I marinai della base in cui la nave è ammarata sono convinti che la Going Merry sia una nave fantasma in quanto è piombata dal cielo ed a bordo non c'è nessuno: in realtà, l'equipaggio della nave è fuggito e si è sparpagliato nella base.

Nami è alle prese prima con due nuovi cuochi e dopo con lo sprovveduto Zoro che si aggira tranquillamente per la base armato delle sue tre spade. Nel frattempo, Sanji e Rufy, dopo essersi travestiti da cuochi, incontrano la capo cuoco Jessica dando un saggio delle loro abilità culinarie all'intera cucina. Zoro, provando a recuperare le sue spade, viene catturato.

Zoro viene fatto prigioniero e, successivamente, interrogato dal Maggiore Drake riguardo alla sua ciurma, tuttavia, non viene creduto, nel frattempo Chopper viene a sapere della cattura di Zoro e Nami cambia travestimento vestendosi da infermiera. Chopper e Nami cercano di aiutare la Dottoressa Kobato, una dottoressa emofoba mentre cura alcuni marinai feriti.

Robin e Usop si presentano entrambi come Shepherd, un ispettore della Marina in visita alla base ed Usop viene poi imprigionato con Zoro. Per un incidente. Rufy e Sanji vengono scoperti da Jonathan, il vice ammiraglio stanziato nella base.

Il vero ispettore viene imprigionato insieme ad Usop e Zoro; nel frattempo, Sanji e Rufy si recano a salvare i loro compagni imprigionati evitando la sicurezza.

Dopo avere liberato Zoro e Usop, Sanji e Rufy cercano di fuggire dalla fortezza. La dottoressa Kobato guida Nami e Chopper dove si trova la Going Merry.

La ciurma si raduna dov'è situata la Going Merry e viene scoperta, ma riescono a fuggire con la nave usando Nami come finto ostaggio.

La ciurma decide di modificare la Going Merry per farla assomigliare ad una nave della Marina per riprendere i tesori accumulati a Skypiea senza farsi scoprire.

Usop divide la ciurma in due gruppi, uno incaricato di riprendere l'oro e l'altro col compito di recuperare il waver di Nami.

Rufy, Zoro, Usop e Robin continuano a cercare il tesoro. Tuttavia, scoprono che nel punto in cui pensavano fosse custodito in realtà era stata organizzata una trappola per catturarli, dalla quale però riescono a sfuggire. Nel frattempo, Sanji e Nami recuperano il waver. Nami intuisce che l'oro deve essere in un posto poco immaginabile e, così, si fa portare da Rufy nell'ufficio di Johnathan dove recuperano il tesoro e fuggono alla cattura. Infine, fuggono con la Going Merry verso l'uscita.

A causa di un periodo di bassa marea, durante la fuga la Going Merry finisce in secca e non riesce più a proseguire, ma, grazie ad Usop, riescono a fuggire comunque volando grazie ai Dial e alla piovra mongolfiera.