Dois anos depois da Guerra dos Maiorais, chega a hora do reencontro dos Chapéus de Palha, munidos dos novos poderes que ganharam em seus treinamentos! Seu horizonte é o último mar da Grand Line, o Novo Mundo, Luffy e seus companheiros partem novamente!

O farsante que tromba com Luffy tenta aumentar o poder de seu bando  se fazendo passar pelo Chapéu de Palha. Luffy desperta os poderes recém-adquiridos contra com o imitador!

Os Chapéus de Palha se reúnem a bordo do Sunny, preparando-se para partir. Mas a Marinha toma ciência de seu retorno e parte para o Arquipélago Sabaody. O oponente que encurralou Luffy e seu bando dois anos atrás volta a alvejá-los.

Os Chapéus de Palha começam a se reunir no Sunny, mas, atraídos pelas ações dos impostores, os soldados da Marinha invadem o show de Brook. Em meio à confusão, ele começa a cantar sua última canção como Rei do Soul.

Apenas Luffy segue separado dos demais. Todos aguardam o retorno do capitão, mas Luffy acaba capturado em uma batalha entre os Pacifistas da Marinha e os impostores Chapéus de Palha. Os resultados de seus dois anos de treinamento serão vistos.

Após dois longos anos, os Chapéus de Palha finalmente se reúnem no Sunny. Mas há pouco tempo para festejar. Prestes a partir  para o paraíso do fundo do mar, a Ilha dos Homens-Peixe, a Marinha, que estava em seu encalço, entra em cena.

Em direção ao Novo Mundo, os Chapéus de Palha são surpreendidos pelo cenário no fundo do mar. Franky conta sobre o homem que os protegeu, mas há algo sombrio à espreita do Sunny.

O Sunny submerge a profundidades ainda maiores com o ataque dos Piratas de Caribou. Eles chegam  à cachoeira submarina gigante, Plume. Mas lá vive a praga das profundezas, o Kraken.

Luffy, Zoro e Sanji usam as técnicas  adquiridas durante seus dois anos de treinamento. Todavia, os Chapéus de Palha acabam separados nas profundezas pela enorme corrente causada pela batalha.

O infame navio fantasma, o Holandês Voador, emerge das trevas. Mas, de repente, um vulcão submarino entra em atividade, criando mais perigo. Após desviar das rochas que despencam, eles chegam ao fundo do mar, onde um cenário inesperado nas profundezas os aguarda!N

Misteriosos Homens-Peixe bloqueiam a entrada para a Ilha dos Homens-Peixe. Eles mencionam Arlong, derrotado pelos Chapéus de Palha, e se dizem os Novos Piratas Homens-Peixe. Para escapar das ameaçadoras bestas marinhas, Luffy e seus companheiros decidem entrar a todo custo na Ilha dos Homens-Peixe.

Na Enseada das Sereias, Sanji volta a ser quem era e paquera as Sereias. Porém, surgem os Três Príncipes da Ilha dos Homens-Peixe Sem saber o que esperar, eles se escondem, mas um acidente inimaginável acontece.

O excesso de excitação de Sanji o coloca em perigo. Luffy e o bando seguem Camie até o Café Sereia em busca de um doador de sangue que possa salvá-lo. Lá encontram a vidente Madame Shyarly,  que prevê um futuro terrível para o bando!

A Ilha dos Homens-Peixe resplandece de beleza. Mas a história deixou suas manchas. Por ódio aos humanos, eles querem vingança. Além da superfície, eles colocam seus planos em ação. Enquanto isso, Luffy e seu bando ficam enlouquecidos na loja de Pappagu e o Rei da Ilha dos Homens-Peixe, Netuno, em pessoa, desce de seu palácio.

Na Ilha dos Homens-Peixe, a convite de Netuno, Luffy e bando seguem para o banquete no Palácio Ryugu. Porém, a fome de Luffy é inexorável, e ao menos cheiro de comida ele se separa dos demais. É assim que ele descobre a torre colossal trancafiada com espadas e machados!

A Princesa Shirahoshi é uma Sereia gigante. Vander Decken a persegue implacavelmente, motivo pelo qual ela mora há anos na Torre Couraça. Decken atira um machado na torre na tentativa de tirar a vida de Shirahoshi. Enquanto isso, o grupo de Nami é cercado por soldados do Exército de Netuno!

Os Chapéus de Palha encaram o exército de Netuno, Deus dos Mares. Os soldados de Netuno tentam quebrar as bolhas que protegem Zoro e os demais para virar o jogo. Enquanto isso, piratas não identificados continuam a atacar a Torre Couraça onde Luffy e Shirahoshi estão. A tensão continua a aumentar dentro do Palácio Ryugu!

Constata-se o desaparecimento de Shirahoshi, e o Palácio Ryugu entra em pânico. Além disso, um grupo de piratas desconhecidos invadiu o palácio. Esses piratas foram atacam os Chapéus de Palha com todas as forças. Enquanto isso, em Montes Corais, Hachi, em estado crítico, aparece diante de Sanji e Chopper!

Os planos de vingança de Hody estão em ação! Os piratas que ele enviou cercam o Palácio Ryugu, deixando-o em estado de pânico. O bando acaba no meio do ataque e com a invasão do invencível Palácio Ryugu,  chegam os Novos Piratas Homens-Peixe, determinados a destruir o reino!

Uma parede do palácio real é destruída, e a água começa a invadi-lo. Hody ataca o exército de Netuno com todo seu poder. Os soldados arriscam suas vidas para proteger Netuno, o Deus dos Mares, quando Zoro decide enfrentar Hody. Com o nível da água subindo, Zoro terá de lutar em condições extramente desfavoráveis.

Furioso com o sequestro da Princesa Sereia, o temível Hammond da Ilha dos Homens-Peixe captura Luffy. É quando Vander Decken enfim se revela! Conseguirá Luffy fugir de seu captor e levar Shirahoshi à Floresta do Mar em segurança? E, depois de ver uma Sereia tão bela, Sanji corre perigo novamente!

O grupo de Zoro precisa fugir do Palácio Ryugu antes que ele seja inundado, mas os Homens-Peixe tomam os Esteróides de Energia para ganhar força e retomar a vantagem. Enquanto isso, o grupo de Luffy enfim encontra Jinbe na Floresta do Mar, onde ele lhes conta de chocantes eventos passados envolvendo Nami e Arlong.

Jinbe revela chocantes eventos do passado, enquanto Nami relembra seus árduos anos com Arlong. A tensão cresce entre os Chapéus de Palha e o ex-Corsário. Jinbe conta a grande história de dois indivíduos que tentaram mudar a história do amargo conflito entre Homens-Peixe e humanos.

A Rainha Otohime tentou guiar o Reino Ryugu para um futuro onde Humanos e Homens-Peixe pudessem viver em harmonia. E Fisher Tiger foi um herói que resgatou os Homens-Peixe escravizados por humanos. Seus destinos se cruzam no desejo de um novo futuro para a Ilha dos Homens-Peixe, e um incidente acaba moldando a história!

Fisher Tiger atacou a Terra Sagrada de Mariejois e libertou escravos Homens-Peixe dos Dragões Celestiais. Perseguido pela Marinha, ele confronta humanos em sucessivas e sanguinolentas batalhas, até o dia do encontro com uma menina humana de passado tortuoso, quando um certo homem enfim entra em ação.

Após longa viagem, Tiger enfim leva Koala para casa. Ao ver Koala e sua mãe abraçadas aos prantos, Tiger vê esperança no futuro para Humanos e Homens-Peixe. Mas suas esperanças são cruelmente devastadas por humanos.

A morte de Fisher Tiger desperta profundas emoções. Humanos e Homens-Peixe podem coexistir ou devem continuar separados? Os Homens-Peixe estão balançados, e o ódio de Arlong pelos Humanos e o desejo de Jinbe de preservar os ideais de Tiger e Otohime fará com que suas convicções entrem em conflito!

Graças ao posto de Corsário de Jinbe, os ex-escravos Homens-Peixe voltam para casa. Quando o futuro idealizado por Otohime parece um passo mais perto, um navio à deriva chega à ilha. A bordo dele está um Dragão Celestial que vê os Homens-Peixe como nada mais que escravos!