De bewoners van een klein dorpje in Kansas worden plotseling verrast door een destructieve nucleaire aanval.

De radioactieve neerslag, afkomstig van de nucleaire ontploffing in Denver, zal Jericho binnen een uur bereiken. Jake moet zo snel mogelijk veilig onderdak vinden voor de bewoners. Ondertussen heeft Emily haar eigen problemen wanneer ze wordt opgepikt door, wat op het eerste oog, twee politie agenten lijken te zijn.

Jake vormt vier groepen om buiten Jericho informatie over de nucleaire aanval te vinden.

Wanneer een toegetakelde vreemdeling betrapt wordt op het stelen van medicijnen in de apotheek, wordt zijn behandeling en identiteit in twijfel getrokken door de bewoners. Ondertussen zorgt een tekort aan brandstoffen voor paniek.

De kinderen in Jericho keren terug naar school. Een elektriciteitskabel die op de speelplaats ligt zorgt voor een ongeluk wanneer de stroom weer aan wordt gezet. Jake's moeder heeft ondertussen moeite met het feit dat Jake geheimen heeft voor zijn vader.

Door een 'EMP' zit Jericho volledig zonder stroom en wordt het dorpje geteisterd door criminaliteit.

Bendeleider Jonah geeft het voedsel dat hij en zijn bende hadden gestolen terug en belooft weg te blijven uit Jericho. Deze 'deal' valt echter al snel in het niets wanneer Jonah nieuwe onderhandelingen begint, die te maken hebben met Jake en Emily.

Jake en Eric gaan op pad om medicijnen te zoeken voor hun vader. Ze worden echter verrast door wat ze aantreffen in het ziekenhuis.

De bewoners van Jericho krijgen bezoek van een akelige groep uit de omringende omgeving. Ze beseffen dat ze een plan moeten maken om deze groep uit Jericho te houden.

Voorraden worden vanuit de lucht in Jericho gedropt. De vraag is wie ze heeft gestuurd. Ondertussen worden de bewoners van Jericho opgeschrikt door een onverwachts bezoek van bendeleider Jonah Prowse.

Sommige bewoners vrezen dat Gray de nieuwe burgemeester van Jericho wordt. Ondertussen wordt Jonah beschuldigt voor een moord.

Door middel van flashbacks krijgen we meer te weten over de levens van Jake en Hawkins.

Jake, zijn vader, Heather en Dale bezoeken het stadje Black Jack om onderdelen te zoeken die nodig zijn om de windmolen te repareren. Ondertussen besluit Hawkins, tegen de zin van zijn familie in, Sarah in huis te nemen.

Tijdens het jagen komen Jake, Stanley en Mimi in een gevaarlijke situatie terecht wanneer ze oog in oog komen met wat vreemdelingen. Ondertussen ziet Hawkins in dat hij zijn familie in gevaar heeft gebracht.

Wanneer een groep mariniers Jericho betreedt hopen de bewoners dat hun leven eindelijk weer een beetje 'normaal' wordt. Het gedrag van de mariniers zorgt echter voor wantrouwen bij Jake en Johnston.

Jake moet Kenchy zien te overtuigen April te helpen, wanneer die problemen ondervindt met haar zwangerschap. Ondertussen maken Jericho en New Bern een deal betreffende de windmolens.

Roger neemt extreme maatregelen wanneer Gray besluit de vluchtelingen uit Jericho te trappen. Ondertussen probeert Hawkins uit te vinden wie er achter hem aan zit.

Jake komt erachter dat Hawkins heeft gelogen over zijn verleden en neemt passende maatregelen.

Jake en Hawkins brengen een bezoek aan New Bern om uit te zoeken waar Eric is. Wat ze daar aantreffen heeft echter nare gevolgen voor Jericho.

Gray moet een lastige beslissing maken wanneer de straten van Jericho worden gebombardeerd.

De strijd tussen New Bern en Jericho barst los. Een oude vriend van Jake stuurt onverwachte hulp.