凱恩和凱娜兒在某星球巧遇再次巧遇米莉，正訴苦之際雷爾來電要求凱恩去阻止失控的利安東號繼續航行。米莉唯有一同前去去對付利安東號。之中米莉發現原來飛天一號便是傳説中的遺失戰艦，於是米莉自薦要加入凱恩的隊伍。

雷爾探訪凱恩目想委託凱恩保護一個證人出庭作證指證“黑龍會”頭目首領凱恩拒絕之際米莉卻私自簽了合約凱恩無奈之下唯有瞞騙米莉要凱娜兒扮作證人把黑龍會餘下成員引出來然後一網打盡完成。任務後米莉十分憤怒地將廚房破壞。

邪惡組織手下紅蓮翁察覺到了失落的遺失飛船之一，飛天一號的蹤跡。為要對付飛天一號。於用計將凱恩和米莉騙到武器工場將二人困住。然後用障礙網將飛天一號困住凱恩施計脫險返回飛天一號且用意念能量將障礙網擊破，飛天一號才得以脫險。

在宇宙中常年飄蕩的護士訓練戰艦裡，學生髮生鬥爭。茱莉和羅艾兩組學生首領在種種問題上互相爭鬥。原來們兩人本來好朋友後來變成敵人。教官史蒂娜不知所措便叫凱恩來應付難題經凱恩指點下二人和好如初。

凱恩等人受羅生委託來到加碧惑星尋找波比，怎料凱恩和凱娜兒受到惡夢軍團襲擊。另一方面卡莉找到波比，可惜波比己死，卡蘭準備帶波比離開之時惡夢軍團手下丹尼士想搶走磁碟。幸好凱恩及時趕到。最後凱恩才知道原來羅生和波比之間有場未完的棋局。

凱恩等人受雷爾委託護送杜尼賓國大使布蘭高回國家。而雷爾派妮娜做委託負責人因為傳統問題。布蘭高以為信仰原因不願乘坐沒有“角”的飛天一號，於是凱恩等人與布蘭高改坐別船。但中途遇到劫機匪徒將布蘭高當人質。妮娜利用自己破壞機器的毛病令航班自動操作系統失靈。凱恩與米莉於是將兇徒制服。

凱恩等人收到救求信號於去宇宙墳場。米莉發現一件隕石。凱娜兒分析該石之時發現原來一件將空間轉移位置武器該隕石令飛天一號內部間格全部轉換位置。凱恩誤入童年時自己住的房間，見到了童年的音樂盒。憑著那勾起自己童年時光回憶的音樂將隕石擊破。

凱恩等人奉命到移民船上阻止蘭度將中性化物質非法販賣予武器商船。凱恩認識了移民船上的孩子洛布斯丹和阿添。凱恩訓練三人打籃球令三人籃球比賽中勝利。凱恩將蘭度打敗，在宇宙中流浪了許久的移民船也終於找到了新的家園。

阿ken與好友查以士剛巧都受到那高蘭度公司委託護送運貨船。查以士和凱恩醉酒之下承諾了交換貨船護送。但航程中查以士受襲擊，原來這紅蓮翁詭計查以士代替了凱恩作犧牲品令凱恩十分悲痛。併發誓一定要打敗紅蓮翁。

海盜首領亞魯沙度發現了遺失戰艦狄斯加號就連宇宙軍隊亦被擊沉凱恩用計找出狄斯加號位置將海盜一舉剿滅替查以士報了仇，另一方面原來令亞魯沙度發現狄斯加號也紅蓮翁詭計目想令兩艘遺失戰艦兩敗俱傷奸計沒有得逞。

米莉來到新渣尼亞惑星為要參加鬥快搶蟹比賽。凱恩陪米莉來到比賽場地。卻被職業殺手卡莉三番兩次襲擊。後來凱恩與卡莉正面交手終於將卡莉擊倒。但加莉聲言不會罷休。

這天凱恩回鄉，奧考貝斯拜祭凱恩的奶奶愛麗斯。米莉與愛麗斯好友知魯閒談中知道凱恩的往事。而凱恩拜祭時亦牽起無數回憶。怎料這時惡夢武士也來愛麗斯墳墓前咀咒，凱恩的手竟無法拿起光明之劍。

凱恩心情欠佳到酒吧散心，遇到前輩亞朵拉斯，亞朵拉斯因為三年前任務中遇爆炸受傷，對任務產生恐懼症。正與凱恩同病相憐。凱恩決意陪亞朵拉斯回到令產生恐懼症廢置設備以完成未完的任務。

杜亞魯公司設計了物質傳送裝置傳送物質時甚至可以穿透意念防衞網阿凱恩以防萬一於設法去刪改該公司裝置程式怎料中途遇到卡莉襲擊。另一方面飛天一號受到紅蓮翁襲擊。凱娜兒施計破壞紅蓮翁複製品裝置使紅蓮翁奸計不能得逞。

凱恩不想牽連米莉加入對抗惡夢軍團戰鬥。於是施計讓米粒回家。米莉回到家看到家中空空如也這時才發覺飛天一號已經飛走。米莉在傷心之餘發誓一定要和找到凱恩，並和他一起對抗惡夢軍團。與此同時，宇宙軍部司令發現雷爾洩露宇宙軍區情報的事情。

宇宙軍隊艾多娜發現了遺失戰艦米沙基斯尼路故意將消息傳開令惡夢軍團和凱恩等人一起趕到。凱恩與卡莉交手之際雷爾趁機上了米沙基斯號。後來宇宙軍隊戰艦追捕米沙基斯之際雷爾反攻令宇宙艦隊全隊覆沒。不過凱恩等人被誤會謀殺和造反罪名而成為頭號通緝犯。

凱恩為要補給炮彈而將飛天一號駛進衞星港。再次遇見米莉。但由於米莉大意暴露了身份令飛天一號受到宇宙軍隊追捕。凱恩施計擺脫了追捕。後來遇到惡夢軍團戰艦襲擊凱恩將敵人消滅了。另外紅蓮翁因為沒有表現而被開除並且被黑暗武士拋進怪物之處令被怪物所吸食。

凱恩因為消滅艦隊之時消耗了意念能量令黑暗武士乘機侵蝕凱恩潛意識令凱恩陷入昏迷狀態另一方面惡夢軍團向飛天一號大舉進攻飛天一號因而大受損傷凱娜兒迫於無奈行險著逃離，凱恩甦醒之後為了不想連累米莉於將米莉放在一個別的星球。

米莉再次被飛天一號拋棄後十分失落，這期間她遇到妮娜。二人互相訴苦。米莉決定與莉娜去追尋雷爾下落。另一方面飛天一號仍然維修中。但遇到米沙基斯和哥倫諾華夾攻雖然凱恩心中不忿但由於不敵唯有逃離現場。

凱恩逃到了一顆被冰雪覆蓋的星球。他把心一橫要將飛天一號完全修理。維修期間凱恩施計引開基沙號襲擊。

危急之際飛天一號已完全修理好，並來救凱恩。凱恩越戰越勇終於將基沙號消滅。而另一邊，米莉和妮娜發現了米沙基斯的下落。

黑暗武士將米沙基斯賜給卡莉駕駛。卡莉肆意破壞，，目的是引凱恩出現。凱恩去迎戰卡莉。卡莉用毀滅惑星用導彈對付凱恩。但最後凱恩仍然安然無恙。正當卡莉灰心之際米沙基斯叫卡莉與它同化。另一方面米莉和妮娜偷了宇宙軍隊戰艦去尋找凱恩。

飛天一號與米沙基斯對峙。飛天一號大受創傷。凱恩決定用意念開啓最後密碼系統，思想被飛天一號吞噬，已達到最終的能量。幸好米莉和妮娜及時趕到將系統終止。而凱恩憑著清純意念能量將米沙基斯消滅。

黑暗武士是黑暗之星分身。黑暗武士認為史達基沙再沒有利用價值於把殺死。凱娜兒知道米莉原來史達基沙孫女，黑暗武士與凱恩交手之際黑暗武士不敵便使用空間傳送將米莉傳送過來並且用意念操縱了米莉令米莉不能自製地向凱恩襲擊。

最後的決戰。凱娜兒為救凱恩開啓了自毀式的攻擊。凱恩來到黑暗之星，準備和黑暗武士展開最後的對決。米莉被黑暗武士控制，對著凱恩連開數槍，不過沒有打中要害。凱恩對米莉進行最後的告別，並和黑暗武士展開了最後的決鬥。凱恩看透黑暗武士的攻擊模式，已橫劈擊敗黑暗武士。雷爾和妮娜趕到，在雷爾的吶喊聲中，凱恩走上了斷送黑暗之星的路。凱娜兒受損嚴重，所有數據即將丟失。在凱娜兒化身為初始程式沃菲特後，凱恩和沃菲特走向了黑暗之星。