Después de que las nube en forma de hongo aparece cerca, el miedo a lo desconocido lleva a Jericho a un caos social, psicológico y físico, cuando toda comunicación con el exterior se corta. El pueblo empieza a desanimarse, el terror, la cólera y la confusión sacan lo peor de algunos residentes. Jake Green, el hijo pródigo del Alcalde del pueblo, se hace un héroe renuente cuando ayuda a un autobús escolar que choca como consecuencia de la explosión.

Solamente una hora antes de que las repercusiones de la explosión nuclear en Denver golpeen Jericho, Jake intenta conseguir que la gente de la ciudad se cubra de la lluvia radiactiva con el propósito de evitar el envenenamiento por radiación. Cuando Jake y los otros descubren que el refugio oficial está en mal estado e inservible, tienen que conseguir otro refugio rápido. Mientras tanto, Emily y Bonnie son tomadas como rehén por dos prisioneros que se hacen pasar por oficiales de policía.

Tras la lluvia radiactiva, los habitantes de Jericho tratan de encontrar algún modo de buscar información sobre lo que está ocurriendo en el país, motivados por haber recibido una extraña transmisión televisiva en chino de noticias donde se ve el mapa de los Estados Unidos con puntos rojos. Para ello, deciden mandar a 8 hombres en dirección a los cuatro puntos cardinales en busca de algo que les ayude a aclarar las cosas.

El pueblo empieza a quedarse sin combustible necesario para mantener el suministro eléctrico de emergencia. Mientras, Jake encuentra a un extraño que está envenenado por la radiación e intentan sacar algo en claro de lo que está pasando.

Los habitantes de Jericho reciben una llamada de teléfono grabada por la Seguridad Nacional.

Una descarga electromagnética a las 9:02 P.M. deja la ciudad a oscuras. Los ciudadanos reciben mensajes telefónicos que alertan de que se ha cerrado el gobierno federal y que cada uno de ellos está bajo la jurisdicción del pueblo. Es la primera vez desde la explosión, que la gente se da cuenta de que cada uno debe ser responsable de mantener la ley y el orden en su ciudad.

En Jericho las cosas no van bien y empiezan a ser cada vez más evidentes las diferencias entre sus habitantes y las tensiones se hacen cada vez más fuertes entre ellos. El alcalde del pueblo, padre de Jake, tiene un paro cardíaco y si quieren que se recupere tendrán que llegar muy lejos para conseguir lo que necesitan. Para ello, Jake tendrá que enfrentarse a algunos fantasmas del pasado...

Jake y Eric van a Rogue River en busca de las medicinas para su padre, que se encuentra muy enfermo. allí encontrarán más de una desagradable sorpresa. Mientras, en Jericho, el resto de la familia intenta hacer lo posible por hacer bajar la fiebre del alcalde.

Los habitantes de Jericho se dan cuenta de que han de reforzar sus fronteras tras la desagradable visita de unos desconocidos

El pueblo de Jericho está encantado con la ayuda que unos aviones lanzan en paracaídas y se pelean por recoger la comida que cae del cielo. Mientras tanto, el alcalde Green trata de convencerlos de que esperen a estar seguros de que pueden fiarse de esta inesperada ayuda.

Cuando un ciudadano de Jericho aparece muerto, Gray organiza una cacería humana contra los deseos del alcalde Johnston para capturar a Jonah y restablecer la paz en el pueblo. Esta iniciativa permite a Gray demostrar su fortaleza como líder antes de la celebración de las próximas elecciones a la alcaldía de la ciudad. Por otra parte, la relación entre Jake y Emily se hace más estrecha día a día. Poco después, la pareja recibe una repentina sorpresa cuando un rostro imprevisto regresa a Jericho.

Los misteriosos pasados de Jake y Hawkins quedan al descubierto mediante unos flashbacks que llegan hasta el día anterior a la explosión de la bomba nuclear.

Heather convence a Jake y a Johnston para que la acompañen al Black Jack, una tienda a varias horas de camino de Jericho. Dale se les une contra los deseos de Johnston.

Jake, Mimi y Stanley sufren un accidente cuando su camión es violentamente empujado por otro fuera de la carretera. Como consecuencia, Stanley queda inconsciente en la carretera y Jake atrapado bajo el vehículo. Consciente de que ella es la única que puede salvarlos, Mimi se dirige a pie al pueblo en busca de ayuda.

Cuando los infantes de marina de los E.E.U.U. vienen a la ciudad, los ciudadanos de Jericho consideran que sus vidas serán como cuando la ley y el orden y la nación estaban intactos. Los soldados también traen palabra de una gran victoria de los militares en la guerra en el extranjero. Jake y Johnston al realizar algunas preguntas comienzan a darse cuenta que no todo es como parece. Mientras tanto, Hawkins descubre que Sarah puede no ser quién él piensa que ella es.

Kenchy ha de superar su síndrome de estrés postraumático para llevar a cabo una operación en April. Mientras, Hawkins trata de encubrir el asesinato de Sarah, pues Jimmy está curioseando.

Gray Anderson afirma que los refugiados se han convertido en un problema. Tras estas declaraciones, Roger intenta poner remedio a la situación. Sin embargo, cuando posteriormente Roger captura a Gray, Jake se ve obligado a ejercer de negociador.

Cuando Eric no regresa de New Bern con Stanley, Jake y Hawinks van a investigar y descubren un peligroso plan para el futuro.

Los habitantes de Jericho se enfrentan a nuevos problemas cuando Russell y un grupo de hombres armados de New Bern llegan a la ciudad para coger sal de la mina. Se producen varios disparos accidentalmente que dejan a varios hombres heridos e incrementan la tensión existente entre ambas ciudades. Jake, por su parte, se encuentra en prisión con Maggie y ambos trazan un plan para escapar.

El alcalde de New Bern exige a su par de Jericho que entregue la mitad de la mina de sal y las 7 mejores granjas, o les atacará. Ante la negativa, una vez construidos los morteros Constantino lanza dos morteros que hieren a varios habitantes de Jericho, con la amenaza de seguir lanzando mas morteros si no se le entregan esas 7 granjas, Jake pedirá ayuda a Jonah y empieza el reclutamiento de todo mayor de 16 años que pueda empuñar un arma.

Estalla una guerra de frontera entre Jericho y New Bern. Aunque New Bern supera a Jericho en hombres y recursos, Jericho aún tiene el tanque.