星の未来を詠んだ預言に従う人々が暮らす惑星オールドラント。その預言を守るローレライ教団の導師イオンが行方不明に。ルークの剣の師匠ヴァンは、イオン捜索のため帰国するというが、そんなヴァンを謎の刺客ティアが襲う！

ティアと共にマルクト帝国に飛ばされたルーク。帰還の旅の途中、食料泥棒事件に巻きこまれたルークは、マルクト軍の大佐ジェイド、行方不明のはずの導師イオン、イオンの守護役アニスと共に、森の中で聖獣チーグルと出逢い…。

ティアとルークを拘束したジェイドは、ルークにある依頼をした。そこへローレライ教団神託の盾騎士団の六神将がイオン拉致のため襲撃してきた！ 反撃するルークは初めての実戦を経験、ティアが重傷を負ってしまう…。

軍港カイツールでルークたちを襲った六神将の1人であるアリエッタは、人質を取り、イオンとルークをコーラル城に誘い出した。幼い頃に誘拐されたルークが見つかった因縁深き城で、ジェイドはルークの隠された真実に気づき…。

マルクトとキムラスカの和平を妨害する大詠師一派を避け、ルークたちは陸路作戦をとった。その出発間際、イオンの誘拐が発覚。救助に動くが、王女ナタリアも彼らに同行することに。そして、一行はようやくイオンを発見するが…。

ザオ遺跡に駆けつけたルークたちは、ラルゴやシンクを退け、イオンを奪還した。一方、ティアは、リグレットから、兄ヴァンの元へ戻れと説得される。そんな中、次第に傲慢さが募るルークは仲間たちから孤立していく…。

アクゼリュスに到着した一行は、障気で倒れた人々の救助活動を始めた。だが、ヴァンとの密約があるルークは、ヴァンを捜して救助に参加しない。坑道に降りたルークは、ようやくヴァンを発見するのだが…。

ユリアシティから地上への帰還を試みるジェイドたち。一方、意識を失ったまま残されたルークは同調したアッシュの中でその脱出作戦を体験する。ヴァンの隠された計画を知り、ある決意をするルーク。そしてティアは…。

決意のルークは、ヴァンの計画を阻止するために急いで地上へ戻ってきた。そんなルークをガイが待っていた。そこへ現れたジェイドは、イオンとナタリアがダアトで軟禁されたと伝える。救出に動くルークたちだが…。

雪の街ケテルブルク。ジェイドの故郷で、彼の妹であるネフリーから、そこで起こった悲しい事件を聞くルーク。その事件には、幼き日のジェイドと六神将のディスト、そしてルークの出生の秘密が深い関わりを持っていた…。

六神将の襲撃を退け、マルクト帝国の首都グランコクマに到着したルークたちは、皇帝ピオニー九世に拝謁した。そして、キムラスカ王国とマルクト帝国が開戦間近だと知らされる。その戦場となるセントビナーには崩落の危険が迫っていた…。

マルクト帝国とキムラスカ王国が遂に開戦。戦場で多数の犠牲者が出ることを案じたルークとナタリアは停戦を求めて動き始めるが、モースに捕らえられ、バチカルに連行されてしまう。そこで2人に、ナタリアの秘密が明かされる…。

外殻大地崩落の可能性を調べ始めたルークたちは、セフィロトの位置を確認するため、ダアトに向かう。そのダアトで、アニスの母がアリエッタの魔物に襲われ負傷。目撃したガイに、抜け落ちていた過去の記憶がよみがえる…！

外殻大地の全てが崩落する…。ルークはこの恐るべき事態をキムラスカ国王とマルクト皇帝ピオニー九世に伝えようと訴えるが、ナタリアは父との再会に怖じ気づいてしまう。そんな時、アッシュがナタリアの前に現れる…。

魔界の液状化を止めるため、地核の振動を止める装置を完成させたイエモンたちは、妨害に現れたヴァンに抵抗。ルークたちは、イエモンらの犠牲で護られたタルタロスで地核突入作戦を敢行するが、眼前にシンクが立ち塞がる…！

ルークたちの心配を制し、セフィロトで大陸降下作業を続けるティアは障気に蝕まれていく。そんな中、ホドが沈む前にヴァンと第七譜石を見たことを思い出すガイ。ヴァンがユリアの預言を知っている可能性に気づく…。

アブソーブゲートに向かったティアとルークは、待ち受けていたヴァンと対決。預言を憎むヴァンを仲間たちの力を借りてついに倒すルーク。だが、一月後、六神将が生存しているという不穏な情報が飛び込んでくる…！

謎の部隊がマルクト軍やキムラスカ軍を襲撃する事件が続く。そんな中、イオンが掠われ、ルークたちも死んだはずの知人たちに襲われる事態に…。一方、モースは、掠ったイオンに惑星預言を詠ませ、未来を知ろうとしていた。

ディストによって第七音素を体内に入れたモースは、浮上したレプリカ・島エルドラントで導師を自称、新生ローレライ教団を興して世界に謝罪を要求する。一方、復讐を誓うアリエッタは、アニスに決闘を挑むのだった…。

ナタリアの父の手がかりを見つけ、インゴベルト国王に捜索を依頼したルークは、一方でアッシュを屋敷に呼び寄せ、両親と再会させる。そんな中、世界中に充満し始めた障気で人々が死に絶えるという予測が出る…。

世界中に充満しつつある障気を消滅させるためには、第七音素の素養のある人間たち1万人の犠牲と、ルークかアッシュの超振動が必要だった。犠牲を覚悟したアッシュを止めようとレムの塔へ駆けつけるルークたちだが…。

プラネットストームの防御壁で無敵のエルドラントにモースが興した新生ローレライ教団。その使者としてキムラスカ王国へ最後通告に現れるラルゴ。ルークたちは、ラルゴと関わるナタリアの重大な秘密を知ることになる…。

ヴァンとの対決を前に、ダアトへフローリアンを送り届けるルークたち。礼拝堂でティアはイオンを偲び譜歌を歌う。やがて、キムラスカ王国とマルクト帝国の連合軍の掩護を受け、ルークたちは決戦の地エルドラントに出撃する…。

ヴァンの計画を止めるため、エルドラントに突入したルークは、互いの存在を賭けてアッシュと対決する。ティアもリグレットと、アニスもイオンと同じ顔を持つシンクとの決戦に臨んだ。戦いの末、生き残るのは…。

オリジナルの人々を消滅させることで、ユリアの預言を成就させ、新たにレプリカの人類で創世を図ろうとするヴァン。エルドラントの最深部で、ローレライの力も使う師を相手に、仲間たちと戦うルークだが…。