드디어 위대한 항로로 향하는 루피 해적단! 위대한 항로의 입구가 산에 있다는 나미의 말에 다들 터무니없는 소리라며 경악한다. 하지만 나미가 말한대로 위대한 항로의 입구는 리버스 마운틴의 꼭대기로 올라가는 운하! 마침내 고잉메리호는 거친 해류를 타고서 위대한 항로를 향해 달려 나간다.

마침내 리버스 마운틴을 넘어서 위대한 항로로 들어가기 일보직전! 하지만 거대한 산 하나가 출구를 가로막고 서있다. 거대한 산으로 알았던 것은 가까이 가서 보니 어마어마한 고래. 어쩔 수 없이 충돌하려는 급박한 순간! 루피가 대포를 쏴서 가까스로 침몰은 피하지만 루피가 아끼는 특등석이 부서지고 만다. 화가 난 루피는 고래의 눈을 향해서 고무고무 주먹을 날린다.

라분은 친구들이 이미 위대한 항로에서 떠나버렸다는 크로커스커스의 말을 듣고서도 좀처럼 그 사실을 인정하지 않는다. 라분에게 새로운 삶의 의미를 주고싶었던 루피는 일부러 싸움을 건 다음, 자기가 위대한 항로에서 돌아오는 날 다시 승부를 가리자고 제의한다. 루피의 진심을 알아들은 라분은 눈물을 흘리며 루피의 제의를 받아들인다.

집까지 태워다 달라는 미스터 나인과 미스 웬즈데이의 부탁을 받아들인 루피는 일곱 개의 항로 중 위스키 피크를 선택한다. 위스키 피크가 바라다 보이자 미스터 나인과 미스 웬즈데이는 바다 속으로 뛰어들고, 낯선 곳에 상륙한다는 두려움 때문에 다들 긴장하는데, 그 때 멀리서 환호성 소리가 들려오기 시작한다.

바로크 주식회사의 비밀을 알고 있는 조로를 이가라포이는 당장 처치하라고 명령한다. 조로는 오히려 로그타운에서 구한 새 검들을 시험해 볼 기회라면서 반기는 분위기. 마침내 미스터 에잇인 이가라포이까지 쓰러트린 순간 바로크 주식회사의 새로운 간부인 미스터 화이브와 미스 발렌타인이 등장해서는 놀라운 비밀을 폭로한다.

알라바스타 왕국의 호위대장인 이가람은 비비 공주를 지키다가 크게 부상을 당하고 조로에게 자기 대신 비비를 탈출시켜 달라고 부탁한다. 한편 자다가 깬 루피는 사람들이 여기저기 쓰러져 있는 것을 보고는 크게 놀란다. 조로한테 당했다는 사람들 말에 루피는 용서할 수 없다면서 조로를 찾아 나선다.

미스터 파이브와 미스 발렌타인의 추격을 받는 비비! 큰 부상을 당한 이가람은 자기를 대신해서 비비를 알라바스타까지 데려다 달라고 나미한테 부탁한다. 귀가 솔깃한 나미는 부탁을 들어주는 대신 10억 베리를 수고비로 달라고 청하는데... 한편 상황을 오해한 루피는 조로와 목숨을 건 결투를 시작하는데…

해군에 입대한 코비와 헤르메포는 온갖 굳은 일을 도맡아 한다. 장차 해군 장교가 되는 것이 꿈인 코비는 묵묵히 주어진 일을 해내지만 무쇠팔 모건의 아들인 헤르메포는 편했던 과거만 그리워하며 아버지를 해군에서 몰아낸 루피를 원망한다. 어느 날 두 사람이 소속된 부대에 새로운 임무가 떨어지는 데 그것은 바로 죄인 모건을 해군본부로 호송하는 것이다.

가프 중장을 따라서 해군본부로 간 코비와 헤르메포. 헤르메포는 엄청난 해군훈련에 겁을 먹고는 도망을 치려다가 가프 중장한테 들켜서 꾸중만 듣는다. 옛날 생활로 돌아갈 방법을 찾던 헤르메포는 해군 장교가 되는 수밖에 없다는 결론을 내리고는 코비와 함께 밤마다 체력훈련을 시작한다.