ある日、スカイダイビングにやってきた可奈と想は、殺人事件に出くわす。スカイダイバーの背中にナイフが刺さった状態で着陸したのだ。高度１万フィートの上空で一体何が？

可奈の家の近くの人形作家、故・七沢克美の人形館で殺人事件が起こった。亡くなったのは七沢の人形の熱狂的なコレクターである金融業の阿久津。容疑者は七沢の娘で可奈の幼なじみの鈴子、鈴子の婚約者の吉野、そして人形館の管理人・安岡の３人。はたして犯人は？

学園祭で可奈の女子剣道部はメイド喫茶を企画。燈馬も駆り出して夜の教室で準備をしていると、停電が起きた。軽音楽部と落研と探偵同好会もイベント準備作業が止まってしまった。電気が復旧するまでにそれぞれ学校を抜けて食事を買って戻ると、４つの教室全部が荒らされていた。いったい誰が！？　可奈は燈馬をまねて、それぞれのグループのアリバイと動機を洗い出して事件の犯人を証明しようとするが…。

燈馬を捜してアメリカの大学時代の研究仲間のロキとエバがやってきた。燈馬が大学を去ったのは研究論文をデータごと何者かに消し去られた事件がきっかけだった。天才が２人いることを嫉妬したロキの仕業だという噂が流れ、燈馬とロキの間にはシコリが残ったままだ。燈馬をアメリカに連れ戻しに来たのだと思った可奈の心は、急に落ち着かなくなる…。

水原刑事の部下、笠山杉道。通称“火サス刑事”の笠山のもとに、サスペンスドラマの常連で、やや人気が下火になった女優・渚幸代のストーカー事件が飛び込んでくる。サスペンスドラマと渚の大ファンの笠山は、ドラマのようなロケーションと状況証拠に胸を躍らせて事件の解決を試みるが、ことごとく失敗する。燈馬と可奈が手助けして推理と証明を続行するが…。

可奈と想が「ホラー屋敷」とうわさされる古い洋館に足を踏み入れると、可奈は突然昭和９年にタイムスリップ！　可奈は想にそっくりの大学生・総一郎に出会い、総一郎の下宿先のトラブルに巻き込まれる。事故死した富豪の子である兄妹３人が、それぞれ相続を主張するが、遺産が何かは誰にも分らない。現代に戻りたい可奈だが、淡い恋心を抱く総一郎を置いて戻ることをためらう…。

可奈の学校の近くに、延々と宇宙の話を聞かせる迷惑な“海賊ジャック”が出没。探偵同好会の宝さがしに可奈も駆り出され、ある会社の金庫を盗みに行くが、おじけづいて何も盗らずに帰ってくる。しかし翌日、盗まなかったはずの金庫がジャックのテントから見つかる。どうやって一人で金庫を盗んだのか？　数学の難問「ポアンカレ予想」の証明に想が挑み、海賊ジャックの正体を暴く！

可奈が小学校３年の時に埋めたタイプカプセルが出てきた。想の助けを借りて、宝物をくれたはずの少年の記憶をたどっていくが…。

もうすぐ春休み。可奈たちの高校で、裁判員制度導入のための模擬裁判が行われることになった。一方燈馬には、外資系企業からの誘いを受けてアメリカに帰る話が舞い込む。