알라바스타를 힘들게 탈출한 루피 해적단은 조그만 무인도를 발견하고는 배를 댄다. 로빈과 쵸파만 배에 남고 나머지 해적들은 식량조달을 위해 섬을 둘러보러 떠난다. 럼블 볼을 만들던 쵸파는 문득 닥터 쿠레하를 떠올린다. 그녀가 어떤 사람이었는지 물어보는 로빈에게 쵸파는 자기가 처음으로 환자를 치료했을 때 일을 들려준다.

폭풍우를 만나 표류 중이던 홈쇼핑 판매원 나이스가 루피가 쳐놓은 낚시바늘에 걸려서 올라온다. 간절하게 종이를 사고 싶어하는 나미에게 바가지를 씌우려던 그는 루피가 1억베리라는 현상금이 걸린 해적두목이란 사실을 알고서는 정신없이 도망쳐 버린다. 나미는 그가 두고 간 종이로 자기만의 세계지도를 그리기로 결심한다.

짙은 안개 속에서 항해하던 루피 해적단은 해군 함대와 마주치게 된다. 해군 함대 역시 안개 속에 갇혀버린 것. 해군이 눈치채지 못하는 사이 조용히 지나가려던 찰나, 꼬마 한 명이 배 위에서 떨어지고 로빈 덕분에 가까스로 목숨을 구하게 된다. 쵸파 덕분에 의식을 되찾은 꼬마는 자신을 해군의 견습 요리사라고 소개하며 고민을 털어놓는다.

빗속을 항해하던 중 섬 하나를 발견한 밀짚모자 해적단. 상륙해서 장을 보러 가던 중 불꽃축제를 알리는 포스터를 발견하고는 기대에 부푼다. 마침 화약이 떨어져가던 우솝은 화약을 얻어볼 속셈으로 불꽃탄의 장인 집을 찾아간다.

세계 제1의 검객이 되기 위해 미호크를 찾아 세상을 떠도는 조로. 먹는 걸 해결하기 위해 가끔 현상금이 붙어있는 악당들을 쫓아다니지만 이미 세상엔 악명 높은 ‘해적 사냥꾼’으로 알려져 있다. 어느 날 식당에서 산적 비리와 시비가 붙고 마침 돈이 필요하던 조로는 산적 비리를 단숨에 쓰러뜨린다.

대포를 쏘아대며 뒤쫓아오는 해군들을 피해 안개 속으로 달아난 밀짚모자 해적단. 추적을 따돌리고 안개 속을 헤쳐나온 그들 눈앞에 조그만 섬 하나가 우뚝 서있다. 물과 식량을 구하기 위해 상륙한 그들은 누군가가 쳐놓은 함정에 빠지고 만다.

제니 할아버지가 사흘밖에 못 사실 거라는 쵸파의 말에 루피 해적단은 할아버지를 위해서 사냥을 해오고 집을 고치고 음식을 만들어 드린다. 하지만 사흘이 지나도 할아버지는 쇠약해지기는커녕 오히려 힘이 펄펄 솟는 듯하다. 루피 해적단이 출항하기로 뜻을 모은 다음날 아침 해군이 섬을 찾아온다.

밀짚모자 해적단을 구하기 위해서 산에서 내려와 드디어 바다에 배를 띄운 제니 해적단! 루피는 제니가 해적이 된 것을 축하하고 해적답게 싸우는 법을 보여주자며 제니 해적단의 배를 해군 함정에 붙여준다. 하지만 제니에게 변변한 무기 하나 없다는 사실을 뒤늦게 깨달은 루피는 서둘러 달려가지만....

해군의 추격을 따돌리고 루루카 섬에 도착한 밀짚모자 해적단. 하지만 상륙하자마자 입항세를 내라는 경비병과 한바탕 실랑이를 벌인다. 그 때 괴상한 차림을 한 남자가 나타나 무지개빛 안개를 본 적이 있냐고 묻는다. 깜짝 놀라는 로빈! 무지개빛 안개는 로빈이 늘 읽고 있던 책의 제목이기 때문이다.

안개 속으로 들어온 헨조와 밀짚모자 해적단은 수많은 난파선을 목격하고는 두려움에 빠진다. 배들의 무덤이라는 게 확실해진 순간 목숨이 아까우면 짐을 모두 넘기고 사라지라는 목소리가 들려온다. 유령인 줄 알았던 그들은 어린 꼬마들로 밝혀지고, 그들은 바로 50년 전에 사라졌던 헨조의 친구들이었다.

오랜 기다림 끝에 친구들을 만났지만 예전으로 돌아갈 수 없다는 사실에 헨조는 마음이 무겁다. 루피는 나름대로 탈출을 시도하지만 무지개 빛 안개라는 공간적 특성 때문에 같은 자리를 맴돌 뿐이다. 로빈은 안개 속을 탈출할 수 있는 가장 빠른 방법은 펌프킨 해적단의 도움을 받는 것이라고 제안한다.

구조대가 올 거란 말에 마음이 들뜬 롱고와 아키비는 짐을 챙기기 시작한다. 한편 웻톤과 손을 잡은 헨조를 도저히 용서할 수가 없는 라파누이는 우솝의 중재로 겨우 마음을 연다. 하지만 고무고무 로켓으로 안개 속을 한 바퀴 돌고 온 루피가 실수로 라파누이를 데리고 어디론가 사라져 버린다.

보물에 눈이 먼 웻톤은 무지개 탑을 이용하여 대규모 부대를 안개 속으로 수송한다. 빛을 따라서 나오던 루피와 라파누이는 갑자기 안개 밖으로 퉁겨져 나온다. 바다 위로 뻗어있는 무지개 탑을 본 라파누이는 웻톤의 음모를 짐작하고는 모두가 위험하다고 외치는데...

새로운 모험을 향해 항해 중이던 밀짚모자 해적단은 하늘에서 배가 떨어지는 것을 목격하고는 충격에 휩싸인다. 설상가상으로 영구지침마저 이상한 증상을 보이는데... 바늘이 하늘을 향하고 있는 것이다. 로빈 말에 따르면 보다 강력한 자력을 지닌 섬에 의해서 영구지침의 기록이 덧씌워진 것이라고 한다. 그 섬의 이름은 바로 ‘하늘섬’이다.

하늘 섬에 로그를 빼앗겨버린 밀짚모자 해적단. 나미는 루피, 상디, 조로가 난파선에서 하늘섬에 갈 수 있는 단서를 가져올 거란 것에 희망을 건다. 하지만 그들이 가져온 것은 잡동사니뿐. 분노하는 나미에게 로빈은 자야로 갈 수 있는 이터널포스를 내민다. 원숭이 인양선에서 슬쩍한 것이다.

하늘섬으로 가는 정보를 얻기 위해 도착한 자야섬의 항구도시, 모크타운. 멀리서 보기에는 멋진 휴양지인 그곳은 거친 해적들이 즐기러 오는 환락도시로 무법자 천국이다. 괜한 싸움에 휘말리면 정보를 얻기도 전에 섬에서 떠나야 하므로 나미는 조로와 루피에게 절대로 싸우지 않겠다는 맹세를 받는다.

루피와 조로는 나미와의 약속을 지키기 위해 베라미와 그 동료들이 주먹을 휘두르는데도 저항을 하지 않는다. 아무 소득 없이 돌아온 루피에게 로빈은 지도 한 장을 내미는데, 그 지도에는 꿈을 이야기하다 모크타운에서 쫓겨난 몽블랑 크리켓이 살고 있는 곳이 표시되어 있다.

몽블랑 크리켓이 사는 곳에 도착한 루피 해적단. 예상과는 달리 궁전 같은 집을 보고는 놀란다. 하지만 실상은 나무판에 그려진 그림일 뿐. 실제 집은 절반 크기에도 미치지 못한다. 텅 비어있는 집을 어슬렁거리던 중 ‘거짓말쟁이 놀랜드’ 라는 제목의 동화책 한 권을 발견한다.

하늘섬에 가려는 루피와 그 동료들의 열의에 마음이 움직인 크리켓은 하늘섬이 어떤 곳인지 어떻게 갈 수 있는지 설명해준다. 들으면 들을수록 위험한 여정임을 깨달은 우솝은 포기하자고 주장하지만 루피는 뜻을 굽히지 않는다. 게다가 크리켓과 마시라, 쇼죠가 하늘섬에 가는 것을 도와주기까지 한단다.

사우스 버드를 잡으러 숲으로 들어간 밀짚모자 해적단은 사우스 버드가 벌레들을 조종하여 방해하는 바람에 도망치기 바쁘다. 한편 금괴를 빼앗기 위해 몽블랑 크리켓의 집으로 쳐들어온 베라미와 그 부하들은 잔인한 방법으로 원숭이 연합군을 쓰러뜨리고는 금괴를 싣고 유유히 사라진다.

금괴를 되찾으러 마을로 달려간 루피는 마침내 베라미와 마주선다. 선제 공격을 퍼붓는 베라미를 주먹 한 방으로 쓰러뜨린 루피는 금괴를 찾아서 동료들이 있는 곳으로 달려간다. 한편 해군 본부는 크로커다일 대신 새로운 칠무해 멤버를 영입하기 위해 긴급 소집 명령을 내리는데..

약속시간이 지나서 나타난 루피 때문에 출항이 늦어진 밀짚모자 해적단. 새롭게 단장한 고잉메리호를 타고 쇼죠와 마시라 해적단의 호위를 받으며 남쪽으로 출발한다. 하지만 녹업스트림이 발생할 위치도 파악 하지 못한 상황에 적제운이 일찍 발생해 당황하게 되는데..

험난한 여행 끝에 하늘 바다에 도착한 밀짚모자 해적단. 온 사방이 새하얀 구름인 것을 보고 흥분한 우솝은 헤엄을 치겠다며 뛰어들었다가 구름 밑으로 빠져버리고 만다. 루피와 로빈은 급히 손을 뻗어 우솝을 구해내지만 거대한 바다 괴물이 우솝을 삼키려고 따라 올라오는 바람에 한 바탕 소동이 벌어진다.

하늘섬에 도착한 밀짚모자 해적단은 그곳에서 아름다운 소녀 코니스와 그녀의 아버지인 파가야를 만난다. 그곳은 신의 나라, 스카이피아란 곳으로 그들 등뒤에는 하얀 날개가 달려있다. 저녁초대를 받아 파가야 집으로 간 밀짚모자 해적단은 코니스로부터 웨이버를 움직이는 동력원에 대한 이야기를 듣는다.

구름바다에서 웨이버를 타고 있는 줄만 알았던 나미의 모습이 보이질 않자 코니스와 파가야는 불안해지기 시작한다. 나미가 금단의 땅인 ‘업퍼야드’로 갔을까봐다. 업퍼야드 섬은 어떤 경우에도 발을 들여놓아서는 안 되는 금단의 땅으로 이를 어긴 자는 신의 이름으로 무서운 벌을 받게 된다.

불법입국한 죄로 입국료의 열 배를 지불하지 않으면 사형이나 마찬가지인 구름가두기 형을 당할지도 모르는 밀짚모자 해적단. 우솝은 나미가 돌아올 때까지 분란을 막아보려고 애쓴다. 하지만 화이트 베레 부대 대장인 맥킨리는 사사건건 꼬투리를 잡아서 죄를 무겁게 하려는 것처럼 보이는데....

화이트 베레 부대를 쓰러트린 루피! 맥킨리는 하늘의 심판을 받게 될 거라고 경고하고는 사라진다. 나미는 추적자들이 몰려오기 전에 청해로 돌아가자고 주장하고 금단의 땅에 가보고 싶은 루피는 완강하게 거부한다. 일단 코니스와 파가야를 위해서 도망치기로 한 밀짚모자 해적단, 하지만 루피가 먹다 남은 요리로 도시락을 싸가자고 한다.

루피는 코니스 부녀에게 폐를 끼치지 않기 위해 아무 말 없이 업퍼야드로 향한다. 하지만 어디로 가야할지 어떻게 가야할지 막막하기만 할뿐이다. 그 때 뒤따라온 코니스가 업퍼야드로 갈 수 있는 방법을 알려주겠다며 선착장까지 안내해준다. 하지만 계속 떨고 있는 코니스가 아무래도 이상한데....

마침내 업퍼야드 안으로 들어간 루피와 상디 그리고 우솝. 하지만 들어가자마자 계속되는 공격에 겁먹은 우솝은 다시 돌아가자며 울부짖는다. 한편 초특급 새우한테 끌려서 산 제물의 제단에 올려진 고잉메리호는 바닥에 큰 손상을 입어 오도 가도 못하는 처지가 되었는데, 조로는 신을 만나러 숲으로 들어가겠다고 한다.

네 개의 문으로 이루어진 시련의 문 앞에서 어디로 들어갈까 망설이는 우솝. 루피는 단지 신날 것 같다는 이유만으로 구슬의 시련을 택하자고 주장하고별 대안이 없는 우솝과 상디는 루피의 의견을 따르기로 한다. 허나 어두컴컴한 굴을 지나 밖으로 나온 순간 끝을 알 수 없는 절벽 밑으로 추락하기 시작하는데…

마음을 읽는 힘을 지닌 사토리의 공격에 루피와 상디 그리고 우솝은 속수무책으로 당할 뿐이다. 그 사이 배는 점점 더 멀어지고 사토리를 루피한테 맡긴 상디와 우솝은 배를 멈추게 하는데 총력을 기울인다. 한편 고잉메리호에 홀로 남은 쵸파는 배를 수선하려다가 잘못해서 망치를 제단 밑에 떨어트리는데....

홀로 배를 지키고 있던 쵸파 앞에 나타난 신관 슈라, 그는 산 제물의 제단에서 도망친 동료들을 대신해서 죽음으로 그 죄 값을 치러야 한다며 쵸파를 공격한다. 한편 쵸파가 불은 호루라기 소리를 듣고 급히 출동한 하늘 기사 간 폴. 슈라는 간 폴 역시 죄인이라면서 끈의 시련을 내리는데…