페이소를 따라 옥토포드로 들어오던 백상어가 옥토해치에 끼어 지느러미에 부상을 입자 대장과 대원들은 상어에게 먹히지 않고 안전하게 지느러미를 치료할 방법을 고민하는데...

갑자기 거대한 소용돌이가 옥토포드로 향하자 대장은 급히 옥토포드를 이동시킬 준비를 한다. 하지만 마침 옥토포드 안에 나타난 바다뱀 때문에 옥토포드가 소용돌이에 빨려들 위기에 처하는데...

부모 펭귄들이 바다로 먹이를 구하러 나간 동안 아기 펭귄들을 돌보게 된 페이소와 콰지. 하지만 장난꾸러기 아기 펭귄 로코 때문에 콰지는 정신이 없고 갑자기 강력한 폭풍까지 불어오자 바나클은 바다로 나간 부모 펭귄들을 구하느라 정신이 없는데…

칼리코 잭 선장이 남긴 코코넛을 발견한 콰지는 흥분을 감추지 못하지만 아무리 해도 코코넛이 열리질 않자 야자나무가 많은 코코넛 섬으로 향하고, 그곳에서 오랫동안 칼리코 잭 선장의 코코넛을 보관해왔다는 코코넛 크랩 가족을 만나게 된다. 하지만 코코넛을 열던 중 바다로 날아간 어린 세 코코넛 크랩이 위험에 빠지자…

초대왕오징어의 갈고리 빨판에 잡혀 옥토포드가 위험에 처하자 바나클과 콰지는 빨판을 떼러 밖으로 나가지만 힘으로 떼기엔 역부족! 그때 대왕오징어들의 천적인 향유고래 무리가 나타나자 놀란 초대왕오징어는 달아나려 하지만 옥토포드에 박혀버린 갈고리 빨판 때문에 뜻대로 되지 않는데…

알을 입에 넣어 부화시키는 후악치 아빠는 바나클의 강한 조류 경고에 달아나려 하다가 알 열 개를 잃어버리고 만다. 바나클과 대원들은 조류의 방향을 추적한 후, 흩어져 알들을 찾기로 하는데...

해적의 달이 뜬 밤, 날아다니는 검을 본 콰지는 전설적인 해적 왕의 검을 찾기 위해 난파선으로 향하지만 난파선을 지키고 있는 날카로운 검들의 공격을 받는데...

폭풍에 옥토 잠망경을 잃어버린 바나클은 잠망경도 찾고, 폭풍으로 엉망이 된 해변도 청소하기 위해 농게들이 사는 작은 섬으로 향한다. 하지만 탐험선을 본 대장 농게는 옥토넛을 적으로 생각하고 공격을 시작하는데…

페이소에게 상처를 치료받은 어린 가시복어가 고래상어에게 먹히자 옥토넛은 가시복어가 고래상어 위장으로 들어가 독소가 퍼지기 전에 복어와 상어, 둘 다 구해낼 작전을 세우지만…

사진을 찍으러 나갔던 대쉬는 쥐가오리 뮤리엘이 상처를 입자 옥토포드로 데려가고, 뮤리엘에게서 쥐가오리들의 크릴새우 잔치에 대해 들은 대쉬와 바나클은 뮤리엘을 쥐가오리들의 비밀장소로 데려가기로 하는데...

어린 향유고래, 사이먼이 다이빙을 겁내 동료 향유고래들의 놀림거리가 되자 바나클은 페이소에게 다이빙 훈 도중 페이소가 거대한 조개에게 먹혀 깊은 곳으로 떨어져버리자 사이먼은 급히 바나클에게 도움을 청하러 가는데...

심해 암흑층에서 이상한 신음소리가 들린다며 흡혈오징어가 옥토포드로 도움을 청하러 오자 페이소와 콰지는 즉시 암흑층으로 향하지만 정체를 알 수 없는 으스스한 소리만 들릴 뿐 상처 입은 동물은 보이지 않는다. 그때 거대한 다리의 공격을 받자 콰지와 페이소는 바다 유령일 거라 확신하는데...

동물들의 소리를 녹음하기 위해 북극바다에 도착한 바나클과 대원들은 소리를 녹음하던 중 일각고래들이 얼음 속에 갇혀 위험에 처한 것을 알게 된다. 바나클은 친구들을 구하기 위해 얼음을 깨려 하지만 얼음이 두꺼워 생각처럼 쉽지 않자 커다란 머리를 가진 북극고래들에게 도움을 청하는데...

파랑돔들이 해조에 다른 물고기들이 얼씬도 못하게 막자 배가 고픈 물고기들은 계속 불만을 쏟아내고 게다가 해조가 너무 많아지면서 산호가 백화현상으로 죽어가자 바나클과 대원들은 파랑돔들을 설득하려는 작전을 시작하는데...

콰지가 난파선 보물상자에서 낡은 메달에 새겨진 "비밀 왕국"의 지도를 발견하자 바나클과 대원들은 즉시 아마존으로 향한다. 하지만 도착하자마자 급류에 휩쓸려 대원들이 모두 흩어져버리자 바나클은 분홍돌고래의 도움을 받으며 탐험선과 대원들을 찾아 나서는데..

돌과 금속을 통째로 씹어먹는 버팔로피쉬 하티 때문에 옥토포드는 엔진고장을 일으키고 엎친 데 덮친 격으로 유성이 옥토포드와 충돌할 위기에 놓이자 대장과 대원들은 유성을 막기 위해 모든 노력을 기울이는데...

켈프 숲에 나갔던 대쉬와 셸링턴이 탐험선에 켈프를 잔뜩 붙여 돌아오자 콰지는 신이 나 켈프 수프를 끓이기 시작하고, 빠른 조류에 아빠와 헤어진 어린 나뭇잎 해룡 형제 마일즈와 나일즈는 켈프 잎에 숨어있다 콰지의 수프가 될 위기에 처하는데...

번개폭풍이 다가오자 바나클은 대원들에게 해우 무리를 안전한 곳으로 옮기라고 지시한다. 대원들은 바나클 대장의 지시에 따라 해우들을 대피시키기 시작하지만 정작 대장은 번개에 맞아 떨어진 뒤 조개에 한 팔이 먹혀 갖가지 위험을 겪는데..

베지들이 모두 수두에 걸리자 페이소는 약을 만들 재료, 붉은 해조를 찾아 나서지만, 간신히 구한 해조가 곰치 집에 떨어지자 바나클 대장과 대원들은 곰치를 유인해낸 후 해조를 꺼내올 방법을 고민한다. 그때 잉클링 교수가 자신의 친구 흉내문어를 소개하는데...

날씨 관측을 위해 얕은 바다로 올라온 바나클과 대원들은 곧 "용오름"이라고 불리는 바다회오리가 생긴다는 걸 알고 급히 바다에 띄웠던 날씨 관측기구 옥토볼 수거에 나선다. 하지만 마지막 하나 남은 옥토볼을 가지러 갔던 콰지는 쥐치 "쥐쥐" 때문에 시간을 끌다가 회오리게 휘말리고 마는데...

길을 잃은 거대한 바다악어가 추위를 견디다 못해 깊은 잠에 빠지자 바나클과 대원들은 악어를 옥토포드에 묶고 옥토포드 온도를 올려 악어의 체온을 올려주면서 호주로 향한다. 따뜻한 바다에 도착해 악어가 깨어나자 모두 악어에게 물릴까 겁을 먹는데..

심해산호를 심으러 암흑층에 내려갔던 잉클링 교수와 콰지가 바위에 깔려 꼼짝 못하게 되자 바나클과 대원들은 트윅의 새 발명품 옥토 점보-수트를 준비해 구조에 나선다. 점보-수트 안에 들어간 대쉬는 잉클링 교수와 콰지 구조에 최선을 다하지만 산소탱크는 점점 비어가는데...