열매는 초능력을 주는 대신 해적으로선 치명적인 수영을 못하게 한다는 전설 때문에 먹지 않고 팔 욕심을 내는 버기. 그러나 샹크스 때문에 계획치 않게 열매를 먹게 된 버기는 샹크스를 저주하기 시작한다. 한편 버기의 보물을 훔쳐 달아나던 나미는 버기에게 들키고, 루피와 함께 버기를 물리친다. 이로서 루피, 조로, 나미는 한 팀을 이뤄 항해를 떠나게 되는데...

조용한 바닷가 마을. 양치기 소년처럼 늘 해적이 나타났다고 뻥을 치는 우솝. 비록 거짓말로 하루 일과를 삼지만 그의 꿈은 멋진 해적단 두목. 현재 그를 따르는 부하라곤 피망, 양파, 당근... 이라는 이름의 꼬마 소년 셋. 우연히 배를 구하러 상륙한 루피 일행과 마주치며 한바탕 소동이 벌어진다. 그 와중에 우솝이 샹크스 해적단 일원인 야솝의 아들임을 알아차리는 루피. 과연 루피는 원하는 배를 얻게 될까?

병약한 카야 아가씨를 위해 허풍스런 얘기들로 기운을 돋구어주는 우솝. 그러나 우솝을 눈엣가시로 생각하는 집사 클래허들은 번번히 우솝을 조롱한다. 그러던 중 우연히 마을 절벽에서 클래허들과 수상한 남자의 밀담을 엿듣게 되는 루피와 우솝. 그들의 꿍꿍이는 다름아닌 사고를 위장해 카야를 없애고 그녀의 재산을 상속 받기 위한 계략이었다. 과연 우솝과 루피는 그들의 계략을 어떻게 막아낼까?

카야의 상속재산을 위해 3년간 집사 노릇을 한 클래허들이 드디어 수하들을 모아 작전개시에 돌입하려 한다. 우연히 계획을 엿들은 우솝과 루피. 우솝은 마을사람들과 카야에게 사실을 알리지만 아무도 믿어주지 않는다. 팔에 총상까지 입은 우솝이지만, 물러서지 않고 혼자서라도 해적단을 물리치고 마을을 구하고자 한다. 루피 일행은 우솝의 진심에 감동해 함께 싸우기를 약속한다.

드디어 D-데이! 마을로 통하는 비탈길에 잔뜩 기름칠을 하고 기다리는 루피 일행. 그러나 장고 일행이 반대편 북쪽 바닷가로 상륙했다는 사실을 알고 급히 달려간다. 그러나 가장 먼저 달려간 루피는 길을 잃고, 조로는 우솝이 칠해놓은 기름바닥에 넘어져 꼼짝을 못하고 나미와 우솝이 장고 일행과 맞딱뜨리고 만다. 해적들이 마을로 들어가는 것만은 막고자 필사의 노력을 다하는 우솝이지만 역부족이다. 과연 해적들을 막을 수 있을까?

장고와 그의 일당 앞에 마침내 모습을 드러낸 루피와 조로! 전세는 단번에 역전. 상상을 초월하는 적의 출현에 초토화가 된 장고 일행. 장고는 특기인 최면술로 부하들을 강하게 고취시키고자 하지만 어이없게 또 최면술에 걸려 잠이 들고 마는 루피. 때마침 배에서 들려온 장고의 히든 카드, 고양이 형제. 겉으론 우스꽝스런 형제지만 알고 보니 강한 적. 눈깜짝할 사이에 검을 뺏긴 조로는 코너에 몰리고 마는데....

갑자기 장고 배에서 나타난 샴, 푸치 형제와의 싸움에서 칼 두 개를 빼앗긴 조로는 궁지에 몰린다. 보다 못한 나미가 칼을 건네주려다 장고의 공격에 어깨를 다치고, 겨우 틈을 노려 루피를 잠에서 깨우는데 성공. 때마침 바닷가로 달려온 카야는 자신이 믿고 따르던 집사가 해적이라는 사실에 슬퍼하며 품에서 꺼낸 총을 클래허들을 향해 겨눈다.

크로와 루피의 정면 대결. 때마침 등장한 우솝 해적단 꼬마들. 우솝은 카야와 부하들을 지키기 위해 도망치라고 명령한다. 그러나 그 뒤를 장고가 쫓고, 조로는 중상을 입은 우솝을 업고 카야 일행을 도우러 숲으로 간다. 크로는 루피와의 대결에서 자신이 왜 이토록 잔인한 계획을 세웠는지 털어놓는다. 과거, 해적질에 신물이 난 크로는 장고의 최면술로 모건 해군과 부하 한 명에게 모종의 계략을 꾸몄는데, 과연 그 진실은 무엇일까?

카야는 우솝해적단 아이들의 도움을 받아 숲속으로 도망치지만 뒤쫓아오던 장고에게 결국 붙잡히고 만다. 카야를 지키려는 아이들까지 위험해지자, 카야는 아이들을 살려주는 조건으로 전재산을 넘긴다는 유서를 쓰기로 결심한다. 한편 캡틴크로는 자신이 살아있다는 사실을 숨기기 위해 부하들에게까지 무자비하게 칼날을 휘두르고, 이를 본 루피는 분노한다!

잔인한 클래허들에게 분노한 루피는 한 방에 클래허들을 쓰러뜨리고, 우솝 또한 멋진 새총 솜씨로 장고를 물리치며 위기에 처한 카야를 구한다. 싸움이 끝난 후 우솝은 진짜 해적이 되기로 결심하고 아이들 앞에서 우솝해적단 해체를 선언한다. 카야의 선물로 드디어 그럴듯한 해적선을 갖게 된 루피 해적단은 새로운 동료 우솝과 함께 다시 바다로 나간다.

우솝과 함께 항해에 나선 루피 해적단은 나미의 말에 따라 전설의 보물섬에 상륙한다. 이 섬에 들어온 사람은 모두 신의 분노를 사서 목숨을 잃게 된다는 소문대로, 괴상한 동물들이 우글거리는 가운데 어디선가 이상한 목소리가 들려온다. 자칭 보물섬의 수호신이라고 하는 이 목소리는 당장 섬을 떠나라고 위협하지만, 협박이 통하지 않는 루피 때문에 결국 정체를 들키고 만다.

루피와 우솝이 대포 사격 연습을 한다고 떠들고 있을 때, 조로는 홀로 옛 생각에 잠긴다. 조로는 어릴 적 자신이 강하다는 자만심에 검도 도장에 도전장을 내밀었다가, 사부의 딸인 쿠이나에게 지고 만다. 아무리 연습해도 쿠이나는 절대 넘을 수 없는 산처럼 다가오고, 그럴수록 조로는 더욱 치열하게 연습한다. 누가 세계 제일의 검객이 되는지 시합하자던 쿠이나가 사고로 세상을 뜨자, 조로는 그녀의 몫까지 더 강해지겠다고 울며 맹세한다.

루피 일행은 주방장을 구하기 위해 죠니가 가르쳐준 해상레스토랑 발라티에로 향한다. 그런데 해군에서 날아온 포탄을 루피가 잘못 튕겨내 레스토랑에 구멍을 내놓고 만다. 주방장 제프는 루피에게 1년 동안 무보수로 일을 해주면 용서하겠다고 한다. 한편, 해군대위 풀보디는 부주방장 상디를 골탕먹이기 위해 일부러 레스토랑에서 소란을 피우는데…

요리사들은 해군대위 풀보디에게 계속 덤벼드는 상디를 말리느라 정신이 없는데, 이때 옥신각신하던 루피와 제프까지 천정에서 떨어져 레스토랑은 한바탕 소동이 벌어진다. 한편 해군에 체포됐던 클리크 해적단의 전투대장 깅이 나타나 음식을 달라고 하자, 요리사 파티는 돈이 없으면 손님이 아니라며 내쫓아버린다. 하지만 한참을 굶어 쓰러지기 직전인 그의 모습에 상디는 밥 한 그릇을 내밀고, 이를 본 루피는 상디를 동료로 삼겠다고 결심한다.

루피가 해상레스토랑의 잔심부름을 하게 된 지도 나흘. 안개 속에서 클리크 해적단의 깃발을 단 배 한 척이 레스토랑 쪽으로 다가온다. 무슨 일인지 배는 다 망가졌고, 그 악명 높은 해적두목 클리크는 제발 먹을 걸 달라며 레스토랑에 들어와 머리를 숙인다. 그의 악명을 익히 들어온 요리사들은 음식을 줄 수 없다고 버티지만, 상디는 음식을 갖다준다. 음식을 먹고 기운을 차린 클리크는 갑자기 상디에게 덤벼드는데…

제프의 과거를 알고 있던 클리크는 위대한 항로의 항해일지를 내놓으라고 협박하지만 제프는 눈도 꿈쩍 안 한다. 클리크는 제프가 건네준 식량을 갖고 배로 돌아가며, 살고 싶으면 자기가 돌아오기 전에 배를 버리고 달아나라고 한다. 그러나 요리사들은 레스토랑을 포기할 순 없다며 싸우겠다고 결심한다. 음식을 먹고 기운을 차린 클리크의 부하들이 마침내 쳐들어오는데, 이때 누군가 클리크의 배를 두 동강 내버린다.

나미가 혼자 배를 갖고 달아났다는 걸 안 루피는 조로와 우솝에게 뒤쫓아가서 데리고 오라고 하는데, 바로 그 때 조로가 찾던 세계 최강의 검객 미호크가 나타난다. 마침내 벌어진 조로 대 세계 제일의 검객의 결투! 미호크는 마치 어린애 다루듯 조로의 공격을 작은 단도 하나로 가볍게 막아낸다. 조로는 세계 최강의 실력이 어떤 것인지를 깨달으며 절망하지만 결코 물러서지 않는다.

마침내 레스토랑으로 쳐들어온 클리크 해적단. 요리사들은 유일하게 자신을 받아준 가게를 빼앗길 수는 없다며 목숨을 걸고 레스토랑과 제프 지키기에 나선다. 하지만 철벽사나이 파알의 불 공격에 모두 속수무책으로 당하기만 하는데 이때 상디가 멋진 발차기로 파알을 제압, 상황은 역전된다. 그러나 어느 새 깅은 제프를 인질로 잡고 위협하기 시작하는데…

어린 상디는 언젠가 꼭 올블루라는 전설의 바다를 찾겠다고 결심하지만 모두 그런 상디를 비웃는다. 상디가 탄 배에 붉은 발의 제프 해적단이 쳐들어오자 상디는 제프에게 덤벼들지만, 폭풍우가 불어와 바다에 빠지고 만다. 제프 역시 상디를 구하기 위해 바다로 뛰어들고 둘은 작은 바위섬에 고립된다. 제프는 큰 보따리는 자기 것이라며 상디에게 작은 보따리에 든 식량을 건네준다.

깅은 파알이 상디를 공격하자 자기도 모르게 파알을 쓰러뜨리고 만다. 생명의 은인만큼은 자기 손으로 해치우겠다며 깅은 본격적으로 상디를 공격하기 시작하는데, 파알과의 싸움에서 입은 상처 때문에 상디는 결국 맥없이 쓰러진다. 하지만 마지막 일격을 남겨둔 깅은 끝내 눈물을 흘리며 자신은 도저히 상디를 없앨 수 없다고 외치고 만다. 화가 난 클리크는 독가스탄을 발사한다.

자기 방독면을 루피에게 양보한 깅은 목숨이 위험해지지만 클리크는 이런 깅을 조롱한다. 분노한 루피는 드디어 클리크와 일대 격전을 벌이게 된다. 온갖 무기와 가시망토로 무장한 클리크는 루피의 무모한 공격을 비웃지만, 곧 루피의 주먹에 나가 떨어지고 만다. 마침내 클리크는 무시무시한 위력의 무기 대전창을 꺼내드는데, 루피도 이에는 맞서기가 쉽지 않다.

클리크는 갖가지 무기로 루피를 공격해오지만, 두려움을 모르는 루피의 끈질긴 공격에 결국 무릎을 꿇고 만다. 그러나 클리크가 던진 철망에 갇힌 루피는 바다 밑으로 가라앉아 버리고, 상디는 서둘러 바다 속으로 뛰어든다. 한편 자신이 졌다는 충격에 이성을 잃은 클리크는 마구 발악하기 시작하는데, 이때 깅이 주먹으로 클리크를 기절시킨다.

루피에게 올 블루에 대해 설명하며 즐거워하는 상디를 보고 제프는 미소짓는다. 식사시간, 요리사들이 상디의 요리가 형편없다며 시비를 걸고 제프까지 이에 동조하자 화가 난 상디는 밖으로 뛰쳐나간다. 하지만 이 모든 것이 상디를 보내주기 위한 동료들의 연극이란 사실을 알게 된 상디는 고민하기 시작하는데, 이때 요삭이 나타나 루피에게 빨리 떠나자고 한다.

루피와 상디가 요삭의 안내로 나미를 쫓아 인어해적 아론의 소굴로 가고 있는 동안, 우솝과 조로, 죠니는 아론의 해적섬에 도착한다. 해변을 지키는 인어들을 보자 우솝과 죠니는 달아나 버리고 조로 혼자 인어들에게 잡혀 소굴로 끌려가는데, 놀랍게도 아론 곁에는 그들과 한 패인 나미가 버티고 서있다. 한편 인어에게 쫓기던 우솝은 노지코라는 낯선 여자의 공격을 받는데…

우솝은 나미의 언니인 노지코로부터 나미의 정체에 대해 듣게 되는데, 이때 아론이 코코야시 마을에 나타난다. 아론은 무기를 가졌다는 이유로 겐조를 협박하는데, 이를 보다 못한 우솝이 아론을 공격하는 바람에 겐조의 목숨은 구하지만 우솝은 인어들에게 쫓기는 신세가 된다. 한편 아론이 외출한 사이 나미는 갇혀있던 조로의 밧줄을 풀어주며 달아나라고 한다.

아론을 공격하고 도망치던 우솝은 결국 인어에게 붙잡혀 아론파크로 끌려가고, 같은 시각 아론의 부하들을 쓰러뜨린 조로는 우솝을 찾아 코코야시마을로 향한다. 한편 소굴로 돌아와 동료들이 쓰러져 있는 걸 본 아론 일당은 나미를 의심하는데, 이 위기에서 벗어나기 위해 나미는 잡혀온 우솝을 쳐서 바다 속으로 빠뜨려 버린다.

우솝이 나미에게 당했다는 죠니의 말에도 루피는 전혀 동요하지 않고 낮잠을 자는데, 이때 우솝이 나타나 진실을 밝힌다. 괴로운 나미는 노지코를 찾아가 솔직한 심정을 털어놓고, 노지코는 루피 일행을 만나 사정을 얘기해줄 테니 섬에서 떠나달라고 한다. 한편 아론과 손을 잡고 있는 해군대령 네즈미가 나타나 나미의 집이 어디인지 묻는다.

8년 전, 어린 나미와 노지코는 양어머니 벨메일과 함께 가난하지만 행복하게 살고 있었다. 마을의 소문난 악동이었던 벨메일이 어린애를 둘이나 키우며 씩씩하게 살아가는 모습을 마을 사람들도 사랑으로 지켜봐 주고 있었다. 그러나 어느 날 인어해적단 아론일당이 마을을 습격하여 돈을 요구하자, 사람들은 마을 끝에 있는 벨메일의 집만이라도 들키지 않기를 바라는데…

마을 사람들은 세 사람 몫의 공납금이 없는 벨메일을 살리기 위해 나미와 노지코에게 몰래 섬을 떠나라고 한다. 하지만 벨메일은 자기 목숨 대신 아이들을 선택하고 만다. 어린 나미는 아론의 지배에서 벗어나려면 그들과 손을 잡을 수 밖에 없음을 깨닫고 혼자서 싸워나가기로 결심한다. 그로부터 8년 후, 마지막 항해를 나가려던 나미 앞에 해군 대령 네즈미가 나타나 그동안 모아온 1억 베리를 내놓으라고 협박한다

해군 대령 네즈미는 훔친 물건이라는 이유로 나미의 1억 베리를 몰수한다. 이것이 아론의 계략임을 깨달은 나미는 아론에게 달려가지만, 오히려 네가 달아나면 마을 사람들을 모두 없애버리겠다는 협박만 당할 뿐이다. 한편 마을 사람들은 죽음을 각오하고 아론일당에게 도전하기로 결심하고, 모든 희망이 사라져 울부짖던 나미는 마침내 루피에게 도와달라고 한다.

마침내 루피는 아론파크로 쳐들어간다. 핫짱은 바다소 모무를 불러내지만, 루피는 바닥에 발을 박아 넣어 몸을 고정시킨 후 아론의 부하들을 한꺼번에 죄다 날려 버린다. 그러나 한번 바닥에 끼인 발은 빠질 생각을 않고, 이를 눈치챈 아론은 헤엄을 못 치는 루피를 바다에 던져버린다. 바다 속에서는 인어들을 당할 수 없는 조로와 상디는 이들 일당을 모두 쓰러뜨린 후 루피를 구하러 갈 수밖에 없는 상황인데…

문어 핫짱과 맞붙은 조로는 미호크와의 싸움에서 다친 상처가 덧나 위기를 맞게 되지만, 정신력으로 핫짱이 휘두르는 여섯 개의 검을 막아내는 데 성공한다. 루피의 목숨이 걱정된 상디는 위험을 무릅쓰고 물 속으로 뛰어들지만, 쿠로비가 따라 들어가 상디에게 공격을 가한다. 한편 루피를 구하기 위해 몰래 물 속으로 들어갔던 노지코와 겐조는 돌을 깰 수가 없자 묘안을 짜낸다.

바다에 들어간 상디는 쿠로비의 방해로 루피를 구하지는 못 하지만 루피가 살아있음을 확인한다. 쿠로비는 물 속에선 힘을 쓸 수 없는 상디에게 무차별 공격을 퍼붓지만 가까스로 물 밖으로 빠져나온 상디는 순식간에 쿠로비를 쓰러뜨려 버린다. 한편 열심히 달아나던 우솝은 기절한 척 하여 인어 츄에게서 벗어나지만, 비겁한 자신의 모습을 깨닫고 다시 싸울 것을 결심한다.

아론은 나미에게 다시 아론일당으로 돌아오면 코코야시마을 사람들은 살려주겠다며 자신과 루피 일행 중 한 쪽을 선택하라고 한다. 그러나 나미는 다 함께 싸우다 죽는 쪽을 선택하고, 마을 사람들 역시 이에 찬성한다. 한편 상디가 루피를 구하기 위해 바다로 들어간 동안 아론과 맞서 싸우던 조로는 위기에 처하게 되는데…

다시 살아난 루피는 드디어 아론과 싸우게 된다. 아론의 강한 이빨에 쩔쩔 매던 루피는 꾀를 내어 그의 이빨을 부러뜨리는 데 성공하지만, 상어 인어인 아론의 입에서는 더욱 강한 이빨이 돋아난다. 루피의 ‘고무고무 그물’ 공격에도 끄떡 않는 아론을 피해 아론파크 안으로 들어간 루피는 우연히 나미의 방에 들어가게 된다.

나미의 측량실에 들어간 루피는 그동안 나미가 강제로 그려야 했던 해도뭉치며 책상 등을 밖으로 내던지고, 이를 지켜보던 나미는 끝내 울먹인다. 분노한 루피의 주먹에 아론은 맥없이 무너지고, 루피는 나미에게 ‘넌 우리의 동료’라고 외친다. 한편 싸움이 끝나자 네즈미 대령은 아론의 재산을 차지하려다 실패하자, 해군 본부에 루피가 흉악범이라고 보고한다.

아론의 지배에서 벗어난 섬사람들은 사흘 밤낮으로 잔치를 벌이며 기뻐하는데, 나미가 진짜 해적이 되어 떠날 것을 아는 겐조는 걱정이 앞선다. 나미는 의사에게 어깨에 새겨져 있던 아론일당의 상징 대신 귤과 바람개비 그림을 새로 그려달라고 한다. 마침내 루피 일행이 떠나는 날, 마을 사람들은 나미에게 작별인사를 하기 위해 항구에 모이지만 나미는 아무런 인사도 없이 훌쩍 배로 뛰어오른다.

해군 본부에서는 쟁쟁한 해적들을 물리친 루피에게 현상금 3천만베리를 걸고, 이 사실은 곧 동쪽바다 전역에 알려진다. 루피와 우솝, 상디는 자신들이 유명해졌다며 기뻐하고, 나미와 조로는 앞으로의 여행이 더욱 험난해질 것을 예감한다. 한편 매의 눈 미호크는 루피의 현상수배 전단을 상크스에게 전해준다.

루피일행이 한가하게 항해를 계속하고 있을 무렵, 머리와 발만 남은 버기는 복수를 꿈꾸며 작은 뗏목에 의지해 바다로 나서지만 물고기와 새에게까지 쫒기는 신세가 된다. 새에게 먹힐 뻔한 위기를 넘긴 버기는 우연히 가이몬의 섬에 도착하는데, 버기를 밀렵꾼으로 오해한 가이몬은 당장 섬을 떠나라고 협박한다. 결국 버기와 가이몬은 한바탕 싸움을 벌이게 되는데…

버기 선장을 찾지 못한 부하들은 작은 섬에서 버기선장의 몸통을 모아 무덤을 만들어주기로 한다. 그러나 곰발바닥족이라는 원주민들의 공격에 모두 포로가 되고 만다. 우연히 자신의 해적선을 보고 섬에 상륙했던 버기는 쓰러져 있는 캐버디와 모디를 발견하고, 부하들 구출작전에 나선다. 마침내 잃어버린 몸통도 되찾고 부하들도 구해낸 버기는 루피에 대한 복수를 다시 한번 다짐한다.

로그타운에 도착한 일행은 각자 필요한 물건을 사러 가고, 루피는 골드로저가 처형당했다는 곳을 찾아 나선다. 도중에 길을 잃은 루피는 골드로저라는 간판이 붙은 가게에 들어갔다가, 그에 관해 알고 있는 한 노인을 만나게 된다. 한편 로그타운의 해군기지에도 루피의 수배전단이 도착하고, 악마의 열매 능력자라는 소문이 있는 해군대령 스모커는 루피가 나타나기만을 기다린다.

검을 사려던 조로는, 쿠이나를 빼닮은 해군상사 타시기의 도움으로 명검이라는 무림삼검과 설검을 손에 넣게 된다. 처형대에서 스모커 대령을 만나 싸우게 된 루피는 공격이 실패하여, 하늘 높이 날아가 버린다. 스모커 대령은 루피의 엉뚱한 행동에 황당해 하며, 다시 나타날 때를 기다린다. 한편 루피를 찾으려는 버기의 노력은 계속되는데…

고글을 사려던 우솝은 캐롤이라는 여자애와 시비가 붙게 된다. 그런데 알고 보니 캐롤의 아버지는 그 유명한 ‘총잡이 아빠 대디’! 그는 촉망받는 해군 소위였지만, 지금은 피라미 해적들만 전문으로 상대하는 현상금 사냥꾼이 되어 있다. 얼떨결에 대디와 결투를 하게 된 우솝은 도중에 도망을 치는 비겁한 모습을 보인다. 하지만 우솝이라는 이름을 들은 대디는 야솝과의 추억에 대해 털어놓는데…

시장 구경을 하던 상디는 바다의 보석이라 불리는 기적의 물고기 코끼리 다랑어를 보고는 흥분한다. 생선이 탐난 상디는 요리대회 우승자에게 줄 상품이라는 말에 대회에 출전하기로 한다. 그런데 대회장에는, 상디와 요리 실력을 겨뤄보기 위해 10년이나 찾아다녔다는 정체불명의 여자 카르멘이 기다리고 있다.

드디어 복수를 감행하는 버기와 알비다! 처형대를 구경하던 루피는 캐버디에게 붙잡혀 자신이 처형당할 위기에 처한다. 이를 알게 된 조로와 상디는 급히 달려오지만 루피를 구하기에는 시간이 부족하다. 루피는 모든 걸 체념하고 웃으며 동료들에게 마지막 인사를 하는데, 이때 처형대에 번개가 떨어져 루피는 목숨을 구하게 된다.

골드로저의 사형 당한 곳을 구경하러 갔던 루피는 광대 버기한테 붙잡혀서 목숨을 잃을 뻔하지만 때마침 내리친 번개 덕분에 목숨을 구한다. 루피가 기적적으로 살아나는 장면을 지켜보던 스모커대령은 위대한 항로로 들어갈 꿈에 부풀어 뛰어가던 루피에게 자기를 쓰러뜨리기 전에는 절대로 못 간다며 공격을 퍼 붓는다.

해군 함정에 갇혀 있다가 어렵게 탈출한 아피스는 며칠 동안 바다를 표류하다가 루피에 의해 구조된다. 루피 일행을 나쁜 해적으로 오해한

아피스는 입을 굳게 다물지만 사실을 알고는 고향인 군함섬으로 돌아가고 싶다고 털어놓는다. 한편 아피스를 놓쳐버린 해군들은 온 바다를 수색하고 마침내 고잉메리호에 타고 있는 아피스를 발견하는데....

아피스 덕분에 침묵의 바다를 무사히 빠져나온 고잉메리호는 마침내 군함섬으로 향한다. 해적선에서 내리는 아피스를 경계하는 눈으로 쳐다보는 마을 사람들! 하지만 보쿠덴 할아버지만은 아피스와 루피 일행을 반갑게 맞아주시고는 저녁식사에 초대한다. 해군이 아피스를 노리는 이유를 물어보자 할아버지는 수만년 전 천년용이 살았다는 잃어버린 섬에 대해서 이야기를 들려주시는데....

우솝의 반대에도 불구하고 루피 해적단은 류지를 잃어버린 섬까지 데려다 주기로 결정한다. 우솝과 조로는 배를 가지러 항구로 떠나고 루피와 상디는 류지를 태울 뗏목을 만드는데, 해군과 에릭이 들이닥쳐 불로장생의 묘약인 류지를 내놓으라고 위협한다. 그 때 우솝과 조로가 도착하고 루피와 나미는 류지를 태우고서 배가 정박해있는 해안을 향해 달리기 시작한다.

무사히 군함섬을 탈출한 아피스와 루피 해적단은 잃어버린 섬을 향해서 힘찬 출발을 시작한다. 하지만 잃어버린 섬이 어딘지 기억을 못하는 류지는 계속 잠만 자다가 루피가 실수로 쏟은 죽냄비를 뒤집어쓰고는 문득 잃어버린 섬이 군함섬 동쪽에 위치했었다는 사실을 떠올린다. 이 얘기를 들은 루피와 친구들은 즉시 동쪽으로 향하는데, 그 뒤를 따르는 추적자가 있었으니…

해군들을 따돌리고 겨우겨우 도착한 잃어버린 섬! 지금은 사람들이 살았던 흔적만 곳곳에 남아있을 뿐 텅 비어있는 상태. 새들의 도움으로 용 그림이 새겨져 있다는 건물에 도착하지만 류지은 낯설어 하기만 하고 또한 건물 천장에 그려져 있는 지도대로라면 이곳은 네스카 할아버지께서 말씀하신 왕들이 다스렸던 땅이고 진짜 잃어버린 섬은 바로 군함섬이다.

군함섬으로 되돌아가던 고잉메리호는 넬슨 제독이 이끄는 무적 함대에 포위되는 진퇴양난의 위기에 빠진다. 루피와 조로 상디는 포위망을 뚫기 위해 적진에 뛰어들고 그 틈을 타고서 접근한 에릭은 아피스를 인질로 삼아 류지를 가로채 간다. 류지를 지키기 위해 필사적으로 덤비는 아피스를 에릭은 힘으로 위협하고 이를 본 류지는 마지막 힘을 다해서 하늘로 날아오른다.

류지를 잡기 위해 넬슨 제독은 대포 발사를 명령하고 이를 보고 분노한 루피는 넬슨 제독이 탄 배를 침몰시킨다. 넬슨 제독 마저 물에 빠지자 겁먹은 부하들은 도망치기 시작하고... 그 순간 온 바다가 흔들리기 시작하면서 서서히 바닷물이 빠진다. 전설의 섬인줄 알았던 잃어버린 섬이 그 모습을 드러낸 것이다.

드디어 위대한 항로로 향하는 루피 해적단! 위대한 항로의 입구가 산에 있다는 나미의 말에 다들 터무니없는 소리라며 경악한다. 하지만 나미가 말한대로 위대한 항로의 입구는 리버스 마운틴의 꼭대기로 올라가는 운하! 마침내 고잉메리호는 거친 해류를 타고서 위대한 항로를 향해 달려 나간다.

마침내 리버스 마운틴을 넘어서 위대한 항로로 들어가기 일보직전! 하지만 거대한 산 하나가 출구를 가로막고 서있다. 거대한 산으로 알았던 것은 가까이 가서 보니 어마어마한 고래. 어쩔 수 없이 충돌하려는 급박한 순간! 루피가 대포를 쏴서 가까스로 침몰은 피하지만 루피가 아끼는 특등석이 부서지고 만다. 화가 난 루피는 고래의 눈을 향해서 고무고무 주먹을 날린다.

라분은 친구들이 이미 위대한 항로에서 떠나버렸다는 크로커스커스의 말을 듣고서도 좀처럼 그 사실을 인정하지 않는다. 라분에게 새로운 삶의 의미를 주고싶었던 루피는 일부러 싸움을 건 다음, 자기가 위대한 항로에서 돌아오는 날 다시 승부를 가리자고 제의한다. 루피의 진심을 알아들은 라분은 눈물을 흘리며 루피의 제의를 받아들인다.

집까지 태워다 달라는 미스터 나인과 미스 웬즈데이의 부탁을 받아들인 루피는 일곱 개의 항로 중 위스키 피크를 선택한다. 위스키 피크가 바라다 보이자 미스터 나인과 미스 웬즈데이는 바다 속으로 뛰어들고, 낯선 곳에 상륙한다는 두려움 때문에 다들 긴장하는데, 그 때 멀리서 환호성 소리가 들려오기 시작한다.

바로크 주식회사의 비밀을 알고 있는 조로를 이가라포이는 당장 처치하라고 명령한다. 조로는 오히려 로그타운에서 구한 새 검들을 시험해 볼 기회라면서 반기는 분위기. 마침내 미스터 에잇인 이가라포이까지 쓰러트린 순간 바로크 주식회사의 새로운 간부인 미스터 화이브와 미스 발렌타인이 등장해서는 놀라운 비밀을 폭로한다.

알라바스타 왕국의 호위대장인 이가람은 비비 공주를 지키다가 크게 부상을 당하고 조로에게 자기 대신 비비를 탈출시켜 달라고 부탁한다. 한편 자다가 깬 루피는 사람들이 여기저기 쓰러져 있는 것을 보고는 크게 놀란다. 조로한테 당했다는 사람들 말에 루피는 용서할 수 없다면서 조로를 찾아 나선다.

미스터 파이브와 미스 발렌타인의 추격을 받는 비비! 큰 부상을 당한 이가람은 자기를 대신해서 비비를 알라바스타까지 데려다 달라고 나미한테 부탁한다. 귀가 솔깃한 나미는 부탁을 들어주는 대신 10억 베리를 수고비로 달라고 청하는데... 한편 상황을 오해한 루피는 조로와 목숨을 건 결투를 시작하는데…

해군에 입대한 코비와 헤르메포는 온갖 굳은 일을 도맡아 한다. 장차 해군 장교가 되는 것이 꿈인 코비는 묵묵히 주어진 일을 해내지만 무쇠팔 모건의 아들인 헤르메포는 편했던 과거만 그리워하며 아버지를 해군에서 몰아낸 루피를 원망한다. 어느 날 두 사람이 소속된 부대에 새로운 임무가 떨어지는 데 그것은 바로 죄인 모건을 해군본부로 호송하는 것이다.

가프 중장을 따라서 해군본부로 간 코비와 헤르메포. 헤르메포는 엄청난 해군훈련에 겁을 먹고는 도망을 치려다가 가프 중장한테 들켜서 꾸중만 듣는다. 옛날 생활로 돌아갈 방법을 찾던 헤르메포는 해군 장교가 되는 수밖에 없다는 결론을 내리고는 코비와 함께 밤마다 체력훈련을 시작한다.

위대한 항로에서 두 번째 항해를 시작한 루피 해적단. 마침내 리틀 가든에 도착하지만 아무리 봐도 이름하고는 전혀 안 어울리는 밀림 뿐이다. 나미와 우솝은 두려움에 떨면서 상륙하지 말자고 주장하고... 루피는 잔뜩 흥분해서는 모험을 떠나겠다면서 상디에게 도시락을 싸달라고 재촉한다.

고잉메리호에 남아있던 우솝과 나미 앞에 거인이 나타나서는 술이 있냐고 묻는다. 겁에 질린 우솝과 나미는 죽은 척하며 쓰러진다. 거인이 공룡 고기를 굽는 사이 겨우겨우 달아나지만 맹수와 공룡한테 쫓겨서 다시금 거인과 마주치게 된다. 거인은 우솝과 나미에게 술을 준 보답으로 공룡 고기를 대접하겠다고 말한다.

100년째 계속 돼온 거인들의 결투는 오늘도 무승부로 끝난다. 브로기는 해적들한테서 얻은 술을 도리한테 나눠주는데 그 술을 마시자마자 도리의 위장 속에서 폭발이 일어난다. 브로기가 술에다 폭약을 넣은 것이라고 믿는 비비! 하지만 루피는 그럴 리 없다며 펄쩍 뛴다. 그 순간 결투의 시작을 뜻하는 화산 폭발이 또 일어나는데…

브로기가 나눠준 술이 위장에서 폭발하는 바람에 큰 부상을 입은 도리! 하지만 두 번째 화산이 분화를 시작하자 루피의 만류에도 불구하고 결투장으로 향한다. 한편 공룡한테 쫓기다가 나미를 잃어버린 우솝은 루피에게 달려와 나미가 공룡한테 잡아먹혔다며 호들갑을 떤다. 하지만 루피 역시 거대한 바위 밑에 깔려서 꼼짝 못 하는 상태!

미스터 쓰리가 파놓은 함정에 빠진 나미, 비비, 조로, 그리고 브로기는 밀랍인형이 될 위기에 처한다. 도리의 술에 폭탄이 들어있었다는 말을 들은 브로기는 안감힘을 써서 밀랍 재킷을 깨지만 Mr.5의 공격을 받아서 다시 붙잡히고 만다. 한편 미스터 화이브의 공격을 받아 거의 죽을 뻔했던 루피는...

미스터 쓰리에게 붙잡혀서 밀랍인형이 될 처지에 놓인 나미, 비비, 조로! 뒤늦게 루피가 나타나서 미스터 쓰리를 쓰러트린 덕분에 희망을 갖지만 그것도 잠시! 루피는 웬일인지 좀처럼 친구들을 구하려고 하지 않는다! 그건 바로 미스 골든위크가 쳐놓은 색깔마술에 걸렸기 때문이다

루피가 색깔 마술에 걸렸단 사실을 안 우솝은 일부러 루피를 공격한다. 그리고 밀랍이 불에 녹는단 사실을 깨닫고는 루피에게 동료들을 구할 수 있는 방법을 가르쳐준다. 한편 거대한 사냥감을 잡고서 배로 돌아온 상디는 아무리 기다려도 동료들이 돌아오지 않자 위험을 감지하고는 찾아 나서는데..

상디를 미스터 쓰리로 착각한 크로커다일은 왜 진작 보고를 하지 않았냐며 추궁한다. 사태를 짐작한 상디는 밀짚모자 일당을 전부 제거했다고 거짓보고를 올리지만 때마침 나타난 지옥의 사자들 때문에 의심을 사게 된다. 한편 죽은 줄 알았던 도리가 정신을 차리자 브로기는 기쁨의 눈물을 흘리는데.....

도리와 브로기 덕분에 무사히 리틀 가든을 빠져 나온 밀짚모자 해적단. 그런데 갑자기 나미가 고열로 쓰러진다. 알라바스타로 한시 빨리 가야하는 비비를 생각해서 나미는 괜찮다고 하지만 시간이 지날수록 열은 점점 높아져만 가고... 비비는 항해사가 건강해 지는게 급선무라며 먼저 의사가 있는 섬으로 가자고 한다.

의사를 찾기 위한 항해를 계속하던 중 고잉메리호는 브리킹 해적단한테 습격을 당한다. 두목인 와포루는 우걱우걱 열매의 능력자로 드럼왕국으로 가는 포스를 갖고 있느냐고 묻는다. 없다고 하자 대신 보물과 고잉메리호를 접수하겠다며 배를 뜯어먹기 시작한다.

비비의 기지로 충돌을 피한 밀짚모자 해적단! 그들의 사정을 이해한 도르톤은 마을로 이들을 안내한다. 하지만 섬의 유일한 의사는 마녀라 불리는 닥터 쿠레하로, 산꼭대기에 살고 있어서 연락할 방법이 없다고 한다. 루피는 더 이상 기다릴 수 없다면서 나미를 업고 산꼭대기까지 올라가겠다고 한다.

상디와 루피가 나미를 엎고서 산으로 떠난 얼마 뒤 바로 옆 마을에 의사가 와 있다는 사실을 알게 된다. 그 얘기를 들은 우솝과 비비 그리고 도르톤은 서둘러 달려오지만 닥터 쿠레하는 이미 마을 떠난 뒤다. 그 때 해안에서 초소를 지키던 경비대원 하나가 온 몸에 상처를 입은 채 도르톤을 찾아온다!

나미를 데리고 드럼산 꼭대기로 향하는 루피와 상디! 하지만 도르톤이 경고했던 대로 거대한 육식토끼인 라판의 습격을 받아서 위기를 맞이한다. 겨우 라판 무리를 따돌리는 데 성공한 순간 라판은 일부러 눈사태를 일으킨다. 한편 드럼섬에 도착한 와포루는 고잉메리호를 발견하고는 루피를 혼내주겠다며 당장 잡아오라고 명령한다.

마침내 루피를 따라잡은 와포루와 부하들은 상디와 나미를 표적 삼아 공격하지만 라판이 루피를 도와주는 바람에 오히려 위기에 빠진다. 한 편 길을 잃고 눈사태에 휩쓸렸던 비비와 우솝은 우연히 조로를 만나서 다시 마을로 내려오는데, 거기서 도르톤이 눈 속에 파묻혔단 얘기를 듣는다.

힘들게 드럼록키에 오른 루피와 상디 그리고 나미는 닥터 쿠레하에게 치료를 받고서 죽을 고비를 넘긴다. 의식을 찾은 루피와 상디는 쵸파를 보고는 고기를 외치며 쫓아다니고, 닥터 쿠레하는 나미에게 쵸파의 출생에 관한 비밀을 들려준다. 특이한 쵸파가 마음에 든 루피는 쵸파를 동료로 삼기로 결심한다.