Watanuki Kimihiro, guidé par une force invisible, entre dans une étrange boutique. Là vivent une jolie femme, Yûko Ichihara, et deux jeunes filles. A partir du nom et de la date de naissance de Watanuki, Yûko parvient à deviner ce qui le tracasse depuis son enfance : Watanuki a la capacité de voir des spectres et les attire malgré lui. Son seul souhait est de ne plus les voir, souhait que Yûko lui promet d'exaucer. Toutefois, Watanuki devra en échange travailler temporairement dans sa boutique...

Le travail de Watanuki à la boutique de Yûko consiste en des tâches ménagères comme la cuisine, l’entretien de la maison, etc. Aujourd’hui, il cuisine du maquereau grillé à la sauce miso que lui a soudain demandé Yûko. C’est alors qu’une femme apparaît. Tout comme Watanuki, la cliente est arrivée dans la boutique sans qu’elle sache trop comment. Elle se plaint de ne plus pouvoir bouger son petit doigt depuis peu. Watanuki remarque comme une fumée noire sortant de son petit doigt. Yûko lui explique que c’est à cause d’un de ses mauvais penchants...

Himawari Kunogi est la camarade de classe bien-aimée de Watanuki. C’est précisément elle qui a un service à demander à Yûko. Dans l’école de l’une de ses amies, le jeu de l’Ange est à la mode et d’étranges phénomènes s’y produisent. Le jeu de l’Ange est une sorte de spiritisme. Yûko charge Watanuki de régler ce problème à sa place. Accompagné de Dômeki, son camarade de classe capable de chasser les spectres, Watanuki se dirige le soir vers l’école...

Watanuki est aux anges lorsqu’il apprend que les signes du Sagittaire et du Bélier, comme Himawari et lui le sont, ont des affinités. Yûko veut alors lui présenter une voyante en qui elle a confiance. Toutefois, c’est une voyante inconnue qui occupe le lieu où ils se rendent. Curieuse, Yûko entre. Celle qui occupe la boutique est une jeune femme d’apparence douce. Son travail de divination sur Watanuki semble juste, mais Yûko sait déjà qu’ils ont affaire à un imposteur...

Watanuki invite Himawari à venir soutenir Dômeki à une compétition de tir à l’arc. Dômeki emportant le grand prix, Watanuki rentre tard à la boutique. Sur le chemin du retour, il est attiré par l’odeur appétissante d’un restaurant ambulant. C’est en fait un restaurant d’Oden tenu par un renard. Tout d’abord surpris, puis rassuré par l’attitude affable du renard, Watanuki prend place. Le fils du renard lui demande alors la flèche qu’a utilisée Dômeki pendant son tournoi. Watanuki la lui offre...

Alors que Watanuki vient à peine de lui acheter un médicament contre la gueule de bois, Yûko le traîne à Ginza pour faire du shopping. La journée va être chargée. C’est une batte en métal rouge que Yûko achète à Ginza avant de se diriger vers une résidence. Celle qui y habite est Hanahana, une femme dont Yûko a fait la connaissance sur Internet. Elle lui révèle que depuis son addiction pour Internet, elle néglige sa famille. Yûko va donner un conseil à Hanahana, qui souhaite arrêter l’ordinateur...

Watanuki ne peut s’empêcher de maudire le ciel à cause de la saison des pluies. Une jeune fille lui inflige alors un soufflet. C’est l’Esprit de la pluie, un être saint qui commande la pluie. Elle rend visite à Yûko pour lui demander de confier une mission à Watanuki. Toutes deux passent alors un contrat sans même demander son avis à Watanuki. Sans trop savoir pourquoi, il doit demander de l’aide à Dômeki et un ruban à Himawari. Il se rend alors dans un parc où poussent des hortensias. L’esprit de la pluie souhaite qu’il vienne en aide à quelqu'un...

Aujourd’hui, tous les objets de la salle des trésors prennent l’air. Yûko déguste nonchalamment un thé en observant Watanuki travailler d’arrache-pied. Elle lui explique que la salle des trésors est « une sorte de lieu de repos pour ces objets qui attendent que ceux qui peuvent en prendre possession en prennent effectivement possession. Entre hommes et objets, il existe des degrés de compatibilité. S’ils sont compatibles, tout se passe bien, sinon... » Une étudiante en ethnologie les aborde alors. Lorsqu’elle demande à Yûko de lui céder un des trésors exposés, celle-là lui demande de faire une promesse...

Alors qu’il rentre de l’école, Watanuki rencontre un homme et une femme en train de se disputer. Quand Watanuki les apostrophe, celle-ci en profite pour s’enfuir. L’homme, seul, prend à son tour la fuite. C’est un Watanuki intrigué qui se dirige vers la boutique de Yûko. Alors qu’il vaque à ses occupations habituelles, une cliente entre dans la boutique. C’est la femme qu’il a aperçu plus tôt. Elle s’appelle Ran. Lorsqu’elle explique qu’elle a du mal à bouger son petit doigt depuis peu, Watanuki la rapproche immédiatement d’une ancienne cliente...

Les vacances d’été commencent et Watanuki se lamente de ne plus pouvoir voir Himawari. Afin de lui remonter le moral, du moins en apparence, Yûko organise une soirée où chacun va raconter des histoires de fantômes. Elle se tient dans le temple de Dômeki. Y participent Yûko, Mokona, Watanuki, Himawari et Dômeki. Alors que chacun raconte son histoire à tour de rôle, la porte qui les sépare de la pièce voisine, où ne se trouverait que la dépouille d’un paroissien, commence à trembler. Sentant le danger, Watanuki veut partir, mais Yûko le met en garde : sortir de la barrière qu’ils ont créé est plus dangereux encore. A contrecœur, Watanuki reste...

Watanuki est brusquement réveillé à cinq heures du matin par Yûko qui lui demande de cuisiner des gâteaux Ohagi de la fête du Chûgen. Watanuki veut en profiter pour en offrir un à Himawari, qui est absente. Alors qu’il se morfond dans un parc, Dômeki apparaît et mange son gâteau. Watanuki lui hurle de le lui rendre. A ce moment, une jeune inconnue les aborde et dit avoir oublié son cadeau de Chûgen pour quelqu'un d’important. Elle prend alors le gâteau Ohagi du corps de Dômeki, lui enlevant en même temps son âme...

Tout le monde décide de passer l’été dans une maison louée au bord de la mer. Mais comme la mer regorge de spectres et de fantômes, Watanuki ne peut pas se baigner. Il se lamente de laisser passer cette chance de nager avec Himawari. Cela ne l’empêche pas de préparer un bon dîner pour tous et de passer une agréable soirée. La nuit venue, il entend de légers bruits de la pièce voisine. Lorsqu’il sort dans le couloir, c’est pourtant une impasse qui se dresse devant lui. Il va tenter d’identifier ces bruits...

Watanuki est en cours d’arts plastiques et le devoir du jour est un autoportrait. Il remarque Mie, une jeune fille à qui ses amies lui demandent de l’aide en dessin. En rentrant de l’école, Watanuki croise de nouveau Mie et ses amies. Celles-ci demandent à celle-là de leur prêter un peu de monnaie, mais elle les repousse brutalement, comme si elle était une autre personne. Watanuki remarque dans son dos de petites ailes. Le jour suivant, alors qu’il en parle à Watanuki, la même Mie apparaît. Les ailes dans son dos ont encore grandi...

Watanuki se rend avec Yûko dans le rayon alimentaire d’une grande enseigne. Ils y croisent de jolies jumelles faisant leurs courses. Yûko semble noter quelque chose chez ces filles. Quelques jours plus tard, après avoir fait leur connaissance, Watanuki et Dômeki ont rendez-vous avec elles. Watanuki a ressenti un phénomène étrange chez l’une d’elles : chaque fois qu’elle prononce des mots pessimistes, une onde se dégage d’elle. Yûko lui explique que c’est une chose à laquelle on ne peut résister...

Watanuki et Dômeki sont au cinéma avec les jumelles, mais en plein milieu du film, l’une d’elles se met à saigner du front. Les mots qu’elles prononcent sont des chaînes avec lesquelles elle s’entrave. C’est ce que lui explique Yûko. Encouragé par Dômeki, Watanuki décide d’en parler à la jeune fille. Quelques jours plus tard, il la croise à nouveau mais elle semble radieuse, comme transformée. Grâce aux conseils de Watanuki qui lui disait qu’il ne fallait pas renoncer avant même de commencer, elle est parvenue à changer...

Depuis l’épisode de l’Aile, le Renard-Pipe a grandi. Selon Yûko, il est possible qu’il ne retrouve jamais sa taille originale. Sans le savoir, Watanuki le dépossédait de son énergie spirituelle en le gavant de tofus frits. Une grande quantité d’énergie pure est donc nécessaire pour le ramener à sa taille normale. Yûko décide alors d’utiliser le Vase de Narcisse. Watanuki et le Renard-Pipe se penchent au-dessus du vase comme elle le leur demande et tous deux sont soudain aspirés. Lorsqu’ils reviennent à eux, ils se retrouvent dans un monde parallèle où poussent des narcisses...

Sur ordre de Yûko, Watanuki se retrouve à devoir acheter de fausses lunettes. Un accident se produit alors devant ses yeux : une jeune piétonne se jette sur la chaussée et se fait renverser par une moto. Voyant quelque chose briller au-dessus de Nurie, la jeune femme, Watanuki se demande si ce n’est pas l’œuvre d’un spectre. Nurie a tendance à faire ce qu’elle sait ne pas devoir faire et se rend ainsi malheureuse. Yûko, qui écoute Watanuki lui expliquer le cas de Nurie, lui demande de l’amener à la boutique...

Alors que Watanuki fait le ménage dans la salle des trésors, il tombe sur une peinture représentant une chatte vêtue d’un kimono et tenant une lanterne. La chatte bondit alors de la peinture et piétine Watanuki. C’est en fait une connaissance de Yûko et la soirée s’alcoolise rapidement. Avant de repartir, la chatte offre à Watanuki sa lanterne, à la demande de Yûko. Celle-ci lui permettra de participer à “quelque chose”. Sans vraiment comprendre, Watanuki se rend le soir dans un parc, accompagné de Dômeki. La lanterne s’illumine alors et ils sont transportés dans un monde étrange...

La fin de l’année approche et Watanuki est en plein ménage dans la boutique de Yûko. Mais cette dernière se contente de déguster un saké en admirant la neige. Watanuki, outré par tant d’injustice, tombe alors sur une boîte mystérieuse. C’est une boîte magique qui ne s’ouvrirait qu’à certaines conditions. Le lendemain, Watanuki trouve dans son casier de lycée une lettre de Yûko. Une idée amusante lui serait venue ; elle ordonne à Watanuki de la rejoindre dans un parc avec Himawari et Dômeki. Son idée amusante se révèle en fait être une bataille de neige !

Demain, c’est la Saint-Valentin. Suite à un caprice de Yûko, Watanuki se retrouve à cuisiner des fondants au chocolat. C’est alors qu’arrive une femme à la voix affolée. Elle sort une enveloppe plusieurs fois enroulée dans de la ficelle et supplie Yûko de l’en débarrasser. Watanuki frissonne à la vue de cette enveloppe qui dégage une atmosphère inquiétante. La cliente partie, Yûko ouvre l’enveloppe. S’y trouve une photo, en apparence des plus normales...

Watanuki déborde de joie après que Yûko lui ait accordé un congé. Il mange ce qui lui plaît, lit des mangas amusants, passe sa journée nonchalamment. Mais le soir venu, Dômeki, qui n’a pas de parents non plus, déboule chez lui pour dîner. Comme il apporte du bœuf de Kobe, Watanuki ne le chasse pas de chez lui et tous deux se régalent d’une fondue. Watanuki est si repu qu’il peine à se mouvoir ; Dômeki le prévient alors : « Si tu t'endors après un repas, tu deviens un bœuf ». « Ce n’est qu’une superstition », lui rit au nez Watanuki..

Alors que le White Day arrive, Yûko doit s’absenter pour une mission. Dès qu’il l’apprend, Dômeki dit à Watanuki de toujours rester avec le Renard-Pipe. Watanuki s’agace du ton de Dômeki et se fâche tout seul dans la rue. Il entend alors un rire derrière lui. C’est celui de la dame, Mayuko, qui l’a abordé quelques jours auparavant, quand il était en plein ménage. Tous deux s’assoient sur un banc dans un parc et boivent ensemble une canette de café. Elle lui dit qu’elle aurait aimé passer du temps ainsi avec son fils décédé...

La santé de Watanuki se dégrade. C’est parce qu’il continue de fréquenter cette Mayuko, lui explique au bout du fil Yûko. « Si tu continues ainsi, tu vas disparaître ». Dômeki s’inquiète pour Watanuki, mais celui-ci choisit de revoir Mayuko. Inquiète de voir dans cet état Watanuki, Mayuko lui dit qu’ils ne doivent plus se voir et part. Mais Watanuki sent la profonde tristesse de cette dame et ne parvient pas à l’abandonner...

Watanuki est en dernière année de primaire. Un jour il aperçoit dans un magnolia une « main » blanche. Elle apparaît de nouveau à l’entrée d’un magasin et dans une allée bordée d’arbres. Elle semble inviter Watanuki, mais celui-ci a un mauvais pressentiment et prend la fuite, avant d’être acculée au bord d’une rivière. Un garçon en haut d’un cerisier lui vient alors en aide. Il lui explique ensuite qu’il est lui aussi capable de voir les spectres...

Depuis qu'il a aidé Watanuki, les tensions entre Dômeki et ce dernier semble s'apaiser. Alors qu'ils sont chargés de retrouver cinq objets réclamés par Haruka, ils atterrissent dans une étrange auberge traditionnelle où seule leur confiance nouvellement gagnée pourra les sauver.

Depuis qu'il a aidé Watanuki, les tensions entre Dômeki et ce dernier semble s'apaiser. Alors qu'ils sont chargés de retrouver cinq objets réclamés par Haruka, ils atterrissent dans une étrange auberge traditionnelle où seule leur confiance nouvellement gagnée pourra les sauver.

Le flux temporel de Yuuko recommence enfin à bouger, après avoir été en vie pendant un nombre inconnu d'années, elle doit partir maintenant car elle ne peut plus être rester dans le monde des vivants. Au cours de ses derniers instants, elle fait face à Watanuki, son fidèle serviteur et ami et fait son dernier souhait, "rester en vie".

Watanuki, gérant la boutique depuis maintenant un certain nombre d'années, reçoit une demande de Haruka Dômeki qu'il connaît à travers ses rêves depuis maintenant un moment. Exaucer ce vœu le conduira à voyager à travers le rêve d'une certaine personne.