本片是为日本横浜开港150周年举办的纪念活动“开国博Y150”而制作的，是岩井俊二首次操刀动画作品。 故事背景设定在能够自在进行宇宙旅行的时代，以人类与机器人共同生存的行星“阿贝尔”为舞台，人形的机器人阿波罗（市原隼人 配音）与机器人形的人类米卡尔（上户菜 配音）获得了偷渡者的神秘OS，却被卷入一起充满迷团的事件之中。

On Planet Abel, humans and robots co-exist. One day a mysterious stowaway on a transport vessel tries to invade the planet, but is discovered by Apollo, a robot that looks like a human; and Mikaru, a human that looks like a robot. The stowaway had in his possession a memory chip containing the latest in camouflage software, the mysterious "Cipher" OS. Apollo takes the Cipher chip simply for fun, but has no idea what he's getting himself into. He suddenly starts acting strange, but Mikaru has no idea what's wrong or that Cipher is behind it. What exactly is Cipher? What sort of secrets does it hold? Apollo and Mikaru will unravel a mystery encompassing the past, present, and future to find out.

Sur la planète Abel, les humains et les robots vivent ensembles. Un jour, sur un mystérieux navire de transport, un passager clandestin tente de s’introduire sur la planète, mais il est découvert par Apollo (Hayato Ichihara), un robot à l’apparence humaine, et Mikaru (Aya Ueto), un homme ressemblant à un robot. Le passager clandestin avait en sa possession une puce mémorielle contenant les derniers logiciels de camouflage, ainsi que le mystérieux OS, « Cipher ». Apollo s’approprie « Cipher » pour le plaisir, mais n’a aucune idée dans quoi il met les pieds. Il commence tout d’un coup à se comporter bizarrement, mais Mikaru ignore ce qui ne va pas ou même si c’est « Cipher » qui est la cause de ce changement. Qu’est-ce qu’est exactement « Cipher » ? Quelles sortes de secret détient-il ? Apollon et Mikaru vont devoir percer un mystère qui englobe le passé, le présent et l’avenir pour le découvrir.

Auf dem Planeten Abel koexistieren Menschen und Roboter. Eines Tages versucht ein mysteriöser blinder Passagier, der sich an Bord eines Transportschiffes befindet, unbemerkt auf den Planet zu kommen. Dabei wird er jedoch von Apollo, einem Roboter, der wie ein Mensch aussieht, und Mikaru, einem Mensch, der wie ein Roboter aussieht, entdeckt. Der blinde Passagier hat einen Speicherchip mit einer sehr hochentwickelten Software, der mysteriösen “Cipher” OS, in seinem Besitz. Aus einer Laune heraus nimmt Apollo den Speicherchip an sich, noch nicht ahnend, in was er da hineingeraten ist. Er beginnt, sich immer seltsamer zu verhalten, aber Mikaru weiß nicht, was los ist, oder dass Cipher hinter diesem seltsamen Verhalten steckt. Was ist Cipher und welche Geheimnisse verbirgt es?

Dividida en tres partes de 20 minutos, la acción de Baton está situada en el futuro, en la Tierra, donde los dos protagonistas principales, Apollo y Micha, viven su día a día rodeados de robots inteligentes.